一、水资源保护
1989年，山东省开始对全省地表水抽样监测，发布年度水质通报。全省各地成立水环境监测中心，制定《水环境监测管理暂行办法》，作为承担取水、退水水质化验工作专门机构。1994年，全省各水环境监测中心全部通过国家计量认证，1999年通过有关部门复查评审，各中心检测人员全部实现持证上岗。全省共设立省控水质监测站115个，青岛、济宁、淄博、滨州、泰安、德州、济南、莱芜、枣庄等市（地）建立辖区内的水质监测网络，定期发布水质状况通报。青岛市为水利部首批向全国定期发布水源地水质状况的城市之一。
1991年，省水利厅开展入河流、湖泊、水库排污口调查工作，对全省范围内入河流、湖泊、水库排污口进行调查，1992年初完成调查汇总。至1993年，确认全省共有入河流、湖泊、水库排污口552个，日排废污水359.4万吨。通过调查，基本查清全省主要水域排污口位置、数量、污水排放量、污染物种类与数量等，弄清污水排放规律，对水体功能影响进行分析评价。1994年，青岛、烟台城市水环境影响评价试点与临沂市水资源保护规划试点工作完成。
2003年，根据省政府赋予省水利厅“监测地表水和地下水的水量和水质”职能和水利部《关于组织发布重点城市主要供水水源地水资源质量旬报的通知》要求，省水利厅确定济南锦绣川水库等28处水源地为省主要城市重点供水水源地，由省水文水资源勘测局负责每月10日取样化验并编制报告，由省水利厅统一对外发布水质信息。
2005年1月，水利部《入河排污口监督管理办法》正式实施。省水利厅下发《关于加强入河排污口监督管理工作的通知》，就入河排污口监督管理、入河排污口设置论证及相关文书填写做出明确要求。
二、水资源费征管
1984年，山东省开始水资源费征收工作。肥城县是山东省最早征收水资源费的县，济宁市是山东省最早征收水资源费的地级市。
1986—2002年，山东省各市水资源费由各市制定具体办法征收。
2002年2月，省政府颁布《山东省水资源费征收使用管理办法》，自2002年4月1日起实施。《办法》大幅度提高水资源费征收标准，平均每立方米提高0.4元；明确水资源费征收范围；对水资源费征收管理权限进行划分，明确水资源费实行分成管理；明确水资源费使用范围；加强水资源费征收环节的监督，统一使用水资源费专用票据。全省水资源费征管工作走上法制化轨道。
2005年，省政府办公厅下发《省发改委等部门关于切实加强水资源费征管工作的通知》，要求进一步提高对水资源费征管工作重要性认识；建立征管责任制，确保按时完成任务；做好审计工作，做好水资源费的征收、上缴、使用以及奖惩等措施。同年，省水利厅联合省财政厅制定《山东省省级水资源管理专项经费管理暂行办法》，进一步规范省级分成水资源费使用，其中规定省级分成水资源费拿出15%作为水资源专项管理经费。
第五节 水资源保护与水资源费征管
一、水资源保护
1989年，山东省开始对全省地表水抽样监测，发布年度水质通报。全省各地成立水环境监测中心，制定《水环境监测管理暂行办法》，作为承担取水、退水水质化验工作专门机构。1994年，全省各水环境监测中心全部通过国家计量认证，1999年通过有关部门复查评审，各中心检测人员全部实现持证上岗。全省共设立省控水质监测站115个，青岛、济宁、淄博、滨州、泰安、德州、济南、莱芜、枣庄等市（地）建立辖区内的水质监测网络，定期发布水质状况通报。青岛市为水利部首批向全国定期发布水源地水质状况的城市之一。
1991年，省水利厅开展入河流、湖泊、水库排污口调查工作，对全省范围内入河流、湖泊、水库排污口进行调查，1992年初完成调查汇总。至1993年，确认全省共有入河流、湖泊、水库排污口552个，日排废污水359.4万吨。通过调查，基本查清全省主要水域排污口位置、数量、污水排放量、污染物种类与数量等，弄清污水排放规律，对水体功能影响进行分析评价。1994年，青岛、烟台城市水环境影响评价试点与临沂市水资源保护规划试点工作完成。
2003年，根据省政府赋予省水利厅“监测地表水和地下水的水量和水质”职能和水利部《关于组织发布重点城市主要供水水源地水资源质量旬报的通知》要求，省水利厅确定济南锦绣川水库等28处水源地为省主要城市重点供水水源地，由省水文水资源勘测局负责每月10日取样化验并编制报告，由省水利厅统一对外发布水质信息。
2005年1月，水利部《入河排污口监督管理办法》正式实施。省水利厅下发《关于加强入河排污口监督管理工作的通知》，就入河排污口监督管理、入河排污口设置论证及相关文书填写做出明确要求。
二、水资源费征管
1984年，山东省开始水资源费征收工作。肥城县是山东省最早征收水资源费的县，济宁市是山东省最早征收水资源费的地级市。
1986—2002年，山东省各市水资源费由各市制定具体办法征收。
2002年2月，省政府颁布《山东省水资源费征收使用管理办法》，自2002年4月1日起实施。《办法》大幅度提高水资源费征收标准，平均每立方米提高0.4元；明确水资源费征收范围；对水资源费征收管理权限进行划分，明确水资源费实行分成管理；明确水资源费使用范围；加强水资源费征收环节的监督，统一使用水资源费专用票据。全省水资源费征管工作走上法制化轨道。
2005年，省政府办公厅下发《省发改委等部门关于切实加强水资源费征管工作的通知》，要求进一步提高对水资源费征管工作重要性认识；建立征管责任制，确保按时完成任务；做好审计工作，做好水资源费的征收、上缴、使用以及奖惩等措施。同年，省水利厅联合省财政厅制定《山东省省级水资源管理专项经费管理暂行办法》，进一步规范省级分成水资源费使用，其中规定省级分成水资源费拿出15%作为水资源专项管理经费。