1993年，青岛海关审计工作树立宏观、参与和效益意识，主动将工作重点由以财务收支审计为主，转变为以经济效益和内部控制制度审计为主。年内，共审计预、决算34份，审计总金额210万元，为海关节约资金29.8万元。审计室还会同关税处，对青岛开发区物资总公司等5家企业进口减免税钢材使用和销售情况进行核查，发现5家企业的16家客户擅自将免税钢材销往或用于区外，补征关税和代征税112万元。
1994年，为加强对科技经费的审计监督，促进科技业务一体化进程，青岛海关制定《青岛海关科技经费审计办法》，规定青岛海关技术处和各隶属海关应及时将已批准的本年度科技经费专项报青岛海关审计室；凡自购价值在5万元以上的科技设备，在正式订立采购合同前，应将合同和其他有关经济技术资料报审计室审计，待审计室审核后方可正式签约；审计室在接到审计资料后，一周内应进行审计，并将审计意见及时通知被审单位；审计室会同技术处对科技经费的使用情况进行经常性监督，做好科技设备价值信息的收集工作，以保证审计工作有效开展。
1995年，国家调整减免关税政策，造成第一、第二季度大量退税。青岛海关加大对税收工作的监督审计工作，自6月1日起，强化税单核销工作，加强税收的后续管理，将常年挂账的5笔共计100余万元的税款全部上缴入库。
1996年4月18日，青岛海关审计室工作受到海关总署通报嘉奖，获审计工作二等奖。10月30日至11月29日，审计署对青岛海关1996年关税及进口环节税的征管情况进行审计，认为1996年青岛海关认真贯彻全国海关工作会议精神，确保了年内关税及进口环节税任务的完成。
1997年3月起，青岛海关执行海关总署《海关内部审计工作规定》，在对行政经费审计基础上，加强对经济活动管理的审计，审计内容包括罚没收入管理、包干经费管理、专项经费管理、科技经费管理、基本建设管理、固定资产管理等。对青岛海关及隶属海关基建、修缮资金，科技经费、专项资金的使用进行效益审计。对青岛海关及隶属海关房产、科技设备、车船装备等固定资产的管理进行效益审计等。11月，审计署驻济南特派办对青岛海关1997年保证金管理情况进行审计。审计组调阅有关账册、报表、凭证，对1997年度保证金的收取、转税、退还，保证金转银行定期存款金额及取得的利息收入等情况进行审计取证。
1998年，青岛海关对住房资金管理和使用情况进行审计。关区各隶属海关自1993年10月起陆续将住房资金从经费暂存科目中调出，单独核算。至1997年底，关区20个独立核算单位中有15个单位已设立住房基金账户，对住房资金实行专户管理；3个新建关尚未设立住房基金；2个海关因驻地尚未进行房改也未设立住房基金。截至1997年，关区共出售公有住房50294.9平方米，取得售房收入1247.4万元，全部按照规定纳入单位住房基金专户存储，无擅自扩大开支范围或挤占挪用等问题，取得利息收入53.8万元按规定入账。此外，共收到住房租金78.4万元，住房保证金407.3万元，退还保证金170.2万元。经审计，不存在以房改名义乱收费、收费不入账等现象。住房公积金的管理和使用情况良好，截至1997年底，关区海关应缴纳公积金人数为1169人，已缴纳公积金人数为1167人，公积金的基数和比例全部按照地方规定执行，并按要求专户存储。没有发现隐瞒转移收入、私设“小金库”等违规现象。关区各关的住房资金在征集、管理和使用等方面均严格执行海关总署及地方的有关规定。审计过程中发现个别隶属海关因受各种因素的制约，还未建立住房资金专户，影响住房改革顺利进行。
1999年，青岛海关以关长离任审计和工程预决算审计为重点，积极开展各项审计工作。年内对威海海关、流亭机场海关、潍坊海关离任关长和培训基地主任进行审计。审结各类工程决算50个，审计金额5243万元，核减金额1103万元，核减额占审计额的21.04%。审计大项开支项目39个，审计金额394万元，核减金额17.13万元，核减额占报审额的4.35%。审计科技设备购置项目66个，审计金额437.2万元，核减金额6.17万元，核减额占报审额1.41%。
