按照《中华人民共和国文物保护法》有关规定，国务院和省、市、县三级人民政府可以选择核定公布全国重点及省、市、县级文物保护单位。其他不可移动文物由县级人民政府文物行政部门予以登记并公布。
一、文物保护单位
截至2005年底，山东省有全国重点文物保护单位51处。其中，1996年11月山东省有9处列入第四批全国重点文物保护单位。2001年6月山东省有15处列入第五批全国重点文物保护单位，其中包括世界遗产齐长城。2006年5月，孟林（战国至汉、邹城市）与第三批全国重点文物保护单位孟庙及孟府合并为“孟庙、孟府和孟林”，列入第六批全国重点文物保护单位，葛山和峄山摩崖（南北朝、邹城市）归入第三批全国重点文物保护单位铁山、岗山摩崖石刻，青岛德国建筑群（近代、青岛市）归入第四批全国重点文物保护单位青岛德国建筑。
截至2005年底，省级文物保护单位有397处。其中，1992年公布第二批山东省文物保护单位251处。2004年开始组织推荐第三批山东省文物保护单位。1999年、2003年省建设厅、省文化厅公布两批山东省历史优秀建筑，其中第一批345处，第二批28处。
市、县级文物保护单位的公布已经形成制度。截至2005年底，市、县级文物保护单位达到4734处。1991—2005年，除潍坊于2000年、滨州于2004年开始首批文物保护单位的公布工作以外，其他市公布文物保护单位都在两批以上，青岛市则公布了7批市级文物保护单位和两批历史优秀建筑。
二、基础工作
1991—2005年，文物保护单位基础工作的重点，是按照《中华人民共和国文物保护法》有关规定和1991年国家文物局关于全国重点文物保护单位“四有”（有保护范围、有保护标志、有记录档案、有保管机构）工作的规范性文件要求，扎实推进划定保护范围，作出标志说明，建立记录档案，并区别情况分别设置专门机构或专人负责管理工作。
截至2005年底，全省县级人民政府建立文物局（处）的有12个，建立文物管理所的有74个，另有5个专门的文物稽查机构。泰安岱庙、曲阜“三孔”（孔府、孔庙、孔林）、临淄齐国故城、嘉祥武氏墓群、长清灵岩寺、蓬莱水城及蓬莱阁、聊城山陕会馆、潍坊十笏园、威海北洋海军提督署、烟台山、莒南八路军一一五师司令部旧址等近百处古建筑及近现代革命旧址类重点文物保护单位建立了专门管理机构。重要的大遗址也逐步开始设立专门机构。没有专门建立机构的文物保护单位基本建立了当地文物管理机构与群众性保护队伍相结合的保护机制，明确了保护职责。泰安市泰山风景名胜区管理委员会、曲阜市文物局、邹城市文物局等还对保护机构进行了细分，对有一定规模又相对独立的文物保护单位设立专门的保护机构。济宁市设立的文物保护单位的专门机构最多，达到32个。利用文物保护单位设立专门性博物馆已成为发展趋势。文物保护单位保护范围的划定是基础工作中最困难的工作，2003年，省文化厅和省建设厅报请省政府同意，将市、县级文物保护单位建设控制地带的批准职权，调整为由核定公布该文物保护单位的人民政府批准，其所属文物行政主管部门会同同级城乡规划行政主管部门划定并公布。省级以上文物保护单位的建设控制地带也由各市、县人民政府自行划定公布，省里没有形成统一文件。2005年，山东省启动全省统一调整和公布工作，对全省各地已经公布的保护范围进行检查，共提出调整指导意见340条，对名称变更、合并公布、跨市区和齐长城、大运河等大型遗产提出统一技术标准，并在济南、青岛、济宁和泰安市开展划定试点工作。
