1986年颁布的《卫生检疫法》规定：入境船舶必须悬挂检疫信号（白天黄色“Q”字旗，夜间3盏红灯），在指定地点接受检疫，未经国境卫生检疫机关许可，除引水员外任何人不准上下，不准装卸行李货物、邮包等物品。出境船舶，必须在最后离境口岸接受检疫。入境检疫程序：(1)船方填报航海健康申报书、入境卫生检疫申请书、船员名单、载货清单等。(2)检查船舶卫生状况，必要时采样检验。(3)船舶实施入境检疫后，未染疫的船舶签发入境检疫证。染疫或染疫嫌疑船舶，通知有关部门，并在实施卫生处理后，签发入境检疫证。出境检疫程序：船方或其代理人在船舶驶离口岸前4小时内持规定的单证办理出境手续，经查验后在船舶出境口岸手续联系单上签注，准许出境。
一、登船检疫
1932年夏秋，全国霍乱大流行，上海、天津、大连、烟台、厦门、汕头等港口先后宣布为霍乱疫港。青岛海港检疫所对从上述各港口来船一律实施检疫，对染疫或疑似染疫船舶采取6条控制措施。9月7日，从青岛开往日本门司的“Jaisan Maru”轮上发现一名霍乱病例，被隔离治疗。
1948年，山东境内天花、麻疹、回归热、伤寒、猩红热等多种传染病流行。5月中旬，青岛发生天花流行，发现天花患者29例，死亡1例。青岛海港检疫所按照《海港检疫章程》规定，宣布自5月27日起青岛为“天花疫港”。
1961年9月，国务院批准《进出口船舶联合检查通则》，规定卫生检疫机关负责对船舶、交通员工、旅客行李和货物实施医学、卫生检查和卫生处理。
1979年3月，交通部、外贸部、公安部、卫生部颁发《国际航行船舶进出口联合检查进行程序与注意事项》，规定对出入境船舶实行海事局、海关、卫生检疫、边防检查站4个单位联合检查制度，即“联检”制度。
1985年4月，龙口港恢复开放后的首航，7000吨级货轮“漱玉泉”号满载胶东特产从龙口启航开往日本。由此，龙口口岸船舶检疫查验工作正式开始。当年，龙口卫生检疫站实施船舶检疫查验29艘次。
1986年1月，石臼卫生检疫站首次开展业务，对广州远洋公司“昆明”轮进行出境检疫查验，并为该轮船员接种霍乱、黄热病疫苗。4月4日，岚山港首次实施卫生检疫，对上海远洋公司“友谊12号”轮进行入境卫生检疫。5月29日，台湾民间商船“春光1号”“春光2号”抵达青岛。根据国务院台湾事务办公室《对台“小额贸易”管理规定》和卫生部对台船只检疫管理有关规定，青岛卫生检疫所对此次抵青的商船实施单独检疫，只签发入境检疫证，不在其他证件上标注。9月，香港宣布为霍乱疫港。山东各口岸卫生检疫所对香港来船严格检疫，采取派员驻船医学观察、粪便检验、压舱水和生活垃圾消毒等检疫措施。
1987年7月，中国籍“大庆62”轮发生一例霍乱疑似病例，黄岛卫生检疫所检疫人员紧急登轮实施卫生检疫，排除霍乱染疫，对船舶饮用水和生活垃圾消毒处理。
1989年9月，国务院批准石岛港为一类开放港口。1990年，石岛卫生检疫所检疫查验出入境船舶142艘次、交通员工2014人次。
1990年1月，利比里亚籍“来百利”轮由鹿特丹港驶往岚山港，入境检疫时未悬挂检疫信号，岚山卫生检疫所根据《卫生检疫法实施细则》规定对其罚款100元。此为岚山卫生检疫所首次实施卫生检疫行政处罚。3月14日，岚山卫生检疫所第一次对来自疫区的船舶进行卫生处理。中国籍“阳城”轮来自霍乱疫区马来西亚，该所依法对其所载压载水和生活区进行消毒处理。
1991年7月26日，烟台卫生检疫局检疫查验人员在查验上海远洋运输公司所属“梅海轮”时，发现5名食品、饮用水从业人员没有卫生检疫机关签发的健康证书，根据《卫生检疫法实施细则》有关规定，对其罚款1000元。上海远洋运输公司不服，向烟台市芝罘区人民法院提起诉讼，要求法院判决撤销该行政处罚。经芝罘区人民法院和烟台市中级人民法院审理，判决烟台卫生检疫局胜诉。此为山东省首例卫生检疫行政诉讼案件。
1997年12月28日，东营港口岸举行首航仪式。1998年2月1日，东营卫生检疫局下发《关于加强港口卫生检疫的通知》，规范港口卫生检疫、监督管理。2月15日，东营卫生检疫局对到达东营港的韩国“仁川”号沥青船实施入境卫生检疫，此为该局实施卫生检疫的第一艘入境外籍船舶。
1998年4月，莱州港开放，莱州卫生检疫局开始船舶卫生检疫查验。当年，检疫出入境船舶56艘次。
