1987—1995年，济南市、寿光市对小清河进行了局部治理；1996年11月，干流治理工程开工。至1997年6月，沿河5市(地)基本完成小清河干流治理的河槽扩挖和堤防修筑，实现了1997年汛前打通干流的预期目标。2001—2005年，省小清河管理局开展河道维护治理，新建33座涵闸。
一、局部治理
1987年8月26—27日，济南市区遭受特大暴雨袭击，死亡47人，济南市区积水33平方千米，郊区39平方千米，积水时间长达7天，减产粮食0.85亿千克，618家工矿企业被迫停产，直接经济损失4.6亿元。1988年4月1日到5月底，济南市实施小清河兴济河入口至菜园桥段清障疏浚开卡工程，共清除土方175万立方米，树木0.55万余株；对“8·26”洪水期间阻水严重的黄台板桥、还乡店、菜园3座桥梁进行改建。3座桥均改建为单孔净跨50米、桥面净宽7.5米、结构为钢筋混凝土刚架拱桥，按20年一遇和小清河6级航道要求设计洪水位，桥梁改建于当年5月，年底完成主体工程，完成投资550万元。
寿光段地处小清河下游，两岸地势低洼，河槽断面狭小，河底逐年淤高，水流不畅，且上游污水不断累积，河水污染严重。1993年春至1995年底，寿光市投资101万元，对小清河南堤进行以防潮、防洪为主的加固治理，治理长度21.68千米，修防潮石墙4.3千米。
二、干流综合治理
1996年汛期，小清河发生了自1964年以后的最大洪水。特别是7月20日—8月10日，小清河干流先后出现三次大洪水。7月30日，上游黄台桥水文站实测洪峰流量130立方米/秒（比“8·26”大7.0立方米/秒），洪峰水位26.43米（比“8·26”低0.32米），洪峰流量为该站建站后最大实测流量 ； 中游岔河水文站， 8月1日洪峰水位11.01米，洪峰流量237立方米/秒，8月12日洪峰水位10.8米，洪峰流量260立方米/秒，均超过保证流量230立方米/秒，为该站1964年以来的最大洪峰流量（1964年洪峰流量300立方米/秒）。洪水造成两岸严重的灾害损失，210万亩农田积水，30个村庄被洪水围困，有的地方洪水10多天不落，致使13千公顷农作物不同程度减产，6500间农房被损坏。小清河流域直接经济损失9.65亿元。
针对第三次洪水水位低、流量大的特点，省防指在做好青纱湖滞洪区启用准备的同时，科学合理调度，采取上游水库和湖泊滞蓄，干流全力抢险、强迫行洪的方案，沿河的淄博、滨州、东营党政领导分段包片，在第一线指挥调度，桓台、邹平、博兴、广饶等县组织10万人的抢险大军全力上堤防守，七天七夜，使小清河在超保证水位和保证流量的情况下安全运行，避免了分洪，最大限度地减少了损失。
11月11日，省委常委会作出实施小清河干流治理工程的决定，决心用三年时间完成。11月15日，省委、省政府召开小清河干流治理工程动员大会，明确小清河干流治理工程是省委、省政府确定的“九五”时期全省最大的水利建设项目。在规划设计上，坚持“上蓄、中滞、下排”的治理原则，治理方案概括为“截流、扩挖、分洪、固尾”，按照“一年打通干流，两年完成建筑物，三年全面竣工”的总体实施目标，在满足防洪除涝要求的前提下，与治污、控污、交通、航运、城市规划等有机结合，设计防洪标准为济南市区50年一遇，其余河段20年一遇，全河道排涝标准5年一遇。
（一）组织形式和分工
