1990年以后，山东造纸业发展迅速。从1994年开始，山东陆续进口废纸作为造纸原料，并随着产能的不断扩大，进口废纸数量逐年增加。废纸成为山东各口岸进口废物原料检疫的重点之一。
1990年2月，山东某企业从美国进口废纸245吨，货值约9万美元。合同规定该批废纸应为废牛皮纸浆板，经山东商检局检验发现全部由废旧瓦楞纸箱、涂布铜版纸、有色杂纸等混合组成，还混有一些木棍、铁丝、塑料打包带等杂物。3月，山东商检局在《山东商检信息》刊发题为《进口废纸掺假掺杂问题严重，有关部门及厂家应高度重视认真索赔》的文章。《山东经济报》以“进口废纸掺杂严重”为题，在头版头条发表文章。《中国商检》杂志也予以登载，对废纸检验工作给予有力支持。
同年6月，山东某企业从美国进口废纸200吨。开箱检验发现，货物中混有大量生活垃圾，有破旧背心、裤头、污染的布头、旧塑料、木块、泥土和一些呕吐物，甚至连死狗也夹杂其中，散发着恶臭气味。经检验，该批货物每平方厘米的细菌含量高达11万~45万个，严重污染环境。根据《商检法》有关规定，对该批废纸予以封存，对外出具索赔证书，并于10月10日在《中国商检》第10期上发表文章《进口废纸夹杂死狗污染环境 工人中毒》，呼吁有关方面高度重视，切实加强对进口废纸质量管理，杜绝此类事件发生。
1995年4月，青岛卫生检疫局在对来自美国的40个标准箱、542.7吨废纸进行检疫时发现，其中混有大量塑料餐具、纸杯、塑料袋、饮料瓶和饮料残留液、发霉变质的食物残渣等垃圾；废纸抽样检验结果细菌总数为1.4×105~3.6×109个/克、大肠菌群为1.2×108个/100克，检出铜绿假单胞菌和白色葡萄球菌，依法对该批废纸实施卫生处理。
1995年6月，北京某公司从美国进口的两批废纸自美国长滩启运，第一批9个集装箱于6月30日直抵青岛港；第二批20个集装箱于7月16日运抵青岛港。7月11日和8月4日，美方向中国远洋进出口公司北美公司发出弃货声明。废纸运抵青岛口岸后，中国远洋进出口总公司集装箱运输总部在明知废纸属法定检验商品的情况下，委托并要求青岛外轮代理公司想方设法回避检疫而通关，由青岛外轮代理公司与两家运输公司签订运输协议，运抵北京平谷。当时正值炎热季节，废纸对货场周边环境造成严重污染，引起市民强烈不满，被媒体连续报道，称为“洋垃圾”事件。1996年5月，由国家环保局、公安部、交通部、卫生部、农业部、海关总署、国家商检局、最高人民检察院等九部门组成中央联合调查组,对进口“洋垃圾”全面调查。青岛海关、山东商检局、青岛卫生检疫局、青岛动植物检疫局、青岛远洋公司、青岛外轮代理公司等单位协助调查。5月17日,中央联合调查组在青岛举行调查工作情况通报会，认为青岛海关、山东商检局、青岛卫生检疫局和青岛动植物检疫局均负有责任。5月19日，中央联合调查组在青岛口岸检查中，又发现中国远洋进出口公司从美国运进40个集装箱的“洋垃圾”。5月29日，国家商检局紧急召集15个重点口岸商检局在北京召开进口废物检验鉴定工作座谈会，研究加强进口废物原料检验措施。随后，国家商检局印发《关于〈对进口废物实施检验有关问题的通知〉的掌握要点》和《加强进口废物检验鉴定工作的紧急措施》，要求各地商检机构严格执行。
1996年5月，卫生部卫生检疫局在青岛召开全国卫生检疫系统货物、集装箱卫生检疫现场会，要求进一步加强进口废物原料和集装箱卫生检疫监管和卫生处理。6月和8月，卫生部卫生检疫局先后在天津和北京召开两次会议，研究加强进口废旧物品卫生检疫监管措施，修订《出入境集装箱、货物、废旧物品卫生检疫管理规程》，明确规定，对货主、承运人、代理人实施注册管理，严格进口申报审核、加强现场检查、就地卫生处理；与海关联合开箱检查比例不低于5％；发现禁止进口的物品，予以销毁或退运处理。
1999—2000年，山东检验检疫局协同青岛检验检疫局调查废纸污染状况，共调查110批次。结果表明，进口废纸污染严重：细菌总数1~100个/cm2的38份，占34.55%；大于100个/cm2至无法计数的72份，占65.45%；大肠杆菌阳性36份，阳性率32.73%；金黄色葡萄球菌阳性17份，阳性率15.45%；绿脓杆菌阳性6份，阳性率5.45%；霉菌检出1~100/个cm2的32份，占29.09%；大于100个/cm2至无法计数的78份，占70.91%；HBsAg阳性废纸16份，阳性率14.55%。另外，还检出部分条件致病菌。2004年7月1日起，未获得国家质检总局注册的境外供货企业的废物原料，不得进入中国境内。
2001年4月，中国北方工业公司从美国富享公司进口1批5号废纸，20标准箱、249.14吨，青岛检验检疫局掏箱检验，散发出刺鼻的恶臭味，箱内废纸存在霉烂现象。经对该批废纸分类拣选，发现夹带废物达9.25%，大大超过GB16487.4-1996标准规定，青岛检验检疫局出具检验证书，对外出证索赔，并按有关规定移交海关、环保部门处理。
2003年6月，山东省东方国际贸易股份有限公司由加拿大欣威发展有限公司从美国盐湖城运至青岛30标准箱3号废纸，计375.51吨。该批废纸运抵青岛后，检验检疫人员会同青岛海关开箱时，可嗅到刺鼻气味，箱内废纸存在霉烂现象，夹带废物很多，主要有生活垃圾、奶瓶、易拉罐、木头、碎玻璃、塑料袋等，总量达24.6%，大大超过GB16487.4-1996标准规定。青岛检验检疫局出具检验证书，按规定移交海关、环保部门处理。
2004年第一季度，全国进口“三废”（废纸、废金属、废塑料）质量问题突出，国家质检总局要求加严检验检疫。其间，由于到货集中等原因，青岛港（包括黄岛港区）入境集装箱陆续形成积压，滞留高峰时达1.2万标准箱。山东检验检疫局统一部署，采取多项措施分流疏港。(1)与青岛海关签署《关于青岛口岸进口废物监管问题的会议纪要》，就进口废纸转关实施检验检疫监管程序等问题作出规定。(2)直通或转关，即进口废物原料卸船后，企业或其代理持“批准转关实施检验检疫”的批件，实施卫生处理后，闸口放行；废物原料直通运抵指运地后，到当地检验检疫机构办理报检手续。