2000年，青岛海关共审结各类工程决算49个，审计金额2146.63万元，核减金额391.69万元，核减额占报审额的18.25%。审计大项开支项目61个，审计金额645.44万元，核减金额5.05万元，核减额占报审额的0.78%。审计科技设备购置项目80个，审计金额836.33万元，核减金额15.23万元，核减额占报审额的1.63%。完成对关区财务、税费以及机关服务中心和泰安海关财务状况的专项审计。
2001年，青岛海关完成对青岛海关机关服务中心财务状况的审计。中心下辖5个企业2000年度实现营业总收入3658.36万元，同比增长45.78%，取得利润669.76万元，累计货币资金3319.27万元，固定资产达到2211.23万元，同比增长32.90%，发生各项支出及费用2988.60万元，其中上缴青岛海关1062.79万元。年内，通过调阅海关业务相关资料和检查账簿等手段，对石岛海关离任关长在任职期内执行国家法律法规情况、资产情况、债权债务情况进行全面审计。
2002年，青岛海关审计室共审结各类工程决算33个，报审总金额1895.86万元，核减金额95.92万元；审核大项开支项目40个，报审总金额220.09万元，核减金额2.48万元；审计科技设备购置项目55个，报审总金额548.42万元，审计金额为546.63万元，核减金额3.77万元。
2003年，青岛海关针对加工贸易单耗核定过宽、超期手册未核销、内销审价补税、保证金超期未清理、案件久拖不决等业务问题加强审计工作。发现问题多存在于各项业务管理的交叉点、结合部或薄弱环节中，有的还与历史遗留合同、遗留案件纠缠在一起，存在管理不到位的情况。青岛海关将业务结合部的监督、各类保证金的清理、加工贸易合同的清理等工作列入专项督察的范围，重点开展对低报价格、加工贸易超期合同清理、减免税后续监管、调查工作执法程序等业务的专项督察。采用信息化网络手段，依托海关风险管理平台、执法评估系统、关税监控分析系统和H2000系统等业务平台，逐步建立以规范化管理为基础、以审计监督为手段、以量化考核和责任追究为动力的监督机制。
2004年，青岛海关根据海关总署督察办的要求，把推广威海海关督察审计经验作为重要工作。选定青岛流亭机场海关作为关区试点单位，实行“以风险管理理念为指导，以计算机辅助审计为手段，以业务运行监控为依托，全面提高督察审计工作效能”的做法，解决业务量大的海关如何建立监督制约长效机制问题，为海关利用风险管理加强监督制约长效机制建设闯出新路子，在全国海关督察审计理论研讨会上作经验介绍。同年，青岛海关对关区超期保证金清理情况进行专项督察，开展超期保证金清理专项督察工作，共转税103笔、1542万元，清退508笔、4978万元；实施对关区2003年加工贸易内销补税额前15位商品专项督察，对2073条内销补税记录进行重点核查，通过专项督察补税14万元。运用执法评估、风险平台等系统开展风险分析，确定执法监管中的薄弱环节和高风险点；通过职能管理板块发布督察审计意见建议书，提出实施督察的意见和具体要求，并公布反馈结果。通过该种形式核查进料内销手册72本，内销料件96项，清理超期保证金11笔，金额102万元，补税37.3万元。
2005年，青岛海关加大对税款入库情况的专项督察，明确和细化税单打印、签发、核注、内部复核等岗位的工作规范，现场海关对开征的税款及时催缴，及时核注，定期与银行对账，防止发生欠税。通过海关风险管理平台对关区2004年全年税款入库日期与缴款日期进行比对分析，筛选出税款入库日期与缴款日期相差2天以上的异常税单记录44859条作为核查重点。经专项督察，有15864票超过人民银行规定的正常入库时间，累计超期时间90008天，涉及税款204403.94万元，涉及银行13家。