1999年12月28日，利比里亚籍船舶“MINERAL ORDAZ”上一名克罗地亚籍水手意外死亡。青岛检验检疫局接报后立即派员登轮检查。经现场调查，判定该船员因在工作时不慎被舱盖挤伤，导致内脏破裂、失血性休克死亡。根据船东及克罗地亚驻华大使馆要求，在检验检疫人员的监管下，将尸体移运到青岛医学院实施防腐处理。检疫人员检查后认为该尸体达到防腐及移运要求，于2000年1月11日签发“尸体/棺柩出境许可证”，准许移运回国。
2000年6月12日，来自新加坡的中国籍“泰利”轮入境时未悬挂检疫信号。青岛检验检疫局对其罚款1000元。
2001年5月19日11时许，在距青岛港68海里处，巴拿马籍“苏米”轮因海上浓雾与中国籍“鲁日渔3567”号渔船相撞，渔船沉没，7名渔民落水。经“苏米”轮施救，7名渔民被救起，有2人伤势较重。次日6时许，青岛检验检疫局接到山东外运代理公司请求“尽快安排检疫人员登‘苏米’轮办理入境检疫手续”的紧急报告，检疫人员随即启用GPS定位系统，克服海上雾大、浪大等困难，快速登轮，为其办理入境检疫手续，使伤员迅速登陆就医治疗。
2002年12月31日，国家质检总局印发《国际航行船舶出入境检验检疫管理办法》，自2003年3月1日起施行。该办法包括岀入境检疫及处理、监督管理等工作程序、内容、适用条件，以及法律责任等。
2003年4月3日，巴拿马籍“海龙”轮从浙江嘉兴抵达青岛港，轮上有1名艾滋病病毒感染者。海港办事处接到嘉兴检验检疫局通知后，立即通知边防检疫站阻止其入境。4月17日，烟台检验检疫局与烟台海事局签订“检海”合作协议，共同构建烟台口岸国际航行船舶“大通关”的良好环境，建立烟台海事局和烟台检验检疫局信息共享平台，指定海事局2艘巡逻船为烟台检验检疫局锚地检疫船，24小时值班，提高检疫查验速度。5月16日抗击非典期间，巴拿马籍“胜惟”轮船员张文杰未经检疫批准擅自下船，其曾有咳嗽病史，体温37.6℃。检验检疫人员得知后，将其转至青岛市人民医院发热门诊进一步检查，胸部及X线检查未见异常，排除非典可能。“胜惟”轮未经检疫擅自将船员移下，隐瞒船员病情，违反《国境卫生检疫法实施细则》规定。为严肃法纪，青岛检验检疫局对该轮船代公司罚款1万元；对海丰船舶代理公司擅自将船员从“侯检”船移下，罚款5000元；对“远通一号”艇所属航顺船务有限公司罚款2000元。8月3日，威海检验检疫局对来自韩国仁川的“同心泉”轮8名船员未办理入境检疫手续擅自下船的行为进行当场处罚。该案例于2004年被山东检验检疫局录入《出入境交通工具检验检疫培训教材》。10月21日，烟台检验检疫局检疫人员在对来自韩国蔚山的新加坡籍货轮“快车”轮实施入境检疫查验时，发现3名船员没有健康证明，遂要求到烟台国际旅行卫生保健中心体检及性病、艾滋病检查，结果发现一名中国籍船员和一名菲律宾籍船员HIV初筛呈阳性，检疫人员重新登轮进行流行病学调查并对2名船员采血样送中心实验室确诊。中国籍船员为假阳性，菲律宾籍船员确诊为HIV感染者，检疫人员责令后者限期离境。
2004年7月16日，青岛检验检疫局海港办事处在对来自日本的巴拿马籍船舶“金夫米（GOLDEN FUMI）”锚地登轮检疫时，该船船长申报，该船中国籍船员在新西兰奥克兰离船看病时被诊断为性病患者。依据有关规定，检验检疫人员立即告知船长，该船员在青岛港期间不得离船登陆，并由船长写出书面保证。由于该船下一站停靠天津新港，海港办事处将有关情况提前通知天津检验检疫局，对该船员实施后续监管。8月，石岛检验检疫局对来自日本的中国籍“鲁荣水256”轮进行卫生检疫时，发现该船厨房的厨师无健康证。石岛检验检疫局根据《卫生检疫法实施细则》有关规定，对其罚款1000元。8月16日，黄岛检验检疫局在对来自日本的“GOODLIGHT”轮进行入境检疫时，发现一名印度籍船员有寒战、大汗淋漓、消瘦的病症，诊断为开放性肺结核患者，对其隔离治疗，其余船员进行体检，并对该轮实施消毒处理。9月2日下午，烟台检验检疫局接到报告，巴拿马籍货轮“茂兴”号从新港到日本途中，一名船员出现腹痛、腹泻等症状，需停靠烟台港下船诊治。烟台检验检疫局随即启动突发公共卫生事件应急处置预案，立即与船舶代理联系，了解航运期间发生的情况和其他船员健康情况，并对船员给予简要的健康医疗指导，同时做好相应处置准备工作。9月3日零点，“茂兴”号到达烟台港，检疫人员立即登轮，对船员及其他相关人员进行医学检查和流行病学调查。经了解，检疫人员初步诊断该船员患急性胃肠炎，排除检疫传染病及监测传染病。
