1999年8月，根据国务院办公厅《关于印发全国各地出入境检验检疫机构组建方案的通知》和国家出入境检验检疫局《关于印发全国各地出入境检验检疫机构组建方案的实施意见的通知》等文件规定，山东出入境检验检疫机构完成三检合一。
青岛、济南、烟台、黄岛、威海、龙口、荣成、莱州、日照、岚山、临沂、潍坊、东营、济宁、菏泽15个检验检疫局继续履行商品检验、卫生检疫、动植物检疫职能；淄博、枣庄、聊城、德州、滨州、泰安、莱芜7个检验检疫局新增卫生检疫、动植物检疫职能。
全省检验检疫机构设立18个办事处。青岛检验检疫局设立机场、海港、出口加工区3个办事处；济南检验检疫局设立机场办事处；烟台检验检疫局设立机场、开发区、蓬莱、招远、长岛5个办事处；黄岛检验检疫局设立保税区、前湾港2个办事处；潍坊检验检疫局设立青州、农产品出口加工区2个办事处；威海检验检疫局设立文登、出口加工区、机场3个办事处（机场与文登办事处合署办公）；荣成检验检疫局设立龙眼港、石岛新港2个办事处。
各分支局负责在本辖区内，贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的任务及工作流程。其职责为：（1）负责实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监测，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检的管理。（2）负责实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，负责动植物疫情监测、调查等工作，实施动植物疫情的紧急预防措施。（3）负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。（4）负责实施对进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。（5）负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。（6）负责实施出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作。（7）负责执行国家、国务院有关部门签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等，负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。（8）负责签发出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。（9）负责所辖区域的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况，提供有关信息。（10）负责对所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生除害处理机构的监督管理。（11）负责人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物资管理、纪检监察、审计、精神文明建设和思想政治工作。（12）承办山东出入境检验检疫局交办的其他工作。
一、青岛出入境检验检疫机构
（一）青岛进出口商品检验局
1949年6月青岛解放，12月重新成立青岛商检局。1984年1月，青岛商检局更名为山东进出口商品检验局。1995年，商检系统机构改革，山东商检局拟由管理执行局改为管理局。11月，国家商检局批复筹建青岛进出口商品检验局，任命王鑫贤任青岛商检局筹备办公室主任。
1998年1月，国家商检局批准成立青岛进出口商品检验局，规格为副厅级，编制100人，其中，行政编制60名、事业编制40名。4月，青岛商检局设立，属山东进出口商品检验局的分支机构，实行垂直管理。内设机构为：办公室、行政财务处、政工人事处、检务监管处、综合业务处5个处室。
（二）青岛出入境检验检疫局
根据国家检验检疫局《关于济南、青岛、烟台出入境检验检疫局内设机构设置的批复》和《关于山东出入境检验检疫局下属事业单位设置的通知》，1999年11月，组建青岛出入境检验检疫局，12月18日正式挂牌，隶属山东检验检疫局，实行垂直管理体制。原青岛进出口商品检验局撤销，相关职能归入青岛出入境检验检疫局。
1999年11月，青岛检验检疫局内设13个行政业务处室：办公室、综合业务处、卫生检疫处、动物检验检疫处、植物检验检疫处、食品检验监督处、轻纺检验处、机电化矿检验鉴定处、检务处、人事处、财务处、政工处、监察室；设立青岛机场办事处、青岛海港办事处2个派出机构；设立食品实验室、轻纺实验室、化工矿产金属材料实验室3个实验室和机关服务中心。
2001年4月，检务处与综合业务处分离，卫生检疫处与海港办事处合并为青岛海港办事处。
2003年12月，青岛市设立青岛出口加工区。青岛检验检疫局请示设立出口加工区办事处。2004年1月，山东检验检疫局批复同意组建青岛检验检疫局驻青岛出口加工区办事处筹备处。4月，筹备处启用。10月，青岛检验检疫局出口加工区办事处揭牌。
至2005年底，青岛检验检疫局共设13个行政业务处室、3个派出机构，3个实验室和机关服务中心。共有干部职工462人。其中，博士6人，硕士81人，大专以上334人，占总人数的91.1%。
二、济南出入境检验检疫机构
济南检验检疫机构始自早期的中国第一批官办商检机构，后经撤销和再建立，并快速发展，至2005年，已成为拥有8个处室、3个实验室、在编职工85人，综合功能齐全的检验、检疫、鉴定机构。
（一）济南进出口商品检验局
1929年12月，工商部青岛商品检验局接管省工商厅棉花检验所，设立工商部青岛商品检验局济南棉花检验分处，是当时全国最早设立的13个商品检验分处之一。1930年1月，开始对外开展棉花检验业务。1931年9月，济南棉花检验分处与驻济棉花联合会等团体联合成立山东棉业研究改良委员会，由济南棉花检验分处主任担任主任委员。1932年1月，省政府以“统一整顿本省财政”为由，强行接收济南棉花检验分处。后经交涉，又复归青岛商检局。1937年7月，济南棉花检验分处撤销。
1959年7月，青岛商检局在济南设立外贸部青岛商品检验局济南商品检验处，12月正式对外办公。主要业务为出口商品产地检验，业务辖区包括济南、德州、泰安、聊城、济宁、菏泽、枣庄、临沂、淄博等地。1971年，并归于济南轻化工进出口支公司。1972年7月，改由济南市外贸局管理。1973年1月，改称青岛商品检验局济南商品检验处。1978年，业务辖区为济南、德州、聊城、泰安。1981年6月，定为正县级单位，负责济南、德州、聊城、泰安地区进出口商品检验工作，隶属青岛商检局和济南市人民政府双重管理，以青岛商检局为主。1984年1月，改称山东进出口商品检验局济南处。
1985年11月，国家商检局成立济南进出口商品检验局。1993年10月，升格为副厅级。1994年以后，济南进出口商品检验局主要负责济南市辖区内进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。1999年11月，济南进出口商品检验局内设办公室、人事处、行政财务处、检务处和一、二、三、四检验业务处；有二级实验室3个；在编职工85人（研究生3人、大学本科20人、专科38人），其中，高级工程师6人，工程师36人，助理工程师和技术员18人。下设济南机场进出口商品检验局。
（二）济南卫生检疫局
1991年3月，根据国务院《关于同意济南机场开放的批复》，卫生部卫生检疫总所批准设立济南卫生检疫所，隶属青岛卫生检疫所。同时加挂济南进口食品卫生监督检验所牌子。1992年5月，更名为济南卫生检疫局。
1993年3月，济南卫生检疫局为卫生部卫生检疫局的直属局。
1997年4月，山东省政府批准济南泺口公路二类口岸对外开放，卫生检疫由济南卫生检疫局承担。卫生检疫辖区为济南市及周边地区9个市（地），1999年缩减为济南、泰安、淄博、聊城、滨州、德州6个市（地）。
至1999年11月，内设机构为办公室、检疫查验科、进口食品卫生监督科、卫生监督科；设立机场办事处、泺口办事处2个派出机构。行政编制35人，在编人员19人，其中，研究生5人，大学本科2人，大专10人，中专2人。
（三）济南动植物检疫局
济南动植物检疫局的前身是济南植物检疫所和济南动物检疫所。
1965年11月，农业部济南植物检疫站成立，与山东省植物检疫站合署办公，一个机构两个牌子，为正科级编制，负责山东省辖区的进出口植物检疫工作。1979年9月，隶属省农业厅。1989年1月，改称济南植物检疫所。1990年10月，山东省植物保护总站加挂济南植物检疫所牌子，升格为正处级单位。
1986年8月，国家农牧渔业部济南动物检疫站成立，挂靠省畜牧兽医总站(正处级)，隶属省农业厅，具体工作由济南铁路兽医检疫站（正科级）承担。1989年1月，改称济南动物检疫所。1990年10月，省畜牧兽医总站加挂济南动物检疫所牌子。1993年3月,省畜牧局为加强对外检疫工作，将济南动物检疫所和省畜牧兽医总站分开，济南动物检疫所为省畜牧局管理的独立正处级单位。
1997年5月，为理顺动植物检疫管理体制，农业部决定撤销济南植物检疫所和动物检疫所，组建济南动植物检疫局，实行农业部和地方政府双重领导。1998年1月，济南动植物检疫局成立，承担济南口岸和山东省中西部进出境动植物、动植物产品的检疫工作以及济南机场的旅客检疫业务。
（四）济南出入境检验检疫局
1999年11月，济南进出口商品检验局、济南卫生检疫局、济南动植物检疫机构合并组建济南出入境检验检疫局（副厅级），为山东出入境检验检疫局的分支机构，实行垂直管理体制。内设8个职能处室：办公室、综合业务处、卫生与食品检验监督处、动植物检验检疫处、轻纺检验处、机电化矿检验处、人事处、财务处；3个直属事业单位：济南出入境检验检疫局检验检疫技术中心、济南国际旅行卫生保健中心、济南出入境检验检疫局机关服务中心；1个派出机构：济南机场办事处。2002年10月济南检验检疫局机关服务中心、2004年9月济南国际旅行卫生保健中心、2005年5月济南检验检疫局技术中心获济南市事业单位登记管理局事业单位法人证书。
至2005年底，全局干部职工122名，其中，硕士13人，具有大专以上学历108人，占总人数的88.5％。
三、烟台出入境检验检疫机构
19世纪初，烟台诞生卫生检疫，1949年3月，烟台解放区成立烟台海港检疫所，期间虽多次改变隶属关系，但因其口岸的重要作用，检验、检疫业务始终快速发展。
（一）烟台进出口商品检验局
1950年12月，青岛商检局在烟台设立青岛商品检验局烟台分处，负责烟台地区进出口商品检验工作。1952年6月，与青岛外贸局烟台分局合署办公。11月，改隶青岛商检局和烟台市财政经济委员会。
1955年7月，更名为外贸部青岛商品检验局烟台检验处。1961年6月，改隶烟台专员公署对外贸易局。1973年4月，更名为青岛商品检验局烟台商品检验处。
1981年7月，烟台商品检验处归属青岛商检局，11月，改称青岛进出口商品检验局烟台商品检验处，规格为正处级，由青岛商检局和烟台行署双重管理，以青岛商检局为主，主要负责烟台地区及烟台港的进出口商品检验工作。1984年1月，改称山东进出口商品检验局烟台处。
1985年11月，更名为烟台进出口商品检验局，由山东商检局垂直管理。1993年5月，升格为副厅级。
1991年12月，烟台开发区商检局开始筹建，1994年9月正式成立，负责烟台开发区的进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。规格为正县级，隶属烟台商检局。11月，开始承接检验业务。同年底，机构内设办公室、综合业务科，在册职工14人。
1993年2月，长岛商检局筹备处成立，隶属烟台商检局，下设办公室、检验检疫科。
1995年12月，招远进出口商品检验局成立，负责招远辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格为副县级，隶属烟台商检局。同年底，开始承接业务。在编职工13人（大学本科8人、大学专科3人），其中高级工程师1人。
1998年4月，蓬莱进出口商品检验局成立，负责蓬莱辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，隶属烟台商检局。
至1999年11月，烟台商检局内设8个处室：办公室、检务监管处、检验一处、检验二处、鉴定科技处、人事教育处、行政财务处、政工处（机关党委）；2个事业单位：烟台商检局检测中心、机关服务中心；1个企业单位：山东商检公司烟台分公司；1个派出机构：烟台商检局烟台机场办事处；下辖龙口、开发区、招远、长岛、莱州、蓬莱6个商检局。人员编制243名。
（二）烟台卫生检疫局
1912年，烟台开始实施海港卫生检疫，由海关的内设医官兼任。
1948年10月，烟台市解放。解放区政府根据烟台港对外开放的实际，于1949年3月成立烟台市海港检疫所。1950年4月，改称烟台交通检疫所，隶属华东军政委员会卫生部。1953年7月，更名为烟台检疫所。1954年11月，卫生部下发通知，决定撤销烟台检疫所，改组为青岛检疫所烟台检疫站。1958年5月，恢复烟台卫生检疫所，隶属烟台市卫生局。1963年初，省卫生厅印发《关于烟台卫生检疫所今后工作安排的意见》，确定烟台卫生检疫所与烟台专区卫生防疫站合署办公。
1972年11月，恢复烟台卫生检疫所建制，隶属烟台地区卫生局。1977年底，卫生部决定，烟台卫生检疫所划归山东省革委会卫生局（后更名为山东省卫生厅），为正处级。
1985年10月，卫生部批复设立威海卫生检疫站、龙口卫生检疫站，隶属烟台卫生检疫所。
1988年，国务院批准石岛港对外开放。1989年3月，卫生部批复设立石岛卫生检疫所，隶属烟台卫生检疫所。
