1988年9月，省政府要求各级水行政主管部门设立水政机构，配备水政人员，负责《水法》及有关水利法规执行，查处违法行为、调查处理水事纠纷等；省编委同意省水利厅增设水政处。
1989—2005年，为保障水法律、法规全面贯彻实施，山东省各级水利部门通过建立水行政执法体系，加强水政监察规范化建设，组建起一支组织严密、纪律严明、运行有力的执法队伍，依法查处水事违法案件，调处水事纠纷，做到“有法必依，执法必严，违法必究”，促进水利部门转变职能，依法行政，推动了全省水利事业的改革和发展。
一、水行政执法体系建设
1989年8月—1992年3月，经过试点、扩大试点、全面铺开三个步骤，全省在县以上水利部门组建了专职与兼职相结合、县乡村配套的水行政执法队伍。同时，建立水行政执法体系，促进水法规体系和水管理工作体系建设。
1989年6月，水利部要求建立水行政执法体系，组建专职与兼职相结合的水行政执法队伍，其任务是贯彻《水法》和其他水法规，维护水利秩序，发现和纠正各种违法行为，依法追究违法者的责任，并对下属水利部门或单位执法情况进行检查监督。
同年8月，水利部确定山东省龙口市、昌邑县为第一批试点单位。省水利厅成立水行政执法体系试点工作领导小组，厅长马驎担任组长；龙口市、昌邑县分别成立试点工作领导小组，印发试点方案。试点期间，两市、县共任命水政监察员116人，政府制订水规范性文件19件，查处水事违法案件17起，调处水事纠纷47起，水法规宣传覆盖率在90%以上。1990年4月，省水利厅组成验收小组，按照水利部要求，分别对龙口、昌邑试点工作进行验收。
1989年11月，省水行政执法体系试点工作领导小组确定再在每个市（地）选择一个县（市、区）开展水行政执法体系试点工作。1990年1月，省水利厅确定章丘、胶南、栖霞、莱州、诸城、桓台、肥城、曲阜、滕州、曹县、高唐、平邑、平原、广饶、无棣、荣成16个县（市）为试点单位，开展建立水行政执法体系试点工作。试点单位经过制定试点方案，清理和制定地方水规范性文件，选拔、培训、任命水政监察员，开展水法规宣传，查处水事违法案件，调处水事纠纷和总结验收等工作步骤，完成试点任务。省水行政执法体系试点工作领导小组对16县（市）试点工作进行验收，至8月底验收结束，全部合格。
1990年9月1日，省水利厅在济南召开全省水行政执法体系建设工作会议，总结交流第二批水行政执法体系试点工作经验，安排部署扩大试点和建立全省水行政执法体系工作。此次会议成为山东省水行政执法体系建设由小范围试点到扩大铺开的转折点，开始进入推广和展开阶段。同月，省水利厅印发《全省第二批水行政执法体系试点工作总结和下步扩大试点工作意见》，明确潍坊、济宁、烟台、青岛、菏泽、德州、日照7个市（地）水利局和83个（后改为91个）县（市、区）水利局为扩大试点单位，其余市（地）、县（市、区）在1991年开展水行政执法体系建设。
1991年1月，省水利厅召开全省水政工作会议，根据水利部提出年内建立起全国水行政执法体系要求，确定在5月底前完成扩大试点工作；对未列入扩大试点的9个市（地）和15个县（市、区），要求学习试点经验，立即开展建立水行政执法体系工作，争取9月底前完成；省水行政执法体系试点工作领导小组对市（地）建立水行政执法体系工作进行验收，市（地）水利局负责对所属县（市、区）验收。
1992年2月，省水利厅印发《厅机关及厅直单位水行政执法体系建设意见》，规定了各类水政监察人员的设置、职责、选拔考核和任免、培训上岗等事宜；明确水政监察人员代表水行政主管部门行使行政执法权，按照规定授权范围依法实施直接的水政监察。3月，水利部任命省水利厅厅长林廷生为水政监察专员。同月，省水利厅分别任命厅机关与厅直单位水政监察职务。至此，全省水行政执法体系全部建立。至年底，全省共有各类水政监察人员6435人，其中专职1065人，兼职5370人。
