1994—1998年，济宁市实施金南地下水回灌工程，菏泽地区建成东鱼河北支肖楼闸。1999年8月，省委、省政府决定治理东鱼河，2000—2005年对东鱼河南支、北支进行疏浚治理。
一、金南地下水回灌工程建设
1994年11月，金南地下水回灌工程开工，批复总投资2600万元，其中省投资1000万元，济宁市和金乡县自筹1600万元。该工程主要内容包括：东鱼河曹庄橡胶坝枢纽工程、内河建节制闸及管理单位建设。1995年6月建成并投入运用。之后，相继完成田间配套工程。2001年工程完成，共完成投资4166万元，其工程回灌效益达到1870公顷。
二、东鱼河北支肖楼闸工程
1997年12月1日，开工建设东鱼河北支肖楼闸。肖楼闸位于成武县肖楼村，东鱼河北支入口以上8.1千米，控制流域面积443平方千米。按5年一遇排涝流量553立方米/秒，20年一遇防洪流量1043立方米/秒。工程总投资630万元，其中省、菏泽地区投资120万元，成武县配套510万元。
三、东鱼河治理工程
1999年8月，省委、省政府决定治理东鱼河。东鱼河治理工程概算投资调整后为36686万元。
（一）土方治理工程
工程包括干流172.1千米河道疏浚开挖以及湖口以下向湖内延伸2千米的削坡开挖工程；干流河道堤防的加高、加固，150+300以上堤段的修筑；11条支流入口削坡长度累计15.82千米；胜利河、北支、南支入口对岸共计长1900米干流河道砌石护岸工程；管理单位的管理设施建设和鱼城、张庄、路菜园3处水文站设施建设；王路口跌水工程。分湖口段、菏泽段、济宁段三段进行施工。2001年5月，右段单位工程通过验收。
2003年2月，王路口跌水工程开工建设。6月完工并通过验收。工程投资297万元。
（二）建筑物工程
工程概算总投资7190万元，工程规模为大型。工程主要建设内容为：新建节制闸1座，加固维修节制闸9座；新建排灌站2座，加固、改建、迁建排灌站26座；新建、改建涵洞46座，接长、扩建涵洞18座，加固维修涵洞21座；防护橡胶坝1座。各类建筑物共计124座。
济宁市金乡段工程于2004年5月开工，于12月完工。济宁市鱼台段工程于2005年3月开工，于5月完工。其中，原设计批复节制闸因南水北调截污导流工程实施，经省发改委批准、核除，相应投资进行了核减。2006年，金乡段、鱼台段建筑物工程通过单位工程验收。
2004—2005年，菏泽市节制闸单位工程及东明县、牡丹区、曹县、定陶县、成武县和单县单位工程，共治理建筑物91座，完成土方46.7万立方米，砌石3.8万立方米，混凝土及钢筋混凝土0.32万立方米，投资3592.61万元。
2006年6月30日，东鱼河治理工程全部完成，完成土方工程量3894万立方米，砌石7.8万立方米，混凝土1.4万立方米，投资42170万元。东鱼河恢复了原设计标准，干流河道达到3年一遇除涝，20年一遇防洪标准。
四、东鱼河南支、北支治理
2000—2005年，东鱼河南支治理工程按原设计标准，即3年一遇除涝流量258立方米/秒、20年一遇防洪流量588立方米/秒进行设计，南支汇入干流处设计除涝水位47.57米，防洪水位49.6米，河道清淤疏浚52.4千米，批复总投资8464万元。工程分四期进行，清淤治理0+000～31+700工段，开挖疏浚长度31.7千米，维修加固建筑物29座，完成土方807万立方米，总投资5296万元，其中，国家800万元，省650万元，地方自筹3846万元。
东鱼河北支中上游平均淤深3.1米，下游平均淤深1.5米，最大淤深3.3米，除涝能力只有原设计3年一遇流量的20%，防洪能力只有原设计20年一遇流量的29%。2003年冬季，按3年一遇除涝，20年一遇防洪标准进行治理，通过开挖疏浚治理达到原设计开挖标准。由东明县、菏泽市牡丹区、菏泽市开发区、定陶县、成武县等进行全线清淤治理，工程采用机械化施工，完成土方773.37万立方米。2004年春季，绿化大堤4627万亩，植杨树27.76万棵。
图3-5 2005年，治理后的东鱼河
