从发掘工作的目的或能动性区分，考古发掘可分为配合工程建设、保护性和课题性三类。配合基本建设的考古发掘是田野考古工作的主线和重头戏。1991—2005年，全省共进行230多项发掘，发掘面积约17.2万平方米，其中，基本建设中的考古发掘占80%，主动性和抢救性发掘分别占11%、9%。
一、配合基本建设的考古发掘
配合基本建设的考古发掘主要围绕高速公路、铁路、南水北调东线工程等国家大型线性工程展开，也有少量是配合地方公路改造、连接线及工业建设、城市改造等项目。这些国家大型工程很多穿越古文化发达区，涉及大量遗址和墓地，尤其是大量取土场，多选择地势高亢处，往往为遗址或墓地所在地，而取土场对文物点的破坏是彻底性的，因此文物抢救保护压力较大，常见一个取土场发掘出数百座甚至上千座墓葬的情形。这些工作主要由省级文物专业研究机构承担，联合发掘项目所在地的文博业务单位工作人员进行。1991—2005年，配合大型工程的发掘项目有150余个，发掘面积约13.8万平方米，清理各时期墓葬7000多座，其中大部分为汉代墓葬，抢救保护了大量国家文物。
从发展历程来看，配合基本建设工程的发掘工作以1997年为分界点，可划分为两个阶段。
1991—1996年为第一阶段，属平缓期。发掘点有20多个，发掘工作量不大，发掘面积各年度不平衡，除1993年、1995年两年发掘面积超过3000平方米外，其余年份多者1000余平方米，少者发掘点仅1个，发掘面积仅数百平方米。国家大型工程主要是京九铁路和济南—德州高速公路两条线路建设，这两条线路穿越鲁西北、鲁西及鲁西南地区，该区域为黄泛区，地表淤积严重，发现文物点少，发掘工作量也少。配合地方公路建设、城市建设及旅游开发项目做了一些工作，虽然工程规模小，却占压了重要遗址或墓地，大规模的发掘取得重要收获。为配合济宁—枣庄的公路建设，1992—1993年，枣庄建新遗址大规模发掘，发现一批大汶口文化中晚期房基和墓葬，为大汶口文化聚落研究增添了新资料；广饶傅家大汶口墓地的发掘是配合潍高公路拓宽工程，发现数百座大汶口文化中期墓葬，其中39号墓葬的头骨是中国所见最早开颅手术的实例，证明在5000年前中国古人成功实施了开颅手术；在配合阳谷景阳冈旅游开发项目建设中，发现鲁西地区第一座大规模的龙山文化城址；在淄博临淄办公中心建设中，清理6座大规模战国大墓。
1997—2005年为第二阶段，属爆发期。发展趋势方面，自1997年起，发掘项目数量和发掘面积较以往年份剧增。9年发掘项目达到130多项，总发掘面积12.5万平方米，平均每年开展10余项，年均发掘面积约合1.4万平方米。年均发掘工作量，约是第一阶段的4～5倍。9年呈现波折式发展上升趋势，发掘面积的变化折线高低错落，形成1997年、1999年、2001—2002年、2005年4个发掘高峰及1998年、2000年、2003—2004年3个低谷期。年度发掘项目一般10余项，多者达二三十项，发掘面积除1998年、2000年、2003年每年不足1万平方米外，其余6年年均突破1万平方米，其中2001年、2005年超过2万平方米，分别创山东考古史上年发掘面积新纪录。除省级专业考古机构外，各市（地）考古队伍也开始独自承担大量的发掘任务，尤其是配合城市建设的城市考古工作迅速开展起来，主要集中在济南市、淄博市临淄区、烟台市。