1989年1月1日起，烟台卫生检疫所改隶卫生部卫生检疫总所。
1990年10月，烟台卫生检疫所加挂烟台进口食品卫生监督检验所牌子，负责烟台口岸进口食品卫生监督检验工作。
1991年12月，烟台卫生检疫所更名为烟台卫生检疫局。
1994年6月，国务院批准烟台机场对外开放，卫生部批准设立烟台机场卫生检疫局（正处级），由烟台卫生检疫局筹建和管理。
1996年7月，国务院批准蓬莱港对外开放。9月，卫生部卫生检疫局批准设立蓬莱卫生检疫局（正处级），由烟台卫生检疫局筹建和管理。1997年8月，蓬莱卫生检疫局成立，隶属烟台卫生检疫局。
1999年8月，省政府同意烟台港牟平作业区临时对外开放，同意海阳凤城港二类口岸对外开放，允许航行国际航线的中国船舶停靠装卸作业，由烟台港口岸查验机构承担检疫任务。
至1999年11月，烟台卫生检疫局内设办公室、人事科、计财科、检疫查验科、疾病监测科、卫生监督科、食品卫生监督科、食品检验科、烟台中健国际旅行卫生保健有限公司；下辖烟台机场卫生检疫局、蓬莱卫生检疫局。全局职工54人。其中，烟台局44人，烟台机场局6人，蓬莱局4人。
（三）烟台动植物检疫局
1973年8月，烟台港作为国家一类口岸对外开放，由烟台地区林业局临时承担进出境动植物检疫工作，同时负责动植物检疫所的筹建。1974年12月，经农业部和山东省政府批准，成立烟台动植物检疫所，编制16名，党政隶属烟台地区，业务隶属山东省农业厅。1976年10月，正式开展检疫业务。
1978年4月，烟台动植物检疫所划归山东省农业厅。1981年9月，改为农业部直属单位，归动植物检疫总所管理。1992年4月，更名为烟台动植物检疫局。
至1999年11月，烟台动植物检疫局内设办公室、综合业务科、动物检疫科、植物检疫科、运检科、人事科、财务科7个科室；6个分支机构：龙口、威海、石岛、莱州、蓬莱动植物检疫局，烟台机场办事处。在职职工110人。
（四）烟台出入境检验检疫局
1999年11月，烟台进出口商品检验局、烟台进出境动植物检疫局、烟台卫生检疫局合并组建烟台出入境检验检疫局，为副厅级涉外行政执法部门，实行由山东出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制。局机关内设12个处室：办公室、综合处、卫生检疫处、动物检疫处、植物检疫处、食品检验监督处、轻纺处、机电处、人事处、财务处、机关党委办公室、监察室；3个事业单位：检验检疫技术中心、保健中心、机关服务中心；1个企业单位：商检公司。下辖开发区、机场、蓬莱、招远、长岛5个办事处。
至2005年底，全局共有干部职工321人，其中，硕士21人，大专以上学历302人，占总人数的94.1％。
四、黄岛出入境检验检疫机构
（一）黄岛卫生检疫局
1985年12月30日，卫生部批准设立青岛卫生检疫所黄岛检疫站，为正科级事业单位。
1987年7月，经卫生部批准，黄岛卫生检疫站更名为黄岛卫生检疫所，副县级，隶属关系不变。1992年5月，黄岛卫生检疫所更名为黄岛卫生检疫局，正处级，隶属青岛卫生检疫局。
1996年12月，省政府批复胶南市积米崖港作为二类口岸对外开放，卫生检疫工作由黄岛卫生检疫局负责。
至1999年11月，黄岛卫生检疫局下设办公室、检疫查验科、食品卫生监督科、体检科和国际旅行保健中心。共有在编职工20人，其中，业务人员14人，行政管理人员6人。
（二）黄岛进出口商品检验局
1986年4月，根据国家商检局批复，黄岛商检局作为国家重点建设项目前湾港配套工程开始筹建。1988年9月，黄岛进出口商品检验局正式成立，负责黄岛港进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格为正处级。
1992年10月，黄岛商检局迁入黄岛区黄河东路99号新建办公楼。
1993年8月，经国家商检局批复，在青岛保税区筹建进出口商品检验局并开展相关工作。1998年4月，经国家商检局批准，成立青岛保税区商检办事处，规格为正处级，隶属黄岛商检局。
至1999年11月，局机关内设6个处室（正科级）：办公室（同时挂政工处牌子）、综合业务处、检验一处、检验二处、检验三处、财务处；分支机构1个：青岛保税区商检办事处（正处级）；事业单位1个：黄岛商检局检测中心。共有干部职工68人。其中，行政编制49名，事业编制19名。硕士研究生2人，大学本科19人，大学专科13人。高级工程师3人，工程师22人，助理工程师和技术员21人。
（三）黄岛动植物检疫局
1994年5月，黄岛动植物检疫局筹备处成立。
1995年1月，农业部动植物检疫局批准设立黄岛动植物检疫局，规格正处级。
1996年12月，黄岛动植物检疫局正式挂牌办公，下设办公室、动检科、植检科。
1998年3月，黄岛动植物检疫局领导及内设机构调整。局机关下设5个科室：办公室、动检科、植检科、驻报检中心办事处（正科级）、集装箱办事处（正科级）。共有职工13人。
（四）黄岛出入境检验检疫局
1999年11月，黄岛进出口商品检验局、黄岛动植物检疫局和黄岛卫生检疫局合并，组建黄岛出入境检验检疫局（正处级），为山东出入境检验检疫局分支机构，实行由山东出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制。
至2005年底，局机关设有办公室、政工科、财务科、综合科、检务科、动物检疫科、植物检疫科、轻纺机电化矿科8个行政科室；下设前湾港检验检疫办事处（正处级，内设5个科：综合科、集装箱检验检疫科、集装箱货物查验科、木质包装检验科、卫生检疫监督科）、青岛保税区检验检疫办事处（正处级，内设3个科：综合科、检验检疫一科、检验检疫二科）；综合技术服务中心和黄岛国际旅行卫生保健中心2个事业单位。在编职工182名。
五、淄博出入境检验检疫局
1986年6月，根据国家商检局批复，山东商检局开始筹建淄博商检局。1987年3月，淄博进出口商品检验局正式成立，规格为正处级。1988年4月，开始承接检验业务，主要负责淄博地区进出口商品检验、鉴定和监督管理。
建局初期，全局12人，内设办公室、业务科；1990年增设检验业务二科；1991年设立政工科（与办公室合署办公）；1992年设立检务科；1993年增设检验业务三科。1993年9月，迁至柳泉路63号新建检验办公楼。
1995年4月，内设办公室、检务科和检验一、二、三科；有二级实验室2个；在册职工45人（研究生2人、大学本科20人、大学专科18人），其中，高级工程师1人、工程师18人、助理工程师和技术员16人。
1999年11月，根据国家检验检疫局《关于山东出入境检验检疫局下属分支局办事处和人员编制的批复》《关于山东出入境检验检疫局下属事业单位设置的通知》和山东出入境检验检疫局《关于山东出入境检验检疫局下属分支局办事处设置的通知》，更名为淄博出入境检验检疫局，为山东检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。除继续对进出口商品实施检验外，增加出入境卫生检疫、动植物检疫职能。
至2005年，内设6个行政科室：办公室、检务与综合业务科、动植物检验检疫科、轻纺检验科、机电化矿检验科、财务科；1个事业单位：淄博检验检疫局综合技术服务中心。在编人员48人。
六、枣庄出入境检验检疫局
1990年9月,山东商检局在枣庄设立筹备处。1992年5月，设立枣庄进出口商品检验局，负责枣庄地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格为正处级。11月，开始承接检验业务。1995年，内设办公室、检务科和检验一、二科；有三级实验室1个；在册职工24人（大学本科7人、大学专科10人），其中，工程师9人、助理工程师和技术员7人。1999年11月，更名为枣庄出入境检验检疫局，隶属山东出入境检验检疫局。除继续对进出口商品实施检验外，增加出入境卫生检疫、动植物检疫等职能。
至2005年底，在编职工26人（行政23人、事业3人），硕士研究生2人，大学本科22人，其他学历2人。
七、潍坊出入境检验检疫机构
（一）潍坊进出口商品检验局
1978年12月，经国家商检局批准，于昌潍地区(今潍坊市)青年路20号设立青岛商品检验局昌潍商品检验处（副处级），隶属青岛商检局，由昌潍地区外贸局代管。主要负责肉类、农副产品的产地检验，业务辖区为潍坊、淄博、惠民。
1981年7月，升格为正处级，改称青岛进出口商品检验局潍坊商品检验处，由青岛商检局和潍坊行署双重管理，以青岛商检局为主。负责潍坊、惠民及淄博地区的进出口商品检验。11月，更名为青岛进出口商品检验局潍坊处，业务辖区增加东营市。
1984年1月，改称山东进出口商品检验局潍坊处。
1985年11月，更名为潍坊进出口商品检验局。1994年以后，主要负责潍坊地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。
1993年1月，山东商检局与青州市人民政府在青州市签署《关于在青州市建立商检机构的协议》。5月，山东商检局根据国家商检局批复，成立青州商检局筹备处，副县级。1994年9月，山东商检局、潍坊商检局在青州商检局筹备处和青州市人事局协助下，向社会公开招聘商检人员。
1994年11月，国家商检局批准成立青州进出口商品检验局，规格为正处级，隶属潍坊商检局，人员编制40名。
1994年12月，青州商品检验局成立，位于青州市范公亭西路1159号。内设机构有办公室、业务科、机关服务中心。在职干部职工17人。其中，高级职称1人，中级职称5人，初级职称8人。
1997年4月，经山东商检局批准的《潍坊商检局职能配置、机构设置和人员编制方案》，核定青州商检局内设机构为办公室、检验科。在职干部职工17人。
1999年，内设办公室、政工科、检务科和检验一、二、三科；有一、二、三级实验室各1个；在册职工53人（大学本科15人、大学专科24人），其中，高级工程师5人，工程师28人，助理工程师和技术员15人。下设青州商检局。
（二）潍坊动植物检疫局
1994年8月，根据农业部批复，青岛动植物检疫局函复潍坊市政府，同意成立潍坊动植物检疫局筹备处（正处级）。12月，筹备处挂牌办公。
1997年1月，农业部批复同意成立潍坊动植物检疫局，人员规模按100人控制。人、财、物隶属青岛动植物检疫局，实行垂直领导，履行潍坊地区的动植物检疫职能。规格正处级。办公地址位于潍坊市高新技术产业开发区东风东街169号。
1997年8月，内设机构为动检科、植检科、综合业务科、办公室、服务中心。有干部职工18人，其中，大专12人，中专4人，具有高级职称1人，中级职称6人。
（三）潍坊卫生检疫局
1994年12月，卫生部卫生检疫局批准设立潍坊卫生检疫局，同时加挂潍坊进口食品卫生监督检验局牌子。潍坊市政府随即成立筹备领导小组。
1996年2月，潍坊卫生检疫局正式成立，办公地址在潍坊市胜利大街248号。内设办公室、卫生监督科、检疫查验科3个科室。1996年3月，经青岛卫生检疫局党组批准，设立中共潍坊卫生检疫局党组。
1998年6月，潍坊卫生检疫局迁入新大楼办公，地址为潍坊市东风东街171号。新大楼占地面积12.16亩，办公大楼及附属设施4265.98平方米。
至1999年11月，潍坊卫生检疫局内设办公室、卫生监督科、检疫查验科、进口食品卫生监督科4个科室，在职职工11人。
（四）潍坊出入境检验检疫局
1999年11月，潍坊的出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验机构合并，组建潍坊出入境检验检疫局，正处级，为山东检验检疫局分支机构，实行由山东检验检疫局直接领导的垂直管理体制，承担原潍坊“三检”机构的全部职能。
1999年11月，山东出入境检验检疫局《关于山东出入境检验检疫局下属分支局办事处设置的通知》公布设立潍坊出入境检验检疫局青州办事处（正处级），承担原青州商检局的检验业务，增加动植物检疫职能。
2005年9月，经山东出入境检验检疫局批准，设立潍坊出口加工区办事处筹备处。
至2005年底，内设机构为：办公室、检务与综合业务科、卫生检验检疫科、动植物检验检疫科、轻纺检验科、机电化矿检验科、财务科、政工科8个科室和综合技术服务中心、国际旅行卫生保健中心2个事业单位。在职人员102人（行政68人、事业34人），其中，硕士研究生6人，大学本科53人。下设青州办事处（正处级）、出口加工区办事处（筹备处）。
八、济宁出入境检验检疫机构
（一）济宁进出口商品检验局
1977年4月，经国家商检局和青岛商检局批准，由许兆俊负责筹建青岛商检局济宁商检处。1978年1月，于济宁市建设路22号设立青岛商品检验局济宁商品检验处（副处级），主要负责济宁、菏泽、枣庄3个市（地）出口商品产地检验。1980年12月，迁至红星中路5号办公。
1981年7月，改称青岛进出口商品检验局济宁商品检验处，升格为正处级。
1984年1月，改称山东进出口商品检验局济宁处。
1985年11月，更名为济宁进出口商品检验局。
1992年以后，济宁商检局负责济宁市辖区内进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。1998年2月，内设办公室、财务科、检务科和第一、二、三检验科、口岸办、服务中心；有食品实验室（二级）、工业品实验室（三级）；在册职工38人（研究生1人、大学本科10人、大学专科10人），其中，高级工程师2人、工程师25人、助理工程师和技术员6人。
（二）济宁卫生检疫局
1995年5月，济宁市政府与青岛卫生检疫局商定筹建济宁卫生检疫局，筹建处设在济宁市对外经济贸易委员会。9月，卫生部卫生检疫局批准建立济宁卫生检疫局（正处级）。
1997年12月，济宁卫生检疫局挂牌，正式开展卫生检疫业务。至1999年11月，内设办公室、业务科。在编职工5人，其中，大专以上学历4人。
（三）济宁动植物检疫局
1995年9月，济宁动植物检疫局筹备处成立，为青岛商检局的分支机构，边筹建边开办有关进出境动植物检疫业务。
