1998年3月，第九届全国人民代表大会第一次全体会议批准《国务院机构改革方案》，确定国家进出口商品检验局、农业部动植物检疫局和卫生部卫生检疫局合并。4月，组建国家出入境检验检疫局。
根据《国务院办公厅关于印发全国各地出入境检验检疫机构组建方案的通知》和国家出入境检验检疫局《关于中华人民共和国山东出入境检验检疫局职能配置、内设机构和人员编制规定的批复》等有关文件，1999年7月，山东出入境检验检疫局（正厅级）组建成立，为国家出入境检验检疫局直属机构。
一、职责
（1）贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定和监管工作；
（2）实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督；
（3）实施出入境动植物检验检疫和监督管理；
（4）实施进出口商品的法定检验和监督管理，负责进出口商品鉴定管理工作，实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验；
（5）实施对进出口食品及其生产单位的卫生注册登记和对外注册管理，实施进口安全质量许可和出口质量许可以及与进出口有关的质量认证认可工作；
（6）实施国家实行进口许可制度的民用商品入境验证管理工作，按规定承担技术性贸易壁垒和检疫协议的实施工作；
（7）管理出入境检验检疫证单、标志及签证、标识、封识，负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作；
（8）负责所辖区域出入境检验检疫业务的统计工作，收集国外传染病疫情、动植物疫情，分析、整理、提供有关信息；
（9）依法对所辖区域涉外检验检疫、鉴定机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生、除害处理机构实施监督管理等。
二、局机关
1998年5月25日，国家出入境检验检疫局发出《关于各地商检、动植检、卫检局设立临时协调小组的通知》，在各直属局机构改革方案未确定和实施前，设立临时协调小组。临时协调小组成员由各直属商检、动植检、卫检局主要领导组成。
1999年7月29日，根据《国务院办公厅关于印发全国各地出入境检验检疫机构组建方案的通知》和国家出入境检验检疫局《关于山东出入境检验检疫局职能配置、内设机构和人员编制规定的批复》等文件，山东进出口商品检验局、青岛动植物检疫局、青岛卫生检疫局合并（以下简称“三检合一”），组建山东出入境检验检疫局。
同年10月27日，国家检验检疫局批准山东检验检疫局设立青岛、济南、烟台、淄博等22个分支局，济南机场办事处、青岛机场办事处等11个办事处。同日，国家检验检疫局批准山东检验检疫局内设12个行政处室：办公室、法制与综合业务处、卫生检疫监管处、动植物检疫监管处、检验监管处、认证监管处、科技处、人事处、财务处、政工处、监察室、离退休干部处。
2001年4月，国家出入境检验检疫局与国家质量技术监督局合并，组建国家质量监督检验检疫总局，主管全国出入境检验检疫工作。山东出入境检验检疫局改隶国家质检总局。
2004年7月，经国家质检总局批准，山东检验检疫局设立食品安全监管处。卫生检疫监管处、动植物检疫监管处将有关进出口食品监督检验工作移交食品安全监管处。
2005年11月，国家质检总局批复设立山东出入境检验检疫局稽查处，主要职责是：负责组织全省检验检疫行政执法稽查；组织开展检验检疫系统依法行政、依法施检、依法监督管理等行政执法工作的监督检查；组织开展专项执法稽查；组织检验检疫工作质量检查；负责受理向山东检验检疫局提起的涉及检验检疫行政执法工作的举报，并组织调查处理。
至2005年底，山东检验检疫局机关内设15个行政处室，6个直属单位，在全省17个市以及黄岛、荣成、岚山、龙口、莱州5个一类开放口岸设有22个分支局和18个办事处。全省系统共有在职干部职工2308人，其中行政编制1579人，事业编制729人。大学专科以上学历1999人，占86.6％，其中硕士研究生227人、博士研究生12人；事业单位中、高级专业技术职称262人，占35.9%。
1999—2005年山东出入境检验检疫局历任负责人一览表
表5-3
┏━━━━━┯━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┯━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ 姓名 │ 职务 │ 任职时间 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 邢德茂 │ 局长、党组书记 │ 1999.07-2002.07 ┃
┃ ├──────────────────────┼──────────────┨
┃ │ 巡视员 │ 2002.07-2003.03 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 于桦 │ 局长、党组书记 │ 2002.7- ┃
┃ ├──────────────────────┼──────────────┨
