改革开放后，国家陆续出台一系列关税优惠政策，但随着对外开放的进一步扩大和社会主义市场经济体制逐步建立，许多优惠政策已不适应国际惯例和市场经济要求。1993年下半年，国务院停止临时减免税。1994—1998年，国家采取“一次清理，分步到位”的做法，先后对特定减免税政策进行四次较大调整，对一些不符合国际通行规则的关税优惠政策逐步取消，对符合国际惯例的关税优惠予以完善和发展。通过调整，减免税数额大于征税数额的局面逐步改变。
1993—2005年，青岛海关减免税业务主要包括法定减免税、特定减免税和临时减免税。青岛海关根据《中华人民共和国海关法》《中华人民共和国进出口关税条例》以及其他法律、法规实行法定减免税；根据国家政治、经济政策的需要，对特定地区、特定用途、特定企业的进出口货物，按照国务院制定的减免税规定实行特定减免税；按照国务院的规定，根据某个时期或某批进出口货物的特殊情况和需要实行临时减免税。
1993—2005年青岛海关减免税业务主要适用范围一览表
表2-22
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┃ 减免税 │ 适用范围 ┃
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┃ 法定减免税 │无商业价值的广告品和货样；外国政府、国际组织无偿赠送的物资；在海关放行前遭受损坏或┃
┃ │损失的货物；规定数额以内的物品；法律规定减征、免征关税的其他货物、物品；中华人民共┃
┃ │和国缔结或者参加的国际条约规定减征、免征关税的货物、物品等 ┃
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┃ 特定减免税 │经济特区进口货物；沿海经济开放区进口设备；企业技术改造进口设备；中外合资（合作）、┃
┃ │独资经营企业进口设备；补偿贸易和加工装配进口设备；利用外资、侨资建造旅游宾馆进口货┃
┃ │物；科教用品等 ┃
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┃ 临时减免税 │由于国别政策或经济体制的变化等政策方面的原因造成经营亏损或税负过重的；进口用于救灾┃
┃ │的；税则税率明显不合理，但一时又难调整，造成税负过重的；其他特殊原因，需要国家给予┃
┃ │专门照顾或扶持的 ┃
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1993年12月，根据国务院、海关总署对捐赠进口物资加强管理的要求，青岛海关制定《青岛海关对捐赠进口物资审批管理操作规程》，明确许可证管理物资、大额进口物资的审批权限及批文审核等。各隶属海关按照各自分管辖区对捐赠进出口物资进行审批管理，具体权限包括：1.进口许可证管理的物资，每批价值在到岸价格30万元以下的。2.不属进口许可证管理的物资，每批价格在到岸价格100万元以下的。3.对超出上述限值的捐赠进口物资，现有各隶属海关写出具体调查报告及征免税意见，报青岛海关审批后，凭批复办理捐赠进口物资的审批手续。
1993年，经海关总署特准，青岛海关对山东三山岛金矿进口设备备件、中国黄金总公司进口氢化钠、国家工商行政管理局进口防刺布、德州棉纺织厂引进设备、山东省烟台海运总公司进口货轮、中国石化总公司进口石脑油、商业部进口原糖等十几家企业和单位进口货物和物资减征关税和进口环节增值税；对青岛纺织机械厂、青岛电站阀门厂、山东塑料机械厂引进技术费用免税；对平度市职教中心、菏泽地区海外联谊会、黄岛电厂、黄海水产研究所、山东大学、中科院青岛海洋研究所等单位接受国外捐赠的车辆和科研设备免税。为帮助国有大中型企业摆脱濒于解体的困境，青岛海关为中国轻骑摩托车集团总公司免征进口摩托车发动机关键部件所欠税款2026万元。为支持青岛新闻事业发展，青岛海关为青岛日报社进口新闻纸、铜版纸5000吨减免关税及增值税607万元；为大众日报社进口新闻纸2000吨减免税。青岛海关为农业部青岛培训基地进口用于农产品出口的钢材4000吨减免关税及代征税。年内，青岛海关共办理减免税36.01亿元。
