一、山东省水利厅
1986年初，省水利厅设有机关行政处室、机关事业单位和10个直属单位。厅机关及所属事业单位共有干部职工5713人，其中干部2666人，工人3047人。干部队伍中，行政编制110人，事业编制2556人；行政干部中，厅级干部6人，处级干部16人，科级干部24人，其他行政人员26人，专业技术人员38人。
1994年1月，按照机构改革中推进事业单位分类管理要求，省编委、省财政厅对省水利厅所属事业单位的管理类型进行划分认定，划分后事业单位分为全额预算管理、差额预算管理、自收自支、企业化经营四种类型。
1996年1月，根据省编委、省纪委、省监察厅通知，省水利厅为省纪委、省监察厅派驻纪检组、监察专员办公室的部门，单列行政编制4名。4月24日，省政府将山东省抗旱防汛指挥部更名为山东省人民政府防汛抗旱指挥部，指挥部办公室设在省水利厅。
6月，省政府在机构改革中批准保留省水利厅，内设办公室、人事劳动处、规划计划处、财务处、农村水利处（挂引黄办公室牌子）、水政处、建设处（挂移民办公室牌子）、科技教育处、水资源处、水土保持处、外经外事处、离退休干部处12个职能处室和机关党委。机关编制总额为150名，其中离退休干部工作人员编制15名（含工勤人员5名）。可配备厅长1名，副厅长4名，处级领导职数33名（含机关党委专职副书记1名）。省水利厅生活服务站改为厅机关服务中心，撤销省水利厅水土保持办公室及其所挂的省水土保持监督管理总站的牌子，收回15名事业编制，撤销省水利厅水资源办公室，收回10名事业编制。
2000年7月，省政府办公厅印发《山东省水利厅职能配置、内设机构和人员编制规定》，批准设置山东省水利厅，内设办公室、人事劳动处、规划计划处、财务处、农村水利处（挂引黄办公室牌子）、水政法规处（挂水政监察总队牌子）、建设处（挂移民办公室牌子）、科技与对外合作处、水资源处（挂节约用水办公室牌子）、水土保持处10个职能处室和离退休干部处、机关党委，机关行政编制82名，离退休干部工作人员编制21名。可配备厅长1名，副厅长4名，处级领导职数30名（含机关党委专职副书记1名），总工程师1名。
8月，省人事厅确定省水利厅设巡视员职位1个、助理巡视员职位1个、调研员职位5个、助理调研员职位10个。11月，省编委、省纪委、省监察厅通知，省水利厅为省纪委、省监察厅同时派驻纪检、监察机构的部门，单列行政编制3名。12月，省编办通知，省水利厅增加行政编制3名、处级职数1名，具体负责东平湖水库移民的宏观管理工作。省水利厅机关行政编制由82名增至85名，处级领导职数由30名增至31名。
1986—2005年山东省水利厅负责人任职情况一览表
表9-1
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┃ 姓 名 │ 职 务 │ 任职时间 ┃
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┃ 马 驎 │ 党组书记 │1983.01-1990.04 ┃
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┃ │ 厅 长 │1983.05-1990.04 ┃
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┃ 林廷生 │ 党组书记 │1990.04-1992.12 ┃
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┃ │ 厅 长 │1990.04-1993.01 ┃
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┃ 王玉柱 │ 党组书记 │1992.12-2000.01 ┃
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┃ │ 厅 长 │1993.01-2000.04 ┃
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┃ 宋继峰 │ 副厅长 │1992.12-2000.04 ┃
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┃ │ 党组书记 │2000.01- ┃
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┃ │ 厅 长 │2000.04- ┃
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┃ 胡广连 │ 副厅长 │1988.02-1998.06 ┃
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┃ │ 党组副书记 │1993.05-1998.06 ┃
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┃ │ 巡视员 │1998.06-2000.01 ┃
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┃ 韩修民 │ 副厅长 │1992.12-2002.02 ┃
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┃ │ 党组副书记 │2000.06-2002.01 ┃
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┃ │ 巡视员 │2002.02-2004.07 ┃
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┃ 李新华 │ 副厅长 │1997.12-2004.07 ┃
┃ ├──────────────────────┼─────────────────────┨
┃ │ 党组副书记 │2002.01-2004.06 ┃
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┃ │ 巡视员 │2004.07- ┃
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┃ 王守福 │ 副厅长 │1981.06-1992.12 ┃
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┃ │ 纪检组长 │1984.06-1987.02 ┃
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┃ 张同宗 │ 副厅长 │1981.10-1990.05 ┃
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┃ 孙贻让 │ 总工程师 │1982.05-1991.04 ┃
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┃ 孔昭铭 │ 顾 问 │1983.01-1988.02 ┃
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┃ 白永年 │ 副厅长 │1983.01-1992.08 ┃
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┃ 李兆新 │ 副厅长 │1983.12-1988.02 ┃
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┃ 宋天林 │ 顾 问 │1984.01-1986.01 ┃
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┃ 王景树 │ 纪检组长 │1987.02-1991.03 ┃
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┃ 邱 沛 │ 副厅长 │1990.05-1995.09 ┃
