1991—2005年，济宁市对泗河干支流进行局部低标准整治，大量严重阻水及险工、险段得到除险加固，度汛安全得到基本保障。至2005年，泗河曲阜防山乡韩家铺以上基本无堤防，贺庄水库以下河道长130千米，其中上游防洪能力不足20年一遇的50％。下游栗河崖至湖口8千米段，在1992年治理后达到20年一遇的防洪标准。
1991年9月，泗河下游治理工程被列为治淮国家补助项目。工程以河槽中泓划分，左侧由济宁市微山县施工，右侧由市郊区（任城区）施工。1992年1—5月，任城区、微山县采用机械化施工，对泗河下游湖口至栗河崖段（左岸7.79千米，右岸8.05千米）两岸搬旧堤、筑新堤，将内堤距拓宽至800米，并在湖内左岸切滩1.55千米，右岸切滩2.2千米，切滩高程为34.6～34.7米，使泗河该段达到20年一遇防洪设计，50年一遇洪水校核标准。
1994年11月—1995年7月，泗水县在泗河干流上游黄阴集修建拦河闸。该闸由4孔直升冲沙闸、11孔水力自控翻板闸、40米浆砌石溢流坝、1800米围河副坝、引水闸、交通桥等组成，共完成土沙方9.3万立方米，砌石0.92万立方米，混凝土及钢筋混凝土0.26万立方米，工程总投资为820万元。
1999年，综合整治泗水县城区1400米长的险段，挖筑土砂105万立方米，完成砌石2.3万立方米，完成投资830万元，河道防洪标准由不足5年一遇提高到20年一遇，同时增加蓄水量34万立方米，扩大灌溉面积2万亩。
2002年5—9月，加固泗河右岸金口坝至白家店段9.5千米堤防，按20年一遇防洪标准设计，堤顶宽度7米，复堤土方65.9万立方米，砌石3660立方米，总投资1500万元。
2004年3月，开工建设泗河支流柘沟河柘沟拦河闸工程，全长57.2米（包括两岸连接建筑物），共10孔，其中3孔为直升闸，7孔为翻板闸；右岸渠首引水闸1座，闸孔宽0.8米，工程按20年一遇洪水设计，50年一遇校核。上游可拦蓄水量190万立方米，设计灌溉面积13.3千公顷。预算投资307万元。工程共完成土方11.15万立方米，砌石1639立方米，混凝土及钢筋混凝土723立方米，工日1193万个。
2005年，泗河25+600～26+547段（鲍店煤矿西侧），因采煤造成左堤下沉，最大下沉8.1米，河道防洪功能丧失。4月6日，为恢复泗河防洪功能，塌陷段应急工程开工，于6月15日完成。工程内容包括堤防加固、滩地恢复、河槽恢复、护坡恢复、河岸整治及部分干砌块石护坡等。
第三节 泗河治理
1991—2005年，济宁市对泗河干支流进行局部低标准整治，大量严重阻水及险工、险段得到除险加固，度汛安全得到基本保障。至2005年，泗河曲阜防山乡韩家铺以上基本无堤防，贺庄水库以下河道长130千米，其中上游防洪能力不足20年一遇的50％。下游栗河崖至湖口8千米段，在1992年治理后达到20年一遇的防洪标准。
1991年9月，泗河下游治理工程被列为治淮国家补助项目。工程以河槽中泓划分，左侧由济宁市微山县施工，右侧由市郊区（任城区）施工。1992年1—5月，任城区、微山县采用机械化施工，对泗河下游湖口至栗河崖段（左岸7.79千米，右岸8.05千米）两岸搬旧堤、筑新堤，将内堤距拓宽至800米，并在湖内左岸切滩1.55千米，右岸切滩2.2千米，切滩高程为34.6～34.7米，使泗河该段达到20年一遇防洪设计，50年一遇洪水校核标准。
1994年11月—1995年7月，泗水县在泗河干流上游黄阴集修建拦河闸。该闸由4孔直升冲沙闸、11孔水力自控翻板闸、40米浆砌石溢流坝、1800米围河副坝、引水闸、交通桥等组成，共完成土沙方9.3万立方米，砌石0.92万立方米，混凝土及钢筋混凝土0.26万立方米，工程总投资为820万元。
1999年，综合整治泗水县城区1400米长的险段，挖筑土砂105万立方米，完成砌石2.3万立方米，完成投资830万元，河道防洪标准由不足5年一遇提高到20年一遇，同时增加蓄水量34万立方米，扩大灌溉面积2万亩。
2002年5—9月，加固泗河右岸金口坝至白家店段9.5千米堤防，按20年一遇防洪标准设计，堤顶宽度7米，复堤土方65.9万立方米，砌石3660立方米，总投资1500万元。
2004年3月，开工建设泗河支流柘沟河柘沟拦河闸工程，全长57.2米（包括两岸连接建筑物），共10孔，其中3孔为直升闸，7孔为翻板闸；右岸渠首引水闸1座，闸孔宽0.8米，工程按20年一遇洪水设计，50年一遇校核。上游可拦蓄水量190万立方米，设计灌溉面积13.3千公顷。预算投资307万元。工程共完成土方11.15万立方米，砌石1639立方米，混凝土及钢筋混凝土723立方米，工日1193万个。
2005年，泗河25+600～26+547段（鲍店煤矿西侧），因采煤造成左堤下沉，最大下沉8.1米，河道防洪功能丧失。4月6日，为恢复泗河防洪功能，塌陷段应急工程开工，于6月15日完成。工程内容包括堤防加固、滩地恢复、河槽恢复、护坡恢复、河岸整治及部分干砌块石护坡等。