1990年后，省教委（省教育厅）不断完善义务教育普及标准和评估验收的指标体系，组织县、市、省三级评估验收，保障了义务教育的改革发展。
一、普及标准
1988年，省教育厅印发《山东省乡镇义务教育实施水平评估方案（试行）》，方案包括五年（或六年）和九年（或八年）义务教育两个指标体系。
1990年，省教委对上述方案进行修改。修改后的九年制评估方案适用于按规划开始实施九年义务教育的乡镇，五年制的评估方案适用于已实现初等义务教育尚不能实施九年义务教育的乡镇。
1992年10月，省教委印发《关于加快我省教育事业发展，努力实现“两基”“两全”的意见》，制定了对县级实现“两基”的指标体系，作为省对县（市、区）检查验收的标准。
1995年3月，省教委印发《山东省普及九年义务教育评估验收实施办法》，对县级普及九年制义务教育的标准设定了普及程度、师资队伍、办学条件、教育经费4个方面14项质量规定。对经济欠发达地区义务教育学校内部设施配备标准另行规定。
二、评估验收
1990年5月，省教委印发《关于对乡镇义务教育实施水平进行年度评估的通知》，对已经宣布实施了一定年限义务教育的乡镇，在其自评的基础上，由省教委组织复评，评估结果优秀的确定为义务教育示范乡镇。
9月，省教委印发《山东省县（市、区）和乡（镇）义务教育实施程序》，确定了实施义务教育的师资、办学物质条件；明确乡（镇）、县（市、区）实现初等和初级中等义务教育的标准是按照相关指标体系评估达到良好水平。同时规定义务教育的实施程序为：符合实施初等义务教育或初级中等义务教育的乡（镇），由乡（镇）政府提出义务教育实施意见，初等义务教育由县级政府进行认可评估，初级中等义务教育由县级政府协助市级政府（地区行政公署）进行认可评估；在绝大多数乡镇均已实施了初等义务教育或初级中等义务教育的县（市、区），提出义务教育实施意见报同级人大或其常委会审议通过后实施；初等义务教育由市级政府进行认可评估，初级中等义务教育由市级政府（地区行政公署）协助省政府进行认可评估，评估通过后分别授予相应的“实现初等义务教育证书”或“实现初级中等义务教育证书”。
10月，省教委办公室印发《关于执行山东省县（市、区）和乡（镇）义务教育的实施程序的意见》，提出县、乡实施义务教育分为“准备实施义务教育”“正在实施初等义务教育”“实现了初等义务教育，准备实施初级中等义务教育”“正在实施初级中等义务教育”“实现了初级中等义务教育，继续巩固提高”五个阶段，各乡镇根据自身情况明确所处的阶段报省教育厅基础教育处备案。凡处于“实施初等义务教育”阶段的乡镇，通过自评达到实现初等义务教育标准，向县级政府提出复评认可申请，县级政府通过评估对达到标准给予认可，发给“乡（镇）实现初等义务教育证书”。凡处于“实施初级中等义务教育”阶段三年以上的乡镇，通过自评达到实现初级中等义务教育标准，向县级政府和市级政府（地区行政公署）提出复评认可申请，市级政府（地区行政公署）对县级政府进行复评认可，发给乡（镇）实现初级中等义务教育证书。
1992年，省教委修订乡（镇）义务教育评估方案，制定县（市、区）实施义务教育方案（初稿），义务教育评估更加规范。
1995年3月，省教委印发《山东省普及九年义务教育评估验收实施办法》，提出县级普及九年义务教育的评估验收，依据全省规划和各县实际，分期分批进行。县级义务教育的评估必须以完整准确的义务教育档案为基础，其验收要在乡级政府义务教育验收的基础上进行。通过自评达到普及九年义务教育标准的县，向所在市级政府（地区行政公署）提出复评申请。市（地）通过复评确认该县（市、区）达到标准时，向省政府提出验收申请。省教委代表省政府对申请验收的县（市、区）进行评估验收，确认达到各项指标要求的，由省教委向省政府、国家教委申报，提请认可其普及了九年义务教育。
三、普及过程
1991年底，除微山湖区和临沂地区10个乡（镇）外，全省2457个具有办学职能的乡（镇），有2443个乡（镇）宣布实施不同年限的义务教育，占乡（镇） 总数的99.4%，其中有569个乡（镇）宣布实施初级中等义务教育，占乡（镇）总数的23.2%。
1992年7月，省教委代表省政府首次对淄博市张店区进行“两基” 实施水平验收；11月、12月和1993年1月又先后对诸城市、寿光县、青岛市崂山区进行了评估验收。通过全面评估，确认上述县（市、区）在全省首批实现了“两基”目标。
1994年，省委、省政府提出确保1997年全省普及九年义务教育。9月，省长赵志浩代表省委、省政府与各市（地）政府（行署）主要负责人签订1997年实现“普九”目标责任书。全省“普九”步伐进一步加快，宣布实现“普九”目标的乡（镇）、县（市、区）数量不断增加。
同年底，经省评估验收，累计有54个县（市、区）实现“两基”；青岛、威海、莱芜全市实现“两基”。
1995年，全省普及九年义务教育工作按照“量力而行、尽力而为、积极进取”原则，加强分类指导，分步推进，对经济欠发达地区加强督促、检查和指导力度。省教委制定《山东省县级普及九年义务教育评估验收标准》，印发县级义务教育档案。下半年，省政府召开37个经济欠发达县区“普九”工作会议，同这些县区政府的分管县区长签订实现“两基”目标责任状。
1996年，全省12个县（市、区）被国家教委评为全国首批“两基”工作先进县。
1998年12月，省政府在菏泽市召开“普九”工作座谈会，进一步明确“普九”的任务和要求。济宁、菏泽两市（地）及其11个未“普九”县市汇报了各自“普九”工作进展状况。省政府对11个县市提出限期完成“普九”的要求，并加大对其“普九”资金扶持力度。
图1-2 1998年，微山县实现“普九”。左图为“普九”前的湖区校船，学生自己划船上学。右图为“普九”后新建的盐店渔民寄读学校
1999年，嘉祥、鱼台、梁山、菏泽、定陶、东明、单县7个县市通过省政府“普九”工作验收，全省实现“普九”的县（市、区）达到135个，占县（市、区）总数的97.1%，覆盖人口8508.27万人，人口覆盖率达195.9%，扫除青壮年文盲11.85万人。全省小学学龄儿童入学率达到99.61%，小学毕业生升入初中的比例达到98.04%。
2000年5月，鄄城、成武、曹县和巨野4个县先后通过省级“两基”验收。至此，全省139个县（市、区）全部实现“两基”目标。
11月，国家“两基”督导检查组对山东省“两基”工作进行督导评估，通过抽样检查聊城、滨州、菏泽3市所辖10个县（市、区）、30多个乡镇、120多所学校，认定山东省“两基”指标均达到国家标准，宣布山东省实现了普及九年义务教育、扫除青壮年文盲的历史任务。
