一、管理体制改革
20世纪90年代，国家启动“中央地方两级管理、以地方政府为主”的高等教育管理体制改革。山东省积极配合参与改革，通过建立教育部与省政府共建和省与市（地）共建的体制，以及调整、明确省属高校主管部门，厘清各级政府间以及政府、部门间的高等教育管理职责和权限，增强了政府对高等教育的统筹能力。
教育部与山东省政府共建体制。1994年7月，国家教委、山东省政府签订《关于共同建设山东大学和青岛海洋大学实行双重领导联合办学的意见》。1998年11月，山东矿业学院、中国煤炭经济学院、青岛化工学院、青岛建筑工程学院、山东建筑材料工业学院划转山东省，实行中央与山东省共建、以山东省管理为主的管理体制，列入省属事业单位编制序列，由省教委主管。2000年5月，调整山东财政学院、济南交通高等专科学校、山东电力高等专科学校的管理体制，实行中央与山东省共建、以山东省管理为主的管理体制。7月，山东大学、山东医科大学、山东工业大学合并，组建新的山东大学。新的山东大学仍为教育部直属高校，实行教育部与山东省共建共管体制。
省与市（地）共建体制。1993年5月，在青岛大学、山东纺织工学院、青岛医学院和青岛师范专科学校的基础上组建新的青岛大学，实行省与青岛市双重领导、以省为主的管理体制，由省教委主管。2000年10月，山东建筑材料工业学院与济南联合大学合并组建济南大学，实行省和济南市共建、以省管理为主的管理体制，由省教育厅主管。2002年，山东工程学院与淄博学院合并成立山东理工大学，实行省和淄博市共建、教育管理以省为主的管理体制。同年5月，在泰安师范专科学校、泰安教育学院、泰山乡镇企业职工大学以及泰安市广播电视大学（资源）实质性合并的基础上建立泰山学院，实行省与泰安市双重领导、以泰安市为主的办学体制。2004年7月，在菏泽师范专科学校的基础上建立菏泽学院，在枣庄师范专科学校的基础上建立枣庄学院，在滨州师范专科学校的基础上建立滨州学院，在淄博师范学校的基础上建立淄博师范高等专科学校，均实行省与市双重领导和管理，以市为主的管理体制。
调整、明确省属高校主管部门。1999年3月，调整山东经济学院、山东农业大学、莱阳农学院、山东艺术学院、山东轻工业学院、山东水利专科学校6所省属高等学校的管理体制，分别由原来省经委、省农业厅、省文化厅、省一轻总会、省水利厅主管改为由省教委主管，人事及工资计划、基本建设经费和正常事业费的管理渠道随之划转省教委。7月，山东农业大学和山东水利专科学校合并，山东省林业学校同时并入，组建新的山东农业大学，由省教委主管；原通过省农业厅、省水利厅、省林业厅核拨的经费改为通过省教委下发。2002年6月，济南交通专科学校与中国重汽集团职工大学合并成立山东交通学院，由省政府领导，实行省教育厅与省交通厅共管、以省教育厅为主的管理体制，中国重汽集团公司参与办学和管理。2004年7月，在山东省中医药学校的基础上建立山东中医药高等专科学校，由省政府领导，实行省教育厅与省卫生厅共管、以省卫生厅为主的管理体制；在山东公安专科学校的基础上建立山东警察学院，由省政府领导，实行省教育厅与省公安厅共管、以省公安厅为主的管理体制。
二、高校办学自主权扩大
1994年后，山东省按照《山东省实施〈中国教育改革和发展纲要〉的意见》要求，理顺政府与高校的关系，扩大学校办学自主权，使高校逐步成为面向社会自主办学的法人实体；政府对学校主要运用法律、政策指导和必要的行政手段进行宏观管理。
1999年9月，省政府下发《关于深化高等教育改革的若干意见的通知》，要求各级各部门主动为高校服务，简政放权，转变职能，认真落实《高等教育法》和国家有关方针政策，为高教改革提供强有力的支持和良好的外部环境，使高校成为面向社会依法自主办学的法人实体；根据实际需要和精简、效能的原则，学校可以自主确定和调整学校的教学、科研组织机构。
