20世纪90年代之前，山东省农村建设工程基本处于管理混乱状态，无证设计、无证建房，反复拆建及乱搭、乱建现象较多，给农民造成了很大的浪费。为了改变这一状况，提高全省村镇建设工程管理的水平，省城乡建委采取了多项措施。
1989年10月，省城乡建委、省财政厅、省物价局联合转发建设部、财政部、国家物价局《关于整顿村镇规划建设管理收费的通知》，规定从1990年10月10日起，统一使用省财政厅印制的“山东省村镇规划建设管理收费统一收据”。收费标准按建筑面积计收：住宅和公共建筑每平方米0.2元?0.5元，生产和商业建筑每平方米0.4元~0.6元。在村镇进行建设的综合开发费，由开发公司按工程造价的30,~40,，向建设单位和个人计收，综合开发费包括勘测、设计、土地平整费、基础设施和公共建筑配套费；凡在非综合开发区征用或划拨土地进行建设的，建设地段已有基础设施可利用或能够同步建设基础设施的，按用地面积每平方米10元~15元的标准收取基础设施配套补助费。在乡和村进行综合开发时可参照执行。
1990年，全省开始实行村镇建设“三表两证”制度，即村镇建设审批表、临时建设审批表、村镇农（居）民建房审批表、村镇建设许可证、村镇农（居）民建房许可证。
1993年11月，省城乡建委转发建设部《关于颁发村镇规划设计单位专项工程设计证书的通知》。选择经济条件好、建设任务重、技术力量强的县(市）、乡镇建设管理单位或村镇建设服务机构组建村镇规划设计室，由县级村镇建设主管部门提出申请，经市（地）村镇建设主管部门初审后，报省城乡建委审批，并发给建设部全国工程勘测设计资格审定委员会统一印制的村镇规划设计单位专项工程设计证书。并对持有该证书的设计单位的业务范围提出明确要求：县以下的建制镇、集镇、村庄的规划，包括村镇的总体规划、详细规划（或建设规划）及其局部的详细规划设计；四层以下（含四层）砖混结构的民用住宅及建筑面积2000平方米以下的单层民用建筑;建筑面积2000平方米以下，跨度不超过12米、无悬吊起重设备的单层厂房和仓库设计；上述范围建筑通用图的设计；已批准的通用、标准图的推广。
1994年6月，省城乡建委下发《关于山东省村镇房地产综合开发公司成立及资质管理有关问题的通知》，规定：村镇房地产综合开发公司是指在本省范围内县城以下建制镇、乡和村庄批准成立并取得资质，从事房地产综合开发业务，实行自主经营、独立核算、自负盈亏，具有法人资格的经济实体。村镇房地产综合开发公司的成立、资质等级标准、资质管理，统一执行《山东省房地产开发公司成立及资质管理规定》。三级以上资质由省城乡建委审批。四级、五级和项目资质由市（地）城乡建委审批，报省城乡建委备案，由省城乡建委统一颁发“村镇房地产综合开发证书”。按照建设部“三定”方案及省城乡建委的业务分工，村镇房地产综合开发公司统一归省、市（地）村镇建设主管部门管理。全省先后成立村镇房地产综合开发公司322个，为全面提高全省村镇建设水平起了决定性的作用。
同年11月，省城乡建委下发《关于在全省村镇建设中实行“一书两证”和“村镇规划选址意见书”的通知》，确定：从1994年12月1日起，在全省村镇建设中统一实行“一书两证”（项目选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证）和村镇规划选址意见书制度。具体为，县以下建制镇统一使用“一书两证”。集镇和村庄的各类建设统一使用“村镇规划选址意见书”。意见书分红色、咖啡色两种。红色的用于上述范围内的住宅建设，咖啡色的用于公共建筑、生产建筑、公用设施等建设。各地在村镇建设中，必须使用省城乡建委统一印制的“一书两证”和“村镇规划选址意见书”“村镇建设工程项目申请、审批表”。
1998年，省建委下发《关于印发〈山东省村镇建筑工匠从业资格管理实施细则>(试行）的通知》。《山东省村镇建筑工匠从业资格管理实施细则(试行）》对村镇建筑工匠的从业资格等级标准、经营范围、资格管理、承建施工的管理都作出具体规定。要求村镇建筑工匠要依照该实施细则进行资格审定，取得“村镇建筑工匠资格证书”。未取得的，不得承揽村镇建筑工程。
