1991—2005年，随着改革开放和现代化建设的不断深入，基本建设、城乡建设、旅游开发等进程中的文物保护任务日益繁重，破坏、损毁及拆除省、市、县级文物保护单位和重要文物的行为十分普遍，盗掘、盗窃、走私文物的犯罪行为猖獗，文物安全面临着严峻的形势；同时，贯彻实施《中华人民共和国文物保护法》，也亟待结合本地实际，制定文物保护地方性法规。加强文物法制建设成为这一时期的工作中心之一。
一、法规制定
省人大常委会1993年通过的《山东省宗教活动场所管理办法》，1995年通过的《山东省1996—2010年人文自然遗产保护与开发规划纲要》，均设置有关于文物保护的条款和内容。
1990年10月30日，省第七届人大常委会第十八次会议通过《山东省文物保护管理条例》（简称“条例”），成为中华人民共和国成立后山东省第一部省级地方文物法规。1994年8月9日省第八届人大常委会第九次会议和2002年7月27日省第九届人大常委会第三十次会议分别进行修正。2002年第二次修正后的条例包括总则、不可移动文物的管理、馆藏和流散文物的管理、考古发掘、文物拓印与拍摄、文物出境的管理、文物管理机构和经费、奖励与处罚、附则等八章四十三条。制定该条例的指导思想和目的是根据山东文物保护管理工作的实际情况，制定一个有山东特点的、系统全面的文物保护法规，有效地贯彻实施国家有关文物保护的法律法规，解决全省文物保护管理中的突出问题。在内容设置上，该条例尽可能突出山东文物保护管理工作的特点，侧重于将山东省文物保护管理工作中的经验、需要进一步调整和明确的关系、亟待解决的问题，以及对山东省国家机关、社会团体、企事业组织和个人应履行的权利和义务，文物保护管理中的禁止性行为，用法规形式固定下来。“不可移动文物”作为法律概念写入条例是山东省首创。该条例对涉及不可移动文物的重要活动，工作中所应遵循的原则、管理的方法、有关事项的审批程序等作了比较明确的规定。特别调整了文物保护与基本建设之间的关系，明确了对历史文化名城这一特殊历史文物遗存的保护原则和方法。对尚未公布为文物保护单位的不可移动文物的保护作了特别强调。关于馆藏和流散文物的管理，强调亟须加强的是改善收藏条件和方法，建立严格的管理制度。对于不具备收藏条件，近期又难以改善的，特别明确了文物的调藏原则。社会流散文物主要是强调统一管理的问题，禁止一切单位和个人非法经营和倒卖牟利，以及进行文物走私犯罪活动，防止国家珍贵文物的流失。关于考古发掘和文物的拓印、拍摄，是针对文物最直接的、技术性要求很高的专业工作，必须严格审批程序，尽可能减少工作性的破坏。对改革、调整、加强文物保护管理机构，该条例明确要求有文物保护工作任务的乡镇人民政府、街道办事处要建立群众性文物保护组织。关于奖励与处罚，指出对保护文物有功的集体和个人进行奖励，对破坏文物的单位和个人给予必要的处罚。为了保证这些条款的实施，还特别设立了行政复议和请求人民法院强制执行的内容。
1997年12月13日，省第八届人大常委会第三十一次会议通过《山东省历史文化名城保护条例》，是全国第一部历史文化名城保护的地方性法规。该条例包括总则、规划、建设、管理、法律责任、附则，共六章四十七条，明确历史文化名城的文物保护工作由文物行政管理部门负责。历史文化名城经批准后，当地人民政府应当组织规划、建设、文物、计划、土地、园林、旅游、环保等有关部门编制历史文化名城保护规划，并纳入城市总体规划。对具有传统风貌的商业、手工业、居住等街区以及文物古迹、革命纪念建筑集中连片的地区，或者在城市发展史上有重要历史、科学、艺术价值的建筑群等，应当划定为历史文化保护区。在保护规划确定的建设控制地带内进行建设的，建设项目设计方案在报城市规划行政主管部门批准前，应当先经文物行政管理部门审查同意。在历史文化名城中经批准使用文物保护单位的，应当与文物行政管理部门签订使用保护协议书，负责建筑物及其附属物的安全、保养和维修，接受文物行政管理部门的指导和监督。