1999年10月以后，根据省委、省政府关于深化教育改革全面推进素质教育的意见，山东省深化招生就业制度改革，扩大高校招生自主权，建立双向选择、自主择业的毕业生就业制度。
三、内部管理体制改革
全省高校实行党委领导下的校（院）长负责制，党委领导高校工作，校（院）长在党委领导下独立负责地行使职权。各高校在实行和完善党委领导下的校（院）长负责制的同时，还设置、建设监督机构，加强对党政系统的监督工作。高校设立党的纪律检查委员会，协助党的委员会加强党风建设，检查党的路线、方针、政策和决议的执行情况；设立监察处，履行行政监督职能；设立审计处，履行经济审计监督职能。各高校还建立健全党委领导下的教职工代表大会制，保障教职工参与民主管理和监督。
1992年始，按照省政府要求，全省高校可以在主管部门核定的人员编制内，确定和调整校内各单位的人员编制，建立固定编制和流动编制相结合、事业单位与企业编制相结合的编制结构；逐步对省属高校推行工资总额包干制度；高校在学校编制限额和专业技术职务结构比例内，设置各级各类工作岗位和专业技术岗位，按岗位择优评聘，可以高职低聘，也可以低职高聘。
1994年始，全省按照《山东省实施〈中国教育改革和发展纲要〉的意见》要求，加强和深化学校内部管理体制改革；各级教育部门和学校领导以主要精力抓教育改革和学校管理；通过学校内部机构与人事制度、分配制度和后勤管理改革，引入竞争机制，促进人员合理流动，优化教师队伍，提高了教育质量和办学效益。
1999年9月以后，根据省政府《关于深化高等教育改革的若干意见的通知》要求，全省全面深化高校内部管理体制改革。1.加强和完善编制宏观管理。省政府主管部门负责核定高校基本教育规模编制，制定机构编制标准。实行事企分开，剥离校办企业、后勤服务职能与机构，其他附属单位也随着社区服务的完善和现代企业制度的推行，逐步从学校规范分离。2.精简高校管理机构。本着政事分开的原则，高校不与党委、政府对口设置机构。合并主体职能相同的管理机构，任务性质相近的机构实行合署办公。校部管理机构按学校规模确定，原则上掌握在1020个，领导职数掌握在机构设置数的2.5倍以内。3.努力提高高校的生员比和生师比。到2000年，高校生员比和生师比分别达到5：1和12：1，争取逐步达到8：1和15：1。高校教学科研人员占全校教职工的比例由40%发展为2000年的60%以上。校部党政机构人员编制与全校党政管理人员编制，原则上分别控制在全校基本教育规模编制和专职科研编制人数的6%8%和12%15%。4.积极推行专业技术职务聘任制和全员聘用合同制。教师及其他专业技术人员实行专业技术职务聘任制，党政管理人员实行教育职员聘任制和行政管理职务聘任制，后勤服务人员实行劳动合同制。总的原则是科学设岗，公开招聘，平等竞争，择优聘任，严格考核，合约管理。5.建立固定工资与校内津贴双轨运行的分配制度。增加岗位津贴分配比例，拉开分配差距，提高教师待遇，鼓励公平竞争。科技成果可以作为生产要素参与分配。6.学院实行“统一领导，集中管理”的财务管理体制，加强宏观调控能力。加强内部审计，提高资金使用效益。7.积极推进后勤服务社会化，用35年时间，建立起适应社会主义市场经济和高等教育事业发展的后勤服务社会化体系。现有高校后勤转为具有法人资格的经济实体，其人员实行“老人老办法，新人新办法”的过渡措施。8.制定有关政策，建立与用人制度改革相配套的保障体系。建立校内待业保险机制；充分发挥学校自身优势，拓宽就业渠道，积极妥善安置待聘人员；采取切实措施，实行教师和管理、教辅、工勤人员在校内的合理流动；开展多种形式的培训和学习，为转岗交流创造条件。