1994年5月16日，海关总署下发《关于贯彻国务院严格控制减免进口税加强税收征管工作的通知》，要求各地海关对各地区、各部门向海关申请或要求海关转报的临时减免税事项，一律不得受理和转报，并做好解释工作。当年，经海关总署批准，青岛海关对日本航海协会执行主席捐赠的摩托艇竞赛挂机、挪威政府提供的船用备件及渔需物资免税验放，对日照港进口混凝土泵车、胜利油田进口二手油船、青岛纺机厂专项引进纺织机械散件和关键件、荣成市教委接受捐赠的电子计算机给予免税，对中日合作煤炭资源新勘探技术试验项目日方无偿提供的设备给予免税验放，对青岛武警部队进口消防车、济南第一机床厂进口万能铣床、海尔集团进口激光成型系统等免税验放。年内，青岛海关共办理减免税47.39亿元。
1995年，青岛海关严格减免税审批，及时催缴欠税，对易货贸易、远洋渔业、国家旅游度假区等减免税政策先后制定和完善监管制度。对易货贸易实行登记核销表管理，对国家旅游度假区进口的免税货物实行特别登记制度，有效掌握了区内免税货物的流向与使用情况。经海关总署批准，青岛海关为青岛经济技术开发区、胜利石油管理局、济南铁路局等单位利用世界银行贷款项目进口的设备及施工车辆办理进口关税及代征税减免手续，对潍坊化工厂、临沂矿务局、淄博矿务局、齐鲁石化公司接受国外援助项目进口设备，淄博市中心医院接受捐赠诊疗车及教学设备给予免税验放。年内，青岛海关共办理减免税35.91亿元。
1996年，经海关总署批准，青岛海关为接受国外无偿援助的潍坊柴油机厂技校、兖州矿业集团、山东大学威海分校、国家海洋局等单位进口的设备仪器等予以免税验放。对青岛海信集团、海尔集团等企业享受国家优惠政策的企业技术中心进口的研究开发技术设备予以免税。年内，青岛海关共办理减免税61亿元。
1997年4月10日起，青岛海关执行海关总署《科学研究和教学用品免征进口税收暂行规定》。根据《规定》，国务院部、委、直属机构和省、自治区、直辖市、计划单列市所属专门从事科研开发的机构、国家教委承认学历的大专以上全日制高等院校及财政部会同国务院有关部门批准的其他科研开发机构和学校，不以营利为目的，在合理数量范围内进口国内不能生产的科学研究和教学用品，直接用于科学研究或者教学的，免征进口关税和进出口环节增值税、消费税。
1998年，青岛海关办理各类减免税1.2万份，减免税款40.3亿元。主要减免税项目是外商投资企业、国内投资项目、利用国外贷款、科教用品、远洋渔业、海陆石油、“双限”（限定用途、限定数量）内部暂定税率等，其中外商投资项目进口设备减免税列第一位。经海关总署批准，青岛海关为青岛中永建筑装饰工程有限公司、青岛恒丰集装箱冷冻设备有限公司、淄博泰和公路工程有限公司、泰安阿吉斯管线工程有限公司、山东手扶拖拉机制造厂、青岛市公路管理总段、山东海运总公司、青岛港务局、烟台经济技术开发区医院等进口施工机械办理免税，为平度市职教中心、潍坊柴油机厂技工学校接受德国联邦政府无偿援助的设备，黄海水产研究所、烟台环境监测和信息系统项目接受挪威政府无偿援助的仪器设备，中日合作煤炭资源新勘探技术试验项目日方无偿提供的设备，山东中医药大学“中韩东方医学研究中心”韩方援助设备等办理免税。
1999年，青岛海关办理各类减免税14427份，减免税款32.07亿元。减免税额占前五位的减免税项目是鼓励项目、中外合资、远洋渔业、贷款项目、外商独资，五项共计减免税24.66亿元，占全部减免税额的77%。经海关总署批准，青岛海关为日照市渔业部门与日本水产厅“实施栽培渔业技术合作项目协议”日方无偿提供的仪器设备、兖州矿业集团公司接受日本政府无偿援助用于煤炭工业环保安全技术培训的仪器设备、枣庄矿务局接受日本政府无偿援助用于燃煤泥循环流化床锅炉项目新增设备、平度市职业教育中心接受德国汉斯·塞德尔基金会赠送的教学设备、日本向烟台师范学院赠送的教学钢琴办理免税。青岛海关为日照发电有限公司减免税6.2亿元，该项目系国内第一个无政府担保追索融资项目进口设备，进口设备价值762万美元。
1999年，青岛海关执行《海关总署关于1999年进口粮食、化肥、农膜原料进口环节增值税征免问题的通知》，自1999年1月1日起对进口粮食（小麦、大米、玉米）和农膜原料、渔业用塑料原料、农业水灌管和大化肥包装袋塑料原料恢复征收进口环节增值税。青岛海关执行国家税务总局对饲料进口环节增值税的免税范围进行调整的决定，自1999年7月1日起对豆粕等商品恢复征税。