2005年1月30日，来自印尼的塞浦路斯籍“维多利亚3号”油轮未经检验检疫机关同意，擅自驶离检疫锚地靠泊码头。黄岛检验检疫局依法对该轮给予罚款人民币1万元的行政处罚。6月26日，靠泊岚山港的外籍船舶“阳雪”轮轮机长突发高烧，并有腹泻，29日死亡。另有1名船员已发烧多日，体温高达40度。岚山检验检疫局接报后，检验检疫人员迅速登船，初步诊断该船员为恶性疟疾，将患者送回菲律宾抢救。死者尸体经岚山市公安局法医鉴定，出具死亡意见书，排除传染病死亡。据此，检验检疫人员根据有关规定，对尸体防腐、棺柩移运进行监管。在确定达到规定要求后，签发“尸体/棺柩出境许可证”。12月，黄岛检验检疫局研发的“国际航行船舶自动识别系统”启用。
二、电讯检疫
1979年，卫生部决定在全国部分海港开展入境船舶电讯检疫试点。青岛港口成为第一批试行口岸之一。但由于开展电讯检疫对软硬件设施和船舶的卫生条件要求很高，至20世纪80年代末，全国大部分口岸均处于研究探索阶段。
1995年初，国务院决定实施口岸联合检查制度改革。3月，国务院发布《国际航行船舶进出中华人民共和国口岸检查办法》，改革出入境船舶检查制度，对出入境船舶的检疫查验不再执行联合检查制度，卫生检疫机关按照实际需要采取单独检疫查验。山东各口岸本着“简化口岸查验手续、方便进出、重点加强后续管理”的原则，大力推行电讯检疫，以靠岸检疫为主，减少锚地登船检疫，检疫人员24小时值班。
1995年2月，卫生部、交通部联合印发《实施电讯卫生检疫的规定》，要求卫生检疫机关对入境的国际航行船舶实施电讯卫生检疫；港口主管部门为电讯检疫提供电讯条件和全国统一讯号；船舶代理部门可代理船方办理有关业务；船舶入境前24小时向卫生检疫机关电讯申报。同时规定实施电讯检疫的必备条件，不能实施电讯检疫的情形等。4月，卫生部印发实施电讯卫生检疫补充规定，公布实施电讯卫生检疫全国统一讯号和申请办理“船舶卫生证书”船舶的卫生检查评分标准。按照卫生部通知，山东各口岸陆续实行电讯检疫。烟台、威海卫生检疫局于1995年5月起试行，石岛卫生检疫局于同年6月起试行。1997年底，烟台卫生检疫局正式开展电讯检疫，制定《交通工具出入境卫生检疫规程》，逐步实现交通工具检疫查验与国际惯例接轨。
2000年1月，青岛、日照、石岛检验检疫局重新修订印发《实施海港电讯卫生检疫的要求与规程》。同时，进一步增配电讯检疫设备，包括采用高频电话与船长通话，改变传统的通过船代中转的传统通话模式，减少中间环节。7月1日，岚山检验检疫局实行船舶电讯卫生检疫。
2004年6月8日，烟台远东船代向烟台检验检疫局检疫人员递交的“源达2号轮”入境检疫申报书中，“船舶卫生证书”签发日期为2004年3月3日（属有效期内），检疫人员按照规定，批准该轮实施电讯检疫。次日，检疫人员登轮进行卫生监督时发现该轮的“船舶卫生证书”签发日期为2003年4月28日，证书的签发日期与事实不符，作为实施电讯检疫重要依据的“船舶卫生证书”已经失效。由于远东船代不如实申报，导致检疫人员判断错误，将应该实施锚地检疫的船舶实施了电讯检疫。因此，对远东船代实施当场警告处罚。
至2005年底，山东各口岸实施电讯检疫比例约80％。其中，青岛和黄岛入境的集装箱班轮电讯检疫率为98%~100％，从青岛至仁川、群山航线及至日本下关航线的客货班轮电讯检疫率为100％，其他入境船舶电讯检疫率约50％。烟台检验检疫局实施电讯检疫船舶占入境船舶总数的65％。日照口岸入境的集装箱班轮电讯检疫率为100％，其他入境船舶电讯检疫率约40％。威海口岸入境的集装箱班轮电讯检疫率为80%~90％，其他入境船舶电讯检疫率约50％，其中从威海至仁川、釜山航线及至日本东京航线的客货班轮全部实施电讯检疫。荣成口岸入境的集装箱班轮电讯检疫率为90%~100％，其他入境船舶电讯检疫率约40％，其中从石岛至仁川、龙眼至平泽航线的客货班轮95%实施电讯检疫。
三、军舰、特种船检疫
1986年11月5日，美国海军太平洋舰队“里夫斯”号巡洋舰、“奥尔登多夫”号驱逐舰、“伦兹”号护卫舰访问青岛，这是新中国成立后美国军舰首次访问中国大陆。国防部和卫生部专门制定接待原则。卫生检疫原则是严格执行检疫法规，查看舰船证件，不对个人疫情检查。青岛卫生检疫所成立专门检疫小组。11月5日晨，检疫小组在检疫锚地单独实施入境检疫。当发现美舰未悬挂检疫信号时，随即提示。经查验，军舰证件完备、卫生良好、894名官兵健康。检疫完毕，签发“入境检疫证”。一位美舰医生对中国检疫医师说：“这是有史以来，美国军舰第一次接受中国检疫。”