┃ │ 副局长 │ 1999.07-2002.07 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 张纳 │ 副局长 │ 1999.07- ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 高安 │ 副局长 │ 1999.07-2002.07 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 张海波 │ 副局长 │ 1999.07- ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 孙彦凤 │ 纪检组长 │ 1999.07-2000.11.16 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 鞠法成 │ 巡视员 │ 2000.08-2000.12 ┃
┃ ├──────────────────────┼──────────────┨
┃ │ 助理巡视员 │ 1999.07-2000.08 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 张道林 │ 助理巡视员 │ 1999.07-2002.08 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 朱俊敏 │ 纪检组长 │ 2001.01-2002.07 ┃
┃ ├──────────────────────┼──────────────┨
┃ │ 副局长 │ 2002.07-2003.08 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 杨志礼 │ 助理巡视员 │ 2001.09-2003.12 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 王鑫贤 │ 巡视员 │ 2002.01-2002.12 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 孙书平 │ 助理巡视员 │ 2002.01-2002.12 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 王珂珍 │山东检验检疫局党组成员青岛检验检疫局局长、党│ 2002.01- ┃
┃ │组书记 │ ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 姜宗亮 │ 副局长 │ 2002.07- ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 高玉潮 │ 纪检组长 │ 2002.07-2005.08 ┃
┃ ├──────────────────────┼──────────────┨
┃ │ 副局长 │ 2005.08- ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 王作佳 │ 副局长 │ 2002.07- ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 卢化俊 │ 巡视员 │ 2005.08-2005.11 ┃
┠─────┼──────────────────────┼──────────────┨
┃ 包生良 │ 纪检组长 │ 2005.08- ┃
┗━━━━━┷━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┷━━━━━━━━━━━━━━┛
1999—2005年山东出入境检验检疫局机关人员编制情况一览表
表5-4
┏━━┯━━━┯━━┯━━━┯━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┯━━━━━━━━━━━━┓
┃年份│总数 │行政│事业 │学历 │职称（事业） ┃
┃ │ │ │ ├───┬───┬──┬──┬──┬──┼──┬───┬──┬──┨
┃ │ │ │ │博士 │硕士 │大学│大普│大专│其他│研究│高级 │中级│初级┃
┃ │ │ │ │研究生│研究生│ │ │ │ │员 │ │ │ ┃
┠──┼───┼──┼───┼───┼───┼──┼──┼──┼──┼──┼───┼──┼──┨
┃1999│2098 │1566│532 │3 │105 │858 │70 │632 │430 │1 │36 │142 │100 ┃
┠──┼───┼──┼───┼───┼───┼──┼──┼──┼──┼──┼───┼──┼──┨
┃2000│2107 │1575│532 │4 │115 │931 │35 │638 │384 │1 │42 │138 │45 ┃
┠──┼───┼──┼───┼───┼───┼──┼──┼──┼──┼──┼───┼──┼──┨