1999年10月，省委、省政府印发《关于深化教育改革全面推进素质教育的意见》。全省高校认真贯彻落实，进一步深化校内管理体制改革，坚持精简效能的原则，减人增效，推进后勤服务社会化；深化教学科研改革，优化专业结构，改革课程体系和教学方法，提高教育教学质量。结合学校自身实际，实行和推进学校内部机构与人事制度、分配制度及后勤管理等方面的改革，不断提高学校管理水平，稳步推进教学科研工作开展。
四、民办高等教育发展
20世纪90年代中期以前，山东省民办教育开拓性不足，发展相对缓慢。1997年，以贯彻落实国务院颁布的《社会力量办学条例》为契机，全省民办教育进入快速发展时期。
1999年9月，省政府下发《关于深化高等教育改革的若干意见的通知》，全省开始采取多种措施，深化办学体制改革，积极推进民办教育发展，制定优惠政策，支持企业集团、社会团体、公民个人以及港澳台同胞、国外机构和个人以多种形式参与举办高等教育，尤其是高等职业教育。民办高等教育办学者可以得到适当回报；新建或扩建民办高校用地，除外商投资经营和经营性私立学校外，当地政府要依法划拨；达到国家规定的高等学历教育标准的民办高校，要按规定程序尽快批准为学历民办高校；经评估达到办学条件的民办高校，可以成为公办高校以高职教育为主的二级学院或承担公办高校部分培养任务；民办高校享有与公办高校平等的法律地位。同时，省教委在12所国有高校进行民办的试点工作，在保证国有资产从中保值增值的基础上，将其放给企业、社会团体或个人举办，国家给予适当补助，参照民办高校方式运行。
2002年，省教育厅针对《社会力量办学条例》中的一些条款已不适应形势的发展，而且一些民办高校存在自发办学、盲目发展、专职教师少、办学条件差、教学质量低等问题和家族式管理、过度宣传、争抢生源等不规范行为，对民办高校的设立条件、审批、管理等给予明确规定，并把民办高校的管理权限由省下放到市，省一级主要负责宏观管理、协调与指导。
同年5月，省教育厅下发《关于在部分省属普通高校试办民营二级学院的通知》，决定在部分省属普通高校试办民营性质的二级学院，实行董事会领导下的院长负责制，实行相对独立办学，进一步推动民办高等教育改革与发展。
2003年7月，省教育厅下发《关于对全省非学历民办高校进行评估的通知》，提出对全省非学历民办高校进行一次全面评估和检查。评估内容包括办学方向、办学条件、学校管理、社会效益等方面。按评估得分将参评学校分为优秀、良好、合格、不合格四个等级，并向社会公布。
全省民办高等教育蓬勃发展的同时，民办高校的办学水平、教育教学质量也明显提高，出现一批投资多、规模大、条件好、特色鲜明的民办高等学校。部分学校已具备规范的办学体系、完善的办学条件和相当数量的办学规模，在校生规模持续快速增长，在人才培养模式改革、师资队伍、课程建设、专业建设等方面取得较好成绩，人才培养质量得到了社会的认可。不少学校借助于企业、行业办学优势，在多年办学实践中与企业行业建立了紧密合作关系，在校企合作、工学结合等方面取得了良好成绩。烟台南山学院、潍坊科技职业学院、山东万杰医学高等专科学校等高校在人才培养模式创新方面进行了有益的探索和实践。2005年，烟台南山学院、青岛滨海学院两所办学理念先进、办学规模适度和办学质量良好的优秀民办高校，经教育部批准升格为本科层次普通高校。同年，山东协和职业学院的“中医诊断学”“正常人体解剖学”课程被评为省级精品课程。
截至2005年底，全省共有民办高校129所，包括24所本专科（本科2所，专科22所）层次职业教育性质的高校、12所独立学院、93所非学历教育机构；在校生近30万人，成为山东省教育事业的重要组成部分。
