1994年分税制改革后，税政管理与税收征管分开，财政部门负责税政管理工作，
主要职责是：参与税制改革，贯彻落实税收政策；行使赋予地方的税收管理权限，研
究、分析税制改革和税收政策调整对当地财政经济的影响，服务于财政中心工作；加
强对税收政策的监督检查，做好税源普查、调查工作；从事(或参与)地方税务经费管
理。
1994年9月，山东省财税工作协调小组成立，建立山东省财税工作联席会议制度。
协调小组受省政府委托，不定期召开会议，及时解决税收业务中的政策问题，协调年
度工商税收收入计划的安排和组织实施，加强和改进税收征管措施，以及办理其他需
要研究协调的重大事项。各市(地)相应成立财税工作协调小组，建立财政、国税、地
税联席会议制度，通过财税工作协调小组，研究和处理本地区财税工作的重要事项。
从1994年起，利用税收优惠政策，对乡镇企业、高新技术企业、第三产业、中小
企业、资源综合利用行业以及铸锻件、模具生产行业实施重点扶持，促进产业结构调
整。为支持农业和农村经济发展，分别采取低税率、免征、减征、先征后返等优惠方
式，对农产品生产、农业生产资料生产、涉农服务单位等实行税收政策扶持。针对就
业和再就业、福利企业发展、个人住房等关键性问题，全省加大对弱势群体的扶持力
度，陆续制定一系列税收优惠政策，努力构建社会保障体系。
1994年，按照财政部、国家税务总局《关于必须严格执行税法统一规定不得擅自
对行政事业单位收费减免营业税的通知》要求，对立法机关、司法机关和行政机关的
收费凡不符合规定条件的，一律按规定征收营业税。对于某些行政事业单位收费项目
(如过路费、过桥费等)擅自减免税或变相减免税的，一律恢复征税。相机调整资源税、
城镇土地使用税、车船使用税和耕地占用税等税种的征税范围和征税标准。
2003年，为支持“非典”防治工作，缓解“非典”对经济的影响，全省积极贯彻
财政部会同有关部门制定的一系列财税优惠政策，对疫情地区和受“非典”冲击较大
的旅游、餐饮、民航、旅店、出租车等行业给予税收政策优惠照顾。2004年，为降低
“禽流感”对相关行业造成的损失，促进家禽业持续稳定发展，全省充分发挥税收政
策的经济调节作用，积极执行财政部、国家税务总局制定的关于家禽行业的税收优惠
政策。
自2001年起，全省形成由省财政厅到县(市、区)财政部门、由财政部门到企业相
互协调贯通的关税管理制度体系。2002年，全省初步建立关税联络单位和联络员制度
以及关税工作报告制度和监管制度，对关税工作报告的内容、程序、工作方法、报告
时限作出明确规定。至2005年，全省建立起经常化的关税联络员培训制度。