┃2001│2097 │1566│531 │5 │123 │975 │35 │613 │346 │3 │38 │144 │53 ┃
┠──┼───┼──┼───┼───┼───┼──┼──┼──┼──┼──┼───┼──┼──┨
┃2002│2091 │1573│518 │4 │120 │996 │37 │583 │351 │3 │61 │128 │28 ┃
┠──┼───┼──┼───┼───┼───┼──┼──┼──┼──┼──┼───┼──┼──┨
┃2003│2140 │1522│618 │4 │128 │1087│48 │519 │354 │6 │63 │141 │118 ┃
┠──┼───┼──┼───┼───┼───┼──┼──┼──┼──┼──┼───┼──┼──┨
┃2004│2200 │1540│660 │8 │166 │1146│59 │422 │399 │6 │69 │145 │135 ┃
┠──┼───┼──┼───┼───┼───┼──┼──┼──┼──┼──┼───┼──┼──┨
┃2005│2308 │1579│729 │12 │227 │1293│54 │413 │309 │10 │66 │186 │136 ┃
┗━━┷━━━┷━━┷━━━┷━━━┷━━━┷━━┷━━┷━━┷━━┷━━┷━━━┷━━┷━━┛
三、直属企事业单位
1999年7月，根据国家检验检疫局批复，山东检验检疫局设立中国检验认证集团山东有限公司、山东国际旅行卫生保健中心、山东检验检疫协会、机关服务中心等企事业单位。
（一）中国检验认证集团（简称CCIC）山东有限公司
CCIC山东有限公司是其9大核心公司之一，公司总部设在青岛。
1980年7月，经国家商检局批准，成立中国商品检验总公司青岛分公司，作为商品检验局指定的检验机构，专项办理国外委托进出口商品检验鉴定业务。
1984年1月，青岛商检分公司改称山东商检分公司。1989年1月，更名为山东进出口商品检验公司。
1993年，国家商检局批准设立中国质量认证中心山东评审中心，作为山东进出口商品检验局直属事业单位，也是CQC设在山东地区的分支机构。2001年，CQC山东评审中心完成法人注册登记。
2002年12月，国家质检总局印发关于商检公司管理体制改革的决定。2003年3月，经清产核资，中国商品检验总公司山东分公司与中国质量认证中心山东评审中心合并，组建中国检验认证集团山东有限公司。2004年3月，完成工商注册。5月，举行揭牌仪式。
至2005年，公司共有在编职工35人，合同制职工72人。公司下设青岛、烟台、日照、威海、岚山、龙口6个分公司和山东进出口商品检验公司全资子公司，并设有青岛三义鉴定评估咨询有限公司、莱因技术—商检（青岛）有限公司、青岛吉富服装整理有限公司、青岛古岛服装整理有限公司和青岛无可志综合物流有限公司5个合资公司，以及纸浆实验室、轮胎实验室、沥青实验室和纺织品实验室4个合作检测实验室。
（二）山东国际旅行卫生保健中心
1995年8月，卫生部批准青岛卫生检疫局设立青岛国际旅行卫生保健中心。
1999年11月，根据国家检验检疫局批复，组建山东国际旅行卫生保健中心，承担出入境人员健康检查、传染病监测、旅行健康咨询、健康评估和预防接种等任务。
2004年，山东国际旅行卫生保健中心实验室通过中国合格评定国家认可委员会（简称CNAS）组织的ISO17025实验室认可和计量认证考核。10月，通过卫生部全国艾滋病确认实验室专家组考核验收。2005年8月，通过中国质量认证中心组织的ISO9000质量管理体系认证。
2005年底，山东国际旅行卫生保健中心内设体检一科、体检二科、预防接种科、检验科。工作人员48名，其中，博士研究生1名、硕士研究生2名。于洁任主任。下设济宁、龙口、荣成、泰安4个分中心。先后于2005年11月至2006年初通过国家质检总局的第一批和第二批审核。
（三）山东出入境检验检疫协会
1990年9月，山东进出口商品检验协会成立。
1996年12月,山东国际旅行卫生保健协会成立。
1999年11月，山东检验检疫局成立。按照国家检验检疫局要求，经省民政厅批准，2000年2月，组建山东出入境检验检疫协会。
2001年，山东国际旅行卫生保健协会由济南迁至青岛。同年8月，经山东检验检疫局批准，山东国际旅行卫生保健协会并入山东检验检疫协会。
2004年，民政部授予山东检验检疫协会“全国先进民间组织”称号。2002—2005年，连续被山东省民间组织管理局评为优秀社团组织。
至2005年底，山东检验检疫协会内设机构为：秘书部、业务部、财务部、鲁检卫生科技服务中心和鲁检认证咨询中心。编制11名。
（四）山东检验检疫局机关服务中心
1999年11月，根据《全国各地出入境检验检疫机构组建方案》，山东商检局、青岛动植物检疫局、青岛卫生检疫局的机关服务中心（行政管理处）合并，组建山东检验检疫局机关服务中心。内设机构为：总务科、膳食科、车管科、文印科、培训中心。在编职工29人。
2003年，山东检验检疫局印发通知，确定机关服务中心为山东检验检疫局直属事业单位，具有事业单位法人资格，独立核算，逐步实现自收自支、自负盈亏。
至2005年底，机关服务中心内设机构7个：经理部、车辆运营部、膳食部、物业管理部、营销服务部、鲁检宾馆。在编职工25人。