1991—2005年，保护标志的树立工作持续推进，国家级和省级文物保护单位均设立了规范的保护标志，市、县级文物保护单位保护标志的树立达到80%。青岛等市根据城市环境和文化特点等情况对保护标志作了适合性设计，具有一定的探索意义。截至2005年底，全省省级以上文物保护单位全部建立了保护档案，完成了全省县级以上文物保护单位核查登记和国家统一编码工作，其中，核查登记县级文物保护单位4267处，省级文物保护单位351处，国家级文物保护单位51处。2002—2005年，完成并备案51处全国重点文物保护单位传统档案600余卷，电子文本100余份。2005年12月，龙口市博物馆组织编制的“丁氏故宅”记录档案被国家文物局评为“全国优秀文物档案（单位）”。其记录档案共6套，每套20余万字，有主卷、副卷和备考卷共54卷，内有插图及拓片90余幅、照片160余幅。
三、保护工程
1992年8月17日，省政府召开省长办公会议,决定将由省财政划拨的文物维修经费由每年130万元增加到500万元,同时确定在5年内投资2800余万元,对76处亟待抢救保护的省级重点文物保护单位进行抢修。“九五”“十五”时期，全省组织实施重要保护工程300余项。1998年，开始执行国家文物局、财政部关于100万元以上的大型项目先行申请立项制度。2003年，开始按照文化部颁布的《文物保护工程管理办法》组织文物保护工程立项、勘测、设计、方案编制、审核和申报。保护规划、保护方案、施工技术和施工组织都有了较大的进步。2004年，施行文物保护工程勘察设计和施工单位资质管理，山东省文物科技保护中心和山东省文物工程公司分获国家首批勘察设计和施工甲级和一级资质。龙口市博物馆古建筑装潢有限公司、山东蓬建建工集团有限公司、济南齐鲁园林古建筑工程公司、曲阜市义德古建艺术有限公司、蓬莱市第二建筑工程公司获施工三级资质。
1991—2005年，一批重要的文物保护单位由政府机关、驻军、企事业单位等移交文物部门管理并展开大规模的修缮工作，成为这一时期文物工作的突出特点。部队、军工单位移交了威海刘公岛丁汝昌寓所、北洋水师学堂、济南华山华阳宫、烟台山近代建筑群、泰山三阳观、五贤祠等；政府机关及有关部门、学校移交了青岛德国总督楼和白人监狱旧址、曲阜孔府东西两路、泰安岱庙西路、岱顶青帝宫、潍坊十笏园东区、济宁铁塔寺、济南府学文庙等；规模较大的搬迁工程有蓬莱水城村民搬迁、坊子老城区整体搬迁、泰安灵应宫占住单位搬迁等。
大型组群式古建筑及近现代建筑，包括曲阜“三孔”、泰安岱庙及泰山古建筑群、邹城“三孟”、蓬莱水城及蓬莱阁、刘公岛甲午战争纪念地、济南长清灵岩寺、历城神通寺、曲阜颜庙、烟台山近代建筑群、聊城山陕会馆、潍坊十笏园、栖霞牟氏庄园、龙口丁氏故宅等开始进入系统、全面的修缮保护阶段。齐长城、大运河等跨区域保护单位的保护工程全面启动。1985年，北洋海军提督署等一批“北洋海军和甲午战争”文物遗址，由驻军移交地方管理保护。1991—2005年，累计投入资金6000多万元，先后修复了提督署、龙王庙、丁汝昌寓所、水师学堂、黄岛炮台、公所后炮台、旗顶山炮台、东泓炮台等文物建筑遗址6万多平方米，开放参观面积10万多平方米，成为研究甲午战争、北洋海军和中国近代海防的重要实物例证和著名的爱国主义教育基地。烟台山近代建筑群保护维修是山东省第一个一个片区、全面动工、综合整治的近代建筑群保护工程。1996年起，陆续投资2亿多元动迁原占住部队和有关单位，1999—2001年完成29组近代建筑测绘和总体规划、维修保护方案及景区总体规划设计方案编制，2002年完成24组近代建筑保护维修工程，维修总面积1.5万平方米。同时对环境、道路、管网、灯光进行改造提升， 2002年4月30日全面对社会开放。龙口丁氏故宅坚持连年、系统修缮，取得较好效果。丁氏故宅于1985年收回并筹建为博物馆，对故宅的保护与修缮工作也随之展开。