同年10月，省建委、省财政厅、省物价局下发《关于颁发〈山东省收取小城镇基础设施配套费办法〉的通知》，规定从1998年1月1日起，在全省统一由县（市、区）人民政府村镇建设行政主管部门，收取小城镇基础设施配套费。凡在小城镇规划区内进行新建、扩建各类工程的单位和个人均应缴纳小城镇基础设施配套费。收费标准为：在小城镇规划区范围内建设的商业用房，按建筑面积每平方米15元~40元缴纳，住宅及其他房屋按建筑面积每平方米5元~15元缴纳。小城镇基础设施配套费，应用于小城镇规划区内的道路、路灯、集中供排水，集中供暖、供气，环卫设施、污水处理等基础设施的建设、改造和维护管理。其中90,返还乡镇，10,由县（市、区）安排，专项用于小城镇基础设施的重点工程建设。
1999年7月，省建委下发《关于开展全省村镇建筑工匠培训发证管理工作的通知》，规定：乙、丙级村镇建筑工匠分别由市（地）、县（市、区）负责组织培训，并严格按照建筑工匠资格等级标准进行审定、核发“村镇建筑工匠资格证书”。由省建委统一印发培训教材、“村镇建筑工匠资格证书”、村镇建筑工匠资格审定申请表。全省共有1万多人经培训取得“村镇建筑工匠资格证书”，做到了持证上岗。
2000年3月，省物价局、省财政厅联合下发《关于对村镇规划建设证书工本费收费标准的批复》，从2000年4月1日起，按该批复规定的村镇规划选址意见书每份1元、建设用地规划许可证每份2元、建设工程规划许可证每份2元的标准收取工本费。
2001年9月、2003年4月，为规范村镇建设领域收费，省建设厅下发《关于不准在农民建房中乱收费的通知》和《关于规范城市基础设施配套费(小城镇部分）收取办法的通知》。规定城市基础设施配套费（小城镇部分）的征收范围，仍按《关于印发〈山东省收取小城镇基础设施配套费办法〉的通知》规定执行，即“在小城镇（乡镇）规划区内进行新建、扩建各类工程的单位和个人”范围内征收，各地不得随意扩大或缩减征收范围，特别是不得借此征收与农民建房有关的收费，增加农民负担。至2005年，各地在收取城市基础设施配套费（小城镇部分）时，仍然适用该办法。
第二节 综合管理
20世纪90年代之前，山东省农村建设工程基本处于管理混乱状态，无证设计、无证建房，反复拆建及乱搭、乱建现象较多，给农民造成了很大的浪费。为了改变这一状况，提高全省村镇建设工程管理的水平，省城乡建委采取了多项措施。
1989年10月，省城乡建委、省财政厅、省物价局联合转发建设部、财政部、国家物价局《关于整顿村镇规划建设管理收费的通知》，规定从1990年10月10日起，统一使用省财政厅印制的“山东省村镇规划建设管理收费统一收据”。收费标准按建筑面积计收：住宅和公共建筑每平方米0.2元?0.5元，生产和商业建筑每平方米0.4元~0.6元。在村镇进行建设的综合开发费，由开发公司按工程造价的30,~40,，向建设单位和个人计收，综合开发费包括勘测、设计、土地平整费、基础设施和公共建筑配套费；凡在非综合开发区征用或划拨土地进行建设的，建设地段已有基础设施可利用或能够同步建设基础设施的，按用地面积每平方米10元~15元的标准收取基础设施配套补助费。在乡和村进行综合开发时可参照执行。
1990年，全省开始实行村镇建设“三表两证”制度，即村镇建设审批表、临时建设审批表、村镇农（居）民建房审批表、村镇建设许可证、村镇农（居）民建房许可证。
1993年11月，省城乡建委转发建设部《关于颁发村镇规划设计单位专项工程设计证书的通知》。选择经济条件好、建设任务重、技术力量强的县(市）、乡镇建设管理单位或村镇建设服务机构组建村镇规划设计室，由县级村镇建设主管部门提出申请，经市（地）村镇建设主管部门初审后，报省城乡建委审批，并发给建设部全国工程勘测设计资格审定委员会统一印制的村镇规划设计单位专项工程设计证书。并对持有该证书的设计单位的业务范围提出明确要求：县以下的建制镇、集镇、村庄的规划，包括村镇的总体规划、详细规划（或建设规划）及其局部的详细规划设计；四层以下（含四层）砖混结构的民用住宅及建筑面积2000平方米以下的单层民用建筑;建筑面积2000平方米以下，跨度不超过12米、无悬吊起重设备的单层厂房和仓库设计；上述范围建筑通用图的设计；已批准的通用、标准图的推广。
