1993年8月，海关总署制定《海关对转关运输货物监管的作业规程》，规范转关运输货物监管，完善海关之间的协作配合，自1993年11月1日起开始施行。
1994年6月，青岛海关制定《青岛海关对集装箱整箱货物中转的监管办法》，对中转货物的堆放场地、货物管理、报关手续及违规处理作出明确规定。12月，青岛海关批准青岛交运集团国际集装箱运输公司为承运转关货物企业。当年，为加强对承运转关运输企业和车辆的管理，青岛海关制定《对承运转关运输货物的企业及车辆的管理办法》，规定：承运转关运输货物的企业必须在海关办理登记并缴纳一定数额的担保金，经海关审核合格后，方可承运转关运输货物；企业的驾驶员须经海关培训合格后上岗，企业的车辆也须经海关验审后方可投入营运；企业在承运转关运输货物过程中，驾驶人员应随身携带“三证一簿”(准载证、准驾证、准运证，载货登记簿)，填写载运海关监管货物清单。《办法》及其《实施细则》于1995年1月1日起一并实施。
1995年1月，为支持山东省集装箱运输事业的发展，经海关总署批准，青岛海关同意恢复一度中断的中国远洋运输（集团）总公司在青岛港口的沿海内支线集装箱中转运输业务。批准同意山东经贸国际运输公司、山东通泰国际货运代理公司、青岛丰远集装箱货运有限公司承运转关运输货物。当年，青岛海关开展综合治理，加强转关运输监管。根据海关总署进一步加强和完善转关运输管理工作的指示精神，制定具体的转关运输监管规定，严格审查转关运输条件和承运人的资格，及时核销转关运输货物回执。对高税率商品、重点敏感商品、许可证管理商品的转关运输，实行三级审批，并量化审批权限，对转关运输实行计算机管理。
1997年5月1日起，青岛海关实行《拉萨海关与青岛海关关于西藏进口货物转关联系配合办法》。当年，青岛海关深化转关运输监管改革，进行口岸直通式监管改革尝试，促成济南国际集装箱分流中心成立。
1998年7月，青岛海关制定《关于改进转关运输货物监管工作的几点意见》，明确青岛海关监控处是关区转关运输业务的职能管理部门；进一步放宽关区内转关运输条件，对非集装箱运输货物但具备加封条件的，允许办理转关手续；对跨关区转关运输应从严掌握，要控制转关运输的数量并进一步明确和简化转关运输审批手续。同月，为促进锦州地区开放型经济的发展和青岛港外贸运输事业的发展，青岛海关、锦州海关共同制定《青岛海关、锦州海关关于加强对锦州至青岛海运出口集装箱转关运输货物监管的联系配合办法》，据此对锦州转关青岛的出口货物进行监管。8月，为加强青岛至西安铁海联运进出境集装箱专列及货物的监管，青岛海关、西安海关共同制定下发《青岛海关、西安海关关于加强对青岛至西安铁海联运进出境集装箱及其货物管理的规定》，对中转口岸、货运申报方式、货物运输方式、货运代理企业、办理中转货物的要求、两地海关办理货物中转手续及铁海联运承运人和货运代理的法律责任作出规定。
1998年，为方便外贸企业利用铁路运输安全和价格低的优势，青岛海关同意济南海关自7月1日起开通济南至青岛集装箱铁路运输直通式监管业务，同时出台《青岛海关对8217/8218次济青直通货物运输列车监管办法》。青岛海关发放8217/8218次列车批准证书。济南海关负责济青列车直通货物的进出口实际报关数量的海关统计工作，以及进出口货物舱单核销、查验、放行手续的办理工作。同年，青岛海关监管铁路、公路转关货运量成倍增长，铁路转关货运量23.4万吨，比1997年增加2.5倍；公路转关货运7.7万吨，比1997年增加58倍。
1999年1月，为促进四川地区对外经济贸易的发展，青岛海关、成都海关共同制定《成都海关、青岛海关关于进出口集装箱及其货物转关运输的联系配合办法》，规定由青岛入境通过铁路运至成都关区的进口集装箱及其货物，成都关区通过铁路运至青岛口岸出境的出口集装箱及其货物，除海关总署规定不准办理进出口转关运输及限定口岸办理进出口报关的货物外，其他货物原则上只要符合监管条件的，两地海关均应予以办理进出口集装箱及其货物的转关或中转手续。情况特殊的，由两地海关协商解决。12月，为贯彻中央加快中西部经济发展的战略决策，促进中西部地区企业对外经济贸易发展，青岛海关、银川海关共同制定《青岛海关、银川海关关于转关运输监管业务联系配合办法》。