这一时期，开展了配合潍莱高速、京福高速、京沪高速、日东高速、东营—红花埠高速、滨博高速、济青高速南线、济菏高速、同三高速、烟潍高速、荣乌高速等 10多条高速公路的考古发掘工作，进行了67个发掘项目，发掘面积约7.3万平方米；配合铁路工程有京九线、焦兖石铁路复线、大莱龙铁路和胶济铁路电气化改造、胶州—新沂5条线路，进行了约25个发掘项目，清理面积1.6万多平方米；配合南水北调济平干渠工程建设，完成3个项目约6000平方米发掘任务；还有地方公路、电厂、工业园区、旧城改造房地产开发、城市道路等建设工程，进行40多个项目，发掘面积约4.1万平方米，这些项目多为地方建设或市政工程，多数由地方的考古专业队伍完成。
在建设工程中的大量发掘取得了重要收获。清理大汶口文化墓葬400多座，龙山文化墓葬近100座，西周墓葬几十座，东周墓葬500多座，其中“甲”字形和“中”字形大中型东周墓葬20余座，汉代墓葬4500多座，隋唐、宋元明清时期的墓葬数百座。还发现有龙山文化时期城址及多座东周时期环壕聚落。汉代墓葬主要集中发现于京福高速沿线的滕州、曲阜、兖州，日东高速沿线的费县，胶新铁路沿线的五莲、沂南、郯城，同三高速沿线的日照、胶南、胶州及烟潍高速沿线的莱州等地区。胶新铁路及同三高速南北向占压鲁东南及沿海地区多个大中型土墩式汉代封土家族墓地，为认识这类墓葬结构及埋葬形式提供了宝贵资料，突破了以往对山东地区汉代中小型墓地的认识。在配合基本建设的考古工作中，章丘西河遗址、日照海曲墓地、临沂洗砚池晋墓被国家文物局评为年度“全国十大考古新发现”。章丘西河遗址是1997年在配合省道106拓宽工程中的发掘项目，发现后李文化时期19座保存较好的房基，出土一大批陶器、石器等，是后李文化发现保存最好的一批居住址资料。日照海曲墓地是2002年配合同三高速公路的发掘项目，共清理184座西汉—魏晋墓葬，出土文物1万多件，有精美的500件漆木器和大量丝织品，其数量之多、保存之好为山东考古史上前所未有，为北方地区所罕见，为汉代漆器制造业和纺织手工业工艺水平的研究提供了极为重要的实物资料。临沂洗砚池晋墓在王羲之故居公园改造中发现，两座墓，其中1号墓为双室墓葬，为山东地区已发掘汉晋大中型砖室墓中保存最完整的一座，也是山东地区已发掘大中型砖室墓葬中唯一一座未被盗掘的墓葬，出土了丰富精美的随葬品，非常少见。
二、抢救性考古发掘
抢救性考古发掘指因盗掘、工农业生产及自然原因等各种因素突然发现文物，并且受到不同程度破坏或面临进一步破坏甚至毁损的危险，需文物部门紧急抢救保护。大多数情况为突发性，相对于配合基本建设和主动性考古而言，缺乏预知和主动计划，显示出更多紧迫性。该类发掘较重要或规模较大的工作，主要由省级考古专业机构承担，小型抢救保护则主要由市（地）、县（市、区）文物部门负责实施。地方承担的零星抢救性发掘数量较多，发掘面积难以统计。1991—2005年，省和市级考古机构开展的重要抢救发掘项目约28个，发掘面积1.58万多平方米。各年份发掘面积不均衡，少的年份仅有一个项目或没有，发掘面积仅数百平方米，多的年份发掘大片公共墓地或大型墓葬，其中1999年发掘面积突破5000平方米。
抢救性考古发掘往往有重要考古发现。在上述28个项目中，共发掘23座墓地，3处史前遗址，2处佛教遗存。古代大型墓葬是抢救的重要对象，受盗掘威胁最大。抢救的商周墓葬主要有滕州前掌大的几十座贵族墓葬、多座车马坑及海阳嘴子前春秋木结构贵族墓葬，出土包括青铜器在内的大量精美随葬品。抢救发掘汉代墓葬是最主要的工作内容，共清理13座汉代大型墓葬，其中有长清双乳山、任城肖王庄、济南危山、济南洛庄、苍山金山汉墓等诸侯王级的墓葬，有曲阜防山、济宁回民小学、邹城庙东村、昌乐曲村、台儿庄桥上墓葬等相当于诸侯王或列侯的高等级墓葬。虽然这些汉代大型墓葬基本都被盗掘一空，但由于其等级较高，在残存为数不多的随葬品中也不乏文物精品，济南洛庄汉墓陪葬坑、祭祀坑中出土包括编钟在内的大量青铜器；长清双乳山发现保存完好的诸侯王墓，出土2000多件精美文物；汶上太子灵踪塔地宫和青州龙兴寺窖藏两处佛教遗存的发现备受关注。其中，汶上太子灵踪塔地宫内出土佛牙、舍利等佛教文物141件，青州龙兴寺窖藏埋藏有北魏、东魏、北齐至隋、唐、北宋时期各类佛教造像400余尊，是迄今中国发现数量最多的窖藏佛教造像群。
