1985年，梁济运河淤积严重，排涝能力只有3年一遇流量的20%，防洪能力只能基本达到10年一遇流量的40%，流域内水灾严重，水利纠纷连年发生。
1988年7月，水利部批复同意安排从司垓闸到入南阳湖长57千米的筑堤泄洪工程，工程投资概算5800万元，其中国家补助3500万元，包干使用，其余由山东省安排解决。此外，干流防倒漾闸工程以及司垓闸下防冲砌护等，国家补助投资200万元。山东省要求全线扩挖梁济运河，以减少东平湖滞黄退水与当地防洪排涝的矛盾。1989年11月，水利部批复基本同意扩挖梁济运河方案，自1989年起扩挖与筑堤泄洪工程结合实施，工程投资初核为5000万元，其中国家补助2500万元，包干使用，其余由山东省安排解决。
1990年8月，省水利厅批复《山东省梁济运河挖河筑堤泄洪工程初步设计》。工程主要建设内容：干流湖口至司垓闸退水口57千米一侧退堤筑堤，另侧复堤工程，司垓闸退水口至宋金河入口30.8千米右岸复堤工程；干流自湖口至宋金河口87.8千米扩挖河槽工程；受退堤影响23座涵洞、43座排灌站迁建工程；受挖河复堤影响29座涵洞、67座排灌站加固工程；老运河入口新建两座防洪闸工程；11条较大支流入口削坡工程和19座建筑物工程；干流入口湖内削坡工程。
梁济运河挖河筑堤泄洪工程按省政府要求，自上而下、逐年分段、挖河退堤同步进行，整个工程分三期施工。
第一期工程于1989年11月开工，于1990年1月完工。主要工程有挖河、退堤、筑堤和部分建筑物及4条支流削坡工程。由梁山、微山、邹县、鱼台、兖州、金乡、汶上、济宁市郊区8个县(区)的13.8万名民工参加施工。施工河段上起宋金河口，下至郓城新河口，长45.7千米，其中42.6千米由8个县(区）民工施工，3.1千米河段的土方工程作为机械化施工试验段。共完成土方640万立方米，工日453万个，投资3300万元。
第二期工程于1990年11月开工，于1991年2月完工，全部采用机械化施工。由济宁市郊区、嘉祥、汶上、兖州、曲阜、泗水、邹县、微山、鱼台、金乡、梁山11个县(市、区)，分段完成干流郓城新河口至入湖口42.1千米河段的一侧退堤。投入施工的铲运机、挖掘机、装载机等施工机械514台、42379马力。按计划完成退堤土方776万立方米。
第三期工程于1991年3月开工，于7月完工。主要工程为干流河槽扩挖、湖口及7条支流削坡等。入湖口至赵王河口25千米工段，由济宁市郊区、微山、泗水、金乡、鱼台、邹县、曲阜、兖州8县(市、区)采用机械化施工。赵王河口向上至郓城新河口17.1千米河段，由嘉祥、汶上、梁山3县采用陆地机械及人力开挖河槽。该期工程共完成土方829万立方米。
梁济运河挖河筑堤泄洪工程共有各种建筑物118座，其中从司垓泄洪闸至入湖口57千米一侧退堤需迁建涵洞17座、排灌站23座，干流87.8千米挖河筑堤需加固、接长涵洞28座、排灌站50座。上述建筑物分别在梁济运河三期施工中修建。第一期工程中迁建、加固的涵洞、排灌站等共69座，由梁山县施工完成；二、三期工程中施工的建筑物，分别由济宁市中区、郊区、嘉祥、汶上、梁山等县、区完成。建筑物工程共完成土方106万立方米，砌石6.1万立方米，混凝土及钢筋混凝土9368立方米。梁济运河挖河筑堤泄洪土方及建筑物工程，共投资1.12亿元(其中防倒漾闸工程投资400万元，未实施）。
1994—2000年，济宁市对梁济运河支流郓城新河、琉璃河进行了治理，包括：疏浚开挖河道60.9千米及相应的复堤、筑堤工程；琉璃河4条支流入口削坡及林庄沟疏浚开挖工程；桥梁改建13座，新建1座；涵洞新建、改建23座，维修加固12座，加固排灌站进出口涵洞4座；改建倒虹吸1座；新建节制闸2座。河道土方开挖工程由郓城、梁山两县组织施工，建筑物工程由郓城、梁山、嘉祥3县完成。土方工程于1994年实施完成，共计完成土方422.57万立方米，完成投资2537.75万元；配套建筑物工程于1994年4月开工，于2000年3月完工。共计完成土方12.64万立方米，砌石8801.8立方米，混凝土及钢筋混凝土1417.5立方米，总投资554.76万元。
1999年，为满足三级航道（船舶1000吨位）的通航要求，济宁市航运局将梁济运河下游10.5千米河底高程加深到29.5米。
