一、指挥机构
省委、省政府十分重视和支持南水北调工程，1983年，在全国率先成立山东省南水北调领导小组及其办公室。1984年，成立南水北调京杭运河工程山东省指挥部，下设办公室和南四湖工程前线指挥部。2002年9月，省委、省政府成立山东省南水北调工程建设指挥部。
2003年4月，山东省南水北调工程建设指挥部印发《山东省南水北调工程建设管理暂行办法》，明确山东省南水北调工程建设指挥部负责整个工程的协调、指挥，山东省南水北调工程建设管理局作为项目法人单位，负责组织山东境内南水北调工程建设。山东境内南水北调工程建设主管部门为山东省水利厅，省指挥部各成员单位按照各自职能办理有关事宜。该办法还对省南水北调工程建设管理局的职责、前期工作管理、施工管理、计划财务管理、工程验收、稽查和审计等方面作出详细规定。
二、建管机构
2003年8月，省机构编制委员会设立山东省南水北调工程建设管理局（简称省南水北调局），统一负责山东省境内南水北调工程建设的管理、协调和工程建成后的运行管理工作。该局为省水利厅管理的正厅级财政拨款事业单位，同时撤销南水北调京杭运河工程山东省指挥部办公室处级事业单位建制。2004年8月，省机构编制委员会公布省南水北调局职能，明确省南水北调工程建设管理局为省南水北调工程建设指挥部的办事机构，其主要职责为：负责山东省境内工程建设的政策、法规的草拟，组织工程前期工作，负责配套工程建设的管理和南水北调工程建设资金的管理，协调配合有关部门做好节水、治污等社会层面的管理工作，承担省南水北调工程建设指挥部的日常工作等。
2004年7月，国务院南水北调工程建设委员会同意山东省政府提出的南水北调东线山东干线有限责任公司组建方案。同意成立南水北调东线山东干线有限责任公司（简称山东干线公司），作为项目法人负责南水北调东线一期工程山东省境内干线工程建设和运行管理，负责工程所需资金的筹措、使用和贷款偿还，承担授权范围内国有资产的保值、增值。同意山东干线公司在山东省工商行政管理局登记注册。二期工程追加中央、河北省和天津市投资后，山东干线公司改组为中央控股，山东省、河北省和天津市参股的南水北调东线干线有限责任公司，作为东线干线二期工程及三期工程的项目法人，负责东线干线二、三期工程建设和全部工程的运行管理。工程建设期间，工程建设行政管理职能由国务院南水北调工程建设委员会办公室（简称国调办）负责；对山东干线公司工程建设活动的部分行政监管工作，可由国调办委托省南水北调局实施。同意山东干线公司的治理结构，董事会、监事会和经理层按照公司法及有关规定组织。同意山东省政府提出的山东干线公司的组建安排，省南水北调局受省政府委托负责组建工作。在山东干线公司注册登记前，公司章程及公司机构需经国调办同意，公司董事会和经理层人选商国调办确定。先期开工组建的南水北调东线济平干渠工程原建设管理单位承担的有关项目建设管理职责，所签订合同的权力、义务、经济权益和债务，以及工程建设档案等均应在山东干线公司成立后移交。根据国务院南水北调建委会同意的《南水北调工程项目法人组建方案》，山东干线公司设立董事会和监事会，实行董事会领导下的总经理负责制，内部设置综合部、工程部、运营部、财务部4个职能部门。工程建设期间，拟设枣庄、济宁、泰安、济南、胶东、聊城、德州7个建设管理局。公司下设若干工程管理处（所），负责运营管理。山东干线公司的职责是：作为项目法人负责南水北调东线第一期工程山东省境内干线工程建设和运行管理，具体为筹措工程所需资金、偿还贷款，负责供水成本核算、供水水量的计量，负责水费的结算、使用和管理，负责骨干工程资产的保值、增值。各市管理局具体负责辖区内输水河道、泵站和控制性建筑物的管理。8月，受省政府委托，省南水北调局成立南水北调东线山东干线有限责任公司筹备领导小组，负责组织领导公司的筹建工作。9月，南水北调东线山东干线有限责任公司筹备领导小组成立山东省南水北调韩庄运河段工程建设处，下设工程组和质检组。同年12月，山东干线公司在省工商行政管理局办理工商登记注册，领取营业执照。山东干线公司为国有独资企业，经营范围为南水北调东线一期工程山东境内工程建设的组织实施和所需资金筹措、使用与偿还以及工程建成后的运行管理，工程范围内各种设施、水域、土地的综合开发和经营。
2005年6月，国调办同意在国调办设立南水北调工程山东质量监督站，负责南水北调东线山东境内主体工程的质量监督工作，具体组建和日常管理工作委托山东省南水北调局负责。