第二节 管理体制与办学体制改革
一、管理体制改革
20世纪90年代，国家启动“中央地方两级管理、以地方政府为主”的高等教育管理体制改革。山东省积极配合参与改革，通过建立教育部与省政府共建和省与市（地）共建的体制，以及调整、明确省属高校主管部门，厘清各级政府间以及政府、部门间的高等教育管理职责和权限，增强了政府对高等教育的统筹能力。
教育部与山东省政府共建体制。1994年7月，国家教委、山东省政府签订《关于共同建设山东大学和青岛海洋大学实行双重领导联合办学的意见》。1998年11月，山东矿业学院、中国煤炭经济学院、青岛化工学院、青岛建筑工程学院、山东建筑材料工业学院划转山东省，实行中央与山东省共建、以山东省管理为主的管理体制，列入省属事业单位编制序列，由省教委主管。2000年5月，调整山东财政学院、济南交通高等专科学校、山东电力高等专科学校的管理体制，实行中央与山东省共建、以山东省管理为主的管理体制。7月，山东大学、山东医科大学、山东工业大学合并，组建新的山东大学。新的山东大学仍为教育部直属高校，实行教育部与山东省共建共管体制。
省与市（地）共建体制。1993年5月，在青岛大学、山东纺织工学院、青岛医学院和青岛师范专科学校的基础上组建新的青岛大学，实行省与青岛市双重领导、以省为主的管理体制，由省教委主管。2000年10月，山东建筑材料工业学院与济南联合大学合并组建济南大学，实行省和济南市共建、以省管理为主的管理体制，由省教育厅主管。2002年，山东工程学院与淄博学院合并成立山东理工大学，实行省和淄博市共建、教育管理以省为主的管理体制。同年5月，在泰安师范专科学校、泰安教育学院、泰山乡镇企业职工大学以及泰安市广播电视大学（资源）实质性合并的基础上建立泰山学院，实行省与泰安市双重领导、以泰安市为主的办学体制。2004年7月，在菏泽师范专科学校的基础上建立菏泽学院，在枣庄师范专科学校的基础上建立枣庄学院，在滨州师范专科学校的基础上建立滨州学院，在淄博师范学校的基础上建立淄博师范高等专科学校，均实行省与市双重领导和管理，以市为主的管理体制。
调整、明确省属高校主管部门。1999年3月，调整山东经济学院、山东农业大学、莱阳农学院、山东艺术学院、山东轻工业学院、山东水利专科学校6所省属高等学校的管理体制，分别由原来省经委、省农业厅、省文化厅、省一轻总会、省水利厅主管改为由省教委主管，人事及工资计划、基本建设经费和正常事业费的管理渠道随之划转省教委。7月，山东农业大学和山东水利专科学校合并，山东省林业学校同时并入，组建新的山东农业大学，由省教委主管；原通过省农业厅、省水利厅、省林业厅核拨的经费改为通过省教委下发。2002年6月，济南交通专科学校与中国重汽集团职工大学合并成立山东交通学院，由省政府领导，实行省教育厅与省交通厅共管、以省教育厅为主的管理体制，中国重汽集团公司参与办学和管理。2004年7月，在山东省中医药学校的基础上建立山东中医药高等专科学校，由省政府领导，实行省教育厅与省卫生厅共管、以省卫生厅为主的管理体制；在山东公安专科学校的基础上建立山东警察学院，由省政府领导，实行省教育厅与省公安厅共管、以省公安厅为主的管理体制。
二、高校办学自主权扩大
1994年后，山东省按照《山东省实施〈中国教育改革和发展纲要〉的意见》要求，理顺政府与高校的关系，扩大学校办学自主权，使高校逐步成为面向社会自主办学的法人实体；政府对学校主要运用法律、政策指导和必要的行政手段进行宏观管理。
1999年9月，省政府下发《关于深化高等教育改革的若干意见的通知》，要求各级各部门主动为高校服务，简政放权，转变职能，认真落实《高等教育法》和国家有关方针政策，为高教改革提供强有力的支持和良好的外部环境，使高校成为面向社会依法自主办学的法人实体；根据实际需要和精简、效能的原则，学校可以自主确定和调整学校的教学、科研组织机构。