1994年10月，省水利厅下发通知，要求各市（地）确定试点单位，探讨水政监察队伍如何由专兼职结合向以专职为主过渡，由单纯查处违法案件向执法、管理、收费一体发展，以及省、市、县水政监察组织名称、职能、性质等。
1995年底，全省有40个县（市、区）建立水政监察大队，其中经编委批准的22个。全省收取水资源费18984万元，河道采砂管理费991万元，河道维护费2416万元，水保“两费”563万元，共22954万元。
二、水政监察规范化建设
1995年12月，水利部下发通知，决定用两年左右时间，加强水政监察规范化建设，使水政监察成为一支集监督检查、许可审批、依法收费于一体的专职执法队伍。1997年，省水利厅成立水政监察规范化建设领导小组，制定《山东省水政监察规范化建设实施方案》，确定淄博、菏泽、威海、烟台、德州、聊城6市（地），蓬莱、高密、胶州、郯城、无棣、莱西、济南市历城、梁山、宁阳、平原、曹县、荣成、垦利13县（市、区）和雪野水库、日照水库为省水利厅水政监察规范化建设联系点。当年7月，省编委批复同意省水利厅水政处增挂省水政监察总队牌子，12月，山东省水政监察总队成立。1998年，全省水政监察规范化建设基本完成。至2001年，全省共建有水政监察总队1个，支队17个，大队176个〔其中县（市、区）大队136个，支队直属大队40个〕 ； 执证上岗水政监察员5874人，其中专职2701人、兼职3173人。配备执法汽车152辆、摩托车166辆、摄像机60台、照相机151架、采访机88个、通信设备377件等。
三、水利公安机构
20世纪80年代，全省相继在一些重点水利工程和部分县水利局，建立水利公安派出机构，实行公安局和水利局双重领导。至1990年底，全省共建立水利公安机构88个，包括公安分局1个，公安科2个，公安派出所83个，治安办公室2个，共有公安干警431人。至2000年底，全省水利公安机构有75个，干警350人。
2002年10月，烟台市牟平区探索设立水务警务区，包括2名公安干警，配合巡查中队查办水事案件。2004年7月，省政府发布《山东省实施〈中华人民共和国河道管理条例〉办法》，明确规定，经省政府批准，大型河道和重要中型河道可以设立公安派出所，必要时可组织民兵警卫防守。自此，设置水利公安机构有了法规依据。至2005年，全省水利系统共建立水务警务区、治安办公室和公安派出所等水利与公安联合执法机构81个，有正式警员190余人，协警240余人，配备警车70余部。
四、执法检查
1988—1989年、1992年、1994年、1995—1996年、1997年，全省水利系统进行了5次执法检查。
（一）1988—1989年水行政执法检查
1988年9月，省七届人大常委会第五次会议做出《在全省进行执法大检查的决定》。11月初，省政府发出通知，要求省水利厅负责检查《水法》《河道管理条例》《山东省水利工程管理办法》执行情况。当月，省水利厅成立全省水利系统执法大检查领导小组，全省水利系统执法大检查开始，1989年4月结束。检查期间，全省水利部门共成立领导小组94个，召开动员大会149次，编印简报、信息79期，召开经验交流会18次，制订与水法规配套的规范性文件85件，查出水事违法案件1206件，大检查中处理465件。抽查阶段，全省水利部门共派出检查组98个356人，抽查308个单位，召开座谈会298次，走访531个单位，走访群众1915人。
（二）1995—1996年依法收费专项执法检查