1996年12月，济宁动植物检疫局成立，为青岛动植物检疫局分支机构，规格为正处级。
1997年9月，济宁动植物检疫局内设机构为办公室、动检科、植检科、综合业务科和服务中心。
至1999年11月，内设办公室、综合业务科、检疫科。在编人员10人，全部为大专以上学历。
（四）济宁出入境检验检疫局
1999年11月，济宁商品检验局、济宁卫生检疫局、济宁动植物检疫局合并，成立济宁出入境检验检疫局。至2005年底，内设办公室、政工科、财务科、食品卫生与动物检验检疫科、植物检疫科、机电轻纺化矿科、综合业务科、检务科8个科室和综合技术服务中心、机关服务中心2个事业单位，负责管理山东国际卫生旅行保健中心济宁分中心；有4个专业实验室(农畜食品、羽绒、艾滋病初筛和医学实验室)。其中，农畜食品和艾滋病初筛实验室为山东检验检疫局重点实验室。在编人员59人，其中，研究生4人，大学本科34人，大学专科19人。
九、泰安出入境检验检疫机构
（一）泰安进出口商品检验局
1993年2月，经国家商检局批复，泰安商检局开始筹建。1994年7月，泰安进出口商品检验局成立，负责泰安辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格正处级。9月，开始承接检验业务。
至1995年底，内设办公室和检验一科、二科；有二级实验室1个；在编人员20人（研究生2人、大学本科6人、大学专科10人），其中，高级工程师3人、工程师8人、助理工程师和技术员3人。
1997年3月，国家商检局批复泰安进出口商品检验局职能配置、机构设置和人员编制方案。6月，国家商检局批复泰安商检局人员划转（定职定位）方案。7月，泰安商检局完成由事业单位向行政机关转换的机构改革工作。
（二）泰安出入境检验检疫局
1999年11月，泰安出入境检验检疫局成立，规格为正处级，实行由山东出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制，负责泰安地区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验等工作。原泰安进出口商品检验局建制撤销。
至2005年底，内设办公室、检务与综合业务科、动植物与卫生检验检疫科、轻纺机电检验科、机关服务中心，有工作人员27人。
十、威海出入境检验检疫机构
（一）威海进出口商品检验局
1985年4月，山东商检局设立青岛商检局威海进出口商品检验处，编制15名，隶属烟台商检处。
1988年2月，设立威海商检局筹备处，6月，国家商检局批准成立威海进出口商品检验局，正处级，编制26名，内设办公室、业务科、业务二科。办公地址威海市昆明路9号，隶属山东商检局。负责威海地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。8月，全面承接商品检验业务。
1989年6月，增设检务科，编制增至46名。
1989年9月，设石岛进出口商品检验局筹备处。1991年12月，成立石岛进出口商品检验局（正处级）。隶属威海商检局。
1990年8月，增设业务三科，1991年9月增设政工科，编制增至63名。
1992年6月，增设财务科；7月，成立山东商检公司威海分公司。
1993年1月，成立威海华商对外贸易公司。
1994年8月，成立威海进出口商品检验鉴定事务所。由于事业发展，1994年编制增至73名，1995年78名，1996年82名。
1997年8月，成立威海进出口商品检测鉴定中心（撤销原威海进出口商品检验鉴定事务所）和机关服务中心。
至1999年11月，内设办公室、政工科、财务科和检验一、二、三科；有三级实验室1个；在册职工84人。下设石岛商品检验局。
（二）威海动植物检疫局
1985年1月，农业部动植物检疫总所批准筹建烟台动植物检疫所威海分所；4月，正式成立，人员编制15名，正科级单位。1987年3月，升格为副处级单位，1988年3月，更名为威海动植物检疫所。1991年，人员编制33名，设行政办公室、业务科。
1992年4月，改称威海动植物检疫局；1993年6月，升格为正处级单位。
1997年，内设办公室、动检科、植检科、综合业务科，编制33名。
（三）威海卫生检疫局
1985年10月，卫生部和山东省卫生厅批准成立烟台卫生检疫所威海卫生检疫站。编制20名，内设业务科、办公室。
1989年8月，更名为威海卫生检疫所，规格为副处级。
1990年，威海卫生检疫所划归卫生部卫生检疫总所。10月，加挂威海进口食品卫生监督检验所牌子，承担威海口岸的进口食品卫生监督检验工作。
1992年5月，更名为威海卫生检疫局；9月，升格为正处级单位。
1993年，内设办公室、检疫查验科、食品卫生监督检验科和口岸卫生服务中心。1994年，检疫查验科分为检疫监测科和检验科。1995年，增设财务科。
1997年，威海卫生检疫局调整为国家卫生检疫局直属局，内设机构调整为办公室、卫生监督科（进口食检）、检疫查验科。为贯彻落实政企分开的机构改革要求，成立威海卫健公司。
至1999年11月，内设办公室、卫生监督科（进口食检）、检疫查验科、威海卫健公司。共有干部职工17人，其中，大学本科6人，大学专科9人，其他学历2人。
（四）威海出入境检验检疫局
1999年11月，威海进出口商品检验局、动植物检疫局、卫生检疫局合并成立威海出入境检验检疫局，正处级，为山东检验检疫局分支机构，实行由山东检验检疫局直接领导的垂直管理体制，主要负责威海市（荣成除外）出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理工作。
1999年12月，根据山东检验检疫局《关于中华人民共和国威海出入境检验检疫局职能配置机构设置和人员编制方案的批复》，成立文登办事处(副处级)，主要承担出入境卫生检疫、卫生监督检验任务，内设综合业务科和威海国际旅行卫生保健中心文登分中心（事业单位）。设办事处主任1名，科级领导职数4名。
2001年，设立威海出入境检验检疫局驻出口加工区检验检疫科对外称驻出口加工区办事处（正科级）。
2004年，设立威海出入境检验检疫局威海出口加工区办事处，原驻出口加工区检验检疫科同时撤销。内设综合科、检验监管科、检疫查验科3个科室。核定行政编制12名，办事处设主任（副处级）、副主任（正科级）各1名。主要负责威海出口加工区出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等工作。
2005年6月，设立威海出入境检验检疫局威海机场办事处，规格为副处级。内设综合科、检验检疫科、旅客检疫科。人员编制20名，暂控制编制12名。办事处设主任（副处级）、副主任（正科级）各1名。与文登办事处合署办公。
至2005年底，内设办公室、政工科、财务科、检务科、综合业务科、机电检验科、食品检验监督科、动植物检验检疫科、卫生检验检疫科、轻纺检验科、鉴定业务科、邮件检疫查验科12个科室；3个事业单位：机关服务中心、国际旅行卫生保健中心、检验检疫技术中心；3个派出机构：文登办事处、出口加工区办事处、机场办事处。
十一、日照出入境检验检疫机构
(一)日照进出口商品检验局
1982年8月，日照商检局与国家重点工程石臼港煤码头同步筹建，国家商检局批准建立青岛商检局石臼筹备处，人员编制10名，由临沂行署外贸局负责筹建。
1983年12月，经国家商检局批复，青岛商检局下发文件，将石臼商检筹备处改为青岛商检局石臼商检处，规格为正处级，主要负责石臼港出口煤炭检验和临沂地区出口商品产地检验。1984年1月，改称山东进出口商品检验局石臼处。1985年1月，石臼商检处内设办公室、人事科、综合业务科和第一、二、三检验科6个科室，并界定各科室工作职责。
1985年11月，石臼商检处更名为石臼进出口商品检验局。1989年8月，石臼商检局增设煤采样设备科、轻工轻纺科。1991年2月，石臼商检局原第三检验科改名为第五检验科，原轻工轻纺科更名为第四检验科。
1992年5月，石臼商检局更名为日照进出口商品检验局。1994年以后，负责日照市辖区内进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。
1993年3月，日照商检局设立综合业务科，撤销第三、第四检验科，原第五检验科改为第三检验科。
1997年3月，日照商检局内设7个科室：办公室、政工科、财务科、检务监管科、检验一科、检验二科、检验三科；事业单位2个：检测中心和服务中心。
1997年4月，日照商检局设立山东商检公司日照分公司。
1998年4月，日照商检局政工科更名为人事教育科。有一、二、三级实验室各1个，在册职工75人（研究生3人、大学本科18人、大学专科27人），其中，高级工程师5人、工程师27人、助理工程师和技术员29人。
(二)日照动植物检疫局
1983年7月，农业部动植物检疫总所批准设立青岛动植物检疫所石臼分所，正科级单位。1984年5月开始筹建，1985年5月对外挂牌办公。
1988年6月，石臼分所更名为石臼动植物检疫所，副处级单位。1991年7月，升格为正处级单位。
1989年5月，农业部动植物检疫总所批准设立岚山动植物检疫所，副处级单位，与日照动植物检疫所一个机构两块牌子。
1992年4月，石臼、岚山动植物检疫所分别更名为日照动植物检疫局、岚山动植物检疫局。
至1999年11月，内设5个科室：办公室、动检科、植检科、运输工具检疫科、综合业务科。
(三)日照卫生检疫局
1985年12月，青岛卫生检疫所石臼港检疫站成立，人员编制20名，科级事业单位，隶属青岛卫检所。
1987年7月，石臼卫生检疫站更名为石臼卫生检疫所，副县级单位。1990年10月，石臼进口食品监督检验所挂牌成立，担负日照口岸进口食品监督检验工作（与石臼卫检所一套机构，两块牌子）。
1990年2月，石臼卫检所下设办公室、业务科2个科室。
1992年5月，石臼卫检所更名为日照卫生检疫局。9月，日照卫生检疫局升格为正处级。
1993年2月，日照卫检局划归卫检总所直接领导，由原来的二级局改为直属局。内设办公室、检疫监测处、卫生监督处、进口食品卫生监督检验处4个正科级机构。
1993年9月，日照卫检局成立国境口岸卫生服务中心，主要从事口岸卫生处理工作。
1995年2月，国际旅行保健协会批复成立日照卫生检疫医院，同年11月正式成立并对外开诊。
1996年4月，根据《卫生检疫系统执法与服务分离改革方案》，并经国家卫检局批准，日照卫检局在原服务中心基础上按现代企业制度进行改造，成立日照中健国境口岸卫生保健服务有限责任公司。
1997年12月，日照卫检局内设机构调整为办公室、检疫查验科、卫生监督科、进口食品卫生监督科4个科室。在编职工27人。
(四)日照出入境检验检疫局
1999年11月，日照进出口商品检验局、日照动植物检疫局、日照卫生检疫局合并组建日照出入境检验检疫局。内设9个行政科室：办公室、检务科、综合业务科、卫生检疫与鉴定科、动物检验检疫科、植物检验检疫科、轻纺机电化矿科、财务科、政工科。企事业单位3个：日照检验检疫局综合技术服务中心、日照国际旅行卫生保健中心、山东商品检验公司日照分公司。
2005年，动物检验检疫科、植物检验检疫科整合为动植物检验检疫科、食品检验检疫科。至2005年，日照检验检疫局在职干部职工127人，其中行政编制82名，事业编制45名；硕士研究生4人，本科96人，专科以上学历118人；中、高级专业技术职称12人。
十二、莱芜出入境检验检疫局
1993年6月，山东商检局开始筹建莱芜商检局。1994年10月，莱芜进出口商品检验局设立，负责莱芜地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格为正处级。1995年12月，开始承担进出口商品检验业务。内设办公室和检验业务科，有三级实验室1个，在册职工13人（大学本科7人，大学专科3人），其中，高级工程师1人、工程师2人、助理工程师和技术员4人。
1999年11月，更名为莱芜出入境检验检疫局，正处级，为山东出入境检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制，负责莱芜地区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验等工作。至2005年底，莱芜出入境检验检疫局下设办公室、检务与综合业务科、检验检疫科，工作人员17人。
十三、德州出入境检验检疫局
1993年8月，经国家商检局批复，山东商检局与德州行署签署《关于设立中华人民共和国德州进出口商品检验局有关问题的协议》。1994年2月成立德州商检局筹备处。1995年10月，成立德州进出口商品检验局，正处级，负责德州辖区进出口商品的检验、鉴定和监督管理工作，内设办公室、业务科、机关服务中心，职工18人。
1999年11月，更名为德州出入境检验检疫局，主要承担境内动植物检疫、卫生检疫、进出口商品检验、监管认证工作。至2005年底，内设5个科室：办公室、检务与综合业务科、动植物检验检疫科、轻纺机电检验科、山东检验检疫技术服务中心德州分中心，在编职工22人（大学本科19人，大学专科3人）。
十四、临沂出入境检验检疫机构
(一)临沂进出口商品检验局
1991年11月，临沂商检局开始筹建。1993年5月，临沂进出口商品检验局设立，负责临沂辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。规格为正处级。6月，开始承接检验业务。内设办公室和业务一科、二科，有二级实验室1个。至1999年11月，在册职工34人（研究生4人、大学本科15人、大学专科7人），其中，高级工程师1人、工程师13人、助理工程师和技术员10人。
(二)临沂卫生检疫局
