1990年，交通部、财政部印发《水路运输管理费征收和使用办法》，规定水路运
输管理费由各级航运行政管理部门负责征收。
同年，省交通厅、省财政厅、省物价局印发《山东省水路运输管理费征收和使用
实施办法》，规定运管费按水路运输(服务)企业、单位和个人的营运(营业)收入计征，
最高不超过营运(营业)收入的2%。对不能准确反映营运收入的，按沿海、内河不同类
型规定了具体的计征标准。征收办法是：沿海交通专业水路运输企业的运管费，由其
主管的航运管理部门按月或季、年征收；其他从事水路运输的企业、单位和个人的运
管费，由其所在地的航运管理部门征收。黄河、小清河内河交通专业水路运输企业的
运管费、省属国营横渡船舶的运管费，由其主管的航运管理部门按月或季、年征收。
南运河系水路运输企业、单位和个人的运管费分别由济宁、枣庄市航运管理部门按月
或季、年征收；南运河系半年以上长期固定在外地区境内从事运输船舶的运管费，由
规定的航管部门征收，然后与船舶从事运输地区的航运管理部门五五分成。在外省的，
按交通部规定执行。青岛、烟台海运公司缴纳的运管费，由省航运管理部门征收后，
分别按公司缴纳总额的40%， 按月返回公司所在地的市航运管理部门。市县之间、县
与县之间收入不平衡的，由市交通主管部门与有关县交通主管部门协商，采取提成上
交或分成的办法，由市(地)调剂解决。黄河、小清河、南运河(济宁、枣庄)系航运管
理部门征收的运管费， 按征收总额的20%按月上缴省航运管理部门。省属船舶修造企
业的运管费，由省航运管理部门征收。航运管理部门在征收运管费的同时，向缴费者
核发缴讫证。运管费作为预算外资金，纳入财政专户管理。
1997年，国务院修订《中华人民共和国水路运输管理条例》。对水路运管费的征
收，一直适用原有政策。