1995年11月，省水利厅下发关于开展依法收费专项执法检查的通知，主要检查国家有关水利收费法律、法规、规章配套情况，以及各项水利行政事业性收费征收情况。1996年4—10月，在各市（地）自查基础上，省水利厅组织5个检查组，对全省17个市（地）进行检查，并抽查29个县（市、区）依法收费工作。经过依法收费专项执法检查，推动了全省依法收费工作。1996年、1997年全省收取水费、水资源费、河道工程维护管理费、河道采砂管理费、水保“两费”共63927万元和79969万元，分别比1995年增加2445万元和18487万元，增长4%和30%。
五、水事案件查处
1989年，全省各级水利部门共查处水事违法案件1206件，处理885件。1990年，全省各级水利部门共查处水事违法案件984件，罚款174605元，赔偿损失831970元，修复水利工程459处，挽回经济损失165.9万元。
1991—2000年，全省共发生水事违法案件20522件，查处19801件，结案率为96.5%。其中，公安司法部门处理1874件；水行政主管部门立案处理6654件，现场即时处理11273件。案件造成的直接经济损失3021.99万元。在水行政主管部门立案处理的案件中，管理相对人申请复议56件，其中维持原处理决定44件，改变原处理决定8件，撤销原处理决定4件；提起行政诉讼49件，其中胜诉48件，败诉1件；由司法强制执行1168件，采取行政强制措施617件，处理情况是刑事处罚194人，拘留1006人，警告2714人，罚款796万元，没收非法所得209.9万元，责令赔偿850.4万元，采取补救措施1804.9万元，追回款物合1660.8万元。
1991—2000年，全省共发生水事纠纷2978件，解决2904件，调处率为97.5%，其中，通过协商解决704件，调解解决855件，地方人民政府处理306件，水行政主管部门解决1002件，人民法院裁决32件，水利部流域机构处理5件，水事纠纷涉及标的物价值为3560.63万元。
2001—2005年，全省共查处各种水事案件15000余件，处理水事纠纷1600余起，挽回经济损失7000万元。
第二节 水行政执法
1988年9月，省政府要求各级水行政主管部门设立水政机构，配备水政人员，负责《水法》及有关水利法规执行，查处违法行为、调查处理水事纠纷等；省编委同意省水利厅增设水政处。
1989—2005年，为保障水法律、法规全面贯彻实施，山东省各级水利部门通过建立水行政执法体系，加强水政监察规范化建设，组建起一支组织严密、纪律严明、运行有力的执法队伍，依法查处水事违法案件，调处水事纠纷，做到“有法必依，执法必严，违法必究”，促进水利部门转变职能，依法行政，推动了全省水利事业的改革和发展。
一、水行政执法体系建设
1989年8月—1992年3月，经过试点、扩大试点、全面铺开三个步骤，全省在县以上水利部门组建了专职与兼职相结合、县乡村配套的水行政执法队伍。同时，建立水行政执法体系，促进水法规体系和水管理工作体系建设。
1989年6月，水利部要求建立水行政执法体系，组建专职与兼职相结合的水行政执法队伍，其任务是贯彻《水法》和其他水法规，维护水利秩序，发现和纠正各种违法行为，依法追究违法者的责任，并对下属水利部门或单位执法情况进行检查监督。
同年8月，水利部确定山东省龙口市、昌邑县为第一批试点单位。省水利厅成立水行政执法体系试点工作领导小组，厅长马驎担任组长；龙口市、昌邑县分别成立试点工作领导小组，印发试点方案。试点期间，两市、县共任命水政监察员116人，政府制订水规范性文件19件，查处水事违法案件17起，调处水事纠纷47起，水法规宣传覆盖率在90%以上。1990年4月，省水利厅组成验收小组，按照水利部要求，分别对龙口、昌邑试点工作进行验收。