1995年3月22日，美国海军“邦克山”号导弹巡洋舰抵达青岛访问。1997年9月11日，美国海军太平洋舰队“麦凯恩”号导弹驱逐舰和“日尔曼城”号两栖船坞登陆舰访问青岛。1998年8月2日，美国海军太平洋舰队“兰岭”号两栖指挥舰和“麦凯恩”号导弹驱逐舰抵青访问。青岛卫生检疫局及时派员到达检疫锚地，登舰实施卫生检疫，办理入境检疫手续。
2000年8月2日，美国海军太平洋舰队“钱斯洛卫尔”号导弹巡洋舰抵达青岛访问。2001年6月3日，法国“温德米尔”号军舰和德国“美克伦堡—沃波没恩”号军舰首次访问青岛港。11月24日，美国海军“福斯特”号驱逐舰抵达青岛港访问。青岛检验检疫局及时派员与北海舰队取得联系，检疫人员与青岛港引航员、北海舰队联络军官一起抵达检疫锚地，为军舰顺利访问办理入境手续。
2001年5月，中国海军混编舰队首次环球访问。青岛检验检疫局派员密切配合，及时办妥船舶出境各种检疫手续。
2003年10月15日，韩国军舰访问青岛。青岛检验检疫局及时为到访的韩国海军“杨万春”（YANGMANCHOON）号驱逐舰、“元山”（WONSAN）号布雷舰、“大清”（DAECHUNG）号综合补给舰办理入境检疫手续。
2004年3月12日，法国海军“LATOUCHE TREVILLE”号驱逐舰和“COMMANDANT BIROT”号护卫舰抵达青岛访问。12日凌晨5时许，检验检疫人员与引水员及舰队联络官在前海锚地登轮，及时为来访的法国军舰办理入境检疫手续，使其顺利靠泊。8月13日，日本国家航海训练学院的实习船“银河丸”（GINNA MARU）号抵达青岛访问。该轮此次来青岛系首航，载有训练船员215人。青岛检验检疫局派员登轮检疫，使该轮及时靠泊，受到船方和日本使馆人员的一致好评。9月13日，为庆祝青岛和日本下关市结为友好城市25周年，“青岛号”帆船担任青岛市友好信使，准备出航日本下关市。青岛检验检疫局派员及时为该船办理出境检疫手续，并进行相关卫生知识宣传，提供卫生药品、器械，使其按期启航。10月10日，澳大利亚海军“安扎克”（HMAS ANZAC）号护卫舰抵达青岛访问。清晨7时，检验检疫有关人员及时为其办理了入境检疫手续。
2005年4月2日，中国科学院“大洋一号”科学考察船由青岛起航，前往太平洋、大西洋、印度洋执行科学考察任务，这是中国首次组织横跨三大洋的远洋考察。出发前，青岛检验检疫局对“大洋一号”科学考察船实施全面卫生监督；为考察船配备足量药品，保证在航行期间对病媒生物的控制；查验船员健康证书，并对船上31名船员、44名科研人员进行了传染病、食物中毒的预防以及媒介控制有关知识和加强自我保护的宣传教育，及时办理了“免予除鼠证书”和“船舶卫生证书”。8月12日，俄罗斯海军舰艇编队抵达青岛港，青岛检验检疫局检疫人员对5艘军舰进行随船检疫，快速办理入境检疫手续，保证军舰按时靠泊。
1986—2005年山东口岸出入境船舶检疫查验情况统计表
表2-1
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┃ 年份 │货船 (艘次）│ 客船 (艘次） │军舰、特种船 (│合计 (艘次）│交通员工 (万人次┃
┃ │ │ │艘次） │ │） ┃
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┃ 1986 │ 1852 │ 0 │ 2 │ 1854 │ 5.13 ┃
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┃ 1987 │ 2062 │ 14 │ 0 │ 2076 │ 5.99 ┃
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┃ 1988 │ 2748 │ 18 │ 0 │ 2766 │ 7.06 ┃
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┃ 1989 │ 2870 │ 20 │ 1 │ 2891 │ 7.80 ┃
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┃ 1990 │ 3727 │ 45 │ 2 │ 3774 │ 10.55 ┃
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┃ 1991 │ 4387 │ 102 │ 1 │ 4490 │ 13.07 ┃