1994年11月，卫生部卫生检疫局批准设立临沂卫生检疫局，规格为正处级，下设筹建领导小组办公室。负责临沂辖区出入境卫生检疫、卫生监督、传染病监测和进口食品卫生监督检验工作。内设办公室、检疫查验科、卫生监督科、进口食品监督检验科和口岸医院。
1998年8月，省政府批复同意临沂属陆路二类口岸对外开放，有关查验工作由临沂卫生检疫局承担。至1999年11月，在册职工11人。
(三)临沂动植物检疫局
1994年8月，农业部批准成立临沂动植物检疫局筹备处，1997年1月正式成立，规格为正处级，负责临沂辖区动植物及其产品检疫监管工作。
1997年9月，机构内设办公室、动物检疫科、植物检疫科、综合业务科、检疫处理服务中心。至1999年11月，在编职工15人。
(四)临沂出入境检验检疫局
1999年11月，临沂进出口商品检验局、临沂动植物检疫局、临沂卫生检疫局合并组建临沂出入境检验检疫局（正处级），负责临沂辖区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验、监管认证工作。至2005年10月，内设办公室、政工科、检务科、综合科、动物检验检疫科、植物检验检疫科、轻工纺织检验科、机电化矿检验科8个职能科室和1个直属事业机构（综合技术服务中心）。在编职工67人，其中，行政人员45人，事业人员22人。
十五、滨州出入境检验检疫局
1990年12月，滨州商检局开始筹建。1991年7月9日，在滨州市黄河五路504号设立滨州进出口商品检验局，负责滨州地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。规格为正处级。9月，开始承接检验业务。内设办公室和检验一、二科；有三级实验室1个；在册职工23人（大学本科6人、大学专科12人），其中，高级工程师1人，工程师10人，助理工程师和技术员8人。
1999年11月，更名为滨州出入境检验检疫局，主要承担境内动植物检疫、卫生检疫、进出口商品检验、监管认证工作。2000年，建立动植物检疫实验室、卫生检疫实验室。2005年12月，建立棉花实验室。
十六、菏泽出入境检验检疫机构
(一)菏泽进出口商品检验局
1988年3月，菏泽商检局开始筹建。6月，菏泽进出口商品检验局成立，正处级，负责菏泽地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。1989年1月，开始承接检验业务。内设办公室、检务科和检验一、二、三科；有三级实验室1个；在册职工32人（大学本科12人、大学专科9人），其中，高级工程师1人、工程师14人、助理工程师和技术员11人。
(二)菏泽卫生检疫局
1995年，省政府在菏泽设立二类陆路口岸。3月，菏泽卫生检疫局开始筹建。1996年9月，卫生部卫生检疫局批准设立菏泽卫生检疫局，正处级，隶属青岛卫生检疫局，编制37名。1997年5月正式对外办公，开展卫生检疫业务。至1999年11月，内设机构为：办公室、卫生监督科和卫生检疫科。共有职工6人，其中，大学本科3人，大专2人，中专1人。
(三)菏泽动植物检疫局
1997年1月，农业部动植物检疫局批复同意设立菏泽动植物检疫局，正处级，负责人李传宏。领导干部职数按一正一副配备，人员规模暂按80人控制，所需办公、业务、生活设施由地方政府负责。内设机构为办公室、动检科、植检科、综合业务科、服务中心。
(四)菏泽出入境检验检疫局
1999年11月，菏泽进出口商品检验局、菏泽动植物检疫局、菏泽卫生检疫局合并组建菏泽出入境检验检疫局，规格正处级，为山东检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。至2005年底，菏泽检验检疫局共49人，内设9个科室和技术中心。
十七、聊城出入境检验检疫局
1988年5月，聊城地区行政公署与山东商检局签订建立商检机构协议。10月，开始筹建。1989年6月，聊城进出口商品检验局成立，规格正处级，人员编制30人，隶属山东进出口商品检验局，主要负责聊城地区进出口商品的检验、监管和鉴定工作。1992年1月，开始承接检验业务。
1995年，内设办公室和第一、二检验科；有三级实验室1个；在册职工27人（大学本科7人、大学专科14人），其中，工程师10人，助理工程师和技术员8人。
1999年11月，更名为聊城出入境检验检疫局。2000年2月，山东检验检疫局批复设立5个内设机构：办公室、检务与综合业务科、动植物检验检疫科、轻纺机电检验科、机关服务中心。至2005年10月，职工总人数36人。
十八、东营出入境检验检疫机构
(一)东营进出口商品检验局
1992年9月，山东商检局开始筹建东营进出口商品检验局。1994年9月，东营进出口商品检验局设立，负责东营辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格正处级。10月，开始承接检验业务。至1999年11月，内设办公室、综合业务科；有三级实验室1个；在册职工17人（研究生1人，大学本科10人，大学专科5人），其中，高级工程师2人，工程师3人，助理工程师和技术员7人。
(二)东营卫生检疫局
1996年4月，东营市人民政府与青岛卫生检疫局商定成立东营卫生检疫局筹建处。1997年3月，东营卫生检疫局成立，隶属青岛卫生检疫局，正处级，编制30名。12月，东营卫生检疫局挂牌成立对外办公。至1999年11月，内设办公室、检疫查验科和卫生监督科；共有在编干部职工12人。其中，大学本科4人，大学专科4人，中专以下4人。
(三)东营动植物检疫局
1996年4月，农业部开始筹建东营动植物检疫局。1997年12月18日，东营动植物检疫局成立，正处级，为青岛动植物检疫局分支机构。编制18名。至1999年11月，内设办公室、综合业务科；在编干部职工11人。
(四)东营出入境检验检疫局
1999年11月，东营进出口商品检验局、东营卫生检疫局、东营动植物检疫局合并组建东营出入境检验检疫局（正处级），为山东出入境检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。内设6个行政科室：办公室、检务与综合业务科、卫检科、动植检科、轻纺机电科、华泰直通场站检验检疫科；1个事业单位：综合技术服务中心。2005年9月，共有在编职工38名。
十九、龙口出入境检验检疫机构
(一)龙口进出口商品检验局
1985年4月，龙口商检局开始筹建。12月，龙口进出口商品检验处（正科级）设立，隶属烟台商检局，负责龙口辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。1986年5月，迁至龙口市外贸局三楼，开始承接检验业务。1989年12月，更名为龙口进出口商品检验局，升格为副处级。
1993年1月，升格为正处级。内设办公室和业务一科、二科；有二级、三级实验室各1个；在册职工29人（大学本科9人、大学专科9人），其中，高级工程师1人、工程师12人、助理工程师11人。
(二)龙口动植物检疫局
1985年1月，烟台动植物检疫所龙口分所成立，规格正科级，编制12名。1988年3月，更名为龙口动植物检疫所，升格为副处级。
1992年4月，更名为龙口动植物检疫局。1996年4月，升格为正处级。至1999年11月，内设办公室、动物检疫科、植物检疫科。
(三)龙口卫生检疫局
1985年10月，卫生部批复设立烟台卫生检疫所龙口卫生检疫站，科级建制，隶属烟台卫生检疫所。
1989年8月，改称龙口卫生检疫所，升格为副处级，隶属烟台卫生检疫所。1992年5月，更名为龙口卫生检疫局，9月，升格为正处级。至1999年11月，内设办公室、检疫查验科、卫生监督科、进口食品监督检验科、传染病监测科。人员编制20名，实有在编人员14人，其中，大学本科4人，大专7人，中专3人。
(四)龙口出入境检验检疫局
1999年11月，龙口商检局、龙口动植物检疫局、龙口卫生检疫局合并组建龙口出入境检验检疫局（正处级）。至2005年底，内设7个行政业务处室、1个事业单位。干部职工共57名。
二十、莱州出入境检验检疫机构
(一)莱州进出口商品检验局
1992年9月，莱州进出口商品检验局筹备处成立。1997年3月,莱州进出口商品检验局（正处级）成立，承担莱州辖区进出口商品检验任务，隶属烟台商检局。至1999年11月，内设办公室和检验科，有干部职工17人。
(二)莱州卫生检疫局
1996年11月，国务院批准莱州港为一类口岸，同意莱州口岸设立卫生检疫机构。1997年6月，莱州卫生检疫局筹备处成立。11月，卫生部卫生检疫局批准设立莱州卫生检疫局，隶属青岛卫生检疫局，规格正处级，人员编制12名。至1999年11月，内设办公室、业务科。共有干部职工11人，其中：大学本科3人，大专4人，中专3人。
(三)莱州动植物检疫局
1997年6月，农业部动植物检疫局批准成立莱州动植物检疫局，为烟台动植物检疫局分支机构，规格正处级，编制12名。1998年4月，开始承接检疫业务。至1999年11月，内设办公室、动检科、植检科、船检科4个科室。共有干部职工8名。
(四)莱州出入境检验检疫局
1999年11月，莱州进出口商品检验局、莱州动植物检疫局和莱州卫生检疫局合并组建莱州出入境检验检疫局（正处级），为山东出入境检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。莱州检验检疫局主要担负莱州辖区出入境人员、商品、船舶及其他交通工具的检验检疫任务。至2005年底，内设办公室、检务与综合业务科、检验检疫科、财务科4个行政科室和综合技术服务中心1个事业单位。在编职工39名。
二十一、荣成出入境检验检疫机构
(一)石岛动植物检疫局
1988年3月，农业部动植物检疫总所批准成立石岛动植物检疫所，属烟台动植物检疫所分支机构。规格正科级，编制10名。1991年4月，升格为副处级，隶属关系不变。1992年4月，更名为石岛动植物检疫局。1996年4月，升格为正处级。至1999年11月，内设办公室、业务科。
(二)石岛卫生检疫局
1988年12月，国务院决定开放石岛港，卫生部批准在石岛设立卫生检疫机构。1989年3月，石岛卫生检疫所设立，编制15名，规格副处级，隶属烟台卫生检疫所，与荣成市海港检疫站合署办公，执行国境卫生检疫和国内海港检疫两种职能，实行双重领导，人财物由地方管理，经费由荣成市人民政府拨付。领导干部由卫生部卫生检疫总所任免。
1990年1月，石岛卫生检疫所正式对外办公。1992年5月，更名为石岛卫生检疫局。负责石岛口岸的出入境卫生检疫、卫生监督、传染病监测和进口食品卫生监督检验工作。9月，升格为正处级。
1996年1月，石岛卫生检疫局与地方脱离，由青岛卫生检疫局与荣成市人民政府签订石岛卫生检疫局与荣成市海港检疫站分划协议书，将人财物与地方彻底分开。至1999年11月，石岛卫生检疫局内设机构为：办公室、检疫查验科、卫生监督科、进口食品卫生监督科。在编职工35人，其中，大学本科4人，大专8人，中专19人。
(三)石岛进出口商品检验局
1989年9月，石岛商检局开始筹建。1991年11月，石岛进出口商品检验局设立，负责荣成市辖区内进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。规格副处级，隶属威海商检局。
1992年5月，开始承接检验业务。1993年1月，升格为正处级。内设办公室和业务一科、二科；有三级实验室1个；在编职工22人（大学本科11人、大学专科9人），其中，工程师10人、助理工程师6人。
(四)荣成出入境检验检疫局
1999年11月，石岛卫生检疫局、石岛动植物检疫局和石岛商检局合并组建石岛出入境检验检疫局，正处级，是荣成市行政区域内出入境检验、检疫、鉴定、监督管理的主管机关。
2001年10月，石岛检验检疫局龙眼港办事处设立，副处级，主要负责荣成市成山镇所辖区域内的检验检疫工作，依法履行具体的出入境检验检疫职能，执行石岛检验检疫局赋予的其他工作任务。内设办公室、旅检科和检验检疫科3个科室。
2003年5月，石岛检验检疫局石岛新港检验检疫科设立，对外称石岛检验检疫局石岛新港办事处（简称石岛新港办事处）。
2005年12月，石岛出入境检验检疫局更名为荣成出入境检验检疫局，管辖范围、隶属关系、机构规格和人员编制不变。至2005年12月，内设7个行政业务科室、2个事业单位；下设龙眼港办事处（副处级）、石岛新港办事处（副处级）。全局共有干部职工78名，其中，硕士2人，大专以上学历51人，占总人数的70％。
二十二、岚山出入境检验检疫机构
(一)岚山动植物检疫局
1985年11月，青岛动植物检疫所岚山分所设立，正科级，人员编制15名。
1989年5月，岚山动植物检疫所设立，为青岛动植物检疫所分支机构，副处级，人员编制10名。
1992年5月，岚山动植物检疫所更名为岚山动植物检疫局，隶属日照动植物检疫局。
(二)岚山卫生检疫局
1989年6月，岚山卫生检疫所设立，正科级，隶属石臼卫生检疫所。1992年5月，更名为岚山卫生检疫局。9月，升格为正处级。至1999年11月，内设办公室、检疫科、卫生科、进口食品监督检验科。共有职工14人。
(三)岚山进出口商品检验局
1989年9月，山东商检局成立岚山进出口商品检验局筹备处。1992年7月，岚山进出口商品检验局成立，规格为副处级，负责岚山辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理，隶属日照商检局。1993年2月，升格为正处级。5月，开始承接检验业务。内设办公室、综合业务科；有三级实验室1个；在编职工14人（大学本科2人、大学专科7人），其中，工程师6人、助理工程师和技术员3人。
(四)岚山出入境检验检疫局
1999年11月，岚山商检局、岚山动植物检疫局、岚山卫生检疫局合并组建岚山出入境检验检疫局，正处级，为山东检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。至2005年底，内设检务科、轻纺机电检验鉴定科、动检科、植检科、办公室、综合技术服务中心等科室。在编职工43人，其中，硕士研究生1人，大学本科31人，大专8人。