1989年11月，省水行政执法体系试点工作领导小组确定再在每个市（地）选择一个县（市、区）开展水行政执法体系试点工作。1990年1月，省水利厅确定章丘、胶南、栖霞、莱州、诸城、桓台、肥城、曲阜、滕州、曹县、高唐、平邑、平原、广饶、无棣、荣成16个县（市）为试点单位，开展建立水行政执法体系试点工作。试点单位经过制定试点方案，清理和制定地方水规范性文件，选拔、培训、任命水政监察员，开展水法规宣传，查处水事违法案件，调处水事纠纷和总结验收等工作步骤，完成试点任务。省水行政执法体系试点工作领导小组对16县（市）试点工作进行验收，至8月底验收结束，全部合格。
1990年9月1日，省水利厅在济南召开全省水行政执法体系建设工作会议，总结交流第二批水行政执法体系试点工作经验，安排部署扩大试点和建立全省水行政执法体系工作。此次会议成为山东省水行政执法体系建设由小范围试点到扩大铺开的转折点，开始进入推广和展开阶段。同月，省水利厅印发《全省第二批水行政执法体系试点工作总结和下步扩大试点工作意见》，明确潍坊、济宁、烟台、青岛、菏泽、德州、日照7个市（地）水利局和83个（后改为91个）县（市、区）水利局为扩大试点单位，其余市（地）、县（市、区）在1991年开展水行政执法体系建设。
1991年1月，省水利厅召开全省水政工作会议，根据水利部提出年内建立起全国水行政执法体系要求，确定在5月底前完成扩大试点工作；对未列入扩大试点的9个市（地）和15个县（市、区），要求学习试点经验，立即开展建立水行政执法体系工作，争取9月底前完成；省水行政执法体系试点工作领导小组对市（地）建立水行政执法体系工作进行验收，市（地）水利局负责对所属县（市、区）验收。
1992年2月，省水利厅印发《厅机关及厅直单位水行政执法体系建设意见》，规定了各类水政监察人员的设置、职责、选拔考核和任免、培训上岗等事宜；明确水政监察人员代表水行政主管部门行使行政执法权，按照规定授权范围依法实施直接的水政监察。3月，水利部任命省水利厅厅长林廷生为水政监察专员。同月，省水利厅分别任命厅机关与厅直单位水政监察职务。至此，全省水行政执法体系全部建立。至年底，全省共有各类水政监察人员6435人，其中专职1065人，兼职5370人。
1994年10月，省水利厅下发通知，要求各市（地）确定试点单位，探讨水政监察队伍如何由专兼职结合向以专职为主过渡，由单纯查处违法案件向执法、管理、收费一体发展，以及省、市、县水政监察组织名称、职能、性质等。
1995年底，全省有40个县（市、区）建立水政监察大队，其中经编委批准的22个。全省收取水资源费18984万元，河道采砂管理费991万元，河道维护费2416万元，水保“两费”563万元，共22954万元。
二、水政监察规范化建设
1995年12月，水利部下发通知，决定用两年左右时间，加强水政监察规范化建设，使水政监察成为一支集监督检查、许可审批、依法收费于一体的专职执法队伍。1997年，省水利厅成立水政监察规范化建设领导小组，制定《山东省水政监察规范化建设实施方案》，确定淄博、菏泽、威海、烟台、德州、聊城6市（地），蓬莱、高密、胶州、郯城、无棣、莱西、济南市历城、梁山、宁阳、平原、曹县、荣成、垦利13县（市、区）和雪野水库、日照水库为省水利厅水政监察规范化建设联系点。当年7月，省编委批复同意省水利厅水政处增挂省水政监察总队牌子，12月，山东省水政监察总队成立。1998年，全省水政监察规范化建设基本完成。至2001年，全省共建有水政监察总队1个，支队17个，大队176个〔其中县（市、区）大队136个，支队直属大队40个〕 ； 执证上岗水政监察员5874人，其中专职2701人、兼职3173人。配备执法汽车152辆、摩托车166辆、摄像机60台、照相机151架、采访机88个、通信设备377件等。
三、水利公安机构
20世纪80年代，全省相继在一些重点水利工程和部分县水利局，建立水利公安派出机构，实行公安局和水利局双重领导。至1990年底，全省共建立水利公安机构88个，包括公安分局1个，公安科2个，公安派出所83个，治安办公室2个，共有公安干警431人。至2000年底，全省水利公安机构有75个，干警350人。
