1994年1月，海关总署批准青岛海关设立培训处，与海关总署青岛教育培训基地两块牌子、一套班子。人事教育处更名为人事处。
1995年6月12日，青岛海关调查局成立。同月，海关总署批准青岛海关在关税处内设立副处级审价办公室。
1996年5月，青岛海关对业务现场通关模式进行改革试点，成立信息管理中心、查验中心和审单中心等临时机构。
1997年5月，参照全国审计监管职能部门的设置规范和各行业系统内设置审计机构的通行做法，海关总署批准青岛海关审计室更名为审计处。6月，青岛海关对部分内设机构进行调整，撤销监管一处，成立审单中心；撤销监管二处，成立行邮处；成立查验中心；信息管理中心更名为业务监控中心。以上处和中心均为处级建置。8月，撤销业务监控中心，成立信息化管理处。12月，海关总署批准设立青岛海关机关服务中心，为青岛海关直属处级事业单位，具有事业法人资格。
1998年3月，根据海关总署关于青岛海关通关作业改革实施方案的批复，青岛海关对部分业务机构进行调整：撤销信息化管理处，成立业务规范处；撤销原技术处，重新设立新的技术处；撤销综合统计处，成立数据统计处；业务规范处、技术处、数据统计处组成信息中心；撤销审单中心，成立审单处；撤销关税处，成立审价办（副处级）；审单处、审价办组成通关中心。成立监控处（物流监控中心）、综合业务处、大港审核放行处。撤销查验中心，成立大港查验处；撤销行邮处，保留青岛海关驻邮局办事处（科级）。12月，根据中央关于改革缉私体制的决定，海关总署批准成立中华人民共和国青岛海关走私犯罪侦查分局（副厅局级），对外称山东省公安厅走私犯罪侦查局，内设办公室、政治处、侦查处、法制处、情报技术处、督察处和直属队，均为处级机构。缉私警察队伍作为海关与公安双重垂直领导、以海关领导为主的对走私犯罪案件依法进行侦查、拘留、执行逮捕、预审的专职刑警队伍，按照海关对缉私工作的统一部署和指挥，部署警力、执行任务。走私犯罪侦查局纳入公安部编制机构序列，在职责划分上，缉私警察不承担维护社会治安、打击其他刑事犯罪的职责。海关查缉的走私案件，不构成走私罪的，由海关依法处理；涉嫌走私罪的，交由缉私警察侦查。缉私警察查缉的不构成犯罪的走私案件，以及海关调查机构交由缉私警察侦查、经侦查不构成犯罪的走私案件，交由海关依法处理。
1999年1月11日，青岛海关走私犯罪侦查分局成立。4月16日，济南、烟台、日照、威海海关走私犯罪侦查支局成立。
2000年10月10日，济宁、潍坊海关走私犯罪侦查支局成立。12月，海关总署批复青岛海关机构改革方案，确定青岛海关内部机构为办公室、法规处、通关管理处（内设副处级审单中心）、关税处、加工贸易监管处、监管处、综合统计处、技术处、调查局（内设综合处、调查处、审理处、稽查处4个处级机构）、人事教育处、财务处、思想政治工作办公室（机关党委办公室）、监察室、督察审计室、走私犯罪侦查分局、机关服务中心。
2001年5月，青岛海关成立关税处，负责关区税收征管的职能管理，并探索关税职能管理新模式。青岛海关关税处作为职能部门不再直接参与审单、验估、征税等具体岗位的作业，充分赋予通关部门税收征管即决权；加强对通关数据的监控分析，设定通关风险预警参数，提出通道设置或调整意见，纠正征管业务差错，指导各业务现场的征管工作，确保青岛关区税收征管的执法规范性和统一性。6月，海关总署批准青岛海关调查局增设海查处（处级）。
2002年1月8日，省政府下发《山东省人民政府办公厅关于将青岛海关走私犯罪侦查分局列入省公安厅机构序列的通知》，确定青岛海关走私犯罪侦查分局在海关现行垂直领导管理体制下，列入省公安厅序列，对外称山东省公安厅走私犯罪侦查局，下属6个支局对外称山东省公安厅走私犯罪侦查局XX支局。8月，海关总署批准在青岛海关调查局内设立企业管理处和风险管理处。同月，青岛海关将调查局海上查私管理职能调整至侦查分局，撤销调查局海查处，设立侦查分局海查处。同月，海关总署决定统一沿海海关侦查分局内设的海上缉私机构名称，青岛海关侦查分局海查处更名为海上缉私处。9月，根据《海关总署调查局、侦查局、财装司职责分工》，青岛海关研究决定，调整调查局、走私犯罪侦查分局、财务处有关职责：1.关于走私案件的查处。查处走私行为及走私罪案件的职能主要由侦查部门承担。包括：海上查私；查处货物通关监管、加工贸易监管和旅客通关监管过程中发现的涉嫌走私行为及走私罪案件；其他执法部门发现移交海关的涉嫌走私行为及走私罪案件；海关调查部门查获移交侦查部门的涉嫌走私罪案件；侦查部门自侦查获的涉嫌走私行为及走私罪案件。调查部门负责查处在稽查调查过程中发现的走私行为案件。2.关于违规案件的查处。查处违规案件的职能主要由调查局承担。包括：查处货物通关监管、加工贸易监管和旅客通关监管过程中发现的涉嫌违规案件；查处侦查部门移交的涉嫌违规案件；查处调查部门在调查稽查过程发现的涉嫌违规案件。对货物通关监管、加工贸易监管和旅客通关监管过程中发现的涉嫌违法案件，如果当时难以确定违法性质的，均先由侦查部门查处，属违规案件移送调查部门。3.关于反走私综合治理。调查局牵头负责，建立调查与侦查部门反走私综合治理联系配合机制。