1993年，随着青岛海关业务的不断发展，机构设置、人员编制增加，经费入不敷出的矛盾日渐突出。为解决经费不足问题，青岛海关狠抓增收节支活动。年内，青岛海关共有包干经费预算1645万元（含抵支收入、包干节余），开支1591万元，完成年度预算的97%；专项经费预算1817万元，开支1065万元，完成年度预算的59%；查私办案费预算958万元，开支950万元，完成年度预算的99%。三项经费实际开支3606万元。征收车辆购置附加费1.8亿元，按3‰提留54万元。海关总署追加给青岛海关包干经费248.2万元，专项经费1017.5万元，追加查私办案费802万元，从预算外资金补助特殊开支111.75万元。海关总署对青岛海关全年包干经费进行核定后，青岛海关研究决定将全年经费包干落实到各用款部门，没有特殊原因，一般不追加预算指标。年内，地方政府拨付青岛海关查私办案费23万元，奖励费50万元。
1994年，青岛海关按照海关总署提出的“预算从紧、留有余地、开源节流、管理严格”的财务工作要求，确立青岛海关“为海关各项改革服
图6-17 1993年8月，青岛关区增收节支工作会议在青岛市召开
务，为海关业务服务；管收管支并重，大力增收节支；资金分配要统筹兼顾，突出重点，提高透明度；强化财务监督职能，严格财务管理，严肃财经纪律，努力提高整体管理水平”的财务工作指导思想。年内，青岛关区共核定各项经费2060万元，其中，包干经费1457万元，专项经费103万元，查私办案费500万元。基建投资1520万元，其中，用于青岛海关办公大楼1200万元，烟台海关宿舍200万元，石岛海关宿舍120万元。
1995年1月1日起，青岛海关实行海关工作人员津贴，青岛关区人均月增工资68.59元，计入离退休费的基数。4—6月，财政部驻鲁监察专员办事处对青岛海关及隶属的13个海关进行检查，认为青岛海关及隶属海关账目、账账、账表相符，会计决算真实，无违纪问题。7月，青岛海关按照《海关总署关于转发清理检查“小金库”的具体规定的通知》要求，认真清理检查“小金库”，清理检查小组对重点要求的行政性收费、罚没收入及未结案款、保证金及利息、其他收入和各种形式回扣款等收入进行重点检查，经检查，上述收入均按制度规定纳入财务会计账内，无违反规定侵占、截留收入及私存私放的资金。当年，青岛海关年初滚存结余金额342万元，地方财政补助年初数899万元，年度收入2412万元，年度支出1546万元，自筹基建资金1130万元，年底累计地方财政补助1765万元。
1996年，青岛海关包干经费预算指标2681.7万元，其中专项经费预算指标598万元；查私办案补助费预算800万元，其中1995年下半年缉私奖励费43.4万元，修船费75万元，特殊贡献奖16万元。9月12日，海关总署追加青岛海关专项经费63.3万元，并相应增加年度专项经费预算指标。10月22日，海关总署追加青岛海关经费预算27万元。11月20日，海关总署追加青岛海关专项经费预算291万元。
1997年，青岛海关包干经费3795.8万元，1996年包干经费结余1223.7万元，本年组织包干抵支收入1446.1万元，补偿收入764.9万元，共有包干经费7230.5万元，全年包干经费开支5365.4万元，占全年预算的75%，支出与1996年同期相比增加开支1032.6万元，同比增加24%。年内，青岛海关专项经费2931.5万元，1996年专项经费结余485.1万元，专项抵支收入1.176万元，共有专项经费4597.4万元，本年度专项经费开支3983.8万元，占预算的87%，尚有29个专项613.6万元未开支完；查私办案费814万元，1996年结余3.1万元，共计817.1万元，本年度开支812.7万元，占年度预算的99%；收费业务费2720万元，1996年结余34.6万元，共计2754.6万元，开支2676.8万元，占预算的97%，同比增加1271.5万元。
1998年11月，青岛海关对冬季取暖补助作出规定。本着“个人缴费，单位补贴”的原则，按当年11月份在册的海关职工（包括离退休人员），每年发放一次性取暖补贴。住海关单身宿舍的职工和交流干部因单位统一交纳取暖费，不再发放取暖补贴。12月1日，青岛海关下发修订后的统筹医疗人员报销管理规定，规定报销范围、报销办法等事项。
1999年，海关总署核定青岛海关年度包干经费预算指标5405.9万元；专项经费预算指标757万元；缉私办案费预算1350万元。其中经常性支出预算989万元（含贡献奖、特殊贡献奖支出）、专项经费支出预算361万元；下达青岛海关1999年特殊贡献奖限额20万元，按年人均130元计算，在缉私办案费中列支，海关总署不另拨款。7月29日、10月18日、10月26日，海关总署先后核拨青岛海关专项经费148万元、902万元、480万元。以上拨款均相应追加青岛海关1999年专项经费预算指标。