2002年10月，烟台市牟平区探索设立水务警务区，包括2名公安干警，配合巡查中队查办水事案件。2004年7月，省政府发布《山东省实施〈中华人民共和国河道管理条例〉办法》，明确规定，经省政府批准，大型河道和重要中型河道可以设立公安派出所，必要时可组织民兵警卫防守。自此，设置水利公安机构有了法规依据。至2005年，全省水利系统共建立水务警务区、治安办公室和公安派出所等水利与公安联合执法机构81个，有正式警员190余人，协警240余人，配备警车70余部。
四、执法检查
1988—1989年、1992年、1994年、1995—1996年、1997年，全省水利系统进行了5次执法检查。
（一）1988—1989年水行政执法检查
1988年9月，省七届人大常委会第五次会议做出《在全省进行执法大检查的决定》。11月初，省政府发出通知，要求省水利厅负责检查《水法》《河道管理条例》《山东省水利工程管理办法》执行情况。当月，省水利厅成立全省水利系统执法大检查领导小组，全省水利系统执法大检查开始，1989年4月结束。检查期间，全省水利部门共成立领导小组94个，召开动员大会149次，编印简报、信息79期，召开经验交流会18次，制订与水法规配套的规范性文件85件，查出水事违法案件1206件，大检查中处理465件。抽查阶段，全省水利部门共派出检查组98个356人，抽查308个单位，召开座谈会298次，走访531个单位，走访群众1915人。
（二）1995—1996年依法收费专项执法检查
1995年11月，省水利厅下发关于开展依法收费专项执法检查的通知，主要检查国家有关水利收费法律、法规、规章配套情况，以及各项水利行政事业性收费征收情况。1996年4—10月，在各市（地）自查基础上，省水利厅组织5个检查组，对全省17个市（地）进行检查，并抽查29个县（市、区）依法收费工作。经过依法收费专项执法检查，推动了全省依法收费工作。1996年、1997年全省收取水费、水资源费、河道工程维护管理费、河道采砂管理费、水保“两费”共63927万元和79969万元，分别比1995年增加2445万元和18487万元，增长4%和30%。
五、水事案件查处
1989年，全省各级水利部门共查处水事违法案件1206件，处理885件。1990年，全省各级水利部门共查处水事违法案件984件，罚款174605元，赔偿损失831970元，修复水利工程459处，挽回经济损失165.9万元。
1991—2000年，全省共发生水事违法案件20522件，查处19801件，结案率为96.5%。其中，公安司法部门处理1874件；水行政主管部门立案处理6654件，现场即时处理11273件。案件造成的直接经济损失3021.99万元。在水行政主管部门立案处理的案件中，管理相对人申请复议56件，其中维持原处理决定44件，改变原处理决定8件，撤销原处理决定4件；提起行政诉讼49件，其中胜诉48件，败诉1件；由司法强制执行1168件，采取行政强制措施617件，处理情况是刑事处罚194人，拘留1006人，警告2714人，罚款796万元，没收非法所得209.9万元，责令赔偿850.4万元，采取补救措施1804.9万元，追回款物合1660.8万元。
1991—2000年，全省共发生水事纠纷2978件，解决2904件，调处率为97.5%，其中，通过协商解决704件，调解解决855件，地方人民政府处理306件，水行政主管部门解决1002件，人民法院裁决32件，水利部流域机构处理5件，水事纠纷涉及标的物价值为3560.63万元。
2001—2005年，全省共查处各种水事案件15000余件，处理水事纠纷1600余起，挽回经济损失7000万元。