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┃ 1992 │ 4908 │ 21 │ 1 │ 4930 │ 13.91 ┃
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┃ 1993 │ 5386 │ 36 │ 3 │ 5425 │ 16.13 ┃
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┃ 1994 │ 3849 │ 91 │ 1 │ 3941 │ 16.55 ┃
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┃ 1995 │ 7920 │ 125 │ 0 │ 8045 │ 19.82 ┃
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┃ 1996 │ 8056 │ 161 │ 3 │ 8220 │ 19.35 ┃
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┃ 1997 │ 11081 │ 213 │ 3 │ 11297 │ 21.42 ┃
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┃ 1998 │ 10755 │ 236 │ 4 │ 10995 │ 23.89 ┃
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┃ 1999 │ 10939 │ 182 │ 2 │ 11123 │ 27.06 ┃
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┃ 2000 │ 10875 │ 533 │ 7 │ 11415 │ 18.10 ┃
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┃ 2001 │ 11394 │ 615 │ 2 │ 12011 │ 20.04 ┃
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┃ 2002 │ 11046 │ 1140 │ 7 │ 12193 │ 26.36 ┃
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┃ 2003 │ 12274 │ 1365 │ 4 │ 13643 │ 30.49 ┃
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┃ 2004 │ 14190 │ 1177 │ 4 │ 15371 │ 32.66 ┃
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┃ 2005 │ 16372 │ 1041 │ 0 │ 17413 │ 35.92 ┃
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1986—2005年山东海港口岸出入境船舶检疫查验情况统计表
表2-2 单位：艘次
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┃ 年份 │青岛│黄岛│ 烟台 │威海│ 日照 │岚山│ 龙口 │荣成│ 潍坊 │东营│莱州│蓬莱┃
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┃ 1986 │1482│174 │ 173 │ │ 25 │ │ │ │ │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1987 │1570│176 │ 201 │ 16 │ 113 │ │ │ │ │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1988 │2133│180 │ 327 │ 17 │ 109 │ │ │ │ │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1989 │2248│192 │ 272 │ 51 │ 125 │ 3 │ │ │ │ │ │ ┃