第四节 分支机构
1999年8月，根据国务院办公厅《关于印发全国各地出入境检验检疫机构组建方案的通知》和国家出入境检验检疫局《关于印发全国各地出入境检验检疫机构组建方案的实施意见的通知》等文件规定，山东出入境检验检疫机构完成三检合一。
青岛、济南、烟台、黄岛、威海、龙口、荣成、莱州、日照、岚山、临沂、潍坊、东营、济宁、菏泽15个检验检疫局继续履行商品检验、卫生检疫、动植物检疫职能；淄博、枣庄、聊城、德州、滨州、泰安、莱芜7个检验检疫局新增卫生检疫、动植物检疫职能。
全省检验检疫机构设立18个办事处。青岛检验检疫局设立机场、海港、出口加工区3个办事处；济南检验检疫局设立机场办事处；烟台检验检疫局设立机场、开发区、蓬莱、招远、长岛5个办事处；黄岛检验检疫局设立保税区、前湾港2个办事处；潍坊检验检疫局设立青州、农产品出口加工区2个办事处；威海检验检疫局设立文登、出口加工区、机场3个办事处（机场与文登办事处合署办公）；荣成检验检疫局设立龙眼港、石岛新港2个办事处。
各分支局负责在本辖区内，贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的任务及工作流程。其职责为：（1）负责实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监测，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检的管理。（2）负责实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，负责动植物疫情监测、调查等工作，实施动植物疫情的紧急预防措施。（3）负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。（4）负责实施对进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。（5）负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。（6）负责实施出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作。（7）负责执行国家、国务院有关部门签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等，负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。（8）负责签发出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。（9）负责所辖区域的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况，提供有关信息。（10）负责对所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生除害处理机构的监督管理。（11）负责人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物资管理、纪检监察、审计、精神文明建设和思想政治工作。（12）承办山东出入境检验检疫局交办的其他工作。
一、青岛出入境检验检疫机构
（一）青岛进出口商品检验局
1949年6月青岛解放，12月重新成立青岛商检局。1984年1月，青岛商检局更名为山东进出口商品检验局。1995年，商检系统机构改革，山东商检局拟由管理执行局改为管理局。11月，国家商检局批复筹建青岛进出口商品检验局，任命王鑫贤任青岛商检局筹备办公室主任。
1998年1月，国家商检局批准成立青岛进出口商品检验局，规格为副厅级，编制100人，其中，行政编制60名、事业编制40名。4月，青岛商检局设立，属山东进出口商品检验局的分支机构，实行垂直管理。内设机构为：办公室、行政财务处、政工人事处、检务监管处、综合业务处5个处室。
（二）青岛出入境检验检疫局
根据国家检验检疫局《关于济南、青岛、烟台出入境检验检疫局内设机构设置的批复》和《关于山东出入境检验检疫局下属事业单位设置的通知》，1999年11月，组建青岛出入境检验检疫局，12月18日正式挂牌，隶属山东检验检疫局，实行垂直管理体制。原青岛进出口商品检验局撤销，相关职能归入青岛出入境检验检疫局。
1999年11月，青岛检验检疫局内设13个行政业务处室：办公室、综合业务处、卫生检疫处、动物检验检疫处、植物检验检疫处、食品检验监督处、轻纺检验处、机电化矿检验鉴定处、检务处、人事处、财务处、政工处、监察室；设立青岛机场办事处、青岛海港办事处2个派出机构；设立食品实验室、轻纺实验室、化工矿产金属材料实验室3个实验室和机关服务中心。
2001年4月，检务处与综合业务处分离，卫生检疫处与海港办事处合并为青岛海港办事处。
2003年12月，青岛市设立青岛出口加工区。青岛检验检疫局请示设立出口加工区办事处。2004年1月，山东检验检疫局批复同意组建青岛检验检疫局驻青岛出口加工区办事处筹备处。4月，筹备处启用。10月，青岛检验检疫局出口加工区办事处揭牌。
至2005年底，青岛检验检疫局共设13个行政业务处室、3个派出机构，3个实验室和机关服务中心。共有干部职工462人。其中，博士6人，硕士81人，大专以上334人，占总人数的91.1%。
二、济南出入境检验检疫机构
济南检验检疫机构始自早期的中国第一批官办商检机构，后经撤销和再建立，并快速发展，至2005年，已成为拥有8个处室、3个实验室、在编职工85人，综合功能齐全的检验、检疫、鉴定机构。
（一）济南进出口商品检验局
1929年12月，工商部青岛商品检验局接管省工商厅棉花检验所，设立工商部青岛商品检验局济南棉花检验分处，是当时全国最早设立的13个商品检验分处之一。1930年1月，开始对外开展棉花检验业务。1931年9月，济南棉花检验分处与驻济棉花联合会等团体联合成立山东棉业研究改良委员会，由济南棉花检验分处主任担任主任委员。1932年1月，省政府以“统一整顿本省财政”为由，强行接收济南棉花检验分处。后经交涉，又复归青岛商检局。1937年7月，济南棉花检验分处撤销。
1959年7月，青岛商检局在济南设立外贸部青岛商品检验局济南商品检验处，12月正式对外办公。主要业务为出口商品产地检验，业务辖区包括济南、德州、泰安、聊城、济宁、菏泽、枣庄、临沂、淄博等地。1971年，并归于济南轻化工进出口支公司。1972年7月，改由济南市外贸局管理。1973年1月，改称青岛商品检验局济南商品检验处。1978年，业务辖区为济南、德州、聊城、泰安。1981年6月，定为正县级单位，负责济南、德州、聊城、泰安地区进出口商品检验工作，隶属青岛商检局和济南市人民政府双重管理，以青岛商检局为主。1984年1月，改称山东进出口商品检验局济南处。
1985年11月，国家商检局成立济南进出口商品检验局。1993年10月，升格为副厅级。1994年以后，济南进出口商品检验局主要负责济南市辖区内进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。1999年11月，济南进出口商品检验局内设办公室、人事处、行政财务处、检务处和一、二、三、四检验业务处；有二级实验室3个；在编职工85人（研究生3人、大学本科20人、专科38人），其中，高级工程师6人，工程师36人，助理工程师和技术员18人。下设济南机场进出口商品检验局。
（二）济南卫生检疫局
1991年3月，根据国务院《关于同意济南机场开放的批复》，卫生部卫生检疫总所批准设立济南卫生检疫所，隶属青岛卫生检疫所。同时加挂济南进口食品卫生监督检验所牌子。1992年5月，更名为济南卫生检疫局。
1993年3月，济南卫生检疫局为卫生部卫生检疫局的直属局。
1997年4月，山东省政府批准济南泺口公路二类口岸对外开放，卫生检疫由济南卫生检疫局承担。卫生检疫辖区为济南市及周边地区9个市（地），1999年缩减为济南、泰安、淄博、聊城、滨州、德州6个市（地）。
至1999年11月，内设机构为办公室、检疫查验科、进口食品卫生监督科、卫生监督科；设立机场办事处、泺口办事处2个派出机构。行政编制35人，在编人员19人，其中，研究生5人，大学本科2人，大专10人，中专2人。
（三）济南动植物检疫局
济南动植物检疫局的前身是济南植物检疫所和济南动物检疫所。
1965年11月，农业部济南植物检疫站成立，与山东省植物检疫站合署办公，一个机构两个牌子，为正科级编制，负责山东省辖区的进出口植物检疫工作。1979年9月，隶属省农业厅。1989年1月，改称济南植物检疫所。1990年10月，山东省植物保护总站加挂济南植物检疫所牌子，升格为正处级单位。
1986年8月，国家农牧渔业部济南动物检疫站成立，挂靠省畜牧兽医总站(正处级)，隶属省农业厅，具体工作由济南铁路兽医检疫站（正科级）承担。1989年1月，改称济南动物检疫所。1990年10月，省畜牧兽医总站加挂济南动物检疫所牌子。1993年3月,省畜牧局为加强对外检疫工作，将济南动物检疫所和省畜牧兽医总站分开，济南动物检疫所为省畜牧局管理的独立正处级单位。
1997年5月，为理顺动植物检疫管理体制，农业部决定撤销济南植物检疫所和动物检疫所，组建济南动植物检疫局，实行农业部和地方政府双重领导。1998年1月，济南动植物检疫局成立，承担济南口岸和山东省中西部进出境动植物、动植物产品的检疫工作以及济南机场的旅客检疫业务。
（四）济南出入境检验检疫局
1999年11月，济南进出口商品检验局、济南卫生检疫局、济南动植物检疫机构合并组建济南出入境检验检疫局（副厅级），为山东出入境检验检疫局的分支机构，实行垂直管理体制。内设8个职能处室：办公室、综合业务处、卫生与食品检验监督处、动植物检验检疫处、轻纺检验处、机电化矿检验处、人事处、财务处；3个直属事业单位：济南出入境检验检疫局检验检疫技术中心、济南国际旅行卫生保健中心、济南出入境检验检疫局机关服务中心；1个派出机构：济南机场办事处。2002年10月济南检验检疫局机关服务中心、2004年9月济南国际旅行卫生保健中心、2005年5月济南检验检疫局技术中心获济南市事业单位登记管理局事业单位法人证书。
至2005年底，全局干部职工122名，其中，硕士13人，具有大专以上学历108人，占总人数的88.5％。
三、烟台出入境检验检疫机构
19世纪初，烟台诞生卫生检疫，1949年3月，烟台解放区成立烟台海港检疫所，期间虽多次改变隶属关系，但因其口岸的重要作用，检验、检疫业务始终快速发展。
（一）烟台进出口商品检验局
1950年12月，青岛商检局在烟台设立青岛商品检验局烟台分处，负责烟台地区进出口商品检验工作。1952年6月，与青岛外贸局烟台分局合署办公。11月，改隶青岛商检局和烟台市财政经济委员会。
1955年7月，更名为外贸部青岛商品检验局烟台检验处。1961年6月，改隶烟台专员公署对外贸易局。1973年4月，更名为青岛商品检验局烟台商品检验处。
1981年7月，烟台商品检验处归属青岛商检局，11月，改称青岛进出口商品检验局烟台商品检验处，规格为正处级，由青岛商检局和烟台行署双重管理，以青岛商检局为主，主要负责烟台地区及烟台港的进出口商品检验工作。1984年1月，改称山东进出口商品检验局烟台处。
1985年11月，更名为烟台进出口商品检验局，由山东商检局垂直管理。1993年5月，升格为副厅级。
1991年12月，烟台开发区商检局开始筹建，1994年9月正式成立，负责烟台开发区的进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。规格为正县级，隶属烟台商检局。11月，开始承接检验业务。同年底，机构内设办公室、综合业务科，在册职工14人。
1993年2月，长岛商检局筹备处成立，隶属烟台商检局，下设办公室、检验检疫科。
1995年12月，招远进出口商品检验局成立，负责招远辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格为副县级，隶属烟台商检局。同年底，开始承接业务。在编职工13人（大学本科8人、大学专科3人），其中高级工程师1人。
1998年4月，蓬莱进出口商品检验局成立，负责蓬莱辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，隶属烟台商检局。
至1999年11月，烟台商检局内设8个处室：办公室、检务监管处、检验一处、检验二处、鉴定科技处、人事教育处、行政财务处、政工处（机关党委）；2个事业单位：烟台商检局检测中心、机关服务中心；1个企业单位：山东商检公司烟台分公司；1个派出机构：烟台商检局烟台机场办事处；下辖龙口、开发区、招远、长岛、莱州、蓬莱6个商检局。人员编制243名。
（二）烟台卫生检疫局
1912年，烟台开始实施海港卫生检疫，由海关的内设医官兼任。
1948年10月，烟台市解放。解放区政府根据烟台港对外开放的实际，于1949年3月成立烟台市海港检疫所。1950年4月，改称烟台交通检疫所，隶属华东军政委员会卫生部。1953年7月，更名为烟台检疫所。1954年11月，卫生部下发通知，决定撤销烟台检疫所，改组为青岛检疫所烟台检疫站。1958年5月，恢复烟台卫生检疫所，隶属烟台市卫生局。1963年初，省卫生厅印发《关于烟台卫生检疫所今后工作安排的意见》，确定烟台卫生检疫所与烟台专区卫生防疫站合署办公。
1972年11月，恢复烟台卫生检疫所建制，隶属烟台地区卫生局。1977年底，卫生部决定，烟台卫生检疫所划归山东省革委会卫生局（后更名为山东省卫生厅），为正处级。
1985年10月，卫生部批复设立威海卫生检疫站、龙口卫生检疫站，隶属烟台卫生检疫所。