1991—2005年共投入资金500余万元，实施大小维修项目近70项。其他重要保护工程还有：烟台福建会馆、聊城光岳楼、聊城隆兴寺铁塔、临清运河钞关、临清舍利塔、青岛德式官邸及总督府、烟台东炮台、惠民魏氏庄园、广饶关帝庙大殿、济南历城九顶塔、曲阜尼山孔庙、兖州金口坝、单县百寿坊、嘉祥曾庙、济宁东大寺、济宁崇觉寺及铁塔、崂山太清宫、博山颜文姜祠、蓬莱戚继光祠及牌坊、邹城孟林、微山伏羲庙等。大批省级文物保护单位得到了修缮，主要有泰安灵应宫、曲阜明故城城墙和南北城楼复建、济宁戴庄教堂、嘉祥青山寺、莒县浮来山定林寺、曲阜少昊陵、高唐梁村塔、聊城傅氏祠堂、巨野永丰塔等。启动了对各地文庙的保护工程。实施工程的有：济南府学文庙、巨野文庙、莘县文庙、阳谷文庙、东明文庙等。很多建筑经维修后开辟为博物馆或纪念馆对社会开放，有：中国甲午战争博物馆、青岛德国总督楼旧址博物馆、康有为故居纪念馆、蓬莱古船博物馆、烟台山烟台开埠等多个纪念馆、烟台葡萄酒博物馆、青岛啤酒博物馆、博山赵执信故居及纪念馆、博兴兴国寺佛教艺术博物馆、青岛天后宫青岛市民俗博物馆等。
石窟寺、摩崖石刻、古遗址及墓葬等田野文物也实施了一些保护工程。石刻类的文物保护工程有历城千佛崖石窟造像维修加固，泰山经石峪保护，沂南汉画像石墓保护，嘉祥武氏墓群石刻保护及保护复室建设，长清孝堂山郭氏墓石祠维修，莱州云峰刻石、大基山刻石和平度天柱山刻石保护，莘县唐碑、平度大泽山石刻及智藏寺墓塔林保护等。古遗址及古墓葬类的文物保护工程有临淄齐国故城相关遗址及大型陵墓保护，曲阜九龙山摩崖汉墓登山道路及环境整治，邹城明鲁荒王陵、德州苏禄王墓、广饶倪宽墓、东阿曹植墓保护。为解决大遗址保护与城市开发建设、区域经济发展的矛盾，以及许多大遗址在各种人为和自然因素的蚕食、破坏下逐步残缺甚至灭失的状况，省文物考古研究所、中国社会科学院考古研究所山东队、山东大学等国家级和省级考古研究机构，对章丘城子崖、东平陵城城址和日照尧王城、邹平丁公、博兴龙华寺等几十处大遗址组织实施了系统的调查与勘探，为遗址的保护提供了最基础的资料。这些遗址多为各地不同时期的区域中心，最重要的是勘探发现了多个城址，其中，邹平丁公、临淄桐林、五莲丹土、滕州庄里西、日照尧王城、茌平教场铺均为龙山文化城址，还发现了章丘小荆山后李文化的环壕聚落、日照两城镇的两周大型环壕。这些成果是20世纪90年代至21世纪初山东地区史前考古的重要突破。2005年起，国家开始启动“大遗址”保护工程，工程包括设立大遗址保护专项资金，设立大遗址保护国家项目库，山东省列入首批国家项目库的有济南大辛庄遗址、城子崖遗址，曲阜鲁国故城，临淄齐国故城，临淄桐林遗址，日照两城镇遗址6处，数量居全国第二位，开启了古遗址保护的历史新阶段。
革命旧址及纪念地的保护主要是做了大量维修工作。1991年，对中共山东省委秘书处旧址进行维修，并在旧址北侧树立王尽美和邓恩铭的雕像，在旧址南侧建立中共山东省党史陈列馆。1991年后，分6个年度对莱芜战役指挥所旧址的房屋和环境、道路进行全面整修，并制作了莱芜战役参战将领简介展室。1995年和2005年，对山东省政府和八路军一一五师司令部旧址进行全面维修，新建山东省政府成立纪念馆、八路军一一五师司令部纪念馆。1996年，泰安市重建徂徕山起义旧址四禅寺，树立了纪念碑，综合整治了环境与道路。1998年，为纪念王尽美烈士诞辰100周年，诸城市人民政府拨款3万元，对王尽美故居进行全面维修。同年，为纪念济南战役胜利50周年，投资4500万元筹建济南战役纪念馆，并于2003年３月建成对外开放。
四、重要发现