其中：调查局主要负责反走私社会综合治理及相关的反走私形势分析，对口联系各级党政打私主管部门、各行政管理部门、各行业主管部门、各经济主管部门、大型企业集团等有关社会各界。走私犯罪侦查分局主要负责反走私行动综合治理及相关的反走私形势分析，对口联系公安、检察院、法院、纪检监察等部门。4.关于私货保管、变卖和处置。没收货物、物品的保管、变卖、处置等工作交由财务处负责。10月，海关总署批准青岛海关设立政治部，下设办公室、人事教育处、组织宣传处。11月，海关总署决定设立中国电子口岸数据中心青岛分中心，为中国电子口岸数据中心的分支机构，同时作为青岛海关的直属事业单位，具有独立法人资格。同月，为适应青岛市外贸集装箱航线西移，青岛海关对部分机构进行整合和调整，撤销大港审核放行处和大港查验处。同月，海关总署为规范调查机构名称，决定将青岛海关调查局下设的综合处更名为办公室。
2003年1月1日，经海关总署批准，青岛海关走私犯罪侦查分局更名为青岛海关缉私局，所属侦查支局更名为缉私分局。2月，海关总署批准青岛海关缉私局增设查私处和法制二处，机构级别为处级，原法制处更名为法制一处。5月，为进一步理顺缉私体制，规范对走私、违规及其他行政违法案件（简称走私等行政违法案件）的查处工作，根据海关总署关于缉私职能调整的有关文件精神，青岛海关就缉私职能进行调整。缉私部门负责查处下列走私等行政违法案件：海上查获的走私、违规案件；货物通关、加工贸易、旅客通关和行李、邮递物品监管部门在现场监管过程中发现的走私、违规案件；其他法律、行政法规规定由海关予以行政处理的违法案件。调查部门负责查处在调查稽查过程中发现的走私等行政违法案件。缉私职能调整后，青岛海关缉私局及关区各缉私分局的管理模式继续保持不变，同时在部分业务量大、行政违法案件较多的隶属海关设立缉私科。缉私科的日常管理工作由所在地海关具体负责，其业务工作接受所在地海关的领导，并按照走私犯罪案件的管辖分工，接受有管辖权的缉私分局的指导。12月，青岛海关调整行政后勤机构职能，撤销行政处，后勤行政管理职能调整至财务处和办公室，后勤行政服务工作调整至机关服务中心。
2004年4月，海关总署批准青岛海关设立教育处，人事教育处更名为人事处。6月，海关总署批准增设黄岛海关缉私分局和流亭机场海关缉私分局。
2005年4月，青岛海关撤销调查局审理处，有关职能移交调查局办公室，调查局调查处更名为贸易调查处。5月，海关总署批准青岛海关督察审计室更名为督察内审处，承担本关区执法监督和内部审计的有关工作。7月，根据海关总署调查部门职能配置和机构设置调整方案，青岛海关撤销调查局和内设的办公室、贸易调查处，原调查局内设的风险管理处、稽查处、企业管理处升格为直属的职能部门。7月25日，黄岛海关缉私分局和流亭机场海关缉私分局成立。10月，海关总署决定撤销青岛海关通关管理处及其内设的审单中心，将监管处更名为监管通关处，并设立审单处。原通关管理处与审单工作相关的职能转由审单处承担，其余职能转由监管通关处承担。
1993—2005年青岛海关内设机构一览表
表6-1
┏━━━━━━━━━┯━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ 年份 │ 内设机构 ┃
┠─────────┼──────────────────────────────────────┨
┃ 1993 │办公室、政治部（内设办公室、人事教育处、组织宣传处）、监管一处、监管二处、保┃
┃ │税业务监管处、关税处、综合统计处、调查处、监察室、审计室、行政处、财务处、技┃
┃ │术处、教育培训基地 ┃
┠─────────┼──────────────────────────────────────┨
┃ 1998 │办公室、人事处（保卫处)、教育处、机关党委办公室（政治工作办公室）、综合业务 ┃
┃ │处、审单处、审价办（副处级）、业务规范处、数据统计处、技术处、监控处、稽查 ┃
┃ │处、保税业务监管处、大港审核放行处、大港查验处、监察室、审计处、财务处、调查┃
┃ │局（内设综合处、调查处、情报处、审理处，均为副处级）、机关服务中心、教育培训┃
┃ │基地 ┃
┠─────────┼──────────────────────────────────────┨
┃ 2005 │办公室、政治部（内设办公室、人事处、组织宣传处、教育处）、法规处、关税处、审┃
┃ │单处、监管通关处、加工贸易监管处、稽查处、风险管理处、企业管理处、技术处、综┃
┃ │合统计处、财务处、督察内审处、监察室、缉私局、机关服务中心、教育培训基地、数┃
┃ │据分中心 ┃
┗━━━━━━━━━┷━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┛
青岛海关走私犯罪侦查分局和青岛海关缉私局机构设置一览表
表6-2
┏━━━━━━━━━━━━━━━┯━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ 单位名称 │ 机构设置 ┃
┠───────────────┼────────────────────────────────┨