2000年10月26日，省第九届人大常委会第十七次会议审议通过《泰山风景名胜区保护管理条例》《山东省刘公岛甲午战争纪念地保护管理规定》。《泰山风景名胜区保护管理条例》共分总则、保护、规划建设、管理、法律责任、附则六章，适用范围为泰山风景名胜区登天、天烛峰、桃花峪、樱桃园、玉泉寺、灵岩寺6个景区及外围保护地带。《山东省刘公岛甲午战争纪念地保护管理规定》是山东省针对全国重点文物保护单位制定的第一部专项保护法规，共二十二条。
济南、青岛、淄博市均制定了文物保护地方法规。《济南市文物保护管理规定》是济南市第一部文物保护管理的专门法规，于1998年12月25日施行，2001年7月27日进行了修正，修正后共三十一条。其中规定，文物行政管理部门应当与文物保护责任单位或责任人签订文物保护责任书；尚未核定公布为文物保护单位的，由市、县（市、区）文物行政管理部门报同级人民政府登记并予以保护；对可能埋藏文物的地段可以划定地下文物保护区，在文物调查的基础上经文物专家论证确认后，由市文物行政管理部门会同城市规划行政主管部门划定并报市政府批准公布。《青岛市文物保护管理规定》是青岛市第一部文物保护管理的专门法规，于1992年11月21日施行，1994年10月12日进行了修正。修正后分总则、文物保护与经费、文物利用、奖励与处罚、附则，共五章四十三条。其中规定，海关、公安、工商行政、计划、财政、城乡建设、土地、规划、宗教、园林、林业、房产、崂山风景区管理委员会等部门和单位，须按照各自职责，协同文物行政管理部门做好文物保护管理工作；乡镇人民政府和街道办事处协助文物行政管理部门做好辖区内的文物保护管理工作，可根据需要建立文物保护管理群众组织；全民所有制单位在外事活动中接受的礼品，属文物的须向当地文物行政管理部门登记，由指定的单位收藏；对基层文物保护人员，同级财政每年应给予适当补助；城市中属建筑物、构筑物的文物保护单位，除正常修缮之外为保护文物而特殊需要的修缮费，由文物行政管理部门于每年底按项目提报下一年度计划，从城市维护建设资金中按每年不低于千分之四的比例列支，予以补助。《淄博市文物保护管理办法》是淄博市第一部文物保护管理的专门法规，于1994年8月9日实施，2004年8月25日进行了修正。修正后共二十八条。其中规定，新发现和保护价值待定的不可移动文物，由市、区（县）文物行政管理部门确认并公布为文物暂保单位，视为同级重点文物保护单位予以保护；在市人民政府公布的临淄齐国故城四十八处重点遗址保护范围内，不得修建任何建筑物和构筑物，原有的建筑物、构筑物应限期改造、拆除或迁移；农业生产的耕作深度不得超过四十厘米；在淄博市临淄区等15个地域地下文物丰富的地区新建砖瓦场、进行基本建设和生产建设的，选址定点前，须经当地文物行政管理部门对工程范围内用地进行文物调查、勘探，确认无文物埋藏，并在“选址征询意见表”上盖章，规划管理部门方可发给“建设工程规划许可证”。
二、重要文件
山东省文物局1994年印发《山东省考古勘探、发掘管理暂行办法》和《考古勘探团体资格、领队资格申报办法》，1995年印发《关于发展中小型特色博物馆的决定》。1996年，省政府根据《山东省文物保护管理条例》有关规定，印发《山东省文物保护专项资金管理办法》。随后，省文化厅、省财政厅根据《山东省文物保护专项资金管理办法》制定了实施细则。其中规定，省内国家投资大而且收入高的重要文物旅游单位，应将门票收入的30%返还省财政，以利于重新投入省内文物保护项目。这在全国为首创。