三、主动性考古发掘
主动性考古发掘包括文物保护单位“四有”工作、课题性、学生实习、田野技术培训等其他有关有明确学术目标的工作，主要由国家、省级考古科研机构及有关高校实施。1991—2005年，共开展40多项（次）发掘工作，总发掘面积约1.9万平方米。1997年前，配合基本建设的总体任务不重，主动性发掘项目每年1～5个不等，年度发掘面积起伏变化较大，最少的1992年、1994年为400平方米；1996年，因淄博市文物部门在桓台县进行了大量发掘工作，发掘面积达到3700平方米。这期间的发掘多是山东大学学生实习和省考古研究所针对大遗址的“四有”工作，另有少量国家文物局领队培训班及中国社科院考古所开展的课题性发掘工作。1997年起，随着配合基本建设考古工作的剧增，1997—1998年连续两年主动性发掘工作暂停，进入低谷期。1999年起，北京大学、山东大学及省文物考古研究所基于各自学术目标，重启主动性考古发掘工作，2000—2001年达到一个小高潮，并持续5年，参加发掘的人员、机构增加，多个持续多年且有影响的合作项目纷纷启动。中国社科院考古所山东队启动茌平教场铺的发掘工作；北京大学和省文物考古研究所联合，开始临淄桐林遗址连续5年的合作工作，并在2003年、2005年，承担两期国家文物局田野考古培训班教学实习任务；山东大学与美国有关机构合作开启两城镇遗址发掘；省文物考古研究所与瑞士苏黎世大学合作发掘临朐白龙寺遗址。2001—2005年，有明确学术目标的中外、国内合作项目纷纷启动。2004—2005年，上述各项合作项目田野考古工作皆告一段落。
主动性考古发掘工作量不大，发掘面积仅占配合基本建设项目的七分 之一，但学术收获丰厚，影响深远。（1）多处大遗址考古工作延续数年，为深入了解遗址内涵及价值提供了重要实物资料，也为研究大遗址所反映的古代社会的历史状况带来突破性认识。邹平丁公、临淄桐林、章丘城子崖、日照两城镇、五莲丹土、茌平教场铺、滕州庄里西等遗址都是龙山文化时期区域性聚落中心，通过连续多年的考古工作，除日照两城镇遗址被确认为超大型环壕聚落外，其他遗址都被证实为龙山文化城址，其价值和意义得到进一步提升，为研究海岱地区龙山文化时期社会结构基本状况提供了突破性资料。（2）多个项目采取国内联合或国内外合作等不同工作模式，秉持先进的学术理念，采用科学的工作方法，不仅项目本身取得重要收获，而且对未来田野考古工作及考古学研究均产生深远影响。临淄桐林遗址和日照两城镇遗址的田野考古工作，分别是国内、国际合作的典型范例，是聚落考古思想在山东地区的成功实践。在桐林遗址田野考古多年实践基础上，北京大学考古文博学院主持修改了国家文物局《田野考古操作规程》，桐林遗址是新版《田野考古操作规程》的先行体验者和试验田，为21世纪全国田野考古工作开展提供了成功范例。两城镇遗址发掘工作由山东大学与耶鲁大学联合进行，是中华人民共和国成立后国家批准的第一个中外合作发掘项目。该项目在发掘理念、田野操作方法上都比较新颖，在双方多年磨合中，也总结出适合中国聚落考古的成功经验和方法，多学科合作理念在该遗址研究上取得许多重要成果，引领了中国现代田野考古发展的新方向。