2000年，青岛海关办理各类减免税13279份，减免税款39.43亿元。减免税额占前五位的减免税项目是鼓励项目、中外合资、海上石油、国批减免、外商独资，五项共计减免税32.42亿元，占全部减免税额的82%。经海关总署批准，青岛海关对青岛海洋大学接受美国亚洲之桥基金赠送的图书资料免征进口环节增值税，为胜利石油管理局勘探、开发特定地域石油所需进口物资办理免税手续。
2001年，青岛海关共办理各类减免税13943份，减免税额55.72亿元。减免税额居前五位的分别为：鼓励项目，减免37.5亿元，占关区减免税总额的67.3%；中外合资，减免3.3亿元，占5.9%；贷款项目，减免3.2亿元，占5.7%；中外合作，减免2.7亿元，占4.9%；国批减免，减免1.8亿元，占4%。经海关总署批准，青岛海关为青岛远洋船员学院引进的教学设备、华能国际电力股份公司进口设备、山东省鲁台交流研究促进会接受捐赠图书办理免税。
2002年6月，为统一关区减免税审批尺度，青岛海关制定《青岛海关减免税审批操作规范》，规定出具《进出口货物征免税证明》（简称《征免税证明》）的项目范围、减免税项目备案管理、《征免税证明》管理等内容。9月，青岛海关根据海关总署《关于对部分进口税收优惠政策进行适当调整的有关事项》，对部分进口税收优惠政策的执行要求进行调整。自2002年10月1日起，对1996年4月1日以前批准的技术改造项目、基本建设项目（含重大建设项目）、外商投资项目(包括外国政府贷款和国际金融组织贷款项目)，在剩余额度内进口商品，执行《国务院关于调整进口设备税收政策的通知》规定的税收政策，单独进口的技术及配套件备件以及建厂（场）和安装、加固机器所需材料不再享受免税。当年，青岛海关共办理各类减免税14156份，减免税货物总值24.3亿美元，减免税款51.2亿元。按征免性质分，减免税额占前五位的分别是：鼓励项目减免38.9亿元，占76.1%；国批减免2.9亿元，占5.7%；中外合资减免2.2亿元，占4.3%；自有资金减免1.5亿元，占2.9%；海上石油减免1.3亿元，占2.6%。上述五项共计减免税46.9亿元，约占全年减免税额的91.5%。经海关总署批准，青岛海关为泰山复合材料厂进口耐火材料作为窑炉的主体设备办理免税，为山东建筑工程学院进口天然气喷射汽车、淄博万杰医院进口医用科研设备等办理免税。
2003年，青岛海关根据《海关总署关于减免税审批授权有关问题的通知》要求，决定自4月1日起将原由直属海关审批的部分减免税项目正式下放给隶属海关自行审批，其中无偿援助、科教用品等15项由各隶属海关自行审批并签发《征免税证明》，技术改造、重大项目等由所在地隶属海关初审报青岛海关终审后签发《征免税证明》。同时，青岛海关将实时监控与定期监控、全面监控与分类监控相结合，加强减免税审批监控。年内，实时监控征免税证明9000余份，发送质疑单44份，防止误免税款300万元，纠正不规范操作23起。定期利用Access数据库开展专项监控，规范和统一了关区减免税审批。年内，青岛海关共办理各类减免税12358份，减免税额57.06亿元。鼓励项目、国批减免、自有资金减免和中外合资项目、中外合作项目占前五位，共计减免税款53.69亿元，占全部减免税额的94.1%。青岛海关为莱芜市百乐污水处理厂“污水处理二期及中水回用工程”、临沂天龙吊车起重有限公司等进口设备办理免税。
2004年，青岛海关共办理各类减免税13823份，货值34亿美元，减免税款68.2亿元。实际利用外资的大幅增长是减免税增长的主要原因。经海关总署批准，青岛海关为山东飞越起重搬运装卸有限公司进口的500吨、200吨伸缩臂全路面移动式起重机，新泰市众诚路桥工程有限公司进口的200吨伸缩臂全路面移动式起重机办理免税。
2005年9月，青岛海关发布支持大项目工作实施方案，大项目是指外资投资总额1亿美元以上、内资投资总额在5000万元以上，属青岛市重点引进的项目。青岛海关对大项目在办理海关减免税业务中给予政策指导、优先审批、快捷通关的便利。青岛海关设立大项目领导小组，组长由青岛海关领导担任，大项目领导小组下设大项目办公室（简称大项目办），由关税处负责。关税处减免税科负责大项目办的日常工作，指定专人担任青岛地区大项目客户服务联络员，与项目单位建立一对一的联系服务机制。当年，青岛海关建立减免税后续核查考评指标，及时分析通报高风险企业和商品类别，引导现场重视和加强减免税后续核查，关区共查发违规企业164家。年内，共办理各类减免税13622份，货值40.9亿美元，减免税款78.3亿元。