现存的孔府档案，起自明嘉靖十三年(1534年)，迄于1937年，总数20余万件。中华人民共和国成立后，曲阜市文物管理委员会在国家档案馆专家指导下，系统整理了全部档案，并归类编号，成9000余卷。均藏于曲阜市文物管理委员会孔府文物档案馆。
曲阜县官吏里老乡民邻佑人等保举孔承业继任曲阜世职知县 明嘉靖二十四年（1545年）。纵74厘米，横55厘米。共15件，内容为联名保举孔承业任曲阜知县。
六十五代衍圣公孔胤植咨请礼部依例题授长子兴燮二品冠服档 明崇祯十七年（1644年）。纵74厘米，横55厘米。所述为崇祯十七年衍圣公孔胤植奏请礼部依据明代则例为长子孔兴燮题授二品官服一事。
关于选补曲阜世职知县催办考试给凭手续 明崇祯一年至十一年（1628—1638年）。纵78.7厘米，横54.3厘米。内容为关于选补曲阜世职知县催办考试给凭手续。
衍圣公府在兖州府属境内购置祭田房宅纠纷档 明崇祯八年至十二年（1635—1639年）。纵80.5厘米，横55.5厘米。内容为衍圣公府在兖州府属境内购置祭田、房宅等纠纷档。共11件，其中包括衍圣公府行按院为刁徒谎状叠诬肆诈恳审肃法儆奸以清世道等事档、衍圣公府行兖东道据鲁桥看房地佃户赵加祥呈曹士望等恃强侵占官房官地请究治档等。
徐沛滕峄四县地方衙役妄扳三界湾祭田屯户杂差给批保护档 明。纵79.3厘米，横34.9厘米。所述为明崇祯十一年（1638年）三界湾祭田户头张九皋及十二佃户所呈徐沛滕峄四县衙役妄扳杂差等情，合行给批，收执照旧。
选补孔庙奎文阁典籍官档 清康熙五十八年至六十一年（1719—1722年）。纵55.2厘米，横48.7厘米。共18件。
同治帝登极颁诏誊黄档 清咸丰十一年（1861年）。纵56厘米，横49.5厘米。共15件。
同治帝崩逝立醇亲王之子载湉入承大统两宫太后垂帘听政关诏谕抄单 清同治十三年至清光绪元年（1874—1875年）。纵25.6厘米，横10.5厘米。共10件。
第四节 孔府档案
现存的孔府档案，起自明嘉靖十三年(1534年)，迄于1937年，总数20余万件。中华人民共和国成立后，曲阜市文物管理委员会在国家档案馆专家指导下，系统整理了全部档案，并归类编号，成9000余卷。均藏于曲阜市文物管理委员会孔府文物档案馆。
曲阜县官吏里老乡民邻佑人等保举孔承业继任曲阜世职知县 明嘉靖二十四年（1545年）。纵74厘米，横55厘米。共15件，内容为联名保举孔承业任曲阜知县。
六十五代衍圣公孔胤植咨请礼部依例题授长子兴燮二品冠服档 明崇祯十七年（1644年）。纵74厘米，横55厘米。所述为崇祯十七年衍圣公孔胤植奏请礼部依据明代则例为长子孔兴燮题授二品官服一事。
关于选补曲阜世职知县催办考试给凭手续 明崇祯一年至十一年（1628—1638年）。纵78.7厘米，横54.3厘米。内容为关于选补曲阜世职知县催办考试给凭手续。
衍圣公府在兖州府属境内购置祭田房宅纠纷档 明崇祯八年至十二年（1635—1639年）。纵80.5厘米，横55.5厘米。内容为衍圣公府在兖州府属境内购置祭田、房宅等纠纷档。共11件，其中包括衍圣公府行按院为刁徒谎状叠诬肆诈恳审肃法儆奸以清世道等事档、衍圣公府行兖东道据鲁桥看房地佃户赵加祥呈曹士望等恃强侵占官房官地请究治档等。
徐沛滕峄四县地方衙役妄扳三界湾祭田屯户杂差给批保护档 明。纵79.3厘米，横34.9厘米。所述为明崇祯十一年（1638年）三界湾祭田户头张九皋及十二佃户所呈徐沛滕峄四县衙役妄扳杂差等情，合行给批，收执照旧。
选补孔庙奎文阁典籍官档 清康熙五十八年至六十一年（1719—1722年）。纵55.2厘米，横48.7厘米。共18件。
同治帝登极颁诏誊黄档 清咸丰十一年（1861年）。纵56厘米，横49.5厘米。共15件。
同治帝崩逝立醇亲王之子载湉入承大统两宫太后垂帘听政关诏谕抄单 清同治十三年至清光绪元年（1874—1875年）。纵25.6厘米，横10.5厘米。共10件。