省和沿河市（地）、县（市、区）分别成立工程指挥部，省指挥部由省长李春亭任总指挥，张瑞凤、邵桂芳、陈抗甫3位副省长和省军区冉龙泉副司令员任指挥，有关部门的主要负责人任副指挥。省指挥部在省计委设办公室，在省水利厅设工程办公室。任务分工原则是分级分部门负责制，省计委负责组织协调，省土地管理部门负责土地征占补偿并办理报批手续，交通工程由省交通厅负责组织实施，铁路桥由济南铁路局负责修建。水利工程的分工是：河道扩挖筑堤工程由沿河各市（地）组织实施，省里负责工程监理和质量监测以及中游河段的施工导流；节制闸、控污闸、分洪闸、泄洪闸等21座大型骨干建筑物由省指挥部工程办公室组织修建；水文站扩建改建由省水文总站负责；中小型水利建筑物由沿河各市（地）水利部门组织修建。在投资负担方面，除21座大型骨干建筑物、6处水文站和导流工程由省级财政全额拨款（约1.68亿元）以外，其余工程由谁为主修建谁为主筹集资金。由省交通厅负担投资，沿河5市（地）负责修建的交通桥、船闸、干流北岸公路工程，共拨给省级补助资金约计3.5亿元。
（二）施工导流及土方工程建设
1996年11月20日，滨州地区博兴、无棣两县率先动工，小清河干流治理工程正式开工。11月25日，小清河干流治理工程沿河5市（地）全部开工。全线展开了河道扩挖、堤防修筑及两岸道路建设、砌石护坡等多项土石方工程。
1996年冬，沿河5市（地）共完成扩挖筑堤3906万立方米土方。工程针对淄博、滨州、东营等地接连报告“干流水位较高，如不尽快解决，就会严重影响施工进度和施工质量的情况”，确定了落闸控制上游济南支流入河水量，封堵金家闸以下干流南岸河道，干流四座节制闸同时开启泄水新的施工导流方案。
1997年2月，沿线各市（地）迅速上工，把全面完成河槽扩挖与堤防修筑作为攻坚任务，把完成水下土方开挖当作重中之重，集中力量，集中时间，突击实施。施工高潮期间，全线日上工机械15000台（套），上工劳力3.4万人。
至6月中旬，沿河5市（地）基本完成小清河干流治理的河槽扩挖和堤防修筑工程，累计完成土方约6210万立方米，济南市同时完成砌石51.2万立方米，实现了1997年汛前打通干流的预期目标。
（三）建筑物工程建设
为满足防洪、除涝、灌溉、排水、交通等多种功能需要，工程共需建设大、中、小型各类建筑物918座。其中，由市（地）负责承建的建筑物874座，由省级部门负责承建的大中型建筑物44座。
省交通厅负责修建9座公路桥和4座船闸；济南铁路局负责修建3座铁路桥，1997年完成2座，剩余1座在1998年汛前建成；省水文总站负责修建6处水文站；省引黄济青工程管理局负责修建1座引黄倒虹； 省小清河干流治理指挥部工程办公室直接组织实施21座大型骨干建筑物，分别为位于济南的金牛节制闸、柴庄节制闸、华山洼上下分洪闸、大辛河控污闸、冷水河控污闸、韩仓河控污闸，位于淄博的金家堰节制闸、分洪道分洪闸、胜利河控污闸、杏花河控污闸、东猪龙河控污闸，位于滨州的金桥节制闸、孝妇河淦沟控污闸、孝妇河三里控污闸、孝妇河前芽控污闸、杏花河浒山泺控污闸、预备河院庄控污闸、分洪道子槽节制闸，位于滨州、淄博边界的水牛韩节制闸，位于潍坊的分洪道泄洪闸、新塌河控污闸。至1998年底，21座大型骨干建筑物全部完工。由市（地）负责承建的建筑物874座，完工736座，占总数的84.2%。
（四）治理效益
小清河经过此次治理，河道面貌显著改观，排洪、灌溉等功能明显增强，水质状况、生态环境明显改善，防洪能力显著提高。