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┃ 1990 │2432│186 │ 643 │ 87 │ 226 │ 58 │ │142 │ │ │ │ ┃
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┃ 1991 │2613│190 │ 858 │137 │ 356 │160 │ │176 │ │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1992 │2899│194 │ 659 │135 │ 428 │298 │ │317 │ │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1993 │2925│196 │ 754 │145 │ 422 │176 │ │807 │ │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1994 │3245│360 │ 783 │174 │ 406 │277 │ │1696│ │ │ │ ┃
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┃ 1995 │4085│362 │ 843 │257 │ 483 │268 │ │1747│ │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1996 │4063│366 │ 847 │280 │ 586 │287 │ │1790│ 1 │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1997 │6495│370 │ 984 │261 │ 727 │280 │ │2178│ 2 │ │ │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1998 │5947│624 │ 954 │254 │ 668 │258 │ │2188│ 3 │ 18 │ 81 │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 1999 │6139│630 │ 716 │214 │ 687 │240 │ 248 │2259│ 0 │ 19 │121 │ ┃
┠───┼──┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼───┼──┼──┼──┨
┃ 2000 │6388│1366│ 773 │172 │ 1101 │274 │ 268 │800 │ 0 │ 1 │256 │ 75 ┃
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┃ 2001 │5551│2046│ 827 │323 │ 1219 │634 │ 431 │628 │ 0 │ 0 │274 │ 78 ┃
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┃ 2002 │3832│3159│ 966 │309 │ 1046 │786 │ 513 │1172│ 0 │ 0 │312 │ 98 ┃
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┃ 2003 │2740│4709│ 1152 │412 │ 1279 │878 │ 622 │1347│ 0 │ 0 │345 │159 ┃
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┃ 2004 │2714│5638│ 1142 │607 │ 1692 │962 │ 639 │1262│ 85 │ 0 │385 │245 ┃
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┃ 2005 │2384│6477│ 1134 │662 │ 2049 │1389│ 862 │1473│ 74 │ 0 │398 │508 ┃
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