1994年3月，汶上宝相寺砖塔地宫发现佛牙舍利棺椁等一批重要佛教文物。
济南长清灵岩寺1995年在先行对千佛殿维修后，1997年启动对千佛殿内40尊宋代彩塑罗汉像的保护维修，开创性地采用综合科技保护措施，消除病害威胁，恢复了塑像稳定性，也改善了视觉效果。工程实施过程中发现胎内保存的宋代铁质罗汉等一批宋代文物，为确认罗汉的塑造年代提供了确凿证据。对寺院整体的考古调查工作同时展开。1995年在寺院中部和西北部分别清理出隋唐至宋代的建筑遗址鲁班洞、般舟殿和辟支塔塔基。考古发掘证实鲁班洞为一座石砌拱券式门洞，并非鲁班葬地，而是早年进入寺院的山门，建筑年代为隋代，是截至2005年底中国发现的时代最早的拱券式门洞。还发现了一组被山土掩埋的山门建筑基址。经清理后的辟支塔塔基，出土了八面40幅浮雕壁画，其雕刻技法和表现手法是罕见的宋代艺术杰作。在千佛殿北约50米的台地上，发掘出土了唐、宋时期般舟殿的建筑基址。殿前还出土一座唐开元二十三年（735年）建造的小龙虎塔，一座唐天宝十二年（753年）与一座唐大中十四年（860年）的精美经幢。
1997年，金乡光善寺塔进行大修时，在塔宫发现一批重要的唐代金银质文物。
1999年，蓬莱在复建蓬莱水城城墙时，在残存的城墙东侧发现一段石砌墙体。这段墙体位于明朝万历年间所砌石墙向内0.5米，是用玄武岩块和白灰砌成，长21米，高1.8米～2.1米不等,修建年代应在宋元时期。这段石砌城墙的发现为研究蓬莱水城的形成提供了珍贵的实物资料。2005年，蓬莱水城小海清淤工程，又出土3艘古代船体及锚、瓷器、陶器、兵器等大量文物，为研究蓬莱水城的历史沿革、海外交通提供了重要的实物资料。
2005年，历时两年的岱庙大修竣工，大修过程中在西华门发现宋、元、明、清各代重要建筑遗迹，进一步佐证了岱庙修建历史文献记载的真实性。
第二节 文物保护单位保护管理
按照《中华人民共和国文物保护法》有关规定，国务院和省、市、县三级人民政府可以选择核定公布全国重点及省、市、县级文物保护单位。其他不可移动文物由县级人民政府文物行政部门予以登记并公布。
一、文物保护单位
截至2005年底，山东省有全国重点文物保护单位51处。其中，1996年11月山东省有9处列入第四批全国重点文物保护单位。2001年6月山东省有15处列入第五批全国重点文物保护单位，其中包括世界遗产齐长城。2006年5月，孟林（战国至汉、邹城市）与第三批全国重点文物保护单位孟庙及孟府合并为“孟庙、孟府和孟林”，列入第六批全国重点文物保护单位，葛山和峄山摩崖（南北朝、邹城市）归入第三批全国重点文物保护单位铁山、岗山摩崖石刻，青岛德国建筑群（近代、青岛市）归入第四批全国重点文物保护单位青岛德国建筑。
截至2005年底，省级文物保护单位有397处。其中，1992年公布第二批山东省文物保护单位251处。2004年开始组织推荐第三批山东省文物保护单位。1999年、2003年省建设厅、省文化厅公布两批山东省历史优秀建筑，其中第一批345处，第二批28处。
市、县级文物保护单位的公布已经形成制度。截至2005年底，市、县级文物保护单位达到4734处。1991—2005年，除潍坊于2000年、滨州于2004年开始首批文物保护单位的公布工作以外，其他市公布文物保护单位都在两批以上，青岛市则公布了7批市级文物保护单位和两批历史优秀建筑。
二、基础工作
1991—2005年，文物保护单位基础工作的重点，是按照《中华人民共和国文物保护法》有关规定和1991年国家文物局关于全国重点文物保护单位“四有”（有保护范围、有保护标志、有记录档案、有保管机构）工作的规范性文件要求，扎实推进划定保护范围，作出标志说明，建立记录档案，并区别情况分别设置专门机构或专人负责管理工作。