1997年8月18—20日，小清河流域普降大到暴雨。8月20日，小清河济南前进桥流量达148立方米/秒，超过历史最大流量，相应水位25.69米，比1996年流量为130立方米/秒的水位26.44米低0.75米，河道水流畅通，全河上下安全行洪。干流扩挖与堤防修筑工程效益得到初步验证。
1998年汛期，小清河流域出现了大范围的降雨。8月10日，济南降大到暴雨，降雨量109毫米，黄台站最大洪峰流量达184立方米/秒，比治理前1996年洪峰多54立方米 /秒，全河道安全泄洪，排水通畅，最高洪水位22.76米，比1996年最高洪水位降低了0.38米。据测算，小清河1998年汛期防洪减灾效益达5.6亿元。
三、河道维护治理
2002—2005年，小清河流域共下达3批中央水利建设基金或水利部基建投资计划，完成总投资901万元，完成金家堰闸前护坡200米接长工程、7处险工加固工程和分洪道泄洪闸管理设施建设、船厂防洪闸工程，建设完成梨珩闸、三干闸、合庄闸、西闸、羊口西排水涵闸、南孟涵闸。
2001—2005年，小清河流域共下达5批河道维护费计划，完成总投资3415万元，实施了小清河济洛桥段容貌整治工程，整修堤防111.82千米，硬化路面63.12千米，堤防绿化72.4千米，险工加固9处，桥梁改建1处，涵闸维修及机电设备维修养护2处。2004年部分及2005年全部河道维护费工程均在2006年汛前完成。
2002—2004年，小清河流域共下达5批34座支流入口涵闸工程计划，其中济南16座、淄博2座、滨州12座、东营4座。工程排水标准均采用10年一遇，工程等别为II等，建筑物为二级。至2005年底，累计完成33座，完成投资3152万元。其中，济南完成绣江河闸和15座涵洞，滨州完成义和闸和11座涵洞，东营完成老预备河闸、反修沟闸、芦清沟闸，淄博完成2座涵洞。
第一节 小清河治理
1987—1995年，济南市、寿光市对小清河进行了局部治理；1996年11月，干流治理工程开工。至1997年6月，沿河5市(地)基本完成小清河干流治理的河槽扩挖和堤防修筑，实现了1997年汛前打通干流的预期目标。2001—2005年，省小清河管理局开展河道维护治理，新建33座涵闸。
一、局部治理
1987年8月26—27日，济南市区遭受特大暴雨袭击，死亡47人，济南市区积水33平方千米，郊区39平方千米，积水时间长达7天，减产粮食0.85亿千克，618家工矿企业被迫停产，直接经济损失4.6亿元。1988年4月1日到5月底，济南市实施小清河兴济河入口至菜园桥段清障疏浚开卡工程，共清除土方175万立方米，树木0.55万余株；对“8·26”洪水期间阻水严重的黄台板桥、还乡店、菜园3座桥梁进行改建。3座桥均改建为单孔净跨50米、桥面净宽7.5米、结构为钢筋混凝土刚架拱桥，按20年一遇和小清河6级航道要求设计洪水位，桥梁改建于当年5月，年底完成主体工程，完成投资550万元。
寿光段地处小清河下游，两岸地势低洼，河槽断面狭小，河底逐年淤高，水流不畅，且上游污水不断累积，河水污染严重。1993年春至1995年底，寿光市投资101万元，对小清河南堤进行以防潮、防洪为主的加固治理，治理长度21.68千米，修防潮石墙4.3千米。
二、干流综合治理