4月20日，山东检验检疫局通知，进口废物原料检验检疫监管业务由黄岛检验检疫局转回青岛检验检疫局。青岛检验检疫局连续召开会议部署进口废物原料检验检疫，决定加强与海关、港务局协调，尽快解决压港问题。
5月上旬，山东检验检疫局与青岛海关召开青岛口岸进口废物监管问题会议，形成会议纪要。5月12日，山东检验检疫局向青岛、黄岛、淄博、潍坊、东营、德州、枣庄、济宁等检验检疫局紧急下发《关于进口废纸转关检验检疫有关问题的通知》，明确进口废纸转关实施检验检疫监管程序：企业持海关批准同意转关的书面文件，到内地分支局提出转关实施检验检疫书面申请；分支局申报；山东检验检疫局审批；卫生除害处理；闸口放行；检验检疫。直通(转关)进口废纸运抵指运地后，企业或其代理持卫生处理结果单及其他必备单证，到当地检验检疫机构办理报检手续。5月17日，青岛检验检疫局印发《进境废物原料检验检疫规程（试行）》,对废物原料的检验检疫程序、方法等进行规范。
5—6月，山东检验检疫局从各分支局抽调增援青岛检验检疫局废物原料检验检疫人员37人，经过一个多月的紧急处理，废纸“压港”问题得到有效缓解。
6月中旬，鉴于青岛港滞港压力过大，山东检验检疫局统一部署，将德州检验检疫局辖区内的进口废纸由口岸临时直通到使用企业，由德州检验检疫局负责检验检疫监管。至8月底，德州检验检疫局如期完成进口废物检验检疫任务。9月，前方口岸压力减轻，山东检验检疫局将废物原料检验监管划归口岸实施。
7月，山东检验检疫局对各地直通场站（有8号以上废纸业务）的分支局检验检疫操作培训考核。7月6日，东营华泰国际物流有限公司获准开展口岸直通相关业务。同时，经山东检验检疫局同意，东营检验检疫局接管东营辖区进口废纸的检验监管工作。7月9日，潍坊广大物流有限公司申请直通场站备案，山东检验检疫局派员对该公司场站进行考核，随后发给该公司国境口岸储存场所卫生许可证。
11月，经山东检验检疫局批准，东营检验检疫局设立华泰直通场站检验检疫科，对外称东营检验检疫局华泰直通场站办事处，具体负责进入华泰直通场站的进口废纸检验监管工作。该局严格遵守“持证上岗、双人双岗、定期轮岗”制度，加强与海关等相关部门的协作配合，采取“一次开箱、共同查验”的工作模式，减少环节，提高效率。自2005年起，制定并完善进境废物原料检验检疫监管工作长效机制，使进境废物原料检验检疫监管工作有章可查、有据可依，有效提高了东营辖区进口废物原料检验监管工作质量。
2005年9月，枣庄华润纸业有限公司直通场站开通运行，结束了枣庄没有口岸的历史。至12月31日，枣庄检验检疫局共检验进口废纸51678吨，货值745.3万美元。
2000—2005年山东口岸进口废纸检疫情况统计表
表2-14
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┃ 年份 │ 批次 │ 重量（万吨） │ 货值（万美元） ┃
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┃ 2000 │ 1420 │ 41.84 │ 5930.49 ┃
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┃ 2001 │ 2706 │ 88.06 │ 8627.97 ┃
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┃ 2002 │ 4413 │ 188.7 │ 14149.87 ┃
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┃ 2003 │ 5627 │ 150.32 │ 22175.9 ┃
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┃ 2004 │ 4813 │ 141.97 │ 19588.79 ┃
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┃ 2005 │ 18979 │ 183.13 │ 26527.7 ┃
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┃ 年份 │ 批次 │ 重量（万吨） │ 货值（万美元） ┃
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┃ 2000 │ 372 │ 2.89 │ 575.18 ┃
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┃ 2001 │ 956 │ 50.76 │ 1050.23 ┃
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┃ 2002 │ 1978 │ 12.67 │ 2161.1 ┃
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┃ 2003 │ 2777 │ 20.95 │ 3740.5 ┃
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┃ 2004 │ 2415 │ 15.93 │ 3918.39 ┃
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┃ 2005 │ 3085 │ 18.60 │ 6234.7 ┃
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