第三节 机构
一、指挥机构
省委、省政府十分重视和支持南水北调工程，1983年，在全国率先成立山东省南水北调领导小组及其办公室。1984年，成立南水北调京杭运河工程山东省指挥部，下设办公室和南四湖工程前线指挥部。2002年9月，省委、省政府成立山东省南水北调工程建设指挥部。
2003年4月，山东省南水北调工程建设指挥部印发《山东省南水北调工程建设管理暂行办法》，明确山东省南水北调工程建设指挥部负责整个工程的协调、指挥，山东省南水北调工程建设管理局作为项目法人单位，负责组织山东境内南水北调工程建设。山东境内南水北调工程建设主管部门为山东省水利厅，省指挥部各成员单位按照各自职能办理有关事宜。该办法还对省南水北调工程建设管理局的职责、前期工作管理、施工管理、计划财务管理、工程验收、稽查和审计等方面作出详细规定。
二、建管机构
2003年8月，省机构编制委员会设立山东省南水北调工程建设管理局（简称省南水北调局），统一负责山东省境内南水北调工程建设的管理、协调和工程建成后的运行管理工作。该局为省水利厅管理的正厅级财政拨款事业单位，同时撤销南水北调京杭运河工程山东省指挥部办公室处级事业单位建制。2004年8月，省机构编制委员会公布省南水北调局职能，明确省南水北调工程建设管理局为省南水北调工程建设指挥部的办事机构，其主要职责为：负责山东省境内工程建设的政策、法规的草拟，组织工程前期工作，负责配套工程建设的管理和南水北调工程建设资金的管理，协调配合有关部门做好节水、治污等社会层面的管理工作，承担省南水北调工程建设指挥部的日常工作等。
2004年7月，国务院南水北调工程建设委员会同意山东省政府提出的南水北调东线山东干线有限责任公司组建方案。同意成立南水北调东线山东干线有限责任公司（简称山东干线公司），作为项目法人负责南水北调东线一期工程山东省境内干线工程建设和运行管理，负责工程所需资金的筹措、使用和贷款偿还，承担授权范围内国有资产的保值、增值。同意山东干线公司在山东省工商行政管理局登记注册。二期工程追加中央、河北省和天津市投资后，山东干线公司改组为中央控股，山东省、河北省和天津市参股的南水北调东线干线有限责任公司，作为东线干线二期工程及三期工程的项目法人，负责东线干线二、三期工程建设和全部工程的运行管理。工程建设期间，工程建设行政管理职能由国务院南水北调工程建设委员会办公室（简称国调办）负责；对山东干线公司工程建设活动的部分行政监管工作，可由国调办委托省南水北调局实施。同意山东干线公司的治理结构，董事会、监事会和经理层按照公司法及有关规定组织。同意山东省政府提出的山东干线公司的组建安排，省南水北调局受省政府委托负责组建工作。在山东干线公司注册登记前，公司章程及公司机构需经国调办同意，公司董事会和经理层人选商国调办确定。先期开工组建的南水北调东线济平干渠工程原建设管理单位承担的有关项目建设管理职责，所签订合同的权力、义务、经济权益和债务，以及工程建设档案等均应在山东干线公司成立后移交。根据国务院南水北调建委会同意的《南水北调工程项目法人组建方案》，山东干线公司设立董事会和监事会，实行董事会领导下的总经理负责制，内部设置综合部、工程部、运营部、财务部4个职能部门。工程建设期间，拟设枣庄、济宁、泰安、济南、胶东、聊城、德州7个建设管理局。公司下设若干工程管理处（所），负责运营管理。山东干线公司的职责是：作为项目法人负责南水北调东线第一期工程山东省境内干线工程建设和运行管理，具体为筹措工程所需资金、偿还贷款，负责供水成本核算、供水水量的计量，负责水费的结算、使用和管理，负责骨干工程资产的保值、增值。各市管理局具体负责辖区内输水河道、泵站和控制性建筑物的管理。8月，受省政府委托，省南水北调局成立南水北调东线山东干线有限责任公司筹备领导小组，负责组织领导公司的筹建工作。9月，南水北调东线山东干线有限责任公司筹备领导小组成立山东省南水北调韩庄运河段工程建设处，下设工程组和质检组。同年12月，山东干线公司在省工商行政管理局办理工商登记注册，领取营业执照。山东干线公司为国有独资企业，经营范围为南水北调东线一期工程山东境内工程建设的组织实施和所需资金筹措、使用与偿还以及工程建成后的运行管理，工程范围内各种设施、水域、土地的综合开发和经营。
2005年6月，国调办同意在国调办设立南水北调工程山东质量监督站，负责南水北调东线山东境内主体工程的质量监督工作，具体组建和日常管理工作委托山东省南水北调局负责。