《山东省文物保护专项资金管理办法》自1997年1月1日起正式实施，确定缴款单位22家。当年14个单位按照规定上缴，共返还508万元。2001年，省政府认真贯彻国务院《关于加强和改善文物工作的通知》，专门下发《关于进一步加强文物保护工作的通知》。2003年，针对个别重点文物保护单位由于擅自改变管理体制造成文物受损的情况，省政府办公厅下发《关于立即纠正擅自改变文物保护单位管理体制的通知》。两个通知要求各市人民政府，各县（市、区）人民政府，省政府各部门、各直属机构，各大企业，各高等院校要提高认识，进一步增强做好文物保护工作的自觉性；正确处理文物保护与经济建设、社会发展的关系，切实做好工程建设中的文物保护工作；合理利用文物资源，为全省经济社会发展服务；加大文物执法力度，严厉打击文物领域的犯罪活动；切实做好文物保护基础性工作，着力推进重点文物保护工程；加强领导，开创全省文物保护工作新局面。2003年6月，省文化厅、省公安厅、省国土资源厅、省建设厅、省环境保护局、省旅游局联合下发《关于进一步加强齐长城保护管理工作的通知》。
各市由市人民政府印发关于文物保护规范性文件的有：枣庄、日照、聊城、潍坊、烟台、莱芜、泰安、滨州等市。有些市（地）颁布了一些有地方特色的专门性文件，其中，济宁市人民政府1992年印发《关于进一步加强文物安全工作的意见》、菏泽地区行署1994年下发《关于在城乡基本建设、生产建设和开发建设中加强文物保护的通知》、聊城地区文物管理委员会1994年与其他部门联合印发《关于在我区城乡建设和土地使用过程中加强文物保护管理的实施意见》、淄博市人民政府1999年印发《淄博市文物市场管理办法》、枣庄市人民政府办公室2004年印发《枣庄市文物保护突发事件应急处置办法》、东营市文化体育局2004年与其他部门联合印发《关于全面落实文物保护“五纳入”的意见》等。
第一节 法规建设
1991—2005年，随着改革开放和现代化建设的不断深入，基本建设、城乡建设、旅游开发等进程中的文物保护任务日益繁重，破坏、损毁及拆除省、市、县级文物保护单位和重要文物的行为十分普遍，盗掘、盗窃、走私文物的犯罪行为猖獗，文物安全面临着严峻的形势；同时，贯彻实施《中华人民共和国文物保护法》，也亟待结合本地实际，制定文物保护地方性法规。加强文物法制建设成为这一时期的工作中心之一。
一、法规制定
省人大常委会1993年通过的《山东省宗教活动场所管理办法》，1995年通过的《山东省1996—2010年人文自然遗产保护与开发规划纲要》，均设置有关于文物保护的条款和内容。
1990年10月30日，省第七届人大常委会第十八次会议通过《山东省文物保护管理条例》（简称“条例”），成为中华人民共和国成立后山东省第一部省级地方文物法规。1994年8月9日省第八届人大常委会第九次会议和2002年7月27日省第九届人大常委会第三十次会议分别进行修正。2002年第二次修正后的条例包括总则、不可移动文物的管理、馆藏和流散文物的管理、考古发掘、文物拓印与拍摄、文物出境的管理、文物管理机构和经费、奖励与处罚、附则等八章四十三条。制定该条例的指导思想和目的是根据山东文物保护管理工作的实际情况，制定一个有山东特点的、系统全面的文物保护法规，有效地贯彻实施国家有关文物保护的法律法规，解决全省文物保护管理中的突出问题。在内容设置上，该条例尽可能突出山东文物保护管理工作的特点，侧重于将山东省文物保护管理工作中的经验、需要进一步调整和明确的关系、亟待解决的问题，以及对山东省国家机关、社会团体、企事业组织和个人应履行的权利和义务，文物保护管理中的禁止性行为，用法规形式固定下来。“不可移动文物”作为法律概念写入条例是山东省首创。