第二节 审计
1993年，青岛海关审计工作树立宏观、参与和效益意识，主动将工作重点由以财务收支审计为主，转变为以经济效益和内部控制制度审计为主。年内，共审计预、决算34份，审计总金额210万元，为海关节约资金29.8万元。审计室还会同关税处，对青岛开发区物资总公司等5家企业进口减免税钢材使用和销售情况进行核查，发现5家企业的16家客户擅自将免税钢材销往或用于区外，补征关税和代征税112万元。
1994年，为加强对科技经费的审计监督，促进科技业务一体化进程，青岛海关制定《青岛海关科技经费审计办法》，规定青岛海关技术处和各隶属海关应及时将已批准的本年度科技经费专项报青岛海关审计室；凡自购价值在5万元以上的科技设备，在正式订立采购合同前，应将合同和其他有关经济技术资料报审计室审计，待审计室审核后方可正式签约；审计室在接到审计资料后，一周内应进行审计，并将审计意见及时通知被审单位；审计室会同技术处对科技经费的使用情况进行经常性监督，做好科技设备价值信息的收集工作，以保证审计工作有效开展。
1995年，国家调整减免关税政策，造成第一、第二季度大量退税。青岛海关加大对税收工作的监督审计工作，自6月1日起，强化税单核销工作，加强税收的后续管理，将常年挂账的5笔共计100余万元的税款全部上缴入库。
1996年4月18日，青岛海关审计室工作受到海关总署通报嘉奖，获审计工作二等奖。10月30日至11月29日，审计署对青岛海关1996年关税及进口环节税的征管情况进行审计，认为1996年青岛海关认真贯彻全国海关工作会议精神，确保了年内关税及进口环节税任务的完成。
1997年3月起，青岛海关执行海关总署《海关内部审计工作规定》，在对行政经费审计基础上，加强对经济活动管理的审计，审计内容包括罚没收入管理、包干经费管理、专项经费管理、科技经费管理、基本建设管理、固定资产管理等。对青岛海关及隶属海关基建、修缮资金，科技经费、专项资金的使用进行效益审计。对青岛海关及隶属海关房产、科技设备、车船装备等固定资产的管理进行效益审计等。11月，审计署驻济南特派办对青岛海关1997年保证金管理情况进行审计。审计组调阅有关账册、报表、凭证，对1997年度保证金的收取、转税、退还，保证金转银行定期存款金额及取得的利息收入等情况进行审计取证。
1998年，青岛海关对住房资金管理和使用情况进行审计。关区各隶属海关自1993年10月起陆续将住房资金从经费暂存科目中调出，单独核算。至1997年底，关区20个独立核算单位中有15个单位已设立住房基金账户，对住房资金实行专户管理；3个新建关尚未设立住房基金；2个海关因驻地尚未进行房改也未设立住房基金。截至1997年，关区共出售公有住房50294.9平方米，取得售房收入1247.4万元，全部按照规定纳入单位住房基金专户存储，无擅自扩大开支范围或挤占挪用等问题，取得利息收入53.8万元按规定入账。此外，共收到住房租金78.4万元，住房保证金407.3万元，退还保证金170.2万元。经审计，不存在以房改名义乱收费、收费不入账等现象。住房公积金的管理和使用情况良好，截至1997年底，关区海关应缴纳公积金人数为1169人，已缴纳公积金人数为1167人，公积金的基数和比例全部按照地方规定执行，并按要求专户存储。没有发现隐瞒转移收入、私设“小金库”等违规现象。关区各关的住房资金在征集、管理和使用等方面均严格执行海关总署及地方的有关规定。审计过程中发现个别隶属海关因受各种因素的制约，还未建立住房资金专户，影响住房改革顺利进行。
1999年，青岛海关以关长离任审计和工程预决算审计为重点，积极开展各项审计工作。年内对威海海关、流亭机场海关、潍坊海关离任关长和培训基地主任进行审计。审结各类工程决算50个，审计金额5243万元，核减金额1103万元，核减额占审计额的21.04%。审计大项开支项目39个，审计金额394万元，核减金额17.13万元，核减额占报审额的4.35%。审计科技设备购置项目66个，审计金额437.2万元，核减金额6.17万元，核减额占报审额1.41%。