1996年汛期，小清河发生了自1964年以后的最大洪水。特别是7月20日—8月10日，小清河干流先后出现三次大洪水。7月30日，上游黄台桥水文站实测洪峰流量130立方米/秒（比“8·26”大7.0立方米/秒），洪峰水位26.43米（比“8·26”低0.32米），洪峰流量为该站建站后最大实测流量 ； 中游岔河水文站， 8月1日洪峰水位11.01米，洪峰流量237立方米/秒，8月12日洪峰水位10.8米，洪峰流量260立方米/秒，均超过保证流量230立方米/秒，为该站1964年以来的最大洪峰流量（1964年洪峰流量300立方米/秒）。洪水造成两岸严重的灾害损失，210万亩农田积水，30个村庄被洪水围困，有的地方洪水10多天不落，致使13千公顷农作物不同程度减产，6500间农房被损坏。小清河流域直接经济损失9.65亿元。
针对第三次洪水水位低、流量大的特点，省防指在做好青纱湖滞洪区启用准备的同时，科学合理调度，采取上游水库和湖泊滞蓄，干流全力抢险、强迫行洪的方案，沿河的淄博、滨州、东营党政领导分段包片，在第一线指挥调度，桓台、邹平、博兴、广饶等县组织10万人的抢险大军全力上堤防守，七天七夜，使小清河在超保证水位和保证流量的情况下安全运行，避免了分洪，最大限度地减少了损失。
11月11日，省委常委会作出实施小清河干流治理工程的决定，决心用三年时间完成。11月15日，省委、省政府召开小清河干流治理工程动员大会，明确小清河干流治理工程是省委、省政府确定的“九五”时期全省最大的水利建设项目。在规划设计上，坚持“上蓄、中滞、下排”的治理原则，治理方案概括为“截流、扩挖、分洪、固尾”，按照“一年打通干流，两年完成建筑物，三年全面竣工”的总体实施目标，在满足防洪除涝要求的前提下，与治污、控污、交通、航运、城市规划等有机结合，设计防洪标准为济南市区50年一遇，其余河段20年一遇，全河道排涝标准5年一遇。
（一）组织形式和分工
省和沿河市（地）、县（市、区）分别成立工程指挥部，省指挥部由省长李春亭任总指挥，张瑞凤、邵桂芳、陈抗甫3位副省长和省军区冉龙泉副司令员任指挥，有关部门的主要负责人任副指挥。省指挥部在省计委设办公室，在省水利厅设工程办公室。任务分工原则是分级分部门负责制，省计委负责组织协调，省土地管理部门负责土地征占补偿并办理报批手续，交通工程由省交通厅负责组织实施，铁路桥由济南铁路局负责修建。水利工程的分工是：河道扩挖筑堤工程由沿河各市（地）组织实施，省里负责工程监理和质量监测以及中游河段的施工导流；节制闸、控污闸、分洪闸、泄洪闸等21座大型骨干建筑物由省指挥部工程办公室组织修建；水文站扩建改建由省水文总站负责；中小型水利建筑物由沿河各市（地）水利部门组织修建。在投资负担方面，除21座大型骨干建筑物、6处水文站和导流工程由省级财政全额拨款（约1.68亿元）以外，其余工程由谁为主修建谁为主筹集资金。由省交通厅负担投资，沿河5市（地）负责修建的交通桥、船闸、干流北岸公路工程，共拨给省级补助资金约计3.5亿元。
（二）施工导流及土方工程建设
1996年11月20日，滨州地区博兴、无棣两县率先动工，小清河干流治理工程正式开工。11月25日，小清河干流治理工程沿河5市（地）全部开工。全线展开了河道扩挖、堤防修筑及两岸道路建设、砌石护坡等多项土石方工程。
1996年冬，沿河5市（地）共完成扩挖筑堤3906万立方米土方。工程针对淄博、滨州、东营等地接连报告“干流水位较高，如不尽快解决，就会严重影响施工进度和施工质量的情况”，确定了落闸控制上游济南支流入河水量，封堵金家闸以下干流南岸河道，干流四座节制闸同时开启泄水新的施工导流方案。
1997年2月，沿线各市（地）迅速上工，把全面完成河槽扩挖与堤防修筑作为攻坚任务，把完成水下土方开挖当作重中之重，集中力量，集中时间，突击实施。施工高潮期间，全线日上工机械15000台（套），上工劳力3.4万人。