6月10日，海关总署根据青岛海关1—3月收费业务费上缴情况，适当考虑中西部地区内陆关和边关、收入少的海关以及海关院校的实际困难，核拨收费业务费329万元。9月2日，根据4—7月行政性收费上交情况，以及适当向边境、中西部及收入少的海关倾斜的原则，核拨青岛海关第二批收费业务费468万元。以上两项拨款均相应增加青岛海关1999年收费业务费预算指标。
2000年，海关总署先后核拨青岛海关专项经费1275万元，其中，100万元用于威海海关建造私货仓库，40万元用于青岛教育培训基地建设贮水池。同年，海关总署核拨青岛海关收费业务费1034万元，医疗费专项60万元；按每人每月22元的标准追加因调整海关津贴而增加的个人经费支出经费353.9万元；将协助工作的武警人员工作经费定额在年初每人每年4000元的基础上提高2000元；核拨享受政府特殊津贴人员专项经费2400元；将1—6月罚没收入上缴金额的2%，核拨购置费94万元；核拨物流监控系统专项经费275万元；核拨青岛海关缉私办案费1900万元。年内共筹集资金12995万元，其中海关总署追加各类资金8956万元，包括关务费12万元，专项经费2116万元，缉私办案费1994万元，收费业务费60万元，缉私警察费937万元，基建经费3837万元；得到地方财政拨款2999万元；合理利用保证金等现有资金存款产生利息收入1040万元。
2001年，海关总署核定给青岛海关2001年缉私警察经费经常性支出预算总额1465.7万元。7月20日，海关总署下达2001年缉私警察经费支出追加预算，根据青岛海关缉私警察人员、业务情况追加2001年缉私警察经费支出预算876.1万元，具体项目：核拨缉私警察经常性经费22.1万元，用于缉私警察新增人员、临时工、车辆和调资、社会保障费、住房公积金补贴、外勤自理等项费用支出；核拨缉私警察中央财政专项经费205万元，用于缉私警察专项支出，严格按照批准的项目和用途使用，并在缉私警察经费中央财政专项中核算；核拨海关缉私办案费450万元，用于缉私警察缉毒情报专项经费支出和专项业务费支出。此项经费专项用于侦查部门的缉私办案，但仍在海关缉私办案费中核拨。年内，海关总署追加缉私警察经费221.1万元。
2002年，海关总署核定青岛海关各项经费预算总额20547.24万元，具体项目：各项经费预算17760.74万元，其中行政管理费预算11743.74万元，海关关务费预算1555万元，缉私办案费预算2243万元，收费业务费预算1024万元，中央财政专项经费预算72万元，离退休经费预算253万元，住房改革支出预算870万元，核定缉私警察经费预算2786.5万元（其中行政经费预算2004.6万元）；业务经费预算676.9万元；住房改革支出预算105万元。同时，海关总署明确提出各海关单位要按照新的海关财务管理制度的有关规定，本着“统筹兼顾、突出重点、调整结构、专款专用”的原则，合理安排各项支出，提高资金使用效益，确保各项工作任务的完成。同年，海关总署对青岛海关2000年决算进行批复：2000年度青岛海关关务费支出12519.05万元，缉私办案费支出3892.67万元，收费业务费支出1479.03万元，预算外资金支出88.71万元，其他杂项支出15.72万元，财政专项经费支出300.24万元。
2003年，海关总署对青岛海关2001年度各项经费决算进行批复：2001年度青岛海关关务费支出14418.91万元，缉私办案费支出3420.66万元，收费业务费支出1522.96万元，中央财政专项支出157.55万元，预算外资金支出124.68万元，其他杂项支出17.16万元，缉私警察经费支出1924.23万元，缉私警察中央财政专项支出216.11万元。
2004年，海关总署共核定青岛海关各项经费预算资金25381.14万元，其中，海关经费21780.81万元，缉私警察经费2650.33万元，基本建设资金950万元。加上中央财政返还资金1487.3万元，关区的预算拨款总额为26868.44万元。年内，青岛海关结合关区实际情况，重点对欠发达地区的海关及人数较少的海关，在资金上予以适当倾斜，以保证正常经费的开支，提出统筹安排使用的意见和改进管理的相关措施，合理调整财力资源，进一步提高资产配置的合理性和资金使用效益。
2005年，海关总署下达青岛海关各项经费预算总额为28709.13万元，核定海关各项经费预算25424.34万元，其中，行政管理费预算18485.26万元，海关关务费预算1409.98万元，缉私办案费预算3516.10万元，收费业务费预算1484万元，中央财政专项经费预算113万元，离退休经费预算416万元。核定缉私警察各项经费预算3284.79万元，包括缉私警察经费预算2122.10万元，住房改革支出预算391.49万元，业务经费预算771.20万元。