第五节 梁济运河治理
1985年，梁济运河淤积严重，排涝能力只有3年一遇流量的20%，防洪能力只能基本达到10年一遇流量的40%，流域内水灾严重，水利纠纷连年发生。
1988年7月，水利部批复同意安排从司垓闸到入南阳湖长57千米的筑堤泄洪工程，工程投资概算5800万元，其中国家补助3500万元，包干使用，其余由山东省安排解决。此外，干流防倒漾闸工程以及司垓闸下防冲砌护等，国家补助投资200万元。山东省要求全线扩挖梁济运河，以减少东平湖滞黄退水与当地防洪排涝的矛盾。1989年11月，水利部批复基本同意扩挖梁济运河方案，自1989年起扩挖与筑堤泄洪工程结合实施，工程投资初核为5000万元，其中国家补助2500万元，包干使用，其余由山东省安排解决。
1990年8月，省水利厅批复《山东省梁济运河挖河筑堤泄洪工程初步设计》。工程主要建设内容：干流湖口至司垓闸退水口57千米一侧退堤筑堤，另侧复堤工程，司垓闸退水口至宋金河入口30.8千米右岸复堤工程；干流自湖口至宋金河口87.8千米扩挖河槽工程；受退堤影响23座涵洞、43座排灌站迁建工程；受挖河复堤影响29座涵洞、67座排灌站加固工程；老运河入口新建两座防洪闸工程；11条较大支流入口削坡工程和19座建筑物工程；干流入口湖内削坡工程。
梁济运河挖河筑堤泄洪工程按省政府要求，自上而下、逐年分段、挖河退堤同步进行，整个工程分三期施工。
第一期工程于1989年11月开工，于1990年1月完工。主要工程有挖河、退堤、筑堤和部分建筑物及4条支流削坡工程。由梁山、微山、邹县、鱼台、兖州、金乡、汶上、济宁市郊区8个县(区)的13.8万名民工参加施工。施工河段上起宋金河口，下至郓城新河口，长45.7千米，其中42.6千米由8个县(区）民工施工，3.1千米河段的土方工程作为机械化施工试验段。共完成土方640万立方米，工日453万个，投资3300万元。
第二期工程于1990年11月开工，于1991年2月完工，全部采用机械化施工。由济宁市郊区、嘉祥、汶上、兖州、曲阜、泗水、邹县、微山、鱼台、金乡、梁山11个县(市、区)，分段完成干流郓城新河口至入湖口42.1千米河段的一侧退堤。投入施工的铲运机、挖掘机、装载机等施工机械514台、42379马力。按计划完成退堤土方776万立方米。
第三期工程于1991年3月开工，于7月完工。主要工程为干流河槽扩挖、湖口及7条支流削坡等。入湖口至赵王河口25千米工段，由济宁市郊区、微山、泗水、金乡、鱼台、邹县、曲阜、兖州8县(市、区)采用机械化施工。赵王河口向上至郓城新河口17.1千米河段，由嘉祥、汶上、梁山3县采用陆地机械及人力开挖河槽。该期工程共完成土方829万立方米。
梁济运河挖河筑堤泄洪工程共有各种建筑物118座，其中从司垓泄洪闸至入湖口57千米一侧退堤需迁建涵洞17座、排灌站23座，干流87.8千米挖河筑堤需加固、接长涵洞28座、排灌站50座。上述建筑物分别在梁济运河三期施工中修建。第一期工程中迁建、加固的涵洞、排灌站等共69座，由梁山县施工完成；二、三期工程中施工的建筑物，分别由济宁市中区、郊区、嘉祥、汶上、梁山等县、区完成。建筑物工程共完成土方106万立方米，砌石6.1万立方米，混凝土及钢筋混凝土9368立方米。梁济运河挖河筑堤泄洪土方及建筑物工程，共投资1.12亿元(其中防倒漾闸工程投资400万元，未实施）。
1994—2000年，济宁市对梁济运河支流郓城新河、琉璃河进行了治理，包括：疏浚开挖河道60.9千米及相应的复堤、筑堤工程；琉璃河4条支流入口削坡及林庄沟疏浚开挖工程；桥梁改建13座，新建1座；涵洞新建、改建23座，维修加固12座，加固排灌站进出口涵洞4座；改建倒虹吸1座；新建节制闸2座。河道土方开挖工程由郓城、梁山两县组织施工，建筑物工程由郓城、梁山、嘉祥3县完成。土方工程于1994年实施完成，共计完成土方422.57万立方米，完成投资2537.75万元；配套建筑物工程于1994年4月开工，于2000年3月完工。共计完成土方12.64万立方米，砌石8801.8立方米，混凝土及钢筋混凝土1417.5立方米，总投资554.76万元。
1999年，为满足三级航道（船舶1000吨位）的通航要求，济宁市航运局将梁济运河下游10.5千米河底高程加深到29.5米。