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┃ 汪 峡 │ 副厅长 │1990.05-2000.06 ┃
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┃ 刘承琳 │ 纪检组长 │1991.03-1993.09 ┃
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┃ │ 监察专员 │1991.08-1993.09 ┃
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┃ 戴同霞 │ 总工程师 │1991.04-1997.12 ┃
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┃ 牛家顺 │ 副厅长 │1992.12-1996.08 ┃
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┃ 范鹤臣 │ 纪检组长、监察专员 │1993.09-1995.09 ┃
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┃ 王佩璟 │ 纪检组长、监察专员 │1995.09-2000.06 ┃
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┃ 刘勇毅 │ 副厅长 │2000.06- ┃
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┃ 耿福明 │ 副厅长 │2000.07-2003.11 ┃
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┃ 梁振洋 │ 纪检组长 │2000.10- ┃
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┃ │ 监察专员 │2000.11- ┃
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┃ 王立民 │ 总工程师 │2000.11- ┃
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┃ 孙义福 │ 副厅长 │2003.01- ┃
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┃ 武轶群 │ 副厅长 │2004.07- ┃
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┃ 马承新 │ 副厅长 │2004.07- ┃
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┃ 曹金萍 │ 副厅长 │2005.12- ┃
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┃ 田焕美 │ 助理巡视员 │1998.06-2002.10 ┃
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┃ 程 枫 │ 助理巡视员 │1998.06-2000.06 ┃
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┃ 尚梦平 │ 助理巡视员 │2003.10- ┃
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2005年底，省水利厅全额预算管理事业单位有11个：省南水北调工程建设管理局、省淮河流域水利管理局、省海河流域水利管理局、山东水利职业学院、省水文水资源勘测局、省水利技术学院、省水利工程管理局、省人民政府防汛抗旱指挥部办公室、省水利厅外经项目办公室、省小清河管理局、省水利史志编辑室（未划分类型）。差额预算管理事业单位有7个：省引黄济青工程管理局、省水利物资管理站（省水利综合经营办公室）、省水利厅机关服务中心、省水利勘测设计院、省水利科学研究院、省水利厅幼儿园、省水利职工大学。自收自支事业单位2个，分别为省水利厅招待所、省水利职工疗养中心。
二、流域水利管理机构
为加强流域水利管理，山东省境内设有省淮河流域水利管理局、省海河流域水利管理局、省引黄济青工程管理局、省南水北调工程建设管理局、省小清河管理局等省水利厅派出流域机构。山东黄河河务局是黄委派驻山东省、负责山东省境内黄河防汛及涉河事务管理的专门机构（见《山东省志·黄河志》），本志不作记述。
（一）山东省淮河流域水利管理局
1986年，山东省治淮南四湖流域工程指挥部设有政治处、办公室、工务处、财务处、规划设计处，机关编制150名，实有171人。下属单位有安装队、疏浚队，实有733人。1988年8月，山东省治淮南四湖流域工程指部更名为山东省淮河流域工程局。1997年5月，省编办批复编制由152名增至156名。2000年10月，山东省淮河流域工程局更名为山东省淮河流域水利管理局。更名后，单位性质、机构规格、人员编制和隶属关系均不变，设办公室、政治处、建设管理处、规划设计院等处室群团机构。2005年底，在职人员151人，其中副厅级2人。
（二）山东省海河流域水利管理局
其前身是1985年成立的山东省海河流域治理指挥部。1994年8月，省编委批复同意山东省海河流域治理指挥部更名为山东省海河流域水利管理局。1997年5月，省编办批准编制由133名增至134名。1998年7月，省编办批准编制增至135名，其中副厅级2名。
（三）山东省引黄济青工程管理局
1985年12月，山东省引黄济青工程指挥部办公室成立，工程完成后改为山东省引黄济青管理局，列为事业单位，归省水利厅领导，暂定编制50名。1987年3月，省编委批复同意编制增至70名。1988年10月，省编委批复同意省引黄济青工程指挥部办公室加挂省引黄济青工程管理局牌子，同意省引黄济青系统各级指挥部办公室加挂引黄济青工程管理机构牌子，其机构建制级别、人员编制和隶属关系不变。1989年11月，省编委批准引黄济青工程管理机构编制，编制定额增至600名，内设机构有：办公室、政工处、调度运行处、工程处、计财物资处，下设惠民分局（下设博兴管理处）、东营管理处、潍坊分局（下设寿光管理处、寒亭管理处、昌邑管理处）、青岛分局（下设平度管理处、胶州管理处）。1991年7月，省编办批复省引黄济青管理局接受省打渔张引黄灌区管理局编制40人。9月，省编委核定人员编制总额1101名，其中干部编制518名。1992年8月，省编委批复同意东营管理处更名为东营分局。
2004年8月，省编委批复同意省引黄济青工程管理局承担胶东地区引黄调水工程建设管理职责，并受省政府委托，承担胶东地区引黄调水工程的项目法人职责。
至2005年底，工程管理机构有四级：省局，滨州、东营、潍坊、青岛4个分局，博兴、棘洪滩水库、寿光、寒亭、昌邑、平度、胶州7个管理处，高密、即墨2个管理所。
（四）山东省南水北调工程建设管理局
2003年8月设立，编制30名。内设办公室、建设管理处、政策法规处、水源保护处和计划财务处。为省水利厅代省政府管辖的正厅级财政拨款事业单位，负责山东境内南水北调工程建设管理、工程运行管理，以及研究解决南水北调工程重大技术问题、协调有关部门做好治污、征地、移民及文物保护等工作。2004年10月，省委同意建立中共山东省南水北调工程建设管理局委员会。
（五）山东省小清河管理局
前身为1996年12月成立的省小清河干流治理工程办公室。1997年11月，在省小清河干流治理办公室的基础上，组建省小清河管理局，为省水利厅所属全额预算管理的处级事业单位，编制35名。其主要职责是负责小清河各项工作，协助实施重大抗洪抢险，管理整修河道，查处水事违法案件，协调处理水事矛盾等职能。小清河沿线5市所辖10个县（市、区）中，除济南市槐荫区、天桥区和寿光市外，均成立小清河管理机构，小清河沿线县（市、区）的管理单位共13个。