一、市（地）水利机构
1986—2005年，全省各市（地）水利（水产）局的水利业务由省水利厅指导，人事和财务归同级政府管理。
1986年，济南市、青岛市、枣庄市、东营市、烟台市、潍坊市、济宁市、惠民地区、德州地区、聊城地区、临沂地区、菏泽地区12个市（地）设有水利局，淄博市、泰安市2个市设有水利水产局。
1987年6月，威海市（县级）升格为地级市。11月，威海市政府成立威海市水利处（副县级事业单位），隶属威海市农林水委员会领导。1994年6月，更名为威海市水利局（正县级事业单位）。1996年3月，改为行政单位。
1989年6月，日照市（县级）升格为地级市。日照市水利部门改称日照市水利办公室，隶属市农业委员会。1993年，日照市水利办公室更名为日照市水利局（正县级）。
1993年1月，莱芜市（县级）升格为地级市。同年，莱芜市水利水产局更名为莱芜市水利水产综合服务公司，为正县级事业单位。1996年4月，莱芜市撤销市水利水产综合服务公司，组建市水利水产局。2001年4月，莱芜市水利水产局更名为莱芜市水利与渔业局。
2000年10月，泰安市水利水产局更名为泰安市水利与渔业局。2004年11月，更名为泰安市水利和渔业局。
2001年，淄博市水利水产局更名为淄博市水利与渔业局。
至2005年底，济南市、青岛市、枣庄市、东营市、烟台市、潍坊市、济宁市、威海市、日照市、临沂市、德州市、聊城市、滨州市、菏泽市14个市设有水利局，淄博市、泰安市、莱芜市3个市设有水利与（和）渔业局。
二、县（市、区）水利机构
1986年初，山东省共有124个县（市、区）水利局。“九五”时期，山东省推行水务体制改革。2000年1月，全省第一家水务局一周村区水务局挂牌成立。2005年，山东省共有139个县（市、区）水利（水务）局，其中74家为水务局。
三、乡（镇）水利（水保）站
1986年初，全省共有乡（镇）水利（水保）站1398个，职工8425人。
1988年后，山东省乡（镇）水利站经历了重大改革。1988年，莱芜市水利水产局在全省率先实行乡（镇）水利站下放到乡（镇）政府管理，与县水利局是业务关系，当年，约有50%水利站下放到乡（镇）。1993年，县、乡机构改革中有部分水利（水保）站转为公司和实体。至1994年，全省2394个乡镇建有水利（水保）站2184个，比机构改革前减少了217个；其中328个水利（水保）站被转为实体，全省乡镇水利（水保）站共有职工16759人。2000年，全省乡镇合并，部分乡镇水利（水保）站或撤或并。至2005年底，全省共有乡镇水利（水保）站1084个，人员7949人。
第二节 省以下水利管理机构
一、市（地）水利机构
1986—2005年，全省各市（地）水利（水产）局的水利业务由省水利厅指导，人事和财务归同级政府管理。
1986年，济南市、青岛市、枣庄市、东营市、烟台市、潍坊市、济宁市、惠民地区、德州地区、聊城地区、临沂地区、菏泽地区12个市（地）设有水利局，淄博市、泰安市2个市设有水利水产局。
1987年6月，威海市（县级）升格为地级市。11月，威海市政府成立威海市水利处（副县级事业单位），隶属威海市农林水委员会领导。1994年6月，更名为威海市水利局（正县级事业单位）。1996年3月，改为行政单位。
1989年6月，日照市（县级）升格为地级市。日照市水利部门改称日照市水利办公室，隶属市农业委员会。1993年，日照市水利办公室更名为日照市水利局（正县级）。
1993年1月，莱芜市（县级）升格为地级市。同年，莱芜市水利水产局更名为莱芜市水利水产综合服务公司，为正县级事业单位。1996年4月，莱芜市撤销市水利水产综合服务公司，组建市水利水产局。2001年4月，莱芜市水利水产局更名为莱芜市水利与渔业局。
2000年10月，泰安市水利水产局更名为泰安市水利与渔业局。2004年11月，更名为泰安市水利和渔业局。
2001年，淄博市水利水产局更名为淄博市水利与渔业局。
至2005年底，济南市、青岛市、枣庄市、东营市、烟台市、潍坊市、济宁市、威海市、日照市、临沂市、德州市、聊城市、滨州市、菏泽市14个市设有水利局，淄博市、泰安市、莱芜市3个市设有水利与（和）渔业局。
二、县（市、区）水利机构
1986年初，山东省共有124个县（市、区）水利局。“九五”时期，山东省推行水务体制改革。2000年1月，全省第一家水务局一周村区水务局挂牌成立。2005年，山东省共有139个县（市、区）水利（水务）局，其中74家为水务局。
三、乡（镇）水利（水保）站
1986年初，全省共有乡（镇）水利（水保）站1398个，职工8425人。
1988年后，山东省乡（镇）水利站经历了重大改革。1988年，莱芜市水利水产局在全省率先实行乡（镇）水利站下放到乡（镇）政府管理，与县水利局是业务关系，当年，约有50%水利站下放到乡（镇）。1993年，县、乡机构改革中有部分水利（水保）站转为公司和实体。至1994年，全省2394个乡镇建有水利（水保）站2184个，比机构改革前减少了217个；其中328个水利（水保）站被转为实体，全省乡镇水利（水保）站共有职工16759人。2000年，全省乡镇合并，部分乡镇水利（水保）站或撤或并。至2005年底，全省共有乡镇水利（水保）站1084个，人员7949人。