1991—2005年，全省教育科学研究广泛深入发展，推动了校长和教师专业水平的提高，为政府决策和管理的科学性提供了理论基础。
一、科研管理
1992年7月，山东省教育科学规划领导小组成立，领导小组办公室挂靠省教科所。领导小组主要负责研究制定全省教育科学研究规划，确定教育科学规划重要课题，并进行相应的管理、指导、验收和评估。省教育科学规划领导小组办公室主要承担科研规划、课题评审立项、课题管理等职能。
自1992年始，省教育科学规划领导小组相继制定和执行教育科研“八五”“九五”“十五”规划，发布相应课题指南，明确教育科研工作的指导思想、基本目标、原则、要求和研究重点。1993年制定《山东省教育科学规划重点研究课题管理暂行办法》，全省教育课研管理步入科学、规范道路。1995年，山东省第一届教育科研工作会议召开，会后省教委发布《关于进一步加强和改进教育科研工作的意见》，就教育科研的地位、领导、方向、机构、队伍、经费、管理、成果等作出规定。2002年，制定《山东省教育科学规划课题管理办法》，明确了课题管理的具体办法，以及各级科研机构和课题承担者对课题的责任与义务。
至2005年，全省有1315项课题获准立项，其中“十五”时期批准立项重点课题382项。全省在推广科研成果方面逐渐形成行政推广和多方联合两条有特色的途径，在科研人员、教研人员和骨干教师的共同参与下，形成一个教改科研联合体，把学习先进理论和组织教改研究有机结合，取得的成果被逐步推广。
二、主要科研成果
“山东省中小学生素质发展目标”研究。由省教科所与省教委基础教育处共同承担，主要研究中小学素质教育发展目标、实施途径和评价标准。通过对国内外已有成果进行全面系统分析和梳理，对人的素质及其结构特性进行深入研究，对中小学素质发展目标的内涵进行分析，对其原则和构建依据进行全面探讨，依此确立了《山东省中小学学生素质发展目标》。该课题于1998年11月通过专家鉴定，认为“在同类研究中居全国领先地位，……为建立实施素质教育良好的运行机制提供了坚实的理论基础和有力的保障”。该课题获山东省社会科学优秀成果一等奖，省教委转发各地认真学习实施。《中国青年报》《山东教育报》头版头条和中央电视台进行了报道。
“中国普通中学人口教育的历史回顾与前景”研究。全国教育科学“八五”重点课题，由山东教育学院人口教育研究所与国家教委基础教育司共同承担。该课题分析了中学人口教育的历史发展，总结了中学人口教育的基本经验，评估了教学效果与社会效益，提出了中学人口教育的前景与对策。1995年8月通过鉴定，认为“该研究在国内同类研究中处于领先地位，填补了教育研究的空白”。该课题成为国家教委和省教委关于中学人口教育决策的理论与实践依据。获国家计划生育委员会与中国人口学会人口科学优秀成果一等奖。
合作教学研究与实验。省教育科学“八五”重点课题，2001年后列为全国教育科学“八五”重点课题，由省教科所承担。课题运用马克思主义“人的本质”、心理学的交往行为和关系本体等理论，系统研究了合作学习、合作教学的原理与策略，建立了行之有效的操作体系。其研究成果在山东省以及全国大面积实验，成为促进素质教育深入发展的重大教学研究成果之一。该课题于2005年通过鉴定，被认为是现代化教学改革实验中成功的范例，被中国基础教育新课程改革的权威文献列为广泛推广和应用的教学理论、策略与操作模式。
创造教育实验研究。省教育科学“八五”重点课题，后又被列为省社会科学“九五”“十五”课题，全国教育科学“九五”“十五”重点课题，由山东师范大学教科所承担。研究内容包括幼小衔接创造性课题开发、中小学生创造力发展规律、促进方法与评价研究、教师创造教学态度与行为研究、创造性教学策略探讨等。该课题以创造性思维训练系列课为载体，以科学创造性教学、创造性实践活动为两翼，构建全方位、立体化的创造教育新模式，即“一体两翼”创造教育模式。编写了《创造活动》《创造发明技法》《科学史语》等读物。该课题于2005年通过鉴定，鉴定认为该课题“抓住了素质教育的关键，为同类研究树立了典范，对促进全国教育改革具有重要意义”。