1988年，国务院批准石岛港对外开放。1989年3月，卫生部批复设立石岛卫生检疫所，隶属烟台卫生检疫所。
1989年1月1日起，烟台卫生检疫所改隶卫生部卫生检疫总所。
1990年10月，烟台卫生检疫所加挂烟台进口食品卫生监督检验所牌子，负责烟台口岸进口食品卫生监督检验工作。
1991年12月，烟台卫生检疫所更名为烟台卫生检疫局。
1994年6月，国务院批准烟台机场对外开放，卫生部批准设立烟台机场卫生检疫局（正处级），由烟台卫生检疫局筹建和管理。
1996年7月，国务院批准蓬莱港对外开放。9月，卫生部卫生检疫局批准设立蓬莱卫生检疫局（正处级），由烟台卫生检疫局筹建和管理。1997年8月，蓬莱卫生检疫局成立，隶属烟台卫生检疫局。
1999年8月，省政府同意烟台港牟平作业区临时对外开放，同意海阳凤城港二类口岸对外开放，允许航行国际航线的中国船舶停靠装卸作业，由烟台港口岸查验机构承担检疫任务。
至1999年11月，烟台卫生检疫局内设办公室、人事科、计财科、检疫查验科、疾病监测科、卫生监督科、食品卫生监督科、食品检验科、烟台中健国际旅行卫生保健有限公司；下辖烟台机场卫生检疫局、蓬莱卫生检疫局。全局职工54人。其中，烟台局44人，烟台机场局6人，蓬莱局4人。
（三）烟台动植物检疫局
1973年8月，烟台港作为国家一类口岸对外开放，由烟台地区林业局临时承担进出境动植物检疫工作，同时负责动植物检疫所的筹建。1974年12月，经农业部和山东省政府批准，成立烟台动植物检疫所，编制16名，党政隶属烟台地区，业务隶属山东省农业厅。1976年10月，正式开展检疫业务。
1978年4月，烟台动植物检疫所划归山东省农业厅。1981年9月，改为农业部直属单位，归动植物检疫总所管理。1992年4月，更名为烟台动植物检疫局。
至1999年11月，烟台动植物检疫局内设办公室、综合业务科、动物检疫科、植物检疫科、运检科、人事科、财务科7个科室；6个分支机构：龙口、威海、石岛、莱州、蓬莱动植物检疫局，烟台机场办事处。在职职工110人。
（四）烟台出入境检验检疫局
1999年11月，烟台进出口商品检验局、烟台进出境动植物检疫局、烟台卫生检疫局合并组建烟台出入境检验检疫局，为副厅级涉外行政执法部门，实行由山东出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制。局机关内设12个处室：办公室、综合处、卫生检疫处、动物检疫处、植物检疫处、食品检验监督处、轻纺处、机电处、人事处、财务处、机关党委办公室、监察室；3个事业单位：检验检疫技术中心、保健中心、机关服务中心；1个企业单位：商检公司。下辖开发区、机场、蓬莱、招远、长岛5个办事处。
至2005年底，全局共有干部职工321人，其中，硕士21人，大专以上学历302人，占总人数的94.1％。
四、黄岛出入境检验检疫机构
（一）黄岛卫生检疫局
1985年12月30日，卫生部批准设立青岛卫生检疫所黄岛检疫站，为正科级事业单位。
1987年7月，经卫生部批准，黄岛卫生检疫站更名为黄岛卫生检疫所，副县级，隶属关系不变。1992年5月，黄岛卫生检疫所更名为黄岛卫生检疫局，正处级，隶属青岛卫生检疫局。
1996年12月，省政府批复胶南市积米崖港作为二类口岸对外开放，卫生检疫工作由黄岛卫生检疫局负责。
至1999年11月，黄岛卫生检疫局下设办公室、检疫查验科、食品卫生监督科、体检科和国际旅行保健中心。共有在编职工20人，其中，业务人员14人，行政管理人员6人。
（二）黄岛进出口商品检验局
1986年4月，根据国家商检局批复，黄岛商检局作为国家重点建设项目前湾港配套工程开始筹建。1988年9月，黄岛进出口商品检验局正式成立，负责黄岛港进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格为正处级。
1992年10月，黄岛商检局迁入黄岛区黄河东路99号新建办公楼。
1993年8月，经国家商检局批复，在青岛保税区筹建进出口商品检验局并开展相关工作。1998年4月，经国家商检局批准，成立青岛保税区商检办事处，规格为正处级，隶属黄岛商检局。
至1999年11月，局机关内设6个处室（正科级）：办公室（同时挂政工处牌子）、综合业务处、检验一处、检验二处、检验三处、财务处；分支机构1个：青岛保税区商检办事处（正处级）；事业单位1个：黄岛商检局检测中心。共有干部职工68人。其中，行政编制49名，事业编制19名。硕士研究生2人，大学本科19人，大学专科13人。高级工程师3人，工程师22人，助理工程师和技术员21人。
（三）黄岛动植物检疫局
1994年5月，黄岛动植物检疫局筹备处成立。
1995年1月，农业部动植物检疫局批准设立黄岛动植物检疫局，规格正处级。
1996年12月，黄岛动植物检疫局正式挂牌办公，下设办公室、动检科、植检科。
1998年3月，黄岛动植物检疫局领导及内设机构调整。局机关下设5个科室：办公室、动检科、植检科、驻报检中心办事处（正科级）、集装箱办事处（正科级）。共有职工13人。
（四）黄岛出入境检验检疫局
1999年11月，黄岛进出口商品检验局、黄岛动植物检疫局和黄岛卫生检疫局合并，组建黄岛出入境检验检疫局（正处级），为山东出入境检验检疫局分支机构，实行由山东出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制。
至2005年底，局机关设有办公室、政工科、财务科、综合科、检务科、动物检疫科、植物检疫科、轻纺机电化矿科8个行政科室；下设前湾港检验检疫办事处（正处级，内设5个科：综合科、集装箱检验检疫科、集装箱货物查验科、木质包装检验科、卫生检疫监督科）、青岛保税区检验检疫办事处（正处级，内设3个科：综合科、检验检疫一科、检验检疫二科）；综合技术服务中心和黄岛国际旅行卫生保健中心2个事业单位。在编职工182名。
五、淄博出入境检验检疫局
1986年6月，根据国家商检局批复，山东商检局开始筹建淄博商检局。1987年3月，淄博进出口商品检验局正式成立，规格为正处级。1988年4月，开始承接检验业务，主要负责淄博地区进出口商品检验、鉴定和监督管理。
建局初期，全局12人，内设办公室、业务科；1990年增设检验业务二科；1991年设立政工科（与办公室合署办公）；1992年设立检务科；1993年增设检验业务三科。1993年9月，迁至柳泉路63号新建检验办公楼。
1995年4月，内设办公室、检务科和检验一、二、三科；有二级实验室2个；在册职工45人（研究生2人、大学本科20人、大学专科18人），其中，高级工程师1人、工程师18人、助理工程师和技术员16人。
1999年11月，根据国家检验检疫局《关于山东出入境检验检疫局下属分支局办事处和人员编制的批复》《关于山东出入境检验检疫局下属事业单位设置的通知》和山东出入境检验检疫局《关于山东出入境检验检疫局下属分支局办事处设置的通知》，更名为淄博出入境检验检疫局，为山东检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。除继续对进出口商品实施检验外，增加出入境卫生检疫、动植物检疫职能。
至2005年，内设6个行政科室：办公室、检务与综合业务科、动植物检验检疫科、轻纺检验科、机电化矿检验科、财务科；1个事业单位：淄博检验检疫局综合技术服务中心。在编人员48人。
六、枣庄出入境检验检疫局
1990年9月,山东商检局在枣庄设立筹备处。1992年5月，设立枣庄进出口商品检验局，负责枣庄地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格为正处级。11月，开始承接检验业务。1995年，内设办公室、检务科和检验一、二科；有三级实验室1个；在册职工24人（大学本科7人、大学专科10人），其中，工程师9人、助理工程师和技术员7人。1999年11月，更名为枣庄出入境检验检疫局，隶属山东出入境检验检疫局。除继续对进出口商品实施检验外，增加出入境卫生检疫、动植物检疫等职能。
至2005年底，在编职工26人（行政23人、事业3人），硕士研究生2人，大学本科22人，其他学历2人。
七、潍坊出入境检验检疫机构
（一）潍坊进出口商品检验局
1978年12月，经国家商检局批准，于昌潍地区(今潍坊市)青年路20号设立青岛商品检验局昌潍商品检验处（副处级），隶属青岛商检局，由昌潍地区外贸局代管。主要负责肉类、农副产品的产地检验，业务辖区为潍坊、淄博、惠民。
1981年7月，升格为正处级，改称青岛进出口商品检验局潍坊商品检验处，由青岛商检局和潍坊行署双重管理，以青岛商检局为主。负责潍坊、惠民及淄博地区的进出口商品检验。11月，更名为青岛进出口商品检验局潍坊处，业务辖区增加东营市。
1984年1月，改称山东进出口商品检验局潍坊处。
1985年11月，更名为潍坊进出口商品检验局。1994年以后，主要负责潍坊地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。
1993年1月，山东商检局与青州市人民政府在青州市签署《关于在青州市建立商检机构的协议》。5月，山东商检局根据国家商检局批复，成立青州商检局筹备处，副县级。1994年9月，山东商检局、潍坊商检局在青州商检局筹备处和青州市人事局协助下，向社会公开招聘商检人员。
1994年11月，国家商检局批准成立青州进出口商品检验局，规格为正处级，隶属潍坊商检局，人员编制40名。
1994年12月，青州商品检验局成立，位于青州市范公亭西路1159号。内设机构有办公室、业务科、机关服务中心。在职干部职工17人。其中，高级职称1人，中级职称5人，初级职称8人。
1997年4月，经山东商检局批准的《潍坊商检局职能配置、机构设置和人员编制方案》，核定青州商检局内设机构为办公室、检验科。在职干部职工17人。
1999年，内设办公室、政工科、检务科和检验一、二、三科；有一、二、三级实验室各1个；在册职工53人（大学本科15人、大学专科24人），其中，高级工程师5人，工程师28人，助理工程师和技术员15人。下设青州商检局。
（二）潍坊动植物检疫局
1994年8月，根据农业部批复，青岛动植物检疫局函复潍坊市政府，同意成立潍坊动植物检疫局筹备处（正处级）。12月，筹备处挂牌办公。
1997年1月，农业部批复同意成立潍坊动植物检疫局，人员规模按100人控制。人、财、物隶属青岛动植物检疫局，实行垂直领导，履行潍坊地区的动植物检疫职能。规格正处级。办公地址位于潍坊市高新技术产业开发区东风东街169号。
1997年8月，内设机构为动检科、植检科、综合业务科、办公室、服务中心。有干部职工18人，其中，大专12人，中专4人，具有高级职称1人，中级职称6人。
（三）潍坊卫生检疫局
1994年12月，卫生部卫生检疫局批准设立潍坊卫生检疫局，同时加挂潍坊进口食品卫生监督检验局牌子。潍坊市政府随即成立筹备领导小组。
1996年2月，潍坊卫生检疫局正式成立，办公地址在潍坊市胜利大街248号。内设办公室、卫生监督科、检疫查验科3个科室。1996年3月，经青岛卫生检疫局党组批准，设立中共潍坊卫生检疫局党组。
1998年6月，潍坊卫生检疫局迁入新大楼办公，地址为潍坊市东风东街171号。新大楼占地面积12.16亩，办公大楼及附属设施4265.98平方米。
至1999年11月，潍坊卫生检疫局内设办公室、卫生监督科、检疫查验科、进口食品卫生监督科4个科室，在职职工11人。
（四）潍坊出入境检验检疫局
1999年11月，潍坊的出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验机构合并，组建潍坊出入境检验检疫局，正处级，为山东检验检疫局分支机构，实行由山东检验检疫局直接领导的垂直管理体制，承担原潍坊“三检”机构的全部职能。
1999年11月，山东出入境检验检疫局《关于山东出入境检验检疫局下属分支局办事处设置的通知》公布设立潍坊出入境检验检疫局青州办事处（正处级），承担原青州商检局的检验业务，增加动植物检疫职能。
2005年9月，经山东出入境检验检疫局批准，设立潍坊出口加工区办事处筹备处。
至2005年底，内设机构为：办公室、检务与综合业务科、卫生检验检疫科、动植物检验检疫科、轻纺检验科、机电化矿检验科、财务科、政工科8个科室和综合技术服务中心、国际旅行卫生保健中心2个事业单位。在职人员102人（行政68人、事业34人），其中，硕士研究生6人，大学本科53人。下设青州办事处（正处级）、出口加工区办事处（筹备处）。
八、济宁出入境检验检疫机构
（一）济宁进出口商品检验局
1977年4月，经国家商检局和青岛商检局批准，由许兆俊负责筹建青岛商检局济宁商检处。1978年1月，于济宁市建设路22号设立青岛商品检验局济宁商品检验处（副处级），主要负责济宁、菏泽、枣庄3个市（地）出口商品产地检验。1980年12月，迁至红星中路5号办公。
1981年7月，改称青岛进出口商品检验局济宁商品检验处，升格为正处级。
1984年1月，改称山东进出口商品检验局济宁处。
1985年11月，更名为济宁进出口商品检验局。
1992年以后，济宁商检局负责济宁市辖区内进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。1998年2月，内设办公室、财务科、检务科和第一、二、三检验科、口岸办、服务中心；有食品实验室（二级）、工业品实验室（三级）；在册职工38人（研究生1人、大学本科10人、大学专科10人），其中，高级工程师2人、工程师25人、助理工程师和技术员6人。
（二）济宁卫生检疫局
1995年5月，济宁市政府与青岛卫生检疫局商定筹建济宁卫生检疫局，筹建处设在济宁市对外经济贸易委员会。9月，卫生部卫生检疫局批准建立济宁卫生检疫局（正处级）。
1997年12月，济宁卫生检疫局挂牌，正式开展卫生检疫业务。至1999年11月，内设办公室、业务科。在编职工5人，其中，大专以上学历4人。
