1991—2005年，随着改革开放的全面推进，基本建设工程规模日益加大，田野文物的破坏、盗掘和馆藏文物失盗、走私现象十分严重。加强文物安全制度建设，提高防护能力，严厉打击文物盗掘、走私行为成为这一时期的工作重点。
20世纪80年代和90年代，由于保卫队伍、安全制度以及文物库房和展室等多方面都存在问题，全省每年都有多起馆藏文物和田野文物失盗现象发生，社会影响很大。安全工作重点是加强保卫队伍和规章制度建设，提高防护能力。技防方面从初级的“三铁一器”（铁门、铁窗、铁柜、报警器），逐步发展到人防与技防、安防与消防、具体部位防卫与周界报警相结合的立体安全保卫体系。1991年9月，省文化厅、省文物局、省公安厅共同召开全省文物安全工作会议，中心议题是贯彻落实省委、省政府领导对青州市博物馆失盗事件的批示，落实由这三个部门联合制定的《山东省文物安全责任书》。当年，开始对不能保证文物安全的文物保管单位,依据《山东省文物保护管理条例》规定，由上级文物行政管理部门将其所藏珍贵文物调到具备安全条件的单位保存，截至2005年底，全省有160余个文物收藏单位的安全设施得到改善。1992年，开始在全省全面推进由国家文物局和公安部联合提出的《文物系统博物馆风险等级和安全防护级别的规定》的实施工作，确定一、二、三级风险单位，推动达标工作，非风险等级单位参照执行，51处全国重点文物保护单位及山东省博物馆、青岛市博物馆等被国家文物局和公安部核准为一级风险单位，截至2000年底，第一批一级风险单位基本完成达标任务，2002年底二、三级风险单位基本完成达标任务，并从2001年开始接受国家文物局和公安部的验收。田野文物的保护主要是加强保护机构建设和总结推广各地的好经验。淄博市1995年开始加大执法队伍建设，推动行政执法规范化、制度化。济南、济宁等市开始探索并坚持市、县、乡、村、人层层签订文物安全责任书制度，省文化厅、省文物局1996年开始在全省推广，对田野不可移动文物的保护起到巨大作用。
严厉打击盗掘和走私文物犯罪行为也是这一时期的主要工作。1991年6月，第七届全国人大常委会第二十次会议通过《关于整治盗掘古文化遗址古墓葬犯罪的补充规定》后，山东省文物部门与公安、海关等有关部门的联合工作机制日趋完善，破案率明显提升。一批大案要案被侦破，起到震慑作用。其中，1991年破获青州市博物馆“明状元殿试卷”“东汉宜子孙玉璧”等一级藏品及汉、宋、明、清各代共12件珍贵文物被盗案。同年，滕州市破获盗掘古墓团伙，查获文物154件，其中珍贵文物32件。1992年，临淄抓获盗掘田齐王陵陪葬坑（未遂）犯罪嫌疑人6人。1993年，胶南抓获盗掘12座古墓葬犯罪嫌疑人7人，台儿庄抓获盗掘偪阳故城古墓犯罪嫌疑人5人。1994年，嘉祥一举摧毁盗墓团伙16个,抓捕犯罪嫌疑人81人,收缴文物501件。1997年，聊城集中打击文物犯罪活动，仅莘县、冠县、阳谷就追缴文物318件。1998年6月，针对1997年四门塔佛头被盗割，1998年5月青州驼山石窟、平阴翠屏山多佛塔文物被盗案，省文化厅专门下发《关于加强田野石刻文物保护的通知》。1998年，青州破获驼山“5·13”特大抢劫文物案（盗割石窟内5座北魏时期石佛造像的佛头），抓捕犯罪嫌疑人7人。1998年前后，淄博市临淄区人民法院在盗墓案发地较多的齐都、齐陵、永流等乡镇召开7次公开宣判大会。1998—2005年，曲阜先后破获盗墓团伙10余个，抓捕犯罪嫌疑人50多人，追缴大批文物。1999年，泗水县圣水峪镇明代三王墓被盗案抓获犯罪嫌疑人10余人。同年，章丘市公安局将历年破获文物盗掘、盗卖案件中查收的134件文物移交章丘市博物馆收藏。2001年，济南和烟台海关移交查缴、罚没文物4000余件。2003年，台儿庄破获一起重大文物走私案，收缴文物203件。同年3月，济南市公安局破获洛庄汉墓特大盗窃、倒卖文物案，追回文物11件，其中国家一级文物4件、二级文物3件、三级文物3件，全部移交山东省博物馆。同年，枣庄市薛城区公安分局邹坞派出所移交中陈郝瓷窑遗址被盗文物近百件。2004年，东营追回失窃4年的一级文物“张郭石造像”。流失境外文物的追索工作也取得很大成绩。2001年，博兴失窃并流失于日本7年的一尊珍贵石刻造像，通过谈判无偿归还。全国重点文物保护单位四门塔在1997年3月被盗的阿閦佛佛头，由台湾法鼓山圣严法师于2002年12月无偿捐还。
