20世纪80年代后期，洙赵新河河道淤积严重，排涝能力较原设计降低42%～95%，防洪能力降低18%～85%。流域内多次发生暴雨洪灾，损失严重。
1993年7月暴雨，流域内受涝面积399万亩，倒塌房屋29820间，伤亡人口1363人，造成直接经济损失14.9亿元。省政府决定限期治理洙赵新河。1993年冬，菏泽地区率先开工。至2005年，先后完成第一期土方治理和第二期建筑物工程。治理后的洙赵新河，增加了河道防洪除涝能力和河槽蓄水灌溉能力，达到了原设计的3年一遇除涝、10年一遇防洪的工程标准。
一、第一期土方治理
洙赵新河第一期治理工程总投资17789万元，其中省补助8416.4万元。工程主要建设包括干流145.05千米河道清淤疏浚土方工程，按恢复1972年扩大治理设计标准，即3年一遇除涝，10年一遇防洪，入湖口段湖内1千米削坡工程；边界支流邱公岔河回水段复堤工程，新建湖口节制闸工程，工程管理设施及防汛调度和监控系统建设。
山东省淮河水利工程管理局（简称省淮工局）为建设单位，同时承担湖口内1千米削坡及河口1千米土方工程。济宁市承担济菏边界(桩号38+518)至洙赵新河河口1千米以上土方工程及河口刘官屯节制闸工程。菏泽地区承担济菏边界以上全部土方工程及边界支流邱公岔河回水段土方工程施工。
济宁段土方工程于1994年2月开工，组织8县（市、区）采用机械化施工，最高上阵铲运机654台，挖塘机664台，挖泥船47只，其他机械400余台（套）。6月完工，7月通过验收。共完成挖河复堤长37.5千米。1996年1月，湖口节制闸施工围堰合拢。3月，济宁市组织任城区、嘉祥县开工建设湖口节制闸主体工程，12月完工，1997年1月通过验收。该闸位于任城区喻屯乡刘官屯村北，共24孔，按20年一遇过闸流量1584立方米/秒设计，总投资1190万元。1996年8月，湖口节制闸管理所建设开工，1997年3月完成。济宁段共完成土方挖运1160万立方米，完成投资8957万元。
菏泽地区为早日治理，将洙赵新河土方工程提前至1993年11月开工，组织巨野、郓城、鄄城、单县、成武、定陶、曹县7县的60多万民工，对洙赵新河干流进行清淤治理。施工期间克服同期80年未遇的大雨、30年未遇的大雪和寒流，雨、雪天气持续20多天等困难，至1995年1月完成施工任务。为完成该项工程，全区群众集资3亿元。菏泽地区吸取教训，投资购买施工机械，组建水利工程施工队伍，此后水利工程土方施工基本以机械化施工为主。工程共完成干流清淤长105.8千米，完成土方1228.55万立方米，工日1233万个，1995年9月通过验收。1993年冬季，菏泽地区还对洙水河进行扩大治理，长度由原来54.98千米延伸至63.2千米，完成土方280万立方米，由菏泽市、巨野县组织10万民工完成。
省淮工局负责湖口段2千米的土方施工，全部釆用机械化施工。1994年5月，湖口段施工围堰工程开工，6月2日完工。同月，完成湖口段干流河道疏浚。12月15日，湖内1千米挖槽削坡工程完工，并于1995年4月通过验收。共完成土方78.4万立方米，完成投资447万元。
梁山闸、魏楼闸两处水文站水文设施改建工程分别在1995年11月—1998年12月、1997年5月—1998年3月完成。2000年5月31日，通过验收。
2003年3月，洙赵新河第一期土方治理工程通过验收。
二、第二期建筑物工程建设
工程总投资为8700万元，其中省补助资金为3480万元，济宁、菏泽两市配套资金5220万元。工期3年。
2004年6月，嘉祥县工程完工，完成迁建，改建，加固桥、涵、闸、站等建筑物65座，完成土方50.89万立方米、砌石1.98万立方米、混凝土2400立方米，购置安装机电设备428台（套），新修（维修）机房、管理房4696平方米，建设梁山闸启闭机彩板房805.06平方米。总投资为2464.81万元。
针对建筑物种类多，工程分散不便于施工与管理，配套资金难以到位影响施工进度的状况，工程推广了嘉祥县引进市场机制，采取不同融资渠道建设闸、桥、站、涵等小型建筑物的成功经验。同时制定激励措施，采取“以奖代补”的方法奖励完成年度投资计划的市、县（区）。对在规定建设工期内完成建设任务的市县，以完成时间为序，第一名按工程配套资金的5%，第二名按工程配套资金的3%，第三名按工程配套资金的1.5%进行奖励。这些做法促使工程建设速度明显加快。
2005年10月，菏泽市工程完工，共完成各类建筑物255座，其中节制闸7座、生产桥66座、涵洞147座、抽水站35座，工程投资6000万元。2006年4月，菏泽段工程15个单位工程通过验收。
洙赵新河第二期建筑物工程共完成投资9000万元，其中中央投资300万元，省配套资金为3480万元，济宁和菏泽两市配套资金5220万元。
治理后的洙赵新河，增加了河道防洪除涝能力和河槽蓄水灌溉能力，达到了原设计的3年一遇除涝、10年一遇防洪的工程标准，防洪流量1235立方米/秒。
图3-6 2005年，洙赵新河梁山节制闸