第二节 考古发掘
从发掘工作的目的或能动性区分，考古发掘可分为配合工程建设、保护性和课题性三类。配合基本建设的考古发掘是田野考古工作的主线和重头戏。1991—2005年，全省共进行230多项发掘，发掘面积约17.2万平方米，其中，基本建设中的考古发掘占80%，主动性和抢救性发掘分别占11%、9%。
一、配合基本建设的考古发掘
配合基本建设的考古发掘主要围绕高速公路、铁路、南水北调东线工程等国家大型线性工程展开，也有少量是配合地方公路改造、连接线及工业建设、城市改造等项目。这些国家大型工程很多穿越古文化发达区，涉及大量遗址和墓地，尤其是大量取土场，多选择地势高亢处，往往为遗址或墓地所在地，而取土场对文物点的破坏是彻底性的，因此文物抢救保护压力较大，常见一个取土场发掘出数百座甚至上千座墓葬的情形。这些工作主要由省级文物专业研究机构承担，联合发掘项目所在地的文博业务单位工作人员进行。1991—2005年，配合大型工程的发掘项目有150余个，发掘面积约13.8万平方米，清理各时期墓葬7000多座，其中大部分为汉代墓葬，抢救保护了大量国家文物。
从发展历程来看，配合基本建设工程的发掘工作以1997年为分界点，可划分为两个阶段。
1991—1996年为第一阶段，属平缓期。发掘点有20多个，发掘工作量不大，发掘面积各年度不平衡，除1993年、1995年两年发掘面积超过3000平方米外，其余年份多者1000余平方米，少者发掘点仅1个，发掘面积仅数百平方米。国家大型工程主要是京九铁路和济南—德州高速公路两条线路建设，这两条线路穿越鲁西北、鲁西及鲁西南地区，该区域为黄泛区，地表淤积严重，发现文物点少，发掘工作量也少。配合地方公路建设、城市建设及旅游开发项目做了一些工作，虽然工程规模小，却占压了重要遗址或墓地，大规模的发掘取得重要收获。为配合济宁—枣庄的公路建设，1992—1993年，枣庄建新遗址大规模发掘，发现一批大汶口文化中晚期房基和墓葬，为大汶口文化聚落研究增添了新资料；广饶傅家大汶口墓地的发掘是配合潍高公路拓宽工程，发现数百座大汶口文化中期墓葬，其中39号墓葬的头骨是中国所见最早开颅手术的实例，证明在5000年前中国古人成功实施了开颅手术；在配合阳谷景阳冈旅游开发项目建设中，发现鲁西地区第一座大规模的龙山文化城址；在淄博临淄办公中心建设中，清理6座大规模战国大墓。
1997—2005年为第二阶段，属爆发期。发展趋势方面，自1997年起，发掘项目数量和发掘面积较以往年份剧增。9年发掘项目达到130多项，总发掘面积12.5万平方米，平均每年开展10余项，年均发掘面积约合1.4万平方米。年均发掘工作量，约是第一阶段的4～5倍。9年呈现波折式发展上升趋势，发掘面积的变化折线高低错落，形成1997年、1999年、2001—2002年、2005年4个发掘高峰及1998年、2000年、2003—2004年3个低谷期。年度发掘项目一般10余项，多者达二三十项，发掘面积除1998年、2000年、2003年每年不足1万平方米外，其余6年年均突破1万平方米，其中2001年、2005年超过2万平方米，分别创山东考古史上年发掘面积新纪录。除省级专业考古机构外，各市（地）考古队伍也开始独自承担大量的发掘任务，尤其是配合城市建设的城市考古工作迅速开展起来，主要集中在济南市、淄博市临淄区、烟台市。