（三）济宁动植物检疫局
1995年9月，济宁动植物检疫局筹备处成立，为青岛商检局的分支机构，边筹建边开办有关进出境动植物检疫业务。
1996年12月，济宁动植物检疫局成立，为青岛动植物检疫局分支机构，规格为正处级。
1997年9月，济宁动植物检疫局内设机构为办公室、动检科、植检科、综合业务科和服务中心。
至1999年11月，内设办公室、综合业务科、检疫科。在编人员10人，全部为大专以上学历。
（四）济宁出入境检验检疫局
1999年11月，济宁商品检验局、济宁卫生检疫局、济宁动植物检疫局合并，成立济宁出入境检验检疫局。至2005年底，内设办公室、政工科、财务科、食品卫生与动物检验检疫科、植物检疫科、机电轻纺化矿科、综合业务科、检务科8个科室和综合技术服务中心、机关服务中心2个事业单位，负责管理山东国际卫生旅行保健中心济宁分中心；有4个专业实验室(农畜食品、羽绒、艾滋病初筛和医学实验室)。其中，农畜食品和艾滋病初筛实验室为山东检验检疫局重点实验室。在编人员59人，其中，研究生4人，大学本科34人，大学专科19人。
九、泰安出入境检验检疫机构
（一）泰安进出口商品检验局
1993年2月，经国家商检局批复，泰安商检局开始筹建。1994年7月，泰安进出口商品检验局成立，负责泰安辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格正处级。9月，开始承接检验业务。
至1995年底，内设办公室和检验一科、二科；有二级实验室1个；在编人员20人（研究生2人、大学本科6人、大学专科10人），其中，高级工程师3人、工程师8人、助理工程师和技术员3人。
1997年3月，国家商检局批复泰安进出口商品检验局职能配置、机构设置和人员编制方案。6月，国家商检局批复泰安商检局人员划转（定职定位）方案。7月，泰安商检局完成由事业单位向行政机关转换的机构改革工作。
（二）泰安出入境检验检疫局
1999年11月，泰安出入境检验检疫局成立，规格为正处级，实行由山东出入境检验检疫局直接领导的垂直管理体制，负责泰安地区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验等工作。原泰安进出口商品检验局建制撤销。
至2005年底，内设办公室、检务与综合业务科、动植物与卫生检验检疫科、轻纺机电检验科、机关服务中心，有工作人员27人。
十、威海出入境检验检疫机构
（一）威海进出口商品检验局
1985年4月，山东商检局设立青岛商检局威海进出口商品检验处，编制15名，隶属烟台商检处。
1988年2月，设立威海商检局筹备处，6月，国家商检局批准成立威海进出口商品检验局，正处级，编制26名，内设办公室、业务科、业务二科。办公地址威海市昆明路9号，隶属山东商检局。负责威海地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。8月，全面承接商品检验业务。
1989年6月，增设检务科，编制增至46名。
1989年9月，设石岛进出口商品检验局筹备处。1991年12月，成立石岛进出口商品检验局（正处级）。隶属威海商检局。
1990年8月，增设业务三科，1991年9月增设政工科，编制增至63名。
1992年6月，增设财务科；7月，成立山东商检公司威海分公司。
1993年1月，成立威海华商对外贸易公司。
1994年8月，成立威海进出口商品检验鉴定事务所。由于事业发展，1994年编制增至73名，1995年78名，1996年82名。
1997年8月，成立威海进出口商品检测鉴定中心（撤销原威海进出口商品检验鉴定事务所）和机关服务中心。
至1999年11月，内设办公室、政工科、财务科和检验一、二、三科；有三级实验室1个；在册职工84人。下设石岛商品检验局。
（二）威海动植物检疫局
1985年1月，农业部动植物检疫总所批准筹建烟台动植物检疫所威海分所；4月，正式成立，人员编制15名，正科级单位。1987年3月，升格为副处级单位，1988年3月，更名为威海动植物检疫所。1991年，人员编制33名，设行政办公室、业务科。
1992年4月，改称威海动植物检疫局；1993年6月，升格为正处级单位。
1997年，内设办公室、动检科、植检科、综合业务科，编制33名。
（三）威海卫生检疫局
1985年10月，卫生部和山东省卫生厅批准成立烟台卫生检疫所威海卫生检疫站。编制20名，内设业务科、办公室。
1989年8月，更名为威海卫生检疫所，规格为副处级。
1990年，威海卫生检疫所划归卫生部卫生检疫总所。10月，加挂威海进口食品卫生监督检验所牌子，承担威海口岸的进口食品卫生监督检验工作。
1992年5月，更名为威海卫生检疫局；9月，升格为正处级单位。
1993年，内设办公室、检疫查验科、食品卫生监督检验科和口岸卫生服务中心。1994年，检疫查验科分为检疫监测科和检验科。1995年，增设财务科。
1997年，威海卫生检疫局调整为国家卫生检疫局直属局，内设机构调整为办公室、卫生监督科（进口食检）、检疫查验科。为贯彻落实政企分开的机构改革要求，成立威海卫健公司。
至1999年11月，内设办公室、卫生监督科（进口食检）、检疫查验科、威海卫健公司。共有干部职工17人，其中，大学本科6人，大学专科9人，其他学历2人。
（四）威海出入境检验检疫局
1999年11月，威海进出口商品检验局、动植物检疫局、卫生检疫局合并成立威海出入境检验检疫局，正处级，为山东检验检疫局分支机构，实行由山东检验检疫局直接领导的垂直管理体制，主要负责威海市（荣成除外）出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理工作。
1999年12月，根据山东检验检疫局《关于中华人民共和国威海出入境检验检疫局职能配置机构设置和人员编制方案的批复》，成立文登办事处(副处级)，主要承担出入境卫生检疫、卫生监督检验任务，内设综合业务科和威海国际旅行卫生保健中心文登分中心（事业单位）。设办事处主任1名，科级领导职数4名。
2001年，设立威海出入境检验检疫局驻出口加工区检验检疫科对外称驻出口加工区办事处（正科级）。
2004年，设立威海出入境检验检疫局威海出口加工区办事处，原驻出口加工区检验检疫科同时撤销。内设综合科、检验监管科、检疫查验科3个科室。核定行政编制12名，办事处设主任（副处级）、副主任（正科级）各1名。主要负责威海出口加工区出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等工作。
2005年6月，设立威海出入境检验检疫局威海机场办事处，规格为副处级。内设综合科、检验检疫科、旅客检疫科。人员编制20名，暂控制编制12名。办事处设主任（副处级）、副主任（正科级）各1名。与文登办事处合署办公。
至2005年底，内设办公室、政工科、财务科、检务科、综合业务科、机电检验科、食品检验监督科、动植物检验检疫科、卫生检验检疫科、轻纺检验科、鉴定业务科、邮件检疫查验科12个科室；3个事业单位：机关服务中心、国际旅行卫生保健中心、检验检疫技术中心；3个派出机构：文登办事处、出口加工区办事处、机场办事处。
十一、日照出入境检验检疫机构
(一)日照进出口商品检验局
1982年8月，日照商检局与国家重点工程石臼港煤码头同步筹建，国家商检局批准建立青岛商检局石臼筹备处，人员编制10名，由临沂行署外贸局负责筹建。
1983年12月，经国家商检局批复，青岛商检局下发文件，将石臼商检筹备处改为青岛商检局石臼商检处，规格为正处级，主要负责石臼港出口煤炭检验和临沂地区出口商品产地检验。1984年1月，改称山东进出口商品检验局石臼处。1985年1月，石臼商检处内设办公室、人事科、综合业务科和第一、二、三检验科6个科室，并界定各科室工作职责。
1985年11月，石臼商检处更名为石臼进出口商品检验局。1989年8月，石臼商检局增设煤采样设备科、轻工轻纺科。1991年2月，石臼商检局原第三检验科改名为第五检验科，原轻工轻纺科更名为第四检验科。
1992年5月，石臼商检局更名为日照进出口商品检验局。1994年以后，负责日照市辖区内进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。
1993年3月，日照商检局设立综合业务科，撤销第三、第四检验科，原第五检验科改为第三检验科。
1997年3月，日照商检局内设7个科室：办公室、政工科、财务科、检务监管科、检验一科、检验二科、检验三科；事业单位2个：检测中心和服务中心。
1997年4月，日照商检局设立山东商检公司日照分公司。
1998年4月，日照商检局政工科更名为人事教育科。有一、二、三级实验室各1个，在册职工75人（研究生3人、大学本科18人、大学专科27人），其中，高级工程师5人、工程师27人、助理工程师和技术员29人。
(二)日照动植物检疫局
1983年7月，农业部动植物检疫总所批准设立青岛动植物检疫所石臼分所，正科级单位。1984年5月开始筹建，1985年5月对外挂牌办公。
1988年6月，石臼分所更名为石臼动植物检疫所，副处级单位。1991年7月，升格为正处级单位。
1989年5月，农业部动植物检疫总所批准设立岚山动植物检疫所，副处级单位，与日照动植物检疫所一个机构两块牌子。
1992年4月，石臼、岚山动植物检疫所分别更名为日照动植物检疫局、岚山动植物检疫局。
至1999年11月，内设5个科室：办公室、动检科、植检科、运输工具检疫科、综合业务科。
(三)日照卫生检疫局
1985年12月，青岛卫生检疫所石臼港检疫站成立，人员编制20名，科级事业单位，隶属青岛卫检所。
1987年7月，石臼卫生检疫站更名为石臼卫生检疫所，副县级单位。1990年10月，石臼进口食品监督检验所挂牌成立，担负日照口岸进口食品监督检验工作（与石臼卫检所一套机构，两块牌子）。
1990年2月，石臼卫检所下设办公室、业务科2个科室。
1992年5月，石臼卫检所更名为日照卫生检疫局。9月，日照卫生检疫局升格为正处级。
1993年2月，日照卫检局划归卫检总所直接领导，由原来的二级局改为直属局。内设办公室、检疫监测处、卫生监督处、进口食品卫生监督检验处4个正科级机构。
1993年9月，日照卫检局成立国境口岸卫生服务中心，主要从事口岸卫生处理工作。
1995年2月，国际旅行保健协会批复成立日照卫生检疫医院，同年11月正式成立并对外开诊。
1996年4月，根据《卫生检疫系统执法与服务分离改革方案》，并经国家卫检局批准，日照卫检局在原服务中心基础上按现代企业制度进行改造，成立日照中健国境口岸卫生保健服务有限责任公司。
1997年12月，日照卫检局内设机构调整为办公室、检疫查验科、卫生监督科、进口食品卫生监督科4个科室。在编职工27人。
(四)日照出入境检验检疫局
1999年11月，日照进出口商品检验局、日照动植物检疫局、日照卫生检疫局合并组建日照出入境检验检疫局。内设9个行政科室：办公室、检务科、综合业务科、卫生检疫与鉴定科、动物检验检疫科、植物检验检疫科、轻纺机电化矿科、财务科、政工科。企事业单位3个：日照检验检疫局综合技术服务中心、日照国际旅行卫生保健中心、山东商品检验公司日照分公司。
2005年，动物检验检疫科、植物检验检疫科整合为动植物检验检疫科、食品检验检疫科。至2005年，日照检验检疫局在职干部职工127人，其中行政编制82名，事业编制45名；硕士研究生4人，本科96人，专科以上学历118人；中、高级专业技术职称12人。
十二、莱芜出入境检验检疫局
1993年6月，山东商检局开始筹建莱芜商检局。1994年10月，莱芜进出口商品检验局设立，负责莱芜地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格为正处级。1995年12月，开始承担进出口商品检验业务。内设办公室和检验业务科，有三级实验室1个，在册职工13人（大学本科7人，大学专科3人），其中，高级工程师1人、工程师2人、助理工程师和技术员4人。
1999年11月，更名为莱芜出入境检验检疫局，正处级，为山东出入境检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制，负责莱芜地区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验等工作。至2005年底，莱芜出入境检验检疫局下设办公室、检务与综合业务科、检验检疫科，工作人员17人。
十三、德州出入境检验检疫局
1993年8月，经国家商检局批复，山东商检局与德州行署签署《关于设立中华人民共和国德州进出口商品检验局有关问题的协议》。1994年2月成立德州商检局筹备处。1995年10月，成立德州进出口商品检验局，正处级，负责德州辖区进出口商品的检验、鉴定和监督管理工作，内设办公室、业务科、机关服务中心，职工18人。
1999年11月，更名为德州出入境检验检疫局，主要承担境内动植物检疫、卫生检疫、进出口商品检验、监管认证工作。至2005年底，内设5个科室：办公室、检务与综合业务科、动植物检验检疫科、轻纺机电检验科、山东检验检疫技术服务中心德州分中心，在编职工22人（大学本科19人，大学专科3人）。
十四、临沂出入境检验检疫机构
(一)临沂进出口商品检验局
1991年11月，临沂商检局开始筹建。1993年5月，临沂进出口商品检验局设立，负责临沂辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。规格为正处级。6月，开始承接检验业务。内设办公室和业务一科、二科，有二级实验室1个。至1999年11月，在册职工34人（研究生4人、大学本科15人、大学专科7人），其中，高级工程师1人、工程师13人、助理工程师和技术员10人。
(二)临沂卫生检疫局