截至2005年底，全省县级人民政府建立文物局（处）的有12个，建立文物管理所的有74个，另有5个专门的文物稽查机构。泰安岱庙、曲阜“三孔”（孔府、孔庙、孔林）、临淄齐国故城、嘉祥武氏墓群、长清灵岩寺、蓬莱水城及蓬莱阁、聊城山陕会馆、潍坊十笏园、威海北洋海军提督署、烟台山、莒南八路军一一五师司令部旧址等近百处古建筑及近现代革命旧址类重点文物保护单位建立了专门管理机构。重要的大遗址也逐步开始设立专门机构。没有专门建立机构的文物保护单位基本建立了当地文物管理机构与群众性保护队伍相结合的保护机制，明确了保护职责。泰安市泰山风景名胜区管理委员会、曲阜市文物局、邹城市文物局等还对保护机构进行了细分，对有一定规模又相对独立的文物保护单位设立专门的保护机构。济宁市设立的文物保护单位的专门机构最多，达到32个。利用文物保护单位设立专门性博物馆已成为发展趋势。文物保护单位保护范围的划定是基础工作中最困难的工作，2003年，省文化厅和省建设厅报请省政府同意，将市、县级文物保护单位建设控制地带的批准职权，调整为由核定公布该文物保护单位的人民政府批准，其所属文物行政主管部门会同同级城乡规划行政主管部门划定并公布。省级以上文物保护单位的建设控制地带也由各市、县人民政府自行划定公布，省里没有形成统一文件。2005年，山东省启动全省统一调整和公布工作，对全省各地已经公布的保护范围进行检查，共提出调整指导意见340条，对名称变更、合并公布、跨市区和齐长城、大运河等大型遗产提出统一技术标准，并在济南、青岛、济宁和泰安市开展划定试点工作。
1991—2005年，保护标志的树立工作持续推进，国家级和省级文物保护单位均设立了规范的保护标志，市、县级文物保护单位保护标志的树立达到80%。青岛等市根据城市环境和文化特点等情况对保护标志作了适合性设计，具有一定的探索意义。截至2005年底，全省省级以上文物保护单位全部建立了保护档案，完成了全省县级以上文物保护单位核查登记和国家统一编码工作，其中，核查登记县级文物保护单位4267处，省级文物保护单位351处，国家级文物保护单位51处。2002—2005年，完成并备案51处全国重点文物保护单位传统档案600余卷，电子文本100余份。2005年12月，龙口市博物馆组织编制的“丁氏故宅”记录档案被国家文物局评为“全国优秀文物档案（单位）”。其记录档案共6套，每套20余万字，有主卷、副卷和备考卷共54卷，内有插图及拓片90余幅、照片160余幅。
三、保护工程
1992年8月17日，省政府召开省长办公会议,决定将由省财政划拨的文物维修经费由每年130万元增加到500万元,同时确定在5年内投资2800余万元,对76处亟待抢救保护的省级重点文物保护单位进行抢修。“九五”“十五”时期，全省组织实施重要保护工程300余项。1998年，开始执行国家文物局、财政部关于100万元以上的大型项目先行申请立项制度。2003年，开始按照文化部颁布的《文物保护工程管理办法》组织文物保护工程立项、勘测、设计、方案编制、审核和申报。保护规划、保护方案、施工技术和施工组织都有了较大的进步。2004年，施行文物保护工程勘察设计和施工单位资质管理，山东省文物科技保护中心和山东省文物工程公司分获国家首批勘察设计和施工甲级和一级资质。龙口市博物馆古建筑装潢有限公司、山东蓬建建工集团有限公司、济南齐鲁园林古建筑工程公司、曲阜市义德古建艺术有限公司、蓬莱市第二建筑工程公司获施工三级资质。
