1991—2005年，全省各级文物行政执法工作经历了从无到有，从个案处理到体制机制不断建立和完善的过程。执法主体方面，初期由各级文化局统一处理涉法事务，随着各市文物局、文物管理处、文物管理委员会办公室等管理机构的陆续成立，文物行政执法工作的主体责任更加明确。2005年，有12个县（市、区）成立了文物局，74个县（市、区）建立了文物管理所。建立健全执法机构，加强人员队伍培训成为全省文物行政执法的主要工作。执法工作主要集中在3个方面：（1）擅自改变文物保护单位管理体制问题。这一时期，受经济利益的影响，一些地方和重点文物保护单位以所有权和经营权分离的名义，擅自将文物保护单位的管理权交由企业，将文物资源作为企业资产经营，对文物保护体制产生了重大冲击。2001年初，省政府会同国家文物局，依法依规对因经营权和管理权分离致使曲阜“三孔”遭受严重损失事件进行果断处理，结合贯彻国务院《关于加强和改善文物工作的通知》精神，省政府办公厅下发《关于立即纠正擅自改变文物保护单位管理体制的通知》，遏制了全省基层文物机构违规改制的势头。这一事件造成了重大社会影响，也直接引发了在全国范围内对文物机构违规改制的依法依规处理和纠正工作。（2）严厉查处法人违法案件。1995—2002年，淄博市查处法人违法案件10余起，有的处罚由法院强制执行。1995年，曲阜文物执法大队联合国土、规划、工商、法院等部门对鲁国故城的10余处违法建筑进行强制拆除。同年，烟台市福山区人民法院强制执行一起破坏省级文物保护单位三十里铺古墓群的案件。2003年6月，济宁市文物局依法查处了济宁市市中区城建综合开发公司对市级文物保护单位竹竿巷部分古建筑违法拆除一案，依法申请法院责令其限期改正、恢复，并处罚款。这起执法案例被国家文物局列为示范案例。此外，2002—2005年对章丘旅游开发、京沪高铁等十几个工程项目对齐长城造成破坏和影响，2003年对长清大峰山管委破坏文物、曲阜市有关单位破坏鲁国故城、枣庄运河工程破坏文物，2005年对青岛某房产公司擅自拆除八大关建筑、邹平魏桥创业集团未经审批和文物勘探造成古墓被毁等问题都依法进行了处理，全省文物行政执法规范化水平不断提高。（3）加大文物市场监管力度。20世纪90年代初，文物市场形势发生很大变化，国有文物商店专营的格局被打破，拍卖企业纷纷涉足文物拍卖，各地集市式的文物市场开始自发形成。为解决这一执法监管盲区，各地文物管理部门主动介入市场管理，联合工商等有关部门，大力整顿文物市场经营秩序，健全市场规则，加强文物市场准入和监管力度，取得较好效果。济南、青岛、淄博、烟台等市还设立了由工商和文物部门共同监管的文物监管物品市场。2002年，按照全国统一部署，省文化厅会同公安、工商、经贸、海关等部门，对全省文物市场开展了一次较大规模的专项治理整顿工作。
文物行政审批是文物依法行政工作的主要方面。依据《中华人民共和国文物保护法》和《山东省文物保护管理条例》，2002年以前，省文化厅、省文物局主管的文物行政审批事项有26项，主要涉及文物保护单位范围和建设控制地带内的工程建设、考古勘探发掘、古建筑保护修缮、文物安全与消防工程、珍贵文物修复、交流、社会流散文物征集与销售、文物出入境、文物的拓印、拍摄、复制等。对于审批量较大、关系经济和社会发展、省和地方主管部门容易交叉行使的行政审批事项制定了管理办法，其中，1994年和2002年两次修订印发《山东省考古勘探、发掘管理暂行办法》，1994年印发《考古勘探团体资格、领队资格申报办法》等。2002年，为了做好与新修订的《中华人民共和国文物保护法》增设的文物审批和处罚职权的衔接，按照省政府统一部署，省文化厅对文物行政审批事项进行了梳理和调整，并对全省各级文物行政审批事项的调整提出具体要求。经省政府批准，共保留省级文物审批事项20项。2005年1月，全省文物行政部门开始贯彻落实文化部《文物行政处罚程序暂行规定》，重点解决文物行政执法偏软、偏乱等问题，在执法中切实保护公民、法人和其他组织的合法权益。
山东省各级党委、政府高度重视文物保护法律法规的落实和“五纳入”工作。2002年12月20日，山东省召开全省文物工作视频会议，分管副省长就贯彻落实《中华人民共和国文物保护法》和全国文物工作会议精神进行工作部署，20余个文物管理委员会成员单位及教育、科技、环保等相关部门、省直文博单位中层以上干部出席会议。各市、县（市、区）设立分会场，政府分管领导和文物管理委员会成员单位负责人参加会议。《中华人民共和国文物保护法》颁布后，全省各级文物部门持续保持学习贯彻高潮，省及各地文物部门购买、印制数万册分送各级领导和有关部门，省直文博单位人手一册。2003年5月《中华人民共和国文物保护法实施条例》颁布之日，省暨济南市文物部门在济南泉城广场组织大规模宣传咨询活动。分管副省长及省文管会成员单位负责人参加活动。在当年国家文物局举办的文物保护法知识竞赛活动中，山东省投送有效答卷2000份，排全国第三位。在第二届“全国文物保护好新闻”评选活动中，山东省成为获奖最多的省份，省文化厅也是唯一获得组织奖的省级单位。2004年，省人大常委会对4个市10个县进行“一法一条例”检查， 5个重点市进行自查，具体检查情况分别向省政府和省直有关部门进行了通报。
