1991—2005年，全省义务教育的改革主要围绕办学体制改革展开。
一、办学体制改革
1991年，省政府印发《山东省教育事业“八五”计划和十年规划》，要求进一步完善“地方负责，分级办学，分工管理”的基础教育领导管理体制。1992年，省委、省政府印发《关于提高教育质量办好教育为人民的决定》，提出改革管理体制和办学体制，基础教育实行政府分级办学为主、企事业单位和其他社会力量办学为辅的体制。
1999年，省委、省政府印发《关于贯彻〈中共中央、国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定〉的意见》，提出大力推进办学体制和投资体制的多元化，基本形成公办学校和民办学校共同发展的格局，使教育真正成为先导性、全局性、基础性的产业。
2001年，全省基础教育管理体制和办学体制有所改变，“以县为主”的管理体制逐步确立。同年8月，省政府《关于贯彻国发〔2001〕21号文件精神推动基础教育改革与发展的意见》提出，要落实在国务院领导下，由地方政府负责、分级管理、以县为主的农村义务教育管理体制，明确县级政府对本地农村义务教育负有主要责任，负责做好中小学的规划、布局调整、建设和管理，统一发放教职工工资，负责中小学校长、教师的管理和学校教育教学工作；乡（镇）政府承担相应的农村义务教育办学责任；要推进办学体制改革，义务教育坚持以政府办学为主，社会力量办学为补充。
2003年，全省农村教育工作会议提出要继续完善“以县为主”的农村义务教育管理体制。
至2005年10月底，全省140个县（市、区）全部将教师工资发放上收到县级财政。其中，县域内统一教师工资标准的县（市、区）67个，乡镇间统一标准的64个；将教师工资标准纳入县本级财政预算的78个。
二、收费改革
2004年3月，全省开始“教育券”试点工作。省教育厅确定沾化县为以“教育券”形式实施困难学生免费义务教育试点县。省教育厅、省财政厅制定的试点方案中确定了享受免费教育的对象、免费项目和标准、发放办法及资金来源等。“教育券”由县级量财印制，券面载明政府资助贫困学生的具体金额（免费标准）和使用时限；由县级教育行政部门发给贫困学生，每学期发放一次。学生将“教育券”交给学校充抵有关费用，学校凭“教育券”与财政或教育部门结算，取得拨款。资金由滨州市、沾化县两级财政负责筹集，省财政安排专项资金进行补助。鼓励企事业单位、社会团体和个人通过认购“教育券”的形式捐资。至年底，沾化县共有1698名贫困生通过“教育券”形式得到救助。
图1-42004年，省教育厅向发放“教育券”的定点单位授牌
同年，省教育厅印发《关于在全省义务教育阶段学校试行“一费制”收费办法的意见》，进一步规范中小学收费行为。同时，加大治理教育乱收费工作力度，召开治理教育乱收费工作会议，开展专项检查。全年共查缴盗版教材教辅读物16万余册，向学生退还各种乱收费总金额573.46万元，查处截留、挪用、挤占、平调教育经费涉及金额721.8万元，查处各级政府及有关部门摊派、搭车收费金额233万元，给予115人党纪政纪处分和组织处理。
2005年7月，省政府办公厅转发省财政厅、省教育厅《〈关于对农村义务教育阶段贫困家庭学生实施“两免一补”工作的意见〉的通知》，决定从2005年秋季开始，对全省农村义务教育阶段贫困家庭学生实施“两免一补”（免课本费、免杂费、补助寄宿生生活费）。《通知》明确了资助对象、资助标准、资金落实、资助形式等，要求各级财政、教育部门要按照“两免一补”工作要求，集中精力、集中力量积极推进“两免一补”工作的实施。山东省将“两免一补”工作纳入教育督导和财政困难县考核的内容进行考评，对工作扎实、措施得力、成效显著的地区给予奖励，对政策落实不到位的地区给予通报批评。