2000年2月，中国远洋运输（集团）总公司开辟烟台—青岛—日本集装箱班轮航线，青岛海关批准青岛中远集装箱船务代理有限公司利用该航线船舶，开展烟台口岸进出口集装箱货物在青岛的中转业务。3月，为加强对重庆—青岛转关运输货物的监管，青岛海关、重庆海关制定《青岛海关、重庆海关关于转关运输监管的联系配合办法》，对加强青渝之间海铁联运的监管协作，提高转关运输效率，进出口转关运输的监管业务办理，转关运输货物的界定，走私违规案件的查处提出具体配合措施。同月，青岛海关批准山东机械进出口公司、青岛中远国际货运有限公司、山东海丰国际集装箱储运有限公司、中国外运山东公司集装箱储运分公司、青岛东方集装箱实业公司、青岛崂山运输公司、青岛市联运公司集装箱分公司7家公司的部分车辆和驾驶员承运转关运输货物。5月，青岛海关、乌鲁木齐海关共同制定《青岛海关、乌鲁木齐海关直通式转关运输监管的联系配合办法》，就直通式转关运输货物的界定，进出口直通式转关运输监管业务办理作出具体规定。6月，青岛海关同意青岛—郑州海铁联运中转集装箱专列延伸至洛阳，进出口货物到发站为洛阳铁路东站，主管海关为洛阳海关。8月，青岛海关、郑州海关制定《青岛海关、郑州海关关于直通转关运输监管的联系配合办法》。
2001年1月，青岛海关制定《青岛海关对承运转关运输企业的管理办法》，明确层级管理，强调青岛海关的职能管理，对关区承运转关运输货物企业和车辆进行备案；根据海关监管需要，增加企业与海关联网、安装GPS车辆跟踪设备等规定，加强对承运转关运输货物企业的管理。4月1日起，青岛海关决定在青岛至淄博间开展口岸直通业务，同意淄博外运国际集装箱场站和淄博联进国际集装箱场站作为直通场站。7月，青岛海关批准德州海关、泰安海关实施直通式监管。同月，按照现代海关信息化管理系统的原则和要求，借鉴长江流域快速通关系统的做法，青岛海关、重庆海关制定《青岛海关、重庆海关关于转关运输监管的联系配合办法》。8月1日起，《青岛海关对关区口岸直通进出口货物的监管办法》正式实施，按照《青岛海关物流监控方案》要求，对直通货物场站实行计算机联网，安装闭路电视监控系统、电子闸门、电子地磅等设施；对承运直通货物的车辆安装GPS（全球定位系统，GlobalPositioningSystem的简称）车辆跟踪设备进行监管。8月，青岛海关同意潍坊海关开展潍坊市公路二类开放口岸进出口货物实行直通式运输集中监管业务，潍坊国际集装箱货运站为直通场站。9月30日，海关总署发布《中华人民共和国海关关于转关货物的监管办法》，自10月15日起实施，原《中华人民共和国海关广东地区陆路转关运输货物监管办法》《中华人民共和国海关关于长江沿线进出口转关运输货物监管办法》和《中华人民共和国海关关于转关运输货物的监管办法》同时废止。新的《监管办法》放宽对转关的限制，除以下商品外，其他均可办理转关手续：汽车整车(包括整套散件及二类底盘)，消耗臭氧层物资、化学武器关键前体、可制作化学武器的化学品、化学武器原料、易制毒化学品等，动物废物、冶炼渣、木制品废料、纺织品废物、贱金属及其制品的废料、各种废旧五金、废电机、废电器产品、废运输设备、废塑料、碎料及下脚料，国家检验检疫部门规定必须在口岸检验检疫的商品。
图1-5 2001年9月，青岛海关为承运直通货物的车辆安装GPS车辆跟踪设备
2002年，青岛海关驻邮局办事处与青岛保税区海关进出境快件直通业务开通，进出境快件转关由原来的邮局、保税区两地二次申报减少为一地一次申报，减少单据转移、运输提货等实际物流环节，节省企业往返时间，降低企业成本。
2003年8月，青岛海关实现与上海浦东国际机场海关出口快件的快速转关，使出口快件的通关速度进一步提升，山东境内通过上海转往美国的快件可在1日内到达。至2003年，青岛海关已与全国十几个空港海关（办事处）有进出口转关业务，与首都机场海关、上海浦东国际机场海关、广州白云机场海关的转关业务量最多，转关货运量占关区空运转关货运总量的96%。进出口转关路线主要为北京—青岛、北京—济南、北京—烟台、上海—青岛、上海—济南、广州—青岛等。
2004年，青岛海关同意中远集装箱运输有限公司利用本公司国际航行船舶开展烟台港—前湾港之间的集装箱国内中转业务，由黄岛海关、烟台海关按照《黄岛海关与烟台海关海运直通业务操作规范》进行监管。
2005年5月，青岛海关同意莱州宇通国际货运代理有限公司集装箱场站开展莱州—黄岛的口岸直通业务，同意枣庄华润纸业有限公司采用直通模式进口企业生产自用废纸。8月，青岛海关同意兖州太阳纸业有限公司采用直通模式进口企业生产自用废纸。12月，青岛海关同意泰安山东泰和东新股份有限公司采用直通模式进口企业生产自用废纸。同年，青岛海关监管进口转关运输货物215万吨，出口转关运输货物129万吨，接收转关货物申报单13.4万份，监管直通货物7.1万标箱。