该条例对涉及不可移动文物的重要活动，工作中所应遵循的原则、管理的方法、有关事项的审批程序等作了比较明确的规定。特别调整了文物保护与基本建设之间的关系，明确了对历史文化名城这一特殊历史文物遗存的保护原则和方法。对尚未公布为文物保护单位的不可移动文物的保护作了特别强调。关于馆藏和流散文物的管理，强调亟须加强的是改善收藏条件和方法，建立严格的管理制度。对于不具备收藏条件，近期又难以改善的，特别明确了文物的调藏原则。社会流散文物主要是强调统一管理的问题，禁止一切单位和个人非法经营和倒卖牟利，以及进行文物走私犯罪活动，防止国家珍贵文物的流失。关于考古发掘和文物的拓印、拍摄，是针对文物最直接的、技术性要求很高的专业工作，必须严格审批程序，尽可能减少工作性的破坏。对改革、调整、加强文物保护管理机构，该条例明确要求有文物保护工作任务的乡镇人民政府、街道办事处要建立群众性文物保护组织。关于奖励与处罚，指出对保护文物有功的集体和个人进行奖励，对破坏文物的单位和个人给予必要的处罚。为了保证这些条款的实施，还特别设立了行政复议和请求人民法院强制执行的内容。
1997年12月13日，省第八届人大常委会第三十一次会议通过《山东省历史文化名城保护条例》，是全国第一部历史文化名城保护的地方性法规。该条例包括总则、规划、建设、管理、法律责任、附则，共六章四十七条，明确历史文化名城的文物保护工作由文物行政管理部门负责。历史文化名城经批准后，当地人民政府应当组织规划、建设、文物、计划、土地、园林、旅游、环保等有关部门编制历史文化名城保护规划，并纳入城市总体规划。对具有传统风貌的商业、手工业、居住等街区以及文物古迹、革命纪念建筑集中连片的地区，或者在城市发展史上有重要历史、科学、艺术价值的建筑群等，应当划定为历史文化保护区。在保护规划确定的建设控制地带内进行建设的，建设项目设计方案在报城市规划行政主管部门批准前，应当先经文物行政管理部门审查同意。在历史文化名城中经批准使用文物保护单位的，应当与文物行政管理部门签订使用保护协议书，负责建筑物及其附属物的安全、保养和维修，接受文物行政管理部门的指导和监督。
2000年10月26日，省第九届人大常委会第十七次会议审议通过《泰山风景名胜区保护管理条例》《山东省刘公岛甲午战争纪念地保护管理规定》。《泰山风景名胜区保护管理条例》共分总则、保护、规划建设、管理、法律责任、附则六章，适用范围为泰山风景名胜区登天、天烛峰、桃花峪、樱桃园、玉泉寺、灵岩寺6个景区及外围保护地带。《山东省刘公岛甲午战争纪念地保护管理规定》是山东省针对全国重点文物保护单位制定的第一部专项保护法规，共二十二条。
济南、青岛、淄博市均制定了文物保护地方法规。《济南市文物保护管理规定》是济南市第一部文物保护管理的专门法规，于1998年12月25日施行，2001年7月27日进行了修正，修正后共三十一条。其中规定，文物行政管理部门应当与文物保护责任单位或责任人签订文物保护责任书；尚未核定公布为文物保护单位的，由市、县（市、区）文物行政管理部门报同级人民政府登记并予以保护；对可能埋藏文物的地段可以划定地下文物保护区，在文物调查的基础上经文物专家论证确认后，由市文物行政管理部门会同城市规划行政主管部门划定并报市政府批准公布。《青岛市文物保护管理规定》是青岛市第一部文物保护管理的专门法规，于1992年11月21日施行，1994年10月12日进行了修正。修正后分总则、文物保护与经费、文物利用、奖励与处罚、附则，共五章四十三条。