20世纪90年代初，海关总署加大对海关干部的考核力度，印发《海关干部考核暂行办法》。青岛海关根据海关总署文件精神，结合实际情况，对干部每年进行一次年终考核。年终考核成立考核领导小组，由海关党组书记、关长任组长，关党组成员任副组长，下设数个考评组。考核工作进行广泛动员，下发考核通知，明确考核步骤，严格执行计划；实行全员考核，重点考核各级领导干部，考核内容包括履行岗位职责的情况、已实现的工作目标、有效的工作及主要成绩、未完成的工作目标、遵守廉政规定的情况、自身存在的缺点及改正的方向、下年度的工作目标及改进措施等，一般干部在本单位述职评议，由考核小组写出评鉴意见，反馈给个人；对领导干部进行评议和民意测验采取背靠背的方式进行，以不记名方式进行投票，上级领导向下级干部进行反馈，考核结论记入《海关干部年度考核表》。考核结果作为干部奖惩、升降、任用、培训的依据。
1993年，青岛海关根据海关总署统一部署进行年度干部全员考核，共有865人参加，其中局级6人，处级68人，科级以下791人。评出优秀等次134人，称职等次729人，基本称职等次2人。主要对处级领导班子自身建设和处级干部进行考核，把意见反馈和整改阶段作为重点。青岛海关党组对68名处级领导干部逐一评议分析，确定考核档次。
1994年，青岛海关首次按照《国家公务员考核暂行规定》进行考核，实行以处、科级领导干部为重点的全员考核。关区79名处级以上领导干部参加考核，无不称职干部。此次考核除按海关总署指示与奖金挂钩、与工资调整挂钩外，实行三个结合，即与平时考核相结合，把岗位目标管理责任制的逐月考核结果作为主要依据；与评选先进相结合，规定关区先进个人必须从“优秀”者中产生；与干部任免、调整相结合。
1995年，青岛海关依照《海关总署关于执行〈国家公务员考核暂行规定〉的实施办法》进行干部全员考核。考核坚持“两挂钩”“三结合”（与奖金、工资挂钩，与平时考核、评选先进、干部提拔调整相结合）的原则，对基本称职和不称职的人员给予诫勉或辞退。
1996年，青岛海关成立考核小组，分别到18个隶属海关、办事处进行考核。1月7日，青岛海关财务处经费科被海关总署评为全国海关财务工作先进集体，初克基、山峰等4人被评为先进个人。1月18日，山东省委、省政府机关工委授予周正“1995年度学习孔繁森，争当人民好公仆活动先进个人”。年内，山东省地方史志编纂委员会、山东省人事厅给予青岛海关史志办赵猛记三等功。
1997年，青岛海关规定：对年度考核优秀的干部在1998年晋升职务时不再进行民主测评；在关区关长会议上表彰的嘉奖人员必须从考核优秀的干部中推选；对考核基本称职和不称职的领导干部，按任免权限给予调整或免职；对考核中问题较多和群众反映较大的干部，给予必要的诫勉或辞退。当年，青岛海关授予孙一福、周正、张美丽、王昌锋、薛敬松、辛安、张勇、徐青、王少雯、刘彤辉10人青岛关区“十佳关员”称号，分别记三等功一次。根据人事部、海关总署有关奖励规定，青岛海关为记三等功的关区“十佳关员”颁发奖章、荣誉证书和奖金。
1998年，青岛海关规定年度考核4个等次得票率的上、下限票数：评定为优秀的，民意测验优秀票得票率要达到参评人数的70%，称职票要达到20%以上；评定为称职的，民意测验称职和优秀票得票率合计应达到70%以上；民意测验基本称职得票率超过30%，不称职票不超过30%的，一般应评为基本称职；民意测验不称职的得票率超过30%的，除特殊情况外，一般应评为不称职，被评为不称职的领导干部一律免职。
1999年，青岛海关提出年度考核工作结合“三讲”（讲学习、讲政治、讲正气）教育进行，但教育情况不代替年度考核，对年度考核评出的221名优秀人员给予通报表彰和奖励，对其中表现特别优秀的77人给予嘉奖。10月20日，人事部、海关总署表彰青岛海关侦查分局政委周正为“全国海关系统先进工作者”。
2000年，青岛海关年度考核正处“三讲”教育“回头看”阶段，青岛海关在个人总结基础上，坚持标准，实事求是，确保考核质量，根据考核结果决定干部相关待遇及职务任免。对考核中不称职票超过30%的1名副处级领导干部、1名正科级干部分别作出免职的决定。
2001年，青岛海关根据海关总署指示精神，制定《领导干部年度综合素质量化考核民主测评表》，将考核内容按照德、能、勤、绩分解为21个具体考核项目，民主测评更加细致，测评结果更加直观。对年度考核确定为优秀等次的人员给予通报表彰和奖励，对其中表现特别优秀的人员给予嘉奖。
