20世纪90年代，为全面调整农村分配关系，减轻农民负担，从根本上解决农村工
作中存在的矛盾，中共中央、国务院决定实施农村税费改革。山东省农村税费改革工
作经历了选择试点、扩大试点、全面试点、深化试点以及逐步向农村综合改革的转变
过程。
1999年4月， 山东省进行农民负担普查。2000年，中共中央、国务院《关于进行
农村税费改革试点工作的通知》要求，取消乡统筹费、农村教育集资等专门面向农民
征收的行政事业性收费和政府性基金、集资，取消屠宰税，取消统一规定的劳动积累
工和义务工， 调整农业税和农业特产税政策，改革村提留征收使用办法。2000-2002
年，先后选择肥城、莱州、茌平3个有代表性的县(市) 和聊城市进行模拟试点，形成
《山东省农村税费改革(试点) 实施方案》。经国务院批复，山东省被确定为200 2年
全国扩大农村税费改革试点省份。
2002年6月，省委、省政府印发《山东省农村税费改革(试点) 实施方案》、《山
东省农业税征收暂行办法》等农村税费改革文件，同时有关部门制定《山东省农业特
产税征收暂行办法》、《山东省农业税附加、农业特产税附加征收管理使用办法 (试
行) 》、《山东省村级兴办集体公益事业筹资筹劳管理办法(试行)》、《山东省乡村
公益事业金征收管理办法(试行)》、《关于取消一切专门面向农民收取的行政事业性
收费、基金和集资项目的目录》和《关于取消一切由农民出资、出劳、出物的各种达
标升级活动的目录》等配套办法。这次改革的主要内容是“三取消、两调整、一改革”。
“三取消”是取消乡统筹费、农村教育集资等专门面向农民征收的行政事业性收费和
政府性基金、集资，取消屠宰税，逐步取消统一规定的劳动积累工和义务工。“两调
整”是调整农业税政策，调整农业特产税政策。“一改革”是指改革村提留征收使用
办法。通过一年的改革试点，初步建立起以税收为主的农村分配体制，全省农民税费
负担总额68.26亿元， 比改革前减少31.19亿元；农民人均税费负担98.06元，比改革
前减少43.78元； 全省使用农村“两工”2.55亿个，比改革前减少4.51亿个；农民以
资代劳款3.57亿元， 比改革前减少2.35亿元。全省农民人均实际减负35%，基本做到
村村减负、户户受益。
2003年3月， 国务院决定全面推进农村税费改革试点工作，确保改革后农民负担
明显减轻、不反弹，确保乡镇机构和村级组织正常运转，确保农村义务教育经费的正
常需要。同时，调整完善农业税收政策，逐步缩小农业特产税征收范围，降低税率，
为最终取消农业税创造条件。暂停对不承包土地并从事工商业活动的农村居民收取资
金用于村内公益事业的政策。当年，山东省有87个县(市、区)取消农业特产税，占全
省县(市、区)总数的62.59%，其他县(市、区)取消部分农业特产税品目。全省范围内
全面暂停征收乡村公益金， 农民减负5.8亿元。此外，在2002年取消88项基金收费项
目的基础上，2003年又取消10项涉农行政事业性收费和政府性基金项目。
2004年起，全省农业税税率按3%执行，农业税附加为现行农业税应纳税额的40%。
国有农场以及有农业收入的机关、团体、部队、企业、学校等在现行税率基础上减半
征收，并且不征收农业税附加。经济条件比较好的市和县(市、区)视地方财力情况进
行免征农业税改革试点。同时取消除烟叶外的农业特产税，停用农业特产税完税证并
予以缴销(烟叶产地除外)。
2004年，全省全部取消农业特产税，减轻农民负担9亿多元。9个县(市、区)免征
农业税，全省完成农业税25.11亿元，比2004年减少17.29亿元。为缓解乡镇财政困难，
省财政厅印发《关于开展“乡财县管乡用”改革试点工作的指导意见》，要求各市选
择符合条件的县(市、区)进行试点。
2005年9月， 省政府大力推进以乡镇机构改革、农村义务教育管理体制改革和县
乡财政管理体制改革为重点的农村综合改革试点，要求当年每个市至少选择1个县(市、
区)进行试点。同时研究推进国有农场税费改革。全省农业税税率统一降低2个百分点。
当年，全省减免农业税及附加约28亿元，农民人均减负近40元。
2005年12月29日，十届全国人大常委会第十九次会议决定，自2006年1月1日起废
止《中华人民共和国农业税条例》，全面取消农业税。