山东教育结构研究。省“十五”哲学社会科学重点课题，由省教育厅承担，研究内容为按照经济、社会、人口结构变动趋势，主动调整教育结构，使之与经济、社会、人口结构的变动相适应。2002年4月，研究成果通过鉴定，认为达到国内领先水平。成果以专著《社会转型与教育结构选择——山东教育结构研究》形式由科学出版社出版。
中小幼现代科技教育实验与研究。“九五”“十五”时期教育部和科技部重点研究课题，由省教科所承担。该课题借鉴国外科学教育的理论与实践成果，并根据实验结果，对科技教育理论进行再创造，构建了一个扎根于中国教育土壤的比较完整的科技教育理论体系。实验学校通过开展科技教育实验，开设科技教育课，开展科技活动，培养了学生的创造性思维和动手能力，涌现出一批小发明，并获得省级和国家级奖励。2005年被鉴定为达到国内领先水平。
教育评价研究。由省教科所承担。课题采用理论研究与开发应用研究相结合的方式进行。通过研究，初步构建了适合中国教育改革发展需求的教育评价方法体系。省教科所与山东大学联合开发的“教学评价管理系统”被许多县（市、区）使用，提高了教学质量。研究的多项成果获山东省社会科学一、二等奖和山东省科学技术进步三等奖。
1991—2005年，在全省有影响的研究项目和成果还有：山东师范大学主编的《山东教育通史》，烟台市教委承担的全国教育科学“九五”重点课题“面向21世纪城市教育综合改革目标与评估机制研究和农村初中学习困难学生转化策略研究”，东营市教委承担的“黄河三角洲地区教育发展战略研究”“区域推进素质教育实践与探索”，青岛市教科所承担的省教育科学“九五”重点课题“小学双语教学整体改革实验与研究”，临沂市教委承担的“经济欠发达地区县以下农村教育综合改革中职业教育与成人教育的发展方向”和“分层分类培训教师、全面提高教师素质”，肥城市教研室承担的“中学生学习方法指导”等。
第二节 教育科学研究
1991—2005年，全省教育科学研究广泛深入发展，推动了校长和教师专业水平的提高，为政府决策和管理的科学性提供了理论基础。
一、科研管理
1992年7月，山东省教育科学规划领导小组成立，领导小组办公室挂靠省教科所。领导小组主要负责研究制定全省教育科学研究规划，确定教育科学规划重要课题，并进行相应的管理、指导、验收和评估。省教育科学规划领导小组办公室主要承担科研规划、课题评审立项、课题管理等职能。
自1992年始，省教育科学规划领导小组相继制定和执行教育科研“八五”“九五”“十五”规划，发布相应课题指南，明确教育科研工作的指导思想、基本目标、原则、要求和研究重点。1993年制定《山东省教育科学规划重点研究课题管理暂行办法》，全省教育课研管理步入科学、规范道路。1995年，山东省第一届教育科研工作会议召开，会后省教委发布《关于进一步加强和改进教育科研工作的意见》，就教育科研的地位、领导、方向、机构、队伍、经费、管理、成果等作出规定。2002年，制定《山东省教育科学规划课题管理办法》，明确了课题管理的具体办法，以及各级科研机构和课题承担者对课题的责任与义务。
至2005年，全省有1315项课题获准立项，其中“十五”时期批准立项重点课题382项。全省在推广科研成果方面逐渐形成行政推广和多方联合两条有特色的途径，在科研人员、教研人员和骨干教师的共同参与下，形成一个教改科研联合体，把学习先进理论和组织教改研究有机结合，取得的成果被逐步推广。
二、主要科研成果
“山东省中小学生素质发展目标”研究。由省教科所与省教委基础教育处共同承担，主要研究中小学素质教育发展目标、实施途径和评价标准。通过对国内外已有成果进行全面系统分析和梳理，对人的素质及其结构特性进行深入研究，对中小学素质发展目标的内涵进行分析，对其原则和构建依据进行全面探讨，依此确立了《山东省中小学学生素质发展目标》。该课题于1998年11月通过专家鉴定，认为“在同类研究中居全国领先地位，……为建立实施素质教育良好的运行机制提供了坚实的理论基础和有力的保障”。该课题获山东省社会科学优秀成果一等奖，省教委转发各地认真学习实施。《中国青年报》《山东教育报》头版头条和中央电视台进行了报道。
