1993—2005年，为促进山东对外开放、发展外向型经济，青岛海关继在淄博、潍坊、济南设立海关机构后，又陆续在山东西部地区海关业务集中的市（地）和沿海新开放的口岸设立部分隶属机构，山东海关机构布局更趋合理。
1992年9月，国务院批准设立青岛经济技术开发区海关（处级）。10月，海关总署批准设立青岛经济技术开发区海关筹备处。
1993年1月，海关总署批准设立济宁、泰安、临沂海关机构筹备处。4月，国务院批准设立济宁海关、泰安海关和临沂海关，均为处级。5月8日，经海关总署批准，青岛经济技术开发区海关开关，对外办理海关业务，监管区域为青岛经济技术开发区、黄岛区和胶南市，内设办公室、监管一科、监管二科、行政科。6月，经海关总署批准，石岛海关改由青岛海关直属领导，不再隶属威海海关。同月，海关总署批准设立龙口海关驻长岛办事处（科级）。
图6-1 1993年5月8日，青岛经济技术开发区海关开关
1994年2月，为加强烟台海关和济南海关的全面建设，适应所在地区监管业务工作的实际需要，海关总署对烟台海关和济南海关的内部机构调整问题作出批复，烟台海关的内部机构为办公室、监管处、调查处、人事教育处，均为副处级；直属科级机构为技术科、船舶监管科；派驻机构为驻烟台经济技术开发区办事处（处级）；领导干部职数为副局级1名，处级4名（副关长职数3名，办事处主任1名）。济南海关的内部机构为办公室、监管处、调查处，均为副处级；直属科级机构为技术科；派驻机构为驻机场办事处（副处级）；领导干部职数为副局级1名，处级副关长3名。3月，青岛海关决定青岛海关驻黄岛办事处由青岛经济技术开发区海关代管（人事、财务、海关业务）。3月30日，济宁海关开关，对外办理海关业务，业务管辖区域为济宁、枣庄、菏泽3市（地）。5月，国务院批准设立青岛保税区海关（处级），11月，海关总署决定设立中华人民共和国青岛保税区海关。5月29日，泰安海关开关，对外办理海关业务，业务管辖区域为泰安、莱芜两市。6月28日，临沂海关开关，对外办理海关业务，业务管辖区域为临沂地区。8月，青岛海关决定设立烟台海关驻芝罘湾海关监管区办事处（科级）。同月，国务院同意青岛港口岸黄岛前湾港区设立海关等检查检验机构。10月，海关总署决定设立前湾港海关（处级）。
由于1992年、1994年国务院分别批准开放烟台航空货运口岸和客运口岸，1994年11月，海关总署批准设立烟台海关驻机场办事处（副处级）。12月，青岛海关决定设立烟台海关驻机场办事处筹备处。
11月，海关总署批准青岛海关机构改革“三定”方案，其中隶属机构为烟台海关（内设机构为副处级）、济南海关（内设机构为副处级）、威海海关、龙口海关、日照海关、淄博海关、潍坊海关、石岛海关、青岛经济技术开发区海关、济宁海关、泰安海关、临沂海关、前湾港海关（筹）、青岛保税区海关（筹）。
1995年3月，经海关总署批准，青岛海关撤销海关总署威海干休所，设立海关总署威海教育培训基地（副处级）。7月，海关总署批准设立威海海关驻邮局办事处（科级）。12月，国务院批准东营港对外国籍船舶开放，设立海关等检查检验机构。
1996年2月，为实施对青岛至郑州国际集装箱联运线济南泺口分流中心口岸直通式的海关监管，海关总署批准设立济南海关驻泺口办事处（副处级），7月，青岛海关同意济南海关驻泺口办事处对外开办业务。4月，海关总署决定设立东营海关（处级），5月，青岛海关决定设立东营海关筹备处。7月和11月，国务院分别批准莱州港、蓬莱港对外国籍船舶开放，设立海关等检查检验机构。11月，海关总署决定设立中华人民共和国蓬莱海关（处级）。
1997年3月，海关总署批准设立济南海关驻邮局办事处（副处级）。3月18日，济南海关驻邮局办事处开关，负责对济南、淄博、东营、滨州、德州、聊城、菏泽、枣庄、济宁、泰安、莱芜等地进出境邮递物品的监管、查验、征税工作。6月，青岛海关决定设立蓬莱海关筹备处。7月，海关总署决定设立莱州海关（处级），8月，青岛海关决定设立莱州海关筹备处。7月，海关总署批准设立威海海关驻经济技术开发区办事处（副处级）。7月18日，青岛保税区海关开关，对外办理海关业务，监管区域为青岛保税区。8月，海关总署批准青岛海关驻机场办事处调整为海关，对外全称为中华人民共和国流亭机场海关，28日，流亭机场海关开关，对外办理海关业务。11月17日，烟台海关驻机场办事处正式对外办理海关业务。11月18日，前湾港海关开关，对外办理海关业务，监管区域为黄岛区、胶南市的海域和其中的港口（包括二类开放港口）、码头、锚地、船厂，青岛海关原驻黄岛办事处同时撤销。12月28日，东营海关开关，对外办理海关业务，业务管辖范围为东营市。
图6-2 1997年8月28日，流亭机场海关开关，对外办理海关业务
图6-3 1997年11月18日，前湾港海关开关