1994年6月，省城乡建委下发《关于山东省村镇房地产综合开发公司成立及资质管理有关问题的通知》，规定：村镇房地产综合开发公司是指在本省范围内县城以下建制镇、乡和村庄批准成立并取得资质，从事房地产综合开发业务，实行自主经营、独立核算、自负盈亏，具有法人资格的经济实体。村镇房地产综合开发公司的成立、资质等级标准、资质管理，统一执行《山东省房地产开发公司成立及资质管理规定》。三级以上资质由省城乡建委审批。四级、五级和项目资质由市（地）城乡建委审批，报省城乡建委备案，由省城乡建委统一颁发“村镇房地产综合开发证书”。按照建设部“三定”方案及省城乡建委的业务分工，村镇房地产综合开发公司统一归省、市（地）村镇建设主管部门管理。全省先后成立村镇房地产综合开发公司322个，为全面提高全省村镇建设水平起了决定性的作用。
同年11月，省城乡建委下发《关于在全省村镇建设中实行“一书两证”和“村镇规划选址意见书”的通知》，确定：从1994年12月1日起，在全省村镇建设中统一实行“一书两证”（项目选址意见书、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证）和村镇规划选址意见书制度。具体为，县以下建制镇统一使用“一书两证”。集镇和村庄的各类建设统一使用“村镇规划选址意见书”。意见书分红色、咖啡色两种。红色的用于上述范围内的住宅建设，咖啡色的用于公共建筑、生产建筑、公用设施等建设。各地在村镇建设中，必须使用省城乡建委统一印制的“一书两证”和“村镇规划选址意见书”“村镇建设工程项目申请、审批表”。
1998年，省建委下发《关于印发〈山东省村镇建筑工匠从业资格管理实施细则>(试行）的通知》。《山东省村镇建筑工匠从业资格管理实施细则(试行）》对村镇建筑工匠的从业资格等级标准、经营范围、资格管理、承建施工的管理都作出具体规定。要求村镇建筑工匠要依照该实施细则进行资格审定，取得“村镇建筑工匠资格证书”。未取得的，不得承揽村镇建筑工程。
同年10月，省建委、省财政厅、省物价局下发《关于颁发〈山东省收取小城镇基础设施配套费办法〉的通知》，规定从1998年1月1日起，在全省统一由县（市、区）人民政府村镇建设行政主管部门，收取小城镇基础设施配套费。凡在小城镇规划区内进行新建、扩建各类工程的单位和个人均应缴纳小城镇基础设施配套费。收费标准为：在小城镇规划区范围内建设的商业用房，按建筑面积每平方米15元~40元缴纳，住宅及其他房屋按建筑面积每平方米5元~15元缴纳。小城镇基础设施配套费，应用于小城镇规划区内的道路、路灯、集中供排水，集中供暖、供气，环卫设施、污水处理等基础设施的建设、改造和维护管理。其中90,返还乡镇，10,由县（市、区）安排，专项用于小城镇基础设施的重点工程建设。
1999年7月，省建委下发《关于开展全省村镇建筑工匠培训发证管理工作的通知》，规定：乙、丙级村镇建筑工匠分别由市（地）、县（市、区）负责组织培训，并严格按照建筑工匠资格等级标准进行审定、核发“村镇建筑工匠资格证书”。由省建委统一印发培训教材、“村镇建筑工匠资格证书”、村镇建筑工匠资格审定申请表。全省共有1万多人经培训取得“村镇建筑工匠资格证书”，做到了持证上岗。
2000年3月，省物价局、省财政厅联合下发《关于对村镇规划建设证书工本费收费标准的批复》，从2000年4月1日起，按该批复规定的村镇规划选址意见书每份1元、建设用地规划许可证每份2元、建设工程规划许可证每份2元的标准收取工本费。
2001年9月、2003年4月，为规范村镇建设领域收费，省建设厅下发《关于不准在农民建房中乱收费的通知》和《关于规范城市基础设施配套费(小城镇部分）收取办法的通知》。规定城市基础设施配套费（小城镇部分）的征收范围，仍按《关于印发〈山东省收取小城镇基础设施配套费办法〉的通知》规定执行，即“在小城镇（乡镇）规划区内进行新建、扩建各类工程的单位和个人”范围内征收，各地不得随意扩大或缩减征收范围，特别是不得借此征收与农民建房有关的收费，增加农民负担。至2005年，各地在收取城市基础设施配套费（小城镇部分）时，仍然适用该办法。