1994年11月，卫生部卫生检疫局批准设立临沂卫生检疫局，规格为正处级，下设筹建领导小组办公室。负责临沂辖区出入境卫生检疫、卫生监督、传染病监测和进口食品卫生监督检验工作。内设办公室、检疫查验科、卫生监督科、进口食品监督检验科和口岸医院。
1998年8月，省政府批复同意临沂属陆路二类口岸对外开放，有关查验工作由临沂卫生检疫局承担。至1999年11月，在册职工11人。
(三)临沂动植物检疫局
1994年8月，农业部批准成立临沂动植物检疫局筹备处，1997年1月正式成立，规格为正处级，负责临沂辖区动植物及其产品检疫监管工作。
1997年9月，机构内设办公室、动物检疫科、植物检疫科、综合业务科、检疫处理服务中心。至1999年11月，在编职工15人。
(四)临沂出入境检验检疫局
1999年11月，临沂进出口商品检验局、临沂动植物检疫局、临沂卫生检疫局合并组建临沂出入境检验检疫局（正处级），负责临沂辖区出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验、监管认证工作。至2005年10月，内设办公室、政工科、检务科、综合科、动物检验检疫科、植物检验检疫科、轻工纺织检验科、机电化矿检验科8个职能科室和1个直属事业机构（综合技术服务中心）。在编职工67人，其中，行政人员45人，事业人员22人。
十五、滨州出入境检验检疫局
1990年12月，滨州商检局开始筹建。1991年7月9日，在滨州市黄河五路504号设立滨州进出口商品检验局，负责滨州地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。规格为正处级。9月，开始承接检验业务。内设办公室和检验一、二科；有三级实验室1个；在册职工23人（大学本科6人、大学专科12人），其中，高级工程师1人，工程师10人，助理工程师和技术员8人。
1999年11月，更名为滨州出入境检验检疫局，主要承担境内动植物检疫、卫生检疫、进出口商品检验、监管认证工作。2000年，建立动植物检疫实验室、卫生检疫实验室。2005年12月，建立棉花实验室。
十六、菏泽出入境检验检疫机构
(一)菏泽进出口商品检验局
1988年3月，菏泽商检局开始筹建。6月，菏泽进出口商品检验局成立，正处级，负责菏泽地区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。1989年1月，开始承接检验业务。内设办公室、检务科和检验一、二、三科；有三级实验室1个；在册职工32人（大学本科12人、大学专科9人），其中，高级工程师1人、工程师14人、助理工程师和技术员11人。
(二)菏泽卫生检疫局
1995年，省政府在菏泽设立二类陆路口岸。3月，菏泽卫生检疫局开始筹建。1996年9月，卫生部卫生检疫局批准设立菏泽卫生检疫局，正处级，隶属青岛卫生检疫局，编制37名。1997年5月正式对外办公，开展卫生检疫业务。至1999年11月，内设机构为：办公室、卫生监督科和卫生检疫科。共有职工6人，其中，大学本科3人，大专2人，中专1人。
(三)菏泽动植物检疫局
1997年1月，农业部动植物检疫局批复同意设立菏泽动植物检疫局，正处级，负责人李传宏。领导干部职数按一正一副配备，人员规模暂按80人控制，所需办公、业务、生活设施由地方政府负责。内设机构为办公室、动检科、植检科、综合业务科、服务中心。
(四)菏泽出入境检验检疫局
1999年11月，菏泽进出口商品检验局、菏泽动植物检疫局、菏泽卫生检疫局合并组建菏泽出入境检验检疫局，规格正处级，为山东检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。至2005年底，菏泽检验检疫局共49人，内设9个科室和技术中心。
十七、聊城出入境检验检疫局
1988年5月，聊城地区行政公署与山东商检局签订建立商检机构协议。10月，开始筹建。1989年6月，聊城进出口商品检验局成立，规格正处级，人员编制30人，隶属山东进出口商品检验局，主要负责聊城地区进出口商品的检验、监管和鉴定工作。1992年1月，开始承接检验业务。
1995年，内设办公室和第一、二检验科；有三级实验室1个；在册职工27人（大学本科7人、大学专科14人），其中，工程师10人，助理工程师和技术员8人。
1999年11月，更名为聊城出入境检验检疫局。2000年2月，山东检验检疫局批复设立5个内设机构：办公室、检务与综合业务科、动植物检验检疫科、轻纺机电检验科、机关服务中心。至2005年10月，职工总人数36人。
十八、东营出入境检验检疫机构
(一)东营进出口商品检验局
1992年9月，山东商检局开始筹建东营进出口商品检验局。1994年9月，东营进出口商品检验局设立，负责东营辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作，规格正处级。10月，开始承接检验业务。至1999年11月，内设办公室、综合业务科；有三级实验室1个；在册职工17人（研究生1人，大学本科10人，大学专科5人），其中，高级工程师2人，工程师3人，助理工程师和技术员7人。
(二)东营卫生检疫局
1996年4月，东营市人民政府与青岛卫生检疫局商定成立东营卫生检疫局筹建处。1997年3月，东营卫生检疫局成立，隶属青岛卫生检疫局，正处级，编制30名。12月，东营卫生检疫局挂牌成立对外办公。至1999年11月，内设办公室、检疫查验科和卫生监督科；共有在编干部职工12人。其中，大学本科4人，大学专科4人，中专以下4人。
(三)东营动植物检疫局
1996年4月，农业部开始筹建东营动植物检疫局。1997年12月18日，东营动植物检疫局成立，正处级，为青岛动植物检疫局分支机构。编制18名。至1999年11月，内设办公室、综合业务科；在编干部职工11人。
(四)东营出入境检验检疫局
1999年11月，东营进出口商品检验局、东营卫生检疫局、东营动植物检疫局合并组建东营出入境检验检疫局（正处级），为山东出入境检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。内设6个行政科室：办公室、检务与综合业务科、卫检科、动植检科、轻纺机电科、华泰直通场站检验检疫科；1个事业单位：综合技术服务中心。2005年9月，共有在编职工38名。
十九、龙口出入境检验检疫机构
(一)龙口进出口商品检验局
1985年4月，龙口商检局开始筹建。12月，龙口进出口商品检验处（正科级）设立，隶属烟台商检局，负责龙口辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。1986年5月，迁至龙口市外贸局三楼，开始承接检验业务。1989年12月，更名为龙口进出口商品检验局，升格为副处级。
1993年1月，升格为正处级。内设办公室和业务一科、二科；有二级、三级实验室各1个；在册职工29人（大学本科9人、大学专科9人），其中，高级工程师1人、工程师12人、助理工程师11人。
(二)龙口动植物检疫局
1985年1月，烟台动植物检疫所龙口分所成立，规格正科级，编制12名。1988年3月，更名为龙口动植物检疫所，升格为副处级。
1992年4月，更名为龙口动植物检疫局。1996年4月，升格为正处级。至1999年11月，内设办公室、动物检疫科、植物检疫科。
(三)龙口卫生检疫局
1985年10月，卫生部批复设立烟台卫生检疫所龙口卫生检疫站，科级建制，隶属烟台卫生检疫所。
1989年8月，改称龙口卫生检疫所，升格为副处级，隶属烟台卫生检疫所。1992年5月，更名为龙口卫生检疫局，9月，升格为正处级。至1999年11月，内设办公室、检疫查验科、卫生监督科、进口食品监督检验科、传染病监测科。人员编制20名，实有在编人员14人，其中，大学本科4人，大专7人，中专3人。
(四)龙口出入境检验检疫局
1999年11月，龙口商检局、龙口动植物检疫局、龙口卫生检疫局合并组建龙口出入境检验检疫局（正处级）。至2005年底，内设7个行政业务处室、1个事业单位。干部职工共57名。
二十、莱州出入境检验检疫机构
(一)莱州进出口商品检验局
1992年9月，莱州进出口商品检验局筹备处成立。1997年3月,莱州进出口商品检验局（正处级）成立，承担莱州辖区进出口商品检验任务，隶属烟台商检局。至1999年11月，内设办公室和检验科，有干部职工17人。
(二)莱州卫生检疫局
1996年11月，国务院批准莱州港为一类口岸，同意莱州口岸设立卫生检疫机构。1997年6月，莱州卫生检疫局筹备处成立。11月，卫生部卫生检疫局批准设立莱州卫生检疫局，隶属青岛卫生检疫局，规格正处级，人员编制12名。至1999年11月，内设办公室、业务科。共有干部职工11人，其中：大学本科3人，大专4人，中专3人。
(三)莱州动植物检疫局
1997年6月，农业部动植物检疫局批准成立莱州动植物检疫局，为烟台动植物检疫局分支机构，规格正处级，编制12名。1998年4月，开始承接检疫业务。至1999年11月，内设办公室、动检科、植检科、船检科4个科室。共有干部职工8名。
(四)莱州出入境检验检疫局
1999年11月，莱州进出口商品检验局、莱州动植物检疫局和莱州卫生检疫局合并组建莱州出入境检验检疫局（正处级），为山东出入境检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。莱州检验检疫局主要担负莱州辖区出入境人员、商品、船舶及其他交通工具的检验检疫任务。至2005年底，内设办公室、检务与综合业务科、检验检疫科、财务科4个行政科室和综合技术服务中心1个事业单位。在编职工39名。
二十一、荣成出入境检验检疫机构
(一)石岛动植物检疫局
1988年3月，农业部动植物检疫总所批准成立石岛动植物检疫所，属烟台动植物检疫所分支机构。规格正科级，编制10名。1991年4月，升格为副处级，隶属关系不变。1992年4月，更名为石岛动植物检疫局。1996年4月，升格为正处级。至1999年11月，内设办公室、业务科。
(二)石岛卫生检疫局
1988年12月，国务院决定开放石岛港，卫生部批准在石岛设立卫生检疫机构。1989年3月，石岛卫生检疫所设立，编制15名，规格副处级，隶属烟台卫生检疫所，与荣成市海港检疫站合署办公，执行国境卫生检疫和国内海港检疫两种职能，实行双重领导，人财物由地方管理，经费由荣成市人民政府拨付。领导干部由卫生部卫生检疫总所任免。
1990年1月，石岛卫生检疫所正式对外办公。1992年5月，更名为石岛卫生检疫局。负责石岛口岸的出入境卫生检疫、卫生监督、传染病监测和进口食品卫生监督检验工作。9月，升格为正处级。
1996年1月，石岛卫生检疫局与地方脱离，由青岛卫生检疫局与荣成市人民政府签订石岛卫生检疫局与荣成市海港检疫站分划协议书，将人财物与地方彻底分开。至1999年11月，石岛卫生检疫局内设机构为：办公室、检疫查验科、卫生监督科、进口食品卫生监督科。在编职工35人，其中，大学本科4人，大专8人，中专19人。
(三)石岛进出口商品检验局
1989年9月，石岛商检局开始筹建。1991年11月，石岛进出口商品检验局设立，负责荣成市辖区内进出口商品检验、鉴定和监督管理工作。规格副处级，隶属威海商检局。
1992年5月，开始承接检验业务。1993年1月，升格为正处级。内设办公室和业务一科、二科；有三级实验室1个；在编职工22人（大学本科11人、大学专科9人），其中，工程师10人、助理工程师6人。
(四)荣成出入境检验检疫局
1999年11月，石岛卫生检疫局、石岛动植物检疫局和石岛商检局合并组建石岛出入境检验检疫局，正处级，是荣成市行政区域内出入境检验、检疫、鉴定、监督管理的主管机关。
2001年10月，石岛检验检疫局龙眼港办事处设立，副处级，主要负责荣成市成山镇所辖区域内的检验检疫工作，依法履行具体的出入境检验检疫职能，执行石岛检验检疫局赋予的其他工作任务。内设办公室、旅检科和检验检疫科3个科室。
2003年5月，石岛检验检疫局石岛新港检验检疫科设立，对外称石岛检验检疫局石岛新港办事处（简称石岛新港办事处）。
2005年12月，石岛出入境检验检疫局更名为荣成出入境检验检疫局，管辖范围、隶属关系、机构规格和人员编制不变。至2005年12月，内设7个行政业务科室、2个事业单位；下设龙眼港办事处（副处级）、石岛新港办事处（副处级）。全局共有干部职工78名，其中，硕士2人，大专以上学历51人，占总人数的70％。
二十二、岚山出入境检验检疫机构
(一)岚山动植物检疫局
1985年11月，青岛动植物检疫所岚山分所设立，正科级，人员编制15名。
1989年5月，岚山动植物检疫所设立，为青岛动植物检疫所分支机构，副处级，人员编制10名。
1992年5月，岚山动植物检疫所更名为岚山动植物检疫局，隶属日照动植物检疫局。
(二)岚山卫生检疫局
1989年6月，岚山卫生检疫所设立，正科级，隶属石臼卫生检疫所。1992年5月，更名为岚山卫生检疫局。9月，升格为正处级。至1999年11月，内设办公室、检疫科、卫生科、进口食品监督检验科。共有职工14人。
(三)岚山进出口商品检验局
1989年9月，山东商检局成立岚山进出口商品检验局筹备处。1992年7月，岚山进出口商品检验局成立，规格为副处级，负责岚山辖区进出口商品检验、鉴定和监督管理，隶属日照商检局。1993年2月，升格为正处级。5月，开始承接检验业务。内设办公室、综合业务科；有三级实验室1个；在编职工14人（大学本科2人、大学专科7人），其中，工程师6人、助理工程师和技术员3人。
(四)岚山出入境检验检疫局
1999年11月，岚山商检局、岚山动植物检疫局、岚山卫生检疫局合并组建岚山出入境检验检疫局，正处级，为山东检验检疫局分支机构，实行垂直管理体制。至2005年底，内设检务科、轻纺机电检验鉴定科、动检科、植检科、办公室、综合技术服务中心等科室。在编职工43人，其中，硕士研究生1人，大学本科31人，大专8人。