“中国普通中学人口教育的历史回顾与前景”研究。全国教育科学“八五”重点课题，由山东教育学院人口教育研究所与国家教委基础教育司共同承担。该课题分析了中学人口教育的历史发展，总结了中学人口教育的基本经验，评估了教学效果与社会效益，提出了中学人口教育的前景与对策。1995年8月通过鉴定，认为“该研究在国内同类研究中处于领先地位，填补了教育研究的空白”。该课题成为国家教委和省教委关于中学人口教育决策的理论与实践依据。获国家计划生育委员会与中国人口学会人口科学优秀成果一等奖。
合作教学研究与实验。省教育科学“八五”重点课题，2001年后列为全国教育科学“八五”重点课题，由省教科所承担。课题运用马克思主义“人的本质”、心理学的交往行为和关系本体等理论，系统研究了合作学习、合作教学的原理与策略，建立了行之有效的操作体系。其研究成果在山东省以及全国大面积实验，成为促进素质教育深入发展的重大教学研究成果之一。该课题于2005年通过鉴定，被认为是现代化教学改革实验中成功的范例，被中国基础教育新课程改革的权威文献列为广泛推广和应用的教学理论、策略与操作模式。
创造教育实验研究。省教育科学“八五”重点课题，后又被列为省社会科学“九五”“十五”课题，全国教育科学“九五”“十五”重点课题，由山东师范大学教科所承担。研究内容包括幼小衔接创造性课题开发、中小学生创造力发展规律、促进方法与评价研究、教师创造教学态度与行为研究、创造性教学策略探讨等。该课题以创造性思维训练系列课为载体，以科学创造性教学、创造性实践活动为两翼，构建全方位、立体化的创造教育新模式，即“一体两翼”创造教育模式。编写了《创造活动》《创造发明技法》《科学史语》等读物。该课题于2005年通过鉴定，鉴定认为该课题“抓住了素质教育的关键，为同类研究树立了典范，对促进全国教育改革具有重要意义”。
山东教育结构研究。省“十五”哲学社会科学重点课题，由省教育厅承担，研究内容为按照经济、社会、人口结构变动趋势，主动调整教育结构，使之与经济、社会、人口结构的变动相适应。2002年4月，研究成果通过鉴定，认为达到国内领先水平。成果以专著《社会转型与教育结构选择——山东教育结构研究》形式由科学出版社出版。
中小幼现代科技教育实验与研究。“九五”“十五”时期教育部和科技部重点研究课题，由省教科所承担。该课题借鉴国外科学教育的理论与实践成果，并根据实验结果，对科技教育理论进行再创造，构建了一个扎根于中国教育土壤的比较完整的科技教育理论体系。实验学校通过开展科技教育实验，开设科技教育课，开展科技活动，培养了学生的创造性思维和动手能力，涌现出一批小发明，并获得省级和国家级奖励。2005年被鉴定为达到国内领先水平。
教育评价研究。由省教科所承担。课题采用理论研究与开发应用研究相结合的方式进行。通过研究，初步构建了适合中国教育改革发展需求的教育评价方法体系。省教科所与山东大学联合开发的“教学评价管理系统”被许多县（市、区）使用，提高了教学质量。研究的多项成果获山东省社会科学一、二等奖和山东省科学技术进步三等奖。
1991—2005年，在全省有影响的研究项目和成果还有：山东师范大学主编的《山东教育通史》，烟台市教委承担的全国教育科学“九五”重点课题“面向21世纪城市教育综合改革目标与评估机制研究和农村初中学习困难学生转化策略研究”，东营市教委承担的“黄河三角洲地区教育发展战略研究”“区域推进素质教育实践与探索”，青岛市教科所承担的省教育科学“九五”重点课题“小学双语教学整体改革实验与研究”，临沂市教委承担的“经济欠发达地区县以下农村教育综合改革中职业教育与成人教育的发展方向”和“分层分类培训教师、全面提高教师素质”，肥城市教研室承担的“中学生学习方法指导”等。