1991—2005年，山东省没有组织全省性和统一的不可移动文物普查工作。规模稍大的调查工作主要有第二次全国文物普查的补查和复查工作、各市开展的不同形式的专项调查、考古研究机构会同地方文物管理部门结合保护工作对部分大型遗址开展的考古调查等，对不可移动文物资源调查贡献最大的是配合大型基本建设工程开展的跨区域、流域式或大型片区式的考古调查工作。
一、第二次全国文物普查补查、复查工作
第二次全国文物普查工作自1980年开始，至1989年结束。1989年4月后，山东省文物普查工作转入室内整理阶段。1990—2000年，在室内资料整理和《中国文物地图集·山东分册》的编撰过程中，全省又展开了相关的补查和复查工作，对已登记的文物点进行重点甄别。青岛、烟台两市组织力量对近现代重要史迹和代表性建筑进行了调查和复查。莱芜市1990年登记文物单位90余处，1994—2001年通过多次补查，共上报文物单位200余处。《中国文物地图集·山东分册》是第二次全国文物普查的重要成果，收录资料截止时间为2000年底。该书共收录山东省文物点12692处，加上包含于文物单位的文物点共14324处。其中，古遗址7954处，古墓葬2995处，古建筑1467处，石窟寺及石刻835处，近现代重要史迹755处，近现代代表性建筑225处，其他文物点93处。
其间，补查、复查的延伸调查工作始终没有间断，截至2005年底，山东已发现各类不可移动文物3.5万余处。其中，古遗址和古墓葬数量最大，是代表山东省历史文化遗产面貌的主要类型；石窟寺及碑刻类文物具有鲜明的时代特点和地域特点；历史建筑、近代建筑依然是重要组成部分，在中国古代和近代建筑史上占有十分重要的地位。
二、专项调查
1991—2005年，全省各地根据文物保护工作需要和当地不可移动文物的特点，组织开展了不同形式的专项调查工作。东平县自1994年起对野外摩崖石刻、碑刻开展普查，普查历时4年，统计并拓制摩崖刻经、刻字和碑刻400多幅，摩崖、石窟造像18处，时代有汉、北朝、隋、唐、五代、宋、元、明、清、民国等。莱芜市1995年对辖区内的矿冶遗址开展专项调查，新发现矿冶遗址37处，2002年又新调查出矿冶遗址20处，遗址总数达到95处，基本查清宋代“三坑、十八冶”和莱芜历史上的冶铁成就，并于2004年出版《莱芜矿冶文集》一书。青岛市1998年4月成立由副市长马论业负总责，由文物、规划、房产、档案、城建、园林等有关部门负责人组成的领导协调小组，在青岛市文物局设立专门工作办公室，对全市文物保护建筑逐一进行查档（历史档案、建筑图纸、历史照片等）、实地勘查、记录、照相、整理资料档案工作。1999年1—11月，潍坊市文化局、潍坊市林业局联合组织开展全市古树名木调查，共调查发现百年以上的古树名木和珍稀、奇异树木41个树种、758株单株。同年，蓬莱市组成普查小组，对老城区范围内的明清文物建筑和街区进行全面普查，并对文物建筑及街区进行实地测绘，形成书面材料登记建档，同时明确历史优秀建筑的保护范围和建设控制地带。2003年，济南市为加强对城区内不可移动文物的保护管理，指导市中、历下、槐荫、天桥4个区对辖区内的不可移动文物进行全面复查、核实。其中，市中区、槐荫区对辖区内140余处不可移动文物进行了全面复查、核实，并对其中46处进行了依法登记；章丘市2004—2005年对全辖区进行复查与调查，实地调查文物点300余处，新发现文物点150余处。
各地对齐长城的调查一直没有间断，1996年10月至1997年10月，泰安市路宗元等5人在有关方面支持下，对齐长城进行了全线路徒步考察。这是历史上第一次对齐长城进行完整、全面的实地调查，除对各地已登录的齐长城支线、复线、关隘、烽火台、寨堡、相关遗址、相关碑刻等进行复查、复核外，又获得一些新的发现，最重要的是用最直接和原始的测量方式实测了齐长城的准确长度。莱芜市1997年1—3月，在原调查基础上，对境内齐长城又进行了详细的复查，并于2001年9月配合山东省勘界工作领导小组完成齐长城的勘界工作。
三、配合国家、地方基本建设的考古调查
配合国家和地方的一些大型建设工程，线路长、占地面积广，考古调查收获巨大。20世纪90年代至21世纪初进行的多条铁路调查，新发现100多处遗址和墓地。在4条国家干线高速公路建设工程范围内新发现近200处遗址和墓地。南水北调东线工程山东段，调查了几百处遗址和墓地，新发现高青陈庄等重要遗址。在寿光双王城水库淹没区，发现了密集分布的商周盐业遗址群，数量达到数百处，是突破性的考古发现。各市（地）也都进行了数量不等的配合工业园区、发电厂、小型水库、地方煤矿、房地产开发、城区道路建设等文物调查工作，新发现不同时期的古代墓葬近1000座。在阳谷景阳冈旅游开发项目建设中发现的龙山文化大型城址，是在鲁西地区首次发现史前时期的城址。山东大学、耶鲁大学、芝加哥自然历史博物馆3家单位合作进行的鲁东南沿海区域系统考古调查，发现并记录了史前至汉代时期的各类遗址2000余处。1991—2005年，在配合国家、地方基本建设的考古调查中，新发现文物点400余处，清理和发掘各时期墓葬7000余座。