1999年10月以后，根据省委、省政府关于深化教育改革全面推进素质教育的意见，山东省深化招生就业制度改革，扩大高校招生自主权，建立双向选择、自主择业的毕业生就业制度。
三、内部管理体制改革
全省高校实行党委领导下的校（院）长负责制，党委领导高校工作，校（院）长在党委领导下独立负责地行使职权。各高校在实行和完善党委领导下的校（院）长负责制的同时，还设置、建设监督机构，加强对党政系统的监督工作。高校设立党的纪律检查委员会，协助党的委员会加强党风建设，检查党的路线、方针、政策和决议的执行情况；设立监察处，履行行政监督职能；设立审计处，履行经济审计监督职能。各高校还建立健全党委领导下的教职工代表大会制，保障教职工参与民主管理和监督。
1992年始，按照省政府要求，全省高校可以在主管部门核定的人员编制内，确定和调整校内各单位的人员编制，建立固定编制和流动编制相结合、事业单位与企业编制相结合的编制结构；逐步对省属高校推行工资总额包干制度；高校在学校编制限额和专业技术职务结构比例内，设置各级各类工作岗位和专业技术岗位，按岗位择优评聘，可以高职低聘，也可以低职高聘。
1994年始，全省按照《山东省实施〈中国教育改革和发展纲要〉的意见》要求，加强和深化学校内部管理体制改革；各级教育部门和学校领导以主要精力抓教育改革和学校管理；通过学校内部机构与人事制度、分配制度和后勤管理改革，引入竞争机制，促进人员合理流动，优化教师队伍，提高了教育质量和办学效益。
1999年9月以后，根据省政府《关于深化高等教育改革的若干意见的通知》要求，全省全面深化高校内部管理体制改革。1.加强和完善编制宏观管理。省政府主管部门负责核定高校基本教育规模编制，制定机构编制标准。实行事企分开，剥离校办企业、后勤服务职能与机构，其他附属单位也随着社区服务的完善和现代企业制度的推行，逐步从学校规范分离。2.精简高校管理机构。本着政事分开的原则，高校不与党委、政府对口设置机构。合并主体职能相同的管理机构，任务性质相近的机构实行合署办公。校部管理机构按学校规模确定，原则上掌握在1020个，领导职数掌握在机构设置数的2.5倍以内。3.努力提高高校的生员比和生师比。到2000年，高校生员比和生师比分别达到5：1和12：1，争取逐步达到8：1和15：1。高校教学科研人员占全校教职工的比例由40%发展为2000年的60%以上。校部党政机构人员编制与全校党政管理人员编制，原则上分别控制在全校基本教育规模编制和专职科研编制人数的6%8%和12%15%。4.积极推行专业技术职务聘任制和全员聘用合同制。教师及其他专业技术人员实行专业技术职务聘任制，党政管理人员实行教育职员聘任制和行政管理职务聘任制，后勤服务人员实行劳动合同制。总的原则是科学设岗，公开招聘，平等竞争，择优聘任，严格考核，合约管理。5.建立固定工资与校内津贴双轨运行的分配制度。增加岗位津贴分配比例，拉开分配差距，提高教师待遇，鼓励公平竞争。科技成果可以作为生产要素参与分配。6.学院实行“统一领导，集中管理”的财务管理体制，加强宏观调控能力。加强内部审计，提高资金使用效益。7.积极推进后勤服务社会化，用35年时间，建立起适应社会主义市场经济和高等教育事业发展的后勤服务社会化体系。现有高校后勤转为具有法人资格的经济实体，其人员实行“老人老办法，新人新办法”的过渡措施。8.制定有关政策，建立与用人制度改革相配套的保障体系。建立校内待业保险机制；充分发挥学校自身优势，拓宽就业渠道，积极妥善安置待聘人员；采取切实措施，实行教师和管理、教辅、工勤人员在校内的合理流动；开展多种形式的培训和学习，为转岗交流创造条件。