┃青岛海关走私犯罪侦查分局 (1999│办公室、政治处、侦查处、法制处、情报技术处、督察处、直属队、烟台┃
┃年） │海关走私犯罪侦查支局、济南海关走私犯罪侦查支局、日照海关走私犯罪┃
┃ │侦查支局、威海海关走私犯罪侦查支局 ┃
┠───────────────┼────────────────────────────────┨
┃ 青岛海关缉私局（2005年） │办公室、政治处、督察处、侦查一处、侦查二处、查私处、海上缉私处，┃
┃ │法制一处，法制二处，情报技术处，烟台海关缉私分局、济南海关缉私分┃
┃ │局、威海海关缉私分局、日照海关缉私分局、潍坊海关缉私分局、济宁海┃
┃ │关缉私分局、黄岛海关缉私分局、流亭机场海关缉私分局 ┃
┗━━━━━━━━━━━━━━━┷━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━┛
1993—2005年青岛海关历任负责人一览表
表6-3
┏━━━━━━━━┯━━━━━━━┯━━━━━━━━━━━━━━━━┯━━━━━━━━━━━━━━┓
┃ 姓名 │ 职务 │ 任职时间 │ 备注 ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 李庆祝 │ 关长 │ 1991.052001.11 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 邹志武 │ 关长 │ 2001.112003.03 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 李书玉 │ 关长 │ 2003.12 │ ┃
┃ ├───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ │ 副关长 │ 2001.042003.12 │ 2003年3月起主持工作 ┃
┃ ├───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ │ 纪检组长 │ 2000.022001.04 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 孙松璞 │ 副关长 │ 1987.101996.03 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 姚宝德 │ 副关长 │ 1990.062001.04 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 孔祥君 │ 副关长 │ 1991.062001.09 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 张 勤 │ 副关长 │ 1991.082002.06 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 孙骏昌 │ 副关长 │ 1996.041997.01 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 于国明 │ 副关长 │ 1997.062005.03 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 张银喜 │ 副关长 │ 2003.01 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 宫云岐 │ 副关长 │ 2003.06 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 冯德文 │ 副关长 │ 2003.09 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 周 正 │ 副关长 │ 2003.112005.07 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 姜 峰 │ 副关长 │ 2005.04 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 王 宁 │ 副关长 │ 2005.122013.07 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 王隆俭 │ 纪检组长 │ 1996.042000.02 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 孔令鸿 │ 纪检组长 │ 2001.122005.12 │ ┃
┠────────┼───────┼────────────────┼──────────────┨
┃ 方幸福 │ 纪检组长 │ 2005.12 │ ┃
┗━━━━━━━━┷━━━━━━━┷━━━━━━━━━━━━━━━━┷━━━━━━━━━━━━━━┛