这一时期，开展了配合潍莱高速、京福高速、京沪高速、日东高速、东营—红花埠高速、滨博高速、济青高速南线、济菏高速、同三高速、烟潍高速、荣乌高速等 10多条高速公路的考古发掘工作，进行了67个发掘项目，发掘面积约7.3万平方米；配合铁路工程有京九线、焦兖石铁路复线、大莱龙铁路和胶济铁路电气化改造、胶州—新沂5条线路，进行了约25个发掘项目，清理面积1.6万多平方米；配合南水北调济平干渠工程建设，完成3个项目约6000平方米发掘任务；还有地方公路、电厂、工业园区、旧城改造房地产开发、城市道路等建设工程，进行40多个项目，发掘面积约4.1万平方米，这些项目多为地方建设或市政工程，多数由地方的考古专业队伍完成。
在建设工程中的大量发掘取得了重要收获。清理大汶口文化墓葬400多座，龙山文化墓葬近100座，西周墓葬几十座，东周墓葬500多座，其中“甲”字形和“中”字形大中型东周墓葬20余座，汉代墓葬4500多座，隋唐、宋元明清时期的墓葬数百座。还发现有龙山文化时期城址及多座东周时期环壕聚落。汉代墓葬主要集中发现于京福高速沿线的滕州、曲阜、兖州，日东高速沿线的费县，胶新铁路沿线的五莲、沂南、郯城，同三高速沿线的日照、胶南、胶州及烟潍高速沿线的莱州等地区。胶新铁路及同三高速南北向占压鲁东南及沿海地区多个大中型土墩式汉代封土家族墓地，为认识这类墓葬结构及埋葬形式提供了宝贵资料，突破了以往对山东地区汉代中小型墓地的认识。在配合基本建设的考古工作中，章丘西河遗址、日照海曲墓地、临沂洗砚池晋墓被国家文物局评为年度“全国十大考古新发现”。章丘西河遗址是1997年在配合省道106拓宽工程中的发掘项目，发现后李文化时期19座保存较好的房基，出土一大批陶器、石器等，是后李文化发现保存最好的一批居住址资料。日照海曲墓地是2002年配合同三高速公路的发掘项目，共清理184座西汉—魏晋墓葬，出土文物1万多件，有精美的500件漆木器和大量丝织品，其数量之多、保存之好为山东考古史上前所未有，为北方地区所罕见，为汉代漆器制造业和纺织手工业工艺水平的研究提供了极为重要的实物资料。临沂洗砚池晋墓在王羲之故居公园改造中发现，两座墓，其中1号墓为双室墓葬，为山东地区已发掘汉晋大中型砖室墓中保存最完整的一座，也是山东地区已发掘大中型砖室墓葬中唯一一座未被盗掘的墓葬，出土了丰富精美的随葬品，非常少见。
二、抢救性考古发掘
抢救性考古发掘指因盗掘、工农业生产及自然原因等各种因素突然发现文物，并且受到不同程度破坏或面临进一步破坏甚至毁损的危险，需文物部门紧急抢救保护。大多数情况为突发性，相对于配合基本建设和主动性考古而言，缺乏预知和主动计划，显示出更多紧迫性。该类发掘较重要或规模较大的工作，主要由省级考古专业机构承担，小型抢救保护则主要由市（地）、县（市、区）文物部门负责实施。地方承担的零星抢救性发掘数量较多，发掘面积难以统计。1991—2005年，省和市级考古机构开展的重要抢救发掘项目约28个，发掘面积1.58万多平方米。各年份发掘面积不均衡，少的年份仅有一个项目或没有，发掘面积仅数百平方米，多的年份发掘大片公共墓地或大型墓葬，其中1999年发掘面积突破5000平方米。
抢救性考古发掘往往有重要考古发现。在上述28个项目中，共发掘23座墓地，3处史前遗址，2处佛教遗存。古代大型墓葬是抢救的重要对象，受盗掘威胁最大。抢救的商周墓葬主要有滕州前掌大的几十座贵族墓葬、多座车马坑及海阳嘴子前春秋木结构贵族墓葬，出土包括青铜器在内的大量精美随葬品。抢救发掘汉代墓葬是最主要的工作内容，共清理13座汉代大型墓葬，其中有长清双乳山、任城肖王庄、济南危山、济南洛庄、苍山金山汉墓等诸侯王级的墓葬，有曲阜防山、济宁回民小学、邹城庙东村、昌乐曲村、台儿庄桥上墓葬等相当于诸侯王或列侯的高等级墓葬。虽然这些汉代大型墓葬基本都被盗掘一空，但由于其等级较高，在残存为数不多的随葬品中也不乏文物精品，济南洛庄汉墓陪葬坑、祭祀坑中出土包括编钟在内的大量青铜器；长清双乳山发现保存完好的诸侯王墓，出土2000多件精美文物；汶上太子灵踪塔地宫和青州龙兴寺窖藏两处佛教遗存的发现备受关注。其中，汶上太子灵踪塔地宫内出土佛牙、舍利等佛教文物141件，青州龙兴寺窖藏埋藏有北魏、东魏、北齐至隋、唐、北宋时期各类佛教造像400余尊，是迄今中国发现数量最多的窖藏佛教造像群。