第二节 依法行政
1991—2005年，全省各级文物行政执法工作经历了从无到有，从个案处理到体制机制不断建立和完善的过程。执法主体方面，初期由各级文化局统一处理涉法事务，随着各市文物局、文物管理处、文物管理委员会办公室等管理机构的陆续成立，文物行政执法工作的主体责任更加明确。2005年，有12个县（市、区）成立了文物局，74个县（市、区）建立了文物管理所。建立健全执法机构，加强人员队伍培训成为全省文物行政执法的主要工作。执法工作主要集中在3个方面：（1）擅自改变文物保护单位管理体制问题。这一时期，受经济利益的影响，一些地方和重点文物保护单位以所有权和经营权分离的名义，擅自将文物保护单位的管理权交由企业，将文物资源作为企业资产经营，对文物保护体制产生了重大冲击。2001年初，省政府会同国家文物局，依法依规对因经营权和管理权分离致使曲阜“三孔”遭受严重损失事件进行果断处理，结合贯彻国务院《关于加强和改善文物工作的通知》精神，省政府办公厅下发《关于立即纠正擅自改变文物保护单位管理体制的通知》，遏制了全省基层文物机构违规改制的势头。这一事件造成了重大社会影响，也直接引发了在全国范围内对文物机构违规改制的依法依规处理和纠正工作。（2）严厉查处法人违法案件。1995—2002年，淄博市查处法人违法案件10余起，有的处罚由法院强制执行。1995年，曲阜文物执法大队联合国土、规划、工商、法院等部门对鲁国故城的10余处违法建筑进行强制拆除。同年，烟台市福山区人民法院强制执行一起破坏省级文物保护单位三十里铺古墓群的案件。2003年6月，济宁市文物局依法查处了济宁市市中区城建综合开发公司对市级文物保护单位竹竿巷部分古建筑违法拆除一案，依法申请法院责令其限期改正、恢复，并处罚款。这起执法案例被国家文物局列为示范案例。此外，2002—2005年对章丘旅游开发、京沪高铁等十几个工程项目对齐长城造成破坏和影响，2003年对长清大峰山管委破坏文物、曲阜市有关单位破坏鲁国故城、枣庄运河工程破坏文物，2005年对青岛某房产公司擅自拆除八大关建筑、邹平魏桥创业集团未经审批和文物勘探造成古墓被毁等问题都依法进行了处理，全省文物行政执法规范化水平不断提高。（3）加大文物市场监管力度。20世纪90年代初，文物市场形势发生很大变化，国有文物商店专营的格局被打破，拍卖企业纷纷涉足文物拍卖，各地集市式的文物市场开始自发形成。为解决这一执法监管盲区，各地文物管理部门主动介入市场管理，联合工商等有关部门，大力整顿文物市场经营秩序，健全市场规则，加强文物市场准入和监管力度，取得较好效果。济南、青岛、淄博、烟台等市还设立了由工商和文物部门共同监管的文物监管物品市场。2002年，按照全国统一部署，省文化厅会同公安、工商、经贸、海关等部门，对全省文物市场开展了一次较大规模的专项治理整顿工作。
文物行政审批是文物依法行政工作的主要方面。依据《中华人民共和国文物保护法》和《山东省文物保护管理条例》，2002年以前，省文化厅、省文物局主管的文物行政审批事项有26项，主要涉及文物保护单位范围和建设控制地带内的工程建设、考古勘探发掘、古建筑保护修缮、文物安全与消防工程、珍贵文物修复、交流、社会流散文物征集与销售、文物出入境、文物的拓印、拍摄、复制等。对于审批量较大、关系经济和社会发展、省和地方主管部门容易交叉行使的行政审批事项制定了管理办法，其中，1994年和2002年两次修订印发《山东省考古勘探、发掘管理暂行办法》，1994年印发《考古勘探团体资格、领队资格申报办法》等。2002年，为了做好与新修订的《中华人民共和国文物保护法》增设的文物审批和处罚职权的衔接，按照省政府统一部署，省文化厅对文物行政审批事项进行了梳理和调整，并对全省各级文物行政审批事项的调整提出具体要求。经省政府批准，共保留省级文物审批事项20项。2005年1月，全省文物行政部门开始贯彻落实文化部《文物行政处罚程序暂行规定》，重点解决文物行政执法偏软、偏乱等问题，在执法中切实保护公民、法人和其他组织的合法权益。
山东省各级党委、政府高度重视文物保护法律法规的落实和“五纳入”工作。2002年12月20日，山东省召开全省文物工作视频会议，分管副省长就贯彻落实《中华人民共和国文物保护法》和全国文物工作会议精神进行工作部署，20余个文物管理委员会成员单位及教育、科技、环保等相关部门、省直文博单位中层以上干部出席会议。各市、县（市、区）设立分会场，政府分管领导和文物管理委员会成员单位负责人参加会议。《中华人民共和国文物保护法》颁布后，全省各级文物部门持续保持学习贯彻高潮，省及各地文物部门购买、印制数万册分送各级领导和有关部门，省直文博单位人手一册。2003年5月《中华人民共和国文物保护法实施条例》颁布之日，省暨济南市文物部门在济南泉城广场组织大规模宣传咨询活动。分管副省长及省文管会成员单位负责人参加活动。在当年国家文物局举办的文物保护法知识竞赛活动中，山东省投送有效答卷2000份，排全国第三位。在第二届“全国文物保护好新闻”评选活动中，山东省成为获奖最多的省份，省文化厅也是唯一获得组织奖的省级单位。2004年，省人大常委会对4个市10个县进行“一法一条例”检查， 5个重点市进行自查，具体检查情况分别向省政府和省直有关部门进行了通报。