至6月中旬，沿河5市（地）基本完成小清河干流治理的河槽扩挖和堤防修筑工程，累计完成土方约6210万立方米，济南市同时完成砌石51.2万立方米，实现了1997年汛前打通干流的预期目标。
（三）建筑物工程建设
为满足防洪、除涝、灌溉、排水、交通等多种功能需要，工程共需建设大、中、小型各类建筑物918座。其中，由市（地）负责承建的建筑物874座，由省级部门负责承建的大中型建筑物44座。
省交通厅负责修建9座公路桥和4座船闸；济南铁路局负责修建3座铁路桥，1997年完成2座，剩余1座在1998年汛前建成；省水文总站负责修建6处水文站；省引黄济青工程管理局负责修建1座引黄倒虹； 省小清河干流治理指挥部工程办公室直接组织实施21座大型骨干建筑物，分别为位于济南的金牛节制闸、柴庄节制闸、华山洼上下分洪闸、大辛河控污闸、冷水河控污闸、韩仓河控污闸，位于淄博的金家堰节制闸、分洪道分洪闸、胜利河控污闸、杏花河控污闸、东猪龙河控污闸，位于滨州的金桥节制闸、孝妇河淦沟控污闸、孝妇河三里控污闸、孝妇河前芽控污闸、杏花河浒山泺控污闸、预备河院庄控污闸、分洪道子槽节制闸，位于滨州、淄博边界的水牛韩节制闸，位于潍坊的分洪道泄洪闸、新塌河控污闸。至1998年底，21座大型骨干建筑物全部完工。由市（地）负责承建的建筑物874座，完工736座，占总数的84.2%。
（四）治理效益
小清河经过此次治理，河道面貌显著改观，排洪、灌溉等功能明显增强，水质状况、生态环境明显改善，防洪能力显著提高。
1997年8月18—20日，小清河流域普降大到暴雨。8月20日，小清河济南前进桥流量达148立方米/秒，超过历史最大流量，相应水位25.69米，比1996年流量为130立方米/秒的水位26.44米低0.75米，河道水流畅通，全河上下安全行洪。干流扩挖与堤防修筑工程效益得到初步验证。
1998年汛期，小清河流域出现了大范围的降雨。8月10日，济南降大到暴雨，降雨量109毫米，黄台站最大洪峰流量达184立方米/秒，比治理前1996年洪峰多54立方米 /秒，全河道安全泄洪，排水通畅，最高洪水位22.76米，比1996年最高洪水位降低了0.38米。据测算，小清河1998年汛期防洪减灾效益达5.6亿元。
三、河道维护治理
2002—2005年，小清河流域共下达3批中央水利建设基金或水利部基建投资计划，完成总投资901万元，完成金家堰闸前护坡200米接长工程、7处险工加固工程和分洪道泄洪闸管理设施建设、船厂防洪闸工程，建设完成梨珩闸、三干闸、合庄闸、西闸、羊口西排水涵闸、南孟涵闸。
2001—2005年，小清河流域共下达5批河道维护费计划，完成总投资3415万元，实施了小清河济洛桥段容貌整治工程，整修堤防111.82千米，硬化路面63.12千米，堤防绿化72.4千米，险工加固9处，桥梁改建1处，涵闸维修及机电设备维修养护2处。2004年部分及2005年全部河道维护费工程均在2006年汛前完成。
2002—2004年，小清河流域共下达5批34座支流入口涵闸工程计划，其中济南16座、淄博2座、滨州12座、东营4座。工程排水标准均采用10年一遇，工程等别为II等，建筑物为二级。至2005年底，累计完成33座，完成投资3152万元。其中，济南完成绣江河闸和15座涵洞，滨州完成义和闸和11座涵洞，东营完成老预备河闸、反修沟闸、芦清沟闸，淄博完成2座涵洞。