三、主动性考古发掘
主动性考古发掘包括文物保护单位“四有”工作、课题性、学生实习、田野技术培训等其他有关有明确学术目标的工作，主要由国家、省级考古科研机构及有关高校实施。1991—2005年，共开展40多项（次）发掘工作，总发掘面积约1.9万平方米。1997年前，配合基本建设的总体任务不重，主动性发掘项目每年1～5个不等，年度发掘面积起伏变化较大，最少的1992年、1994年为400平方米；1996年，因淄博市文物部门在桓台县进行了大量发掘工作，发掘面积达到3700平方米。这期间的发掘多是山东大学学生实习和省考古研究所针对大遗址的“四有”工作，另有少量国家文物局领队培训班及中国社科院考古所开展的课题性发掘工作。1997年起，随着配合基本建设考古工作的剧增，1997—1998年连续两年主动性发掘工作暂停，进入低谷期。1999年起，北京大学、山东大学及省文物考古研究所基于各自学术目标，重启主动性考古发掘工作，2000—2001年达到一个小高潮，并持续5年，参加发掘的人员、机构增加，多个持续多年且有影响的合作项目纷纷启动。中国社科院考古所山东队启动茌平教场铺的发掘工作；北京大学和省文物考古研究所联合，开始临淄桐林遗址连续5年的合作工作，并在2003年、2005年，承担两期国家文物局田野考古培训班教学实习任务；山东大学与美国有关机构合作开启两城镇遗址发掘；省文物考古研究所与瑞士苏黎世大学合作发掘临朐白龙寺遗址。2001—2005年，有明确学术目标的中外、国内合作项目纷纷启动。2004—2005年，上述各项合作项目田野考古工作皆告一段落。
主动性考古发掘工作量不大，发掘面积仅占配合基本建设项目的七分 之一，但学术收获丰厚，影响深远。（1）多处大遗址考古工作延续数年，为深入了解遗址内涵及价值提供了重要实物资料，也为研究大遗址所反映的古代社会的历史状况带来突破性认识。邹平丁公、临淄桐林、章丘城子崖、日照两城镇、五莲丹土、茌平教场铺、滕州庄里西等遗址都是龙山文化时期区域性聚落中心，通过连续多年的考古工作，除日照两城镇遗址被确认为超大型环壕聚落外，其他遗址都被证实为龙山文化城址，其价值和意义得到进一步提升，为研究海岱地区龙山文化时期社会结构基本状况提供了突破性资料。（2）多个项目采取国内联合或国内外合作等不同工作模式，秉持先进的学术理念，采用科学的工作方法，不仅项目本身取得重要收获，而且对未来田野考古工作及考古学研究均产生深远影响。临淄桐林遗址和日照两城镇遗址的田野考古工作，分别是国内、国际合作的典型范例，是聚落考古思想在山东地区的成功实践。在桐林遗址田野考古多年实践基础上，北京大学考古文博学院主持修改了国家文物局《田野考古操作规程》，桐林遗址是新版《田野考古操作规程》的先行体验者和试验田，为21世纪全国田野考古工作开展提供了成功范例。两城镇遗址发掘工作由山东大学与耶鲁大学联合进行，是中华人民共和国成立后国家批准的第一个中外合作发掘项目。该项目在发掘理念、田野操作方法上都比较新颖，在双方多年磨合中，也总结出适合中国聚落考古的成功经验和方法，多学科合作理念在该遗址研究上取得许多重要成果，引领了中国现代田野考古发展的新方向。