1991—2005年，一批重要的文物保护单位由政府机关、驻军、企事业单位等移交文物部门管理并展开大规模的修缮工作，成为这一时期文物工作的突出特点。部队、军工单位移交了威海刘公岛丁汝昌寓所、北洋水师学堂、济南华山华阳宫、烟台山近代建筑群、泰山三阳观、五贤祠等；政府机关及有关部门、学校移交了青岛德国总督楼和白人监狱旧址、曲阜孔府东西两路、泰安岱庙西路、岱顶青帝宫、潍坊十笏园东区、济宁铁塔寺、济南府学文庙等；规模较大的搬迁工程有蓬莱水城村民搬迁、坊子老城区整体搬迁、泰安灵应宫占住单位搬迁等。
大型组群式古建筑及近现代建筑，包括曲阜“三孔”、泰安岱庙及泰山古建筑群、邹城“三孟”、蓬莱水城及蓬莱阁、刘公岛甲午战争纪念地、济南长清灵岩寺、历城神通寺、曲阜颜庙、烟台山近代建筑群、聊城山陕会馆、潍坊十笏园、栖霞牟氏庄园、龙口丁氏故宅等开始进入系统、全面的修缮保护阶段。齐长城、大运河等跨区域保护单位的保护工程全面启动。1985年，北洋海军提督署等一批“北洋海军和甲午战争”文物遗址，由驻军移交地方管理保护。1991—2005年，累计投入资金6000多万元，先后修复了提督署、龙王庙、丁汝昌寓所、水师学堂、黄岛炮台、公所后炮台、旗顶山炮台、东泓炮台等文物建筑遗址6万多平方米，开放参观面积10万多平方米，成为研究甲午战争、北洋海军和中国近代海防的重要实物例证和著名的爱国主义教育基地。烟台山近代建筑群保护维修是山东省第一个一个片区、全面动工、综合整治的近代建筑群保护工程。1996年起，陆续投资2亿多元动迁原占住部队和有关单位，1999—2001年完成29组近代建筑测绘和总体规划、维修保护方案及景区总体规划设计方案编制，2002年完成24组近代建筑保护维修工程，维修总面积1.5万平方米。同时对环境、道路、管网、灯光进行改造提升， 2002年4月30日全面对社会开放。龙口丁氏故宅坚持连年、系统修缮，取得较好效果。丁氏故宅于1985年收回并筹建为博物馆，对故宅的保护与修缮工作也随之展开。1991—2005年共投入资金500余万元，实施大小维修项目近70项。其他重要保护工程还有：烟台福建会馆、聊城光岳楼、聊城隆兴寺铁塔、临清运河钞关、临清舍利塔、青岛德式官邸及总督府、烟台东炮台、惠民魏氏庄园、广饶关帝庙大殿、济南历城九顶塔、曲阜尼山孔庙、兖州金口坝、单县百寿坊、嘉祥曾庙、济宁东大寺、济宁崇觉寺及铁塔、崂山太清宫、博山颜文姜祠、蓬莱戚继光祠及牌坊、邹城孟林、微山伏羲庙等。大批省级文物保护单位得到了修缮，主要有泰安灵应宫、曲阜明故城城墙和南北城楼复建、济宁戴庄教堂、嘉祥青山寺、莒县浮来山定林寺、曲阜少昊陵、高唐梁村塔、聊城傅氏祠堂、巨野永丰塔等。启动了对各地文庙的保护工程。实施工程的有：济南府学文庙、巨野文庙、莘县文庙、阳谷文庙、东明文庙等。很多建筑经维修后开辟为博物馆或纪念馆对社会开放，有：中国甲午战争博物馆、青岛德国总督楼旧址博物馆、康有为故居纪念馆、蓬莱古船博物馆、烟台山烟台开埠等多个纪念馆、烟台葡萄酒博物馆、青岛啤酒博物馆、博山赵执信故居及纪念馆、博兴兴国寺佛教艺术博物馆、青岛天后宫青岛市民俗博物馆等。
石窟寺、摩崖石刻、古遗址及墓葬等田野文物也实施了一些保护工程。石刻类的文物保护工程有历城千佛崖石窟造像维修加固，泰山经石峪保护，沂南汉画像石墓保护，嘉祥武氏墓群石刻保护及保护复室建设，长清孝堂山郭氏墓石祠维修，莱州云峰刻石、大基山刻石和平度天柱山刻石保护，莘县唐碑、平度大泽山石刻及智藏寺墓塔林保护等。古遗址及古墓葬类的文物保护工程有临淄齐国故城相关遗址及大型陵墓保护，曲阜九龙山摩崖汉墓登山道路及环境整治，邹城明鲁荒王陵、德州苏禄王墓、广饶倪宽墓、东阿曹植墓保护。