南四湖洪水南下工程为治淮（一期）重点工程之一，共有9个单项工程。1991年复工建设，至2005年，除湖腰扩大工程未实施外，其余工程均已完成。其间，还对5座节制闸进行了维修加固，建设了二级坝东线船闸，疏浚了湖区航道，完成了11处庄台住房建设。2002—2003年，山东省应急调引长江水对南四湖进行生态补水，湖区生活、生态逐步恢复。
一、湖内工程改建
（一）制闸改造
1998年，淮委投资1800万元，济宁市对第一节制闸闸门、启闭机、交通桥等部位进行加固改造。工程于1998年1月开工，10月完成，12月底通过竣工验收。
第三节制闸共84孔，每孔净宽6米，闸总宽约579.8米。1999年6月，该闸除险加固工程开工，2001年3月竣工。
2003年，经安全鉴定，发现第二节制闸交通桥出现裂缝，闸门启闭困难，定为三类病险闸。2004年，淮委批准投资7600万元，济宁市对第二节制闸进行加固、改造。工程于2004年12月开工，2006年5月竣工。
（二）二级坝东线船闸建设
2000年，新线京杭运河三级航道施工完成，因与二级坝船闸位置相距较远，不相协调，带来诸多不便。2004年，经省交通厅批准，在二级坝中段（偏东）、欢城镇张白庄村东新建船闸一座，称二级坝东线船闸。由中交水运规划设计院设计，山东省京杭运河续建工程办公室为建设单位，委托济宁市航运局管理局组织建设，由山东省筑港公司和济宁航运管理局港航工程处中标施工。按二级船闸标准设计，设计闸上最高通航水位36.5米，闸下最高通航水位36米。船闸上游引航道长5千米，下游引航道长1.5千米，上、下游引航道均与三级航道相接。工程批准总投资1.97亿元。二级坝东线船闸建成通航后，缩短上、下级湖通航里程3千米以上。与西线船闸相互配合，可彻底改变二级坝过闸船舶拥挤、堵闸、阻航现象。工程于2004年8月开工，至2004年底，完成闸室清基和部分底板浇筑工程。
图3-8 南四湖二级坝第二节制闸
（三）庄台建设
始建于1979年10月，经省批准的马口试筑庄台，于1997年完成。1997—2005年，南四湖庄台建设采用绞吸式挖泥船吹填、铲运机挖运压实两种方法施工，实做庄台35个，其中上级湖22个，下级湖13个，土方工程经省水利厅组织验收，全部合格，5个被评为安全施工工程。有11处庄台完成建房计划，5处庄台正在建房，其余庄台待建，已建房屋4万间。共完成土方2300万立方米，中央投资9350万元，地方自筹1000万元（未到位）。
二、航道建设
1991年，为避开湖西行洪河道淤积，济宁市航运局自筹资金1280万元，在南阳湖中部和昭阳湖东部，重新开挖一条新航道，航道北起济宁郭庄港，南至微山船闸，全长78.5千米，湖内航道底宽15米，底高程29.5米。通过治理，上级湖航运条件得到较大改善。
1996年8月，京杭运河济宁至台儿庄段续建工程动工，该工程系国家“九五”时期重点建设项目，包括航道建设等7项内容，总概算14.96亿元。2000年底，主体工程全面竣工，并经省交通厅组织验收。航道工程全长164千米，通过开挖，航道标准由六级提高到三级，底宽由16米拓宽到50米，水深达到3米。千吨级货轮可直达济宁。
三、泄水出口工程建设
1991—1995年，枣庄市扩挖韩庄闸上游左岸喇叭口段河槽，培修加固河堤，建成启闭技术先进的台儿庄二级船闸。经过治理，闸下韩庄运河已完成河道疏浚工程，航道达到三级通航标准（1000吨航位），当微山湖水位33.5米时，湖口泄洪能力可达到1900立方米/秒（包括老运河250立方米/秒、伊家河200立方米/秒）。
1997年5月—2000年3月，济宁市在距微山湖湖口3千米处建成韩庄运河二线船闸一处。船闸上游（西侧）引航道与原韩庄运河相接，下游（东侧）引航道与新拓宽的老运河一段航道相接。韩庄二线船闸闸室总长234米、宽40米，门槛上水深5米，上下闸首工作闸门均为横梁式人字钢闸门，门扇宽13.53米、厚1.36米。船闸级别为二级建筑物。2000年12月正式投产。