1999年10月，省委、省政府印发《关于深化教育改革全面推进素质教育的意见》。全省高校认真贯彻落实，进一步深化校内管理体制改革，坚持精简效能的原则，减人增效，推进后勤服务社会化；深化教学科研改革，优化专业结构，改革课程体系和教学方法，提高教育教学质量。结合学校自身实际，实行和推进学校内部机构与人事制度、分配制度及后勤管理等方面的改革，不断提高学校管理水平，稳步推进教学科研工作开展。
四、民办高等教育发展
20世纪90年代中期以前，山东省民办教育开拓性不足，发展相对缓慢。1997年，以贯彻落实国务院颁布的《社会力量办学条例》为契机，全省民办教育进入快速发展时期。
1999年9月，省政府下发《关于深化高等教育改革的若干意见的通知》，全省开始采取多种措施，深化办学体制改革，积极推进民办教育发展，制定优惠政策，支持企业集团、社会团体、公民个人以及港澳台同胞、国外机构和个人以多种形式参与举办高等教育，尤其是高等职业教育。民办高等教育办学者可以得到适当回报；新建或扩建民办高校用地，除外商投资经营和经营性私立学校外，当地政府要依法划拨；达到国家规定的高等学历教育标准的民办高校，要按规定程序尽快批准为学历民办高校；经评估达到办学条件的民办高校，可以成为公办高校以高职教育为主的二级学院或承担公办高校部分培养任务；民办高校享有与公办高校平等的法律地位。同时，省教委在12所国有高校进行民办的试点工作，在保证国有资产从中保值增值的基础上，将其放给企业、社会团体或个人举办，国家给予适当补助，参照民办高校方式运行。
2002年，省教育厅针对《社会力量办学条例》中的一些条款已不适应形势的发展，而且一些民办高校存在自发办学、盲目发展、专职教师少、办学条件差、教学质量低等问题和家族式管理、过度宣传、争抢生源等不规范行为，对民办高校的设立条件、审批、管理等给予明确规定，并把民办高校的管理权限由省下放到市，省一级主要负责宏观管理、协调与指导。
同年5月，省教育厅下发《关于在部分省属普通高校试办民营二级学院的通知》，决定在部分省属普通高校试办民营性质的二级学院，实行董事会领导下的院长负责制，实行相对独立办学，进一步推动民办高等教育改革与发展。
2003年7月，省教育厅下发《关于对全省非学历民办高校进行评估的通知》，提出对全省非学历民办高校进行一次全面评估和检查。评估内容包括办学方向、办学条件、学校管理、社会效益等方面。按评估得分将参评学校分为优秀、良好、合格、不合格四个等级，并向社会公布。
全省民办高等教育蓬勃发展的同时，民办高校的办学水平、教育教学质量也明显提高，出现一批投资多、规模大、条件好、特色鲜明的民办高等学校。部分学校已具备规范的办学体系、完善的办学条件和相当数量的办学规模，在校生规模持续快速增长，在人才培养模式改革、师资队伍、课程建设、专业建设等方面取得较好成绩，人才培养质量得到了社会的认可。不少学校借助于企业、行业办学优势，在多年办学实践中与企业行业建立了紧密合作关系，在校企合作、工学结合等方面取得了良好成绩。烟台南山学院、潍坊科技职业学院、山东万杰医学高等专科学校等高校在人才培养模式创新方面进行了有益的探索和实践。2005年，烟台南山学院、青岛滨海学院两所办学理念先进、办学规模适度和办学质量良好的优秀民办高校，经教育部批准升格为本科层次普通高校。同年，山东协和职业学院的“中医诊断学”“正常人体解剖学”课程被评为省级精品课程。
截至2005年底，全省共有民办高校129所，包括24所本专科（本科2所，专科22所）层次职业教育性质的高校、12所独立学院、93所非学历教育机构；在校生近30万人，成为山东省教育事业的重要组成部分。