其中规定，海关、公安、工商行政、计划、财政、城乡建设、土地、规划、宗教、园林、林业、房产、崂山风景区管理委员会等部门和单位，须按照各自职责，协同文物行政管理部门做好文物保护管理工作；乡镇人民政府和街道办事处协助文物行政管理部门做好辖区内的文物保护管理工作，可根据需要建立文物保护管理群众组织；全民所有制单位在外事活动中接受的礼品，属文物的须向当地文物行政管理部门登记，由指定的单位收藏；对基层文物保护人员，同级财政每年应给予适当补助；城市中属建筑物、构筑物的文物保护单位，除正常修缮之外为保护文物而特殊需要的修缮费，由文物行政管理部门于每年底按项目提报下一年度计划，从城市维护建设资金中按每年不低于千分之四的比例列支，予以补助。《淄博市文物保护管理办法》是淄博市第一部文物保护管理的专门法规，于1994年8月9日实施，2004年8月25日进行了修正。修正后共二十八条。其中规定，新发现和保护价值待定的不可移动文物，由市、区（县）文物行政管理部门确认并公布为文物暂保单位，视为同级重点文物保护单位予以保护；在市人民政府公布的临淄齐国故城四十八处重点遗址保护范围内，不得修建任何建筑物和构筑物，原有的建筑物、构筑物应限期改造、拆除或迁移；农业生产的耕作深度不得超过四十厘米；在淄博市临淄区等15个地域地下文物丰富的地区新建砖瓦场、进行基本建设和生产建设的，选址定点前，须经当地文物行政管理部门对工程范围内用地进行文物调查、勘探，确认无文物埋藏，并在“选址征询意见表”上盖章，规划管理部门方可发给“建设工程规划许可证”。
二、重要文件
山东省文物局1994年印发《山东省考古勘探、发掘管理暂行办法》和《考古勘探团体资格、领队资格申报办法》，1995年印发《关于发展中小型特色博物馆的决定》。1996年，省政府根据《山东省文物保护管理条例》有关规定，印发《山东省文物保护专项资金管理办法》。随后，省文化厅、省财政厅根据《山东省文物保护专项资金管理办法》制定了实施细则。其中规定，省内国家投资大而且收入高的重要文物旅游单位，应将门票收入的30%返还省财政，以利于重新投入省内文物保护项目。这在全国为首创。《山东省文物保护专项资金管理办法》自1997年1月1日起正式实施，确定缴款单位22家。当年14个单位按照规定上缴，共返还508万元。2001年，省政府认真贯彻国务院《关于加强和改善文物工作的通知》，专门下发《关于进一步加强文物保护工作的通知》。2003年，针对个别重点文物保护单位由于擅自改变管理体制造成文物受损的情况，省政府办公厅下发《关于立即纠正擅自改变文物保护单位管理体制的通知》。两个通知要求各市人民政府，各县（市、区）人民政府，省政府各部门、各直属机构，各大企业，各高等院校要提高认识，进一步增强做好文物保护工作的自觉性；正确处理文物保护与经济建设、社会发展的关系，切实做好工程建设中的文物保护工作；合理利用文物资源，为全省经济社会发展服务；加大文物执法力度，严厉打击文物领域的犯罪活动；切实做好文物保护基础性工作，着力推进重点文物保护工程；加强领导，开创全省文物保护工作新局面。2003年6月，省文化厅、省公安厅、省国土资源厅、省建设厅、省环境保护局、省旅游局联合下发《关于进一步加强齐长城保护管理工作的通知》。
各市由市人民政府印发关于文物保护规范性文件的有：枣庄、日照、聊城、潍坊、烟台、莱芜、泰安、滨州等市。有些市（地）颁布了一些有地方特色的专门性文件，其中，济宁市人民政府1992年印发《关于进一步加强文物安全工作的意见》、菏泽地区行署1994年下发《关于在城乡基本建设、生产建设和开发建设中加强文物保护的通知》、聊城地区文物管理委员会1994年与其他部门联合印发《关于在我区城乡建设和土地使用过程中加强文物保护管理的实施意见》、淄博市人民政府1999年印发《淄博市文物市场管理办法》、枣庄市人民政府办公室2004年印发《枣庄市文物保护突发事件应急处置办法》、东营市文化体育局2004年与其他部门联合印发《关于全面落实文物保护“五纳入”的意见》等。