为解决大遗址保护与城市开发建设、区域经济发展的矛盾，以及许多大遗址在各种人为和自然因素的蚕食、破坏下逐步残缺甚至灭失的状况，省文物考古研究所、中国社会科学院考古研究所山东队、山东大学等国家级和省级考古研究机构，对章丘城子崖、东平陵城城址和日照尧王城、邹平丁公、博兴龙华寺等几十处大遗址组织实施了系统的调查与勘探，为遗址的保护提供了最基础的资料。这些遗址多为各地不同时期的区域中心，最重要的是勘探发现了多个城址，其中，邹平丁公、临淄桐林、五莲丹土、滕州庄里西、日照尧王城、茌平教场铺均为龙山文化城址，还发现了章丘小荆山后李文化的环壕聚落、日照两城镇的两周大型环壕。这些成果是20世纪90年代至21世纪初山东地区史前考古的重要突破。2005年起，国家开始启动“大遗址”保护工程，工程包括设立大遗址保护专项资金，设立大遗址保护国家项目库，山东省列入首批国家项目库的有济南大辛庄遗址、城子崖遗址，曲阜鲁国故城，临淄齐国故城，临淄桐林遗址，日照两城镇遗址6处，数量居全国第二位，开启了古遗址保护的历史新阶段。
革命旧址及纪念地的保护主要是做了大量维修工作。1991年，对中共山东省委秘书处旧址进行维修，并在旧址北侧树立王尽美和邓恩铭的雕像，在旧址南侧建立中共山东省党史陈列馆。1991年后，分6个年度对莱芜战役指挥所旧址的房屋和环境、道路进行全面整修，并制作了莱芜战役参战将领简介展室。1995年和2005年，对山东省政府和八路军一一五师司令部旧址进行全面维修，新建山东省政府成立纪念馆、八路军一一五师司令部纪念馆。1996年，泰安市重建徂徕山起义旧址四禅寺，树立了纪念碑，综合整治了环境与道路。1998年，为纪念王尽美烈士诞辰100周年，诸城市人民政府拨款3万元，对王尽美故居进行全面维修。同年，为纪念济南战役胜利50周年，投资4500万元筹建济南战役纪念馆，并于2003年３月建成对外开放。
四、重要发现
1994年3月，汶上宝相寺砖塔地宫发现佛牙舍利棺椁等一批重要佛教文物。
济南长清灵岩寺1995年在先行对千佛殿维修后，1997年启动对千佛殿内40尊宋代彩塑罗汉像的保护维修，开创性地采用综合科技保护措施，消除病害威胁，恢复了塑像稳定性，也改善了视觉效果。工程实施过程中发现胎内保存的宋代铁质罗汉等一批宋代文物，为确认罗汉的塑造年代提供了确凿证据。对寺院整体的考古调查工作同时展开。1995年在寺院中部和西北部分别清理出隋唐至宋代的建筑遗址鲁班洞、般舟殿和辟支塔塔基。考古发掘证实鲁班洞为一座石砌拱券式门洞，并非鲁班葬地，而是早年进入寺院的山门，建筑年代为隋代，是截至2005年底中国发现的时代最早的拱券式门洞。还发现了一组被山土掩埋的山门建筑基址。经清理后的辟支塔塔基，出土了八面40幅浮雕壁画，其雕刻技法和表现手法是罕见的宋代艺术杰作。在千佛殿北约50米的台地上，发掘出土了唐、宋时期般舟殿的建筑基址。殿前还出土一座唐开元二十三年（735年）建造的小龙虎塔，一座唐天宝十二年（753年）与一座唐大中十四年（860年）的精美经幢。
1997年，金乡光善寺塔进行大修时，在塔宫发现一批重要的唐代金银质文物。
1999年，蓬莱在复建蓬莱水城城墙时，在残存的城墙东侧发现一段石砌墙体。这段墙体位于明朝万历年间所砌石墙向内0.5米，是用玄武岩块和白灰砌成，长21米，高1.8米～2.1米不等,修建年代应在宋元时期。这段石砌城墙的发现为研究蓬莱水城的形成提供了珍贵的实物资料。2005年，蓬莱水城小海清淤工程，又出土3艘古代船体及锚、瓷器、陶器、兵器等大量文物，为研究蓬莱水城的历史沿革、海外交通提供了重要的实物资料。
2005年，历时两年的岱庙大修竣工，大修过程中在西华门发现宋、元、明、清各代重要建筑遗迹，进一步佐证了岱庙修建历史文献记载的真实性。