第一节 不可移动文物资源调查
1991—2005年，山东省没有组织全省性和统一的不可移动文物普查工作。规模稍大的调查工作主要有第二次全国文物普查的补查和复查工作、各市开展的不同形式的专项调查、考古研究机构会同地方文物管理部门结合保护工作对部分大型遗址开展的考古调查等，对不可移动文物资源调查贡献最大的是配合大型基本建设工程开展的跨区域、流域式或大型片区式的考古调查工作。
一、第二次全国文物普查补查、复查工作
第二次全国文物普查工作自1980年开始，至1989年结束。1989年4月后，山东省文物普查工作转入室内整理阶段。1990—2000年，在室内资料整理和《中国文物地图集·山东分册》的编撰过程中，全省又展开了相关的补查和复查工作，对已登记的文物点进行重点甄别。青岛、烟台两市组织力量对近现代重要史迹和代表性建筑进行了调查和复查。莱芜市1990年登记文物单位90余处，1994—2001年通过多次补查，共上报文物单位200余处。《中国文物地图集·山东分册》是第二次全国文物普查的重要成果，收录资料截止时间为2000年底。该书共收录山东省文物点12692处，加上包含于文物单位的文物点共14324处。其中，古遗址7954处，古墓葬2995处，古建筑1467处，石窟寺及石刻835处，近现代重要史迹755处，近现代代表性建筑225处，其他文物点93处。
其间，补查、复查的延伸调查工作始终没有间断，截至2005年底，山东已发现各类不可移动文物3.5万余处。其中，古遗址和古墓葬数量最大，是代表山东省历史文化遗产面貌的主要类型；石窟寺及碑刻类文物具有鲜明的时代特点和地域特点；历史建筑、近代建筑依然是重要组成部分，在中国古代和近代建筑史上占有十分重要的地位。
二、专项调查
1991—2005年，全省各地根据文物保护工作需要和当地不可移动文物的特点，组织开展了不同形式的专项调查工作。东平县自1994年起对野外摩崖石刻、碑刻开展普查，普查历时4年，统计并拓制摩崖刻经、刻字和碑刻400多幅，摩崖、石窟造像18处，时代有汉、北朝、隋、唐、五代、宋、元、明、清、民国等。莱芜市1995年对辖区内的矿冶遗址开展专项调查，新发现矿冶遗址37处，2002年又新调查出矿冶遗址20处，遗址总数达到95处，基本查清宋代“三坑、十八冶”和莱芜历史上的冶铁成就，并于2004年出版《莱芜矿冶文集》一书。青岛市1998年4月成立由副市长马论业负总责，由文物、规划、房产、档案、城建、园林等有关部门负责人组成的领导协调小组，在青岛市文物局设立专门工作办公室，对全市文物保护建筑逐一进行查档（历史档案、建筑图纸、历史照片等）、实地勘查、记录、照相、整理资料档案工作。1999年1—11月，潍坊市文化局、潍坊市林业局联合组织开展全市古树名木调查，共调查发现百年以上的古树名木和珍稀、奇异树木41个树种、758株单株。同年，蓬莱市组成普查小组，对老城区范围内的明清文物建筑和街区进行全面普查，并对文物建筑及街区进行实地测绘，形成书面材料登记建档，同时明确历史优秀建筑的保护范围和建设控制地带。2003年，济南市为加强对城区内不可移动文物的保护管理，指导市中、历下、槐荫、天桥4个区对辖区内的不可移动文物进行全面复查、核实。其中，市中区、槐荫区对辖区内140余处不可移动文物进行了全面复查、核实，并对其中46处进行了依法登记；章丘市2004—2005年对全辖区进行复查与调查，实地调查文物点300余处，新发现文物点150余处。
各地对齐长城的调查一直没有间断，1996年10月至1997年10月，泰安市路宗元等5人在有关方面支持下，对齐长城进行了全线路徒步考察。这是历史上第一次对齐长城进行完整、全面的实地调查，除对各地已登录的齐长城支线、复线、关隘、烽火台、寨堡、相关遗址、相关碑刻等进行复查、复核外，又获得一些新的发现，最重要的是用最直接和原始的测量方式实测了齐长城的准确长度。莱芜市1997年1—3月，在原调查基础上，对境内齐长城又进行了详细的复查，并于2001年9月配合山东省勘界工作领导小组完成齐长城的勘界工作。
三、配合国家、地方基本建设的考古调查
配合国家和地方的一些大型建设工程，线路长、占地面积广，考古调查收获巨大。20世纪90年代至21世纪初进行的多条铁路调查，新发现100多处遗址和墓地。在4条国家干线高速公路建设工程范围内新发现近200处遗址和墓地。南水北调东线工程山东段，调查了几百处遗址和墓地，新发现高青陈庄等重要遗址。在寿光双王城水库淹没区，发现了密集分布的商周盐业遗址群，数量达到数百处，是突破性的考古发现。各市（地）也都进行了数量不等的配合工业园区、发电厂、小型水库、地方煤矿、房地产开发、城区道路建设等文物调查工作，新发现不同时期的古代墓葬近1000座。在阳谷景阳冈旅游开发项目建设中发现的龙山文化大型城址，是在鲁西地区首次发现史前时期的城址。山东大学、耶鲁大学、芝加哥自然历史博物馆3家单位合作进行的鲁东南沿海区域系统考古调查，发现并记录了史前至汉代时期的各类遗址2000余处。1991—2005年，在配合国家、地方基本建设的考古调查中，新发现文物点400余处，清理和发掘各时期墓葬7000余座。