第三节 安全管理
1991—2005年，随着改革开放的全面推进，基本建设工程规模日益加大，田野文物的破坏、盗掘和馆藏文物失盗、走私现象十分严重。加强文物安全制度建设，提高防护能力，严厉打击文物盗掘、走私行为成为这一时期的工作重点。
20世纪80年代和90年代，由于保卫队伍、安全制度以及文物库房和展室等多方面都存在问题，全省每年都有多起馆藏文物和田野文物失盗现象发生，社会影响很大。安全工作重点是加强保卫队伍和规章制度建设，提高防护能力。技防方面从初级的“三铁一器”（铁门、铁窗、铁柜、报警器），逐步发展到人防与技防、安防与消防、具体部位防卫与周界报警相结合的立体安全保卫体系。1991年9月，省文化厅、省文物局、省公安厅共同召开全省文物安全工作会议，中心议题是贯彻落实省委、省政府领导对青州市博物馆失盗事件的批示，落实由这三个部门联合制定的《山东省文物安全责任书》。当年，开始对不能保证文物安全的文物保管单位,依据《山东省文物保护管理条例》规定，由上级文物行政管理部门将其所藏珍贵文物调到具备安全条件的单位保存，截至2005年底，全省有160余个文物收藏单位的安全设施得到改善。1992年，开始在全省全面推进由国家文物局和公安部联合提出的《文物系统博物馆风险等级和安全防护级别的规定》的实施工作，确定一、二、三级风险单位，推动达标工作，非风险等级单位参照执行，51处全国重点文物保护单位及山东省博物馆、青岛市博物馆等被国家文物局和公安部核准为一级风险单位，截至2000年底，第一批一级风险单位基本完成达标任务，2002年底二、三级风险单位基本完成达标任务，并从2001年开始接受国家文物局和公安部的验收。田野文物的保护主要是加强保护机构建设和总结推广各地的好经验。淄博市1995年开始加大执法队伍建设，推动行政执法规范化、制度化。济南、济宁等市开始探索并坚持市、县、乡、村、人层层签订文物安全责任书制度，省文化厅、省文物局1996年开始在全省推广，对田野不可移动文物的保护起到巨大作用。
严厉打击盗掘和走私文物犯罪行为也是这一时期的主要工作。1991年6月，第七届全国人大常委会第二十次会议通过《关于整治盗掘古文化遗址古墓葬犯罪的补充规定》后，山东省文物部门与公安、海关等有关部门的联合工作机制日趋完善，破案率明显提升。一批大案要案被侦破，起到震慑作用。其中，1991年破获青州市博物馆“明状元殿试卷”“东汉宜子孙玉璧”等一级藏品及汉、宋、明、清各代共12件珍贵文物被盗案。同年，滕州市破获盗掘古墓团伙，查获文物154件，其中珍贵文物32件。1992年，临淄抓获盗掘田齐王陵陪葬坑（未遂）犯罪嫌疑人6人。1993年，胶南抓获盗掘12座古墓葬犯罪嫌疑人7人，台儿庄抓获盗掘偪阳故城古墓犯罪嫌疑人5人。1994年，嘉祥一举摧毁盗墓团伙16个,抓捕犯罪嫌疑人81人,收缴文物501件。1997年，聊城集中打击文物犯罪活动，仅莘县、冠县、阳谷就追缴文物318件。1998年6月，针对1997年四门塔佛头被盗割，1998年5月青州驼山石窟、平阴翠屏山多佛塔文物被盗案，省文化厅专门下发《关于加强田野石刻文物保护的通知》。1998年，青州破获驼山“5·13”特大抢劫文物案（盗割石窟内5座北魏时期石佛造像的佛头），抓捕犯罪嫌疑人7人。1998年前后，淄博市临淄区人民法院在盗墓案发地较多的齐都、齐陵、永流等乡镇召开7次公开宣判大会。1998—2005年，曲阜先后破获盗墓团伙10余个，抓捕犯罪嫌疑人50多人，追缴大批文物。1999年，泗水县圣水峪镇明代三王墓被盗案抓获犯罪嫌疑人10余人。同年，章丘市公安局将历年破获文物盗掘、盗卖案件中查收的134件文物移交章丘市博物馆收藏。2001年，济南和烟台海关移交查缴、罚没文物4000余件。2003年，台儿庄破获一起重大文物走私案，收缴文物203件。同年3月，济南市公安局破获洛庄汉墓特大盗窃、倒卖文物案，追回文物11件，其中国家一级文物4件、二级文物3件、三级文物3件，全部移交山东省博物馆。同年，枣庄市薛城区公安分局邹坞派出所移交中陈郝瓷窑遗址被盗文物近百件。2004年，东营追回失窃4年的一级文物“张郭石造像”。流失境外文物的追索工作也取得很大成绩。2001年，博兴失窃并流失于日本7年的一尊珍贵石刻造像，通过谈判无偿归还。全国重点文物保护单位四门塔在1997年3月被盗的阿閦佛佛头，由台湾法鼓山圣严法师于2002年12月无偿捐还。