2002年，青岛关区海关将考核内容分为德、能、勤、绩、廉5个考核项目，突出对领导干部廉政情况的考核，对廉政平均测评结果达不到应得分80%的，规定不得评为优秀等次。同时，对各级领导班子落实党风廉政责任制的情况进行专项考核。
2003年10月15日，人事部和海关总署联合对海关系统先进集体和先进工作者进行表彰，威海海关被授予“全国海关系统先进集体”，青岛海关调查局李大为被授予“全国海关系统先进工作者”。
2004年，青岛海关在考核中注意述职与述廉密切结合，考核组重点对关区科级单位领导干部履行责任制的情况进行抽查，专门制定基层单位和职能部门的考核体系，同时，在考核手段上成功进行“网上述职”及“网上测评”试点。通过全方位量化考核的方式，对关区基层单位和青岛海关职能部门2004年的工作实绩进行考核评议，形成得分评比排名，评选出队伍建设和具体单项业务的先进集体。规定业务建设无一先进的，队伍建设不得评为先进；单项工作不是先进的，分管领导不能评为优秀；单项工作无一获得先进的，主要领导不能评为优秀。
2005年，青岛海关实行网上年终考核。各单位、各部门领导班子成员和纪检监察特派员的述职报告上网公布。青岛关区海关共有1743人参加网上考核，参评率95.58%。网上考核采取保密措施，每一位参评人员均得到同等的评议机会和评议时间，更多关员有机会发表真实意见和建议；提高了考核结果的客观性和准确性，改变了以往评议只谈成绩、不谈问题的状况；提高了工作效率，节省大量人力物力。此次网上考核从下发考核通知起，至网上测评和网上评议结束，时间不超过一个月，其中网上测评和评议时间仅用了5个工作日。
1995—2004年青岛海关考核情况一览表
表6-7 单位：人
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┃年份│ 参加考核（含工人） │ 未参加考核 │干部考核优秀│ 干部考核称职 │ 干部考核基本称职 │ 干部考核不称职 ┃
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┃1995│ 1133 │ 53 │ 119 │ 857 │ 1 │ 3 ┃
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┃1996│ 1163 │ 109 │ 141 │ 847 │ 2 │ 6 ┃
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┃1997│ 1237 │ 103 │ 169 │ 962 │ 2 │ 1 ┃
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┃1998│ 1338 │ 115 │ 188 │ 1035 │ 0 │ 2 ┃
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┃1999│ 1542 │ 144 │ 221 │ 1213 │ 1 │ 0 ┃
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┃2000│ 1711 │ 10 │ 228 │ 1331 │ 2 │ 1 ┃
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┃2001│ 1893 │ 17 │ 256 │ 1421 │ 0 │ 0 ┃
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┃2002│ 1952 │ 8 │ 256 │ 1515 │ 0 │ 0 ┃
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┃2003│ 2052 │ 5 │ 267 │ 1555 │ 0 │ 0 ┃
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┃2004│ 2108 │ 6 │ 279 │ 1636 │ 0 │ 0 ┃
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