2000年，青岛海关共审结各类工程决算49个，审计金额2146.63万元，核减金额391.69万元，核减额占报审额的18.25%。审计大项开支项目61个，审计金额645.44万元，核减金额5.05万元，核减额占报审额的0.78%。审计科技设备购置项目80个，审计金额836.33万元，核减金额15.23万元，核减额占报审额的1.63%。完成对关区财务、税费以及机关服务中心和泰安海关财务状况的专项审计。
2001年，青岛海关完成对青岛海关机关服务中心财务状况的审计。中心下辖5个企业2000年度实现营业总收入3658.36万元，同比增长45.78%，取得利润669.76万元，累计货币资金3319.27万元，固定资产达到2211.23万元，同比增长32.90%，发生各项支出及费用2988.60万元，其中上缴青岛海关1062.79万元。年内，通过调阅海关业务相关资料和检查账簿等手段，对石岛海关离任关长在任职期内执行国家法律法规情况、资产情况、债权债务情况进行全面审计。
2002年，青岛海关审计室共审结各类工程决算33个，报审总金额1895.86万元，核减金额95.92万元；审核大项开支项目40个，报审总金额220.09万元，核减金额2.48万元；审计科技设备购置项目55个，报审总金额548.42万元，审计金额为546.63万元，核减金额3.77万元。
2003年，青岛海关针对加工贸易单耗核定过宽、超期手册未核销、内销审价补税、保证金超期未清理、案件久拖不决等业务问题加强审计工作。发现问题多存在于各项业务管理的交叉点、结合部或薄弱环节中，有的还与历史遗留合同、遗留案件纠缠在一起，存在管理不到位的情况。青岛海关将业务结合部的监督、各类保证金的清理、加工贸易合同的清理等工作列入专项督察的范围，重点开展对低报价格、加工贸易超期合同清理、减免税后续监管、调查工作执法程序等业务的专项督察。采用信息化网络手段，依托海关风险管理平台、执法评估系统、关税监控分析系统和H2000系统等业务平台，逐步建立以规范化管理为基础、以审计监督为手段、以量化考核和责任追究为动力的监督机制。
2004年，青岛海关根据海关总署督察办的要求，把推广威海海关督察审计经验作为重要工作。选定青岛流亭机场海关作为关区试点单位，实行“以风险管理理念为指导，以计算机辅助审计为手段，以业务运行监控为依托，全面提高督察审计工作效能”的做法，解决业务量大的海关如何建立监督制约长效机制问题，为海关利用风险管理加强监督制约长效机制建设闯出新路子，在全国海关督察审计理论研讨会上作经验介绍。同年，青岛海关对关区超期保证金清理情况进行专项督察，开展超期保证金清理专项督察工作，共转税103笔、1542万元，清退508笔、4978万元；实施对关区2003年加工贸易内销补税额前15位商品专项督察，对2073条内销补税记录进行重点核查，通过专项督察补税14万元。运用执法评估、风险平台等系统开展风险分析，确定执法监管中的薄弱环节和高风险点；通过职能管理板块发布督察审计意见建议书，提出实施督察的意见和具体要求，并公布反馈结果。通过该种形式核查进料内销手册72本，内销料件96项，清理超期保证金11笔，金额102万元，补税37.3万元。
2005年，青岛海关加大对税款入库情况的专项督察，明确和细化税单打印、签发、核注、内部复核等岗位的工作规范，现场海关对开征的税款及时催缴，及时核注，定期与银行对账，防止发生欠税。通过海关风险管理平台对关区2004年全年税款入库日期与缴款日期进行比对分析，筛选出税款入库日期与缴款日期相差2天以上的异常税单记录44859条作为核查重点。经专项督察，有15864票超过人民银行规定的正常入库时间，累计超期时间90008天，涉及税款204403.94万元，涉及银行13家。