1998年9月，位于张谷山东侧不牢河湖水泄水处蔺家坝节制闸实施加固工程，主要项目有：重建排架、机架桥、上下游检修桥；闸室墩改为混凝土结构，闸底板帷幕灌浆；更换钢筋混凝土平板门为钢闸门；更换启闭机；整修桥头堡、启闭机房、消力池、电站等。2004年4月工程竣工验收。
2001年8月，淮委批准对韩庄节制闸进行除险加固。2002年5月，韩庄节制闸除险加固工程开工，由省水利勘测设计院设计，水利水电第十三工程局施工，2005年完工。
四、应急引江补湖
1986—1989年，山东省发生连续干旱期，年降水量均在500毫米以下，南四湖水位每年均有200天左右处在死水位以下，1989年上、下级湖全年干涸。
1995年1月，淮委就其编制的《引江补充南四湖灌区水源工程项目建议书》（简称《建议书》），征求山东省水利厅、江苏省水利厅意见。《建议书》提出，在江苏省江水北调工程的基础上，挖潜改造，向北延伸，抽引江水进南四湖上、下级湖，以补充南四湖周边的农业用水，工程方案是抽江400立方米/秒，入下级湖和入上级湖分别为60立方米/秒、50立方米/秒，年均调入上级湖水量2.92亿立方米。兴建引江补充南四湖灌区水源工程，是缓解南四湖周边地区水资源紧缺状况的根本措施。9月5日，省水利厅向淮委报送书面意见，表示“同意该项工程的建设，愿意承担合理分摊的工程建设资金，并要求抓紧前期准备工作，力争尽早实施”。同时提出：（1）二级坝泵站工程装机50立方米/秒的规模太小，宜采用100立方米/秒；（2）建设内容上应加上湖西杨官屯、大沙河、苏鲁边河三条入湖河口的建闸工程项目；（3）江苏境内的输水线路应走不牢河，不同意走房亭河，以节省工程投资；（4）二级坝泵站工程投资5430万元偏少，在投资分摊中，应考虑上级湖有江苏和齐鲁钢厂等单位用水的情况；（5）二级坝泵站是山东省境内工程，应由山东省建设和管理，淮委可监督。
图3-9 2003年，南四湖生态应急补水现场
1997年，山东省遭遇百年一遇大旱。黄委、淮委、国家防汛抗旱指挥部办公室组成调水组，前往南四湖周边现场调研，表示走农业开发的路，把水引到上级湖来，因江苏省已具有引水20～30立方米/秒流量到上级湖（即引江补湖）的条件。1998年1月，省政府呈报国务院《关于建设引江补湖应急工程的请示》。2000年6月，省政府将《关于尽早实施南水北调东线工程的请示》呈报国务院，请求国家抓紧组织实施引江补湖应急救灾措施。
2002年，南四湖地区遭受百年一遇的特大干旱，整个湖泊几近干涸，对湖区生态环境造成极为不利的影响。2002年10月17日，淮委召开会议，征求向南四湖应急调水方案的意见。方案一为向湖内航道、河汊补充一定水量，维持最低的生态用水需要。计划共补水2.83亿立方米，其中上级湖1亿立方米、下级湖1.83亿立方米，单方水成本上级湖0.23元、下级湖0.21元。方案二为以江苏省刘山站抽水能力为控制，沿湖站增设临时抗旱机泵向南四湖补水，共可补水5.6亿立方米，单方水成本上级湖0.21元、下级湖0.19元。18日，省水利厅电告淮委，向南四湖补水2.8亿立方米，是维持生态平衡最基本要求，所需经费请国家大力支持，山东省承担由下级湖向上级湖调水所需的设备和费用。补水仅用于湖内生态，不得用作其他用途。11月，山东省第97次省长办公会确定，投资2000万元，应急调引长江水对南四湖进行生态补水。12月8日，南四湖应急生态补水工程正式启动，计划入下级湖水量1.1亿立方米，其中入上级湖水量0.5亿立方米，山东省自行负责建设临时泵站、输水道、导蓄工程等应急翻水工程。12月20日，向上级湖调水工程正式开始。2003年3月4日，南四湖应急生态补水完成既定任务，南四湖湖区生活、生态逐步得到恢复。