1998年10月28日，莱州海关开关，对外办理海关业务，业务管辖区域为莱州市。29日，蓬莱海关开关，对外办理海关业务，业务管辖区域为蓬莱市。30日，龙口海关驻长岛办事处对外办理海关业务。11月26日，威海海关驻经济技术开发区办事处对外办理海关业务。
1999年8月，海关总署批准设立潍坊海关驻诸城办事处（科级），对外全称为中华人民共和国潍坊海关驻诸城办事处。
2000年6月，国务院批准设立德州海关（处级）。9月15日，德州海关开关，对外办理海关业务，业务管辖区域为德州市。
同年7月，青岛海关决定将青岛经济技术开发区海关与前湾港海关合署办公，对外仍保留两海关的名称，对内称前湾港海关，两关人员统一调配使用。11月，海关总署批准在荣成市龙眼港设立海关办事处（副处级），对外全称为中华人民共和国石岛海关驻龙眼港办事处。12月，海关总署批准青岛海关机构改革方案，其中隶属机构为：大港海关（筹）（下设科级驻邮局办事处）、烟台海关（下设处级驻烟台开发区办事处、副处级驻机场办事处）、济南海关（下设副处级驻机场办事处和驻邮局办事处）、威海海关（下设副处级驻邮局办事处和驻经济技术开发区办事处）、日照海关（下设副处级驻岚山办事处）、龙口海关（下设科级驻长岛办事处）、潍坊海关（下设科级驻诸城办事处）、淄博海关、石岛海关（下设副处级驻龙眼港办事处）、济宁海关、泰安海关、临沂海关、青岛经济技术开发区海关、流亭机场海关、青岛保税区海关、前湾港海关、东营海关、莱州海关、蓬莱海关、德州海关，均为处级。关于设立大港海关的问题，海关总署同意按程序商地方政府报国务院审批。
2001年3月，青岛海关决定成立大港海关筹备处。10月12日，石岛海关驻龙眼港办事处对外办理海关业务，业务管辖范围为龙眼港港区。
2002年8月，海关总署批准设立济宁海关驻曲阜办事处（副处级），对外全称为中华人民共和国济宁海关驻曲阜办事处。业务管辖范围为曲阜市、兖州市、邹城市和泗水县。11月，为适应青岛港外贸集装箱航线西移，青岛海关对前湾港和青岛大港的海关机构进行相应整合和调整，决定自11月11日起按调整后的机构和职能开展工作，以大港海关筹备处的名义开办业务。11月23日，潍坊海关驻诸城办事处对外办理海关业务，业务管辖范围为诸城市。12月，海关总署批准设立蓬莱海关驻长岛办事处，撤销龙口海关驻长岛办事处。
2003年3月，根据《海关总署关于同意成立黄岛海关等有关问题的批复》，青岛海关决定将前湾港海关、青岛经济技术开发区海关、青岛保税区海关进行整合，组建黄岛海关，业务管辖范围为青岛市黄岛区、胶州市、胶南市，人员编制240名。4月6日，济宁海关驻曲阜办事处对外办理海关业务。5月，海关总署批准设立烟台海关驻邮局办事处（副处级）。5月，国务院作出《关于同意调整青岛海关关区机构设置的批复》，同意成立黄岛海关。6月，海关总署下发《海关总署关于设立黄岛海关等有关问题的通知》，决定由青岛海关负责筹建黄岛海关。8月，青岛海关决定设立副厅级的黄岛海关，对外全称为中华人民共和国黄岛海关。撤销前湾港海关、青岛经济技术开发区海关和青岛保税区海关。黄岛海关的内设机构为办公室、人事政工处、通关处、物流监控处、加工贸易监管处、调查处、财务处，派驻机构为黄岛海关驻保税区办事处，机构级别均为副处级。
2004年5月，海关总署批准济南海关设立人事政工处（副处级）。
2005年1月28日，烟台海关驻邮局办事处对外办理海关业务。2月，海关总署批准设立威海海关驻机场办事处（副处级），国务院批准将中华人民共和国石岛海关更名为中华人民共和国荣成海关。3月27日，威海海关驻机场办事处对外办理海关业务。3月，海关总署批准将石岛海关驻龙眼港办事处更名为荣成海关驻龙眼港办事处，机构级别不变；设立荣成海关驻石岛港办事处（科级）。
1993年、2005年青岛海关隶属机构一览表
表6-4
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┃ 年份 │ 机构设置 ┃
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┃ 1993 │ 烟台海关、日照海关、威海海关、龙口海关、淄博海关、潍坊海关、济南海关、石岛海 ┃
┃ │关、青岛经济技术开发区海关、济宁海关（筹)、泰安海关（筹)、临沂海关（筹） ┃
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┃ 2005 │ 烟台海关、济南海关、黄岛海关、日照海关、威海海关、龙口海关、淄博海关、荣成海 ┃
┃ │关、潍坊海关、济宁海关、泰安海关、临沂海关、流亭机场海关、东营海关、莱州海关、┃
┃ │蓬莱海关、德州海关、大港海关（筹） ┃
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