20世纪90年代中期，山东省进出口贸易持续迅猛增长，传统的海关业务管理体制和通关管理模式已无法适应新形势的需要。青岛海关把通关作业改革作为建立现代海关制度的中心环节和突破口，在关区范围内推广实施一系列改革。进入21世纪，青岛海关先后启动实施EDI（电子数据交换）无纸通关、“属地申报、口岸验放”“即报即放、先放后税”等新的通关模式，严密海关监管，提高通关效率，促进对外贸易发展。
1996年，青岛海关从建立现代海关制度的高度考虑，根据青岛口岸的实际情况，重新设计通关作业流程，形成审单、查验、稽查、调查多层次的监管格局。在实施过程中，破除不能适应形势发展的习惯做法，明确责任，简化手续，强化各业务环节之间的衔接。按工作量安排工作岗位，按岗位要求安排人员，达到精简、高效的要求。主要内容包括：1.按照进出口货物流向和通关顺序，实施分向、分段管理。将原有的通关作业流程分为审单征税和查验放行两大部分。把监管一处和保税处所担负的审单、征税等工作合并，成立审单中心，重点解决“单货相符”问题。审单中心下设进口审单科和出口审单科，分别负责青岛港进出口货物的接受申报、征税等工作。监管一处与保税处所担负的查验放行、舱单确认等工作移交新成立的查验中心，并由查验中心解决“单货相符”问题。2.改革单据运转流程，实行“体内”和“体外”循环相结合的方法。将审单作业流程所实行的“体外循环”改为“体内循环”，解决报关排长队问题。实行主要以“双人工作制”为核心的岗位责任制，做到职责明确，责任清楚。审单完成后，采用“体外循环”方式，由报关员负责将报关单交查验中心放行。3.改革长期以来监管、征税、统计等海关业务环节分工分家、各自为政、相互脱节的传统做法，实行所有现场人员兼职和定期交流的制度，培养关员向“一专多能”方向发展。既减少工作环节，节约人力，又能促使关员提高自身素质。4.加强内部管理，实行内部单证作业限时制，避免压单现象，加快通关速度。报关大厅里设置多媒体电脑，发布信息或介绍海关工作流程，接受申报窗口挂标志牌，注明编号等。5.建立与报关企业定期座谈的制度，及时听取报关单位的意见，接受报关企业的投诉，接受社会监督。并根据反馈信息，及时改进工作，提高通关速度和通关质量。
1996年8月31日，青岛海关审单中心、查验中心整合办公机构，进行模拟试运转。
1998年4月1日起，通关作业改革系统正式运行，7月10日后运行范围扩大到青岛关区80%的业务现场，先后移植和运行进出口结关系统，完成10台电子地磅的安装，自行开发了集装箱管理系统并与各场站联网。在各口岸码头、机场等监管区域加大监管力度，提高了在港货物的查验率，在海关监管区实行24小时巡查监控制度，创造了良好的通关环境，提高了监管质量。
1999年8月，青岛海关完成通关业务集中处理工作，率先在全国海关系统运行H883/EDI5.0系统。8月9日，青岛关区21个海关、30个业务现场全面运行H883/EDI5.0系统，青岛口岸除空港外全部实行通关业务集中处理，通关作业改革取得阶段性成果。
2001年，青岛海关努力营造既严密监管又高效运作、既依法行政又宽松快捷的通关环境，推行一系列改革，主要内容包括：1.成功推行无纸通关改革。3月1日正式运行至年底，共批准无纸通关企业336家，年内近3万票无纸通关货物顺利通关，平均通关时间仅2.18小时，通关效率较有纸方式提高62.5％。2.稳步推行“信用通关”制度。逐步把海关监管从“以货物为单元”的逐票式管理向“以企业为单元”的信誉式管理转变，通过开展企业稽查、贸易调查和市场调查，对企业进出口行为进行纵向、横向比对分析等，全面掌握其进出口、纳税和守法情况等信息，健全企业守法评估体系和分类管理办法，采取各种激励和约束机制，引导企业守法自律，最终让守法者获得最大便利。3.实施“电子监控”改革。开发青岛海关电子闸口管理系统，于6月17日正式启用，将集装箱自动识别、视频监控和电子地磅等科技装备有机整合和集成，实现对进出境货物的实时监控和自动比对放行，将严密监管与高效运作有机结合。4.推行快速通关和网上付税改革。口岸快速通关系统依托现代科技手段，在实现海关、商检、港务、船代等部门计算机联网的基础上，通过实行货到前传输、申报有关单据，海关提前介入审单、征税，货到后快速放行和后续稽查等一系列工作机制，将海关监管手续尽可能前置或后移，最大限度地减少货物在监管场所的滞留时间。“网上付税”是通过企业、海关和银行的联网，使企业能够直接在网上向银行发布支付税费指令，银行按指令划转税费，海关凭银行信息办理通关手续。10月19日，口岸快速通关和网上付税系统正式启用。
2001年，根据国务院办公厅《关于做好口岸电子执法系统推广工作的通知》和海关总署、对外贸易经济合作部、国家税务总局、国家工商行政管理局、国家外汇管理局、国家质量技术监督局六部门《关于在全国范围内对口岸电子执法系统入网用户进行资格审查的通知》精神，青岛海关完成口岸电子执法系统在山东地区的推广工作。口岸电子执法系统的推广应用是国务院部署的一项重要任务，是实施“电子政府”“电子口岸”和“电子商务”工程、实现进出口业务信息化、现代化管理的重大举措。山东省口岸电子执法系统推广工作自2001年5月17日起，至6月10日止，历时25天。青岛海关与山东省对外经济贸易合作厅、山东省外汇管理局等部门联合对用户入网资格集中审查，共制发法人卡4373张、操作员卡5118张，列全国海关各制卡分中心制发法人卡量第3名。受理电话咨询4000余次、现场咨询1800余次，完成推广口岸电子执法系统基础工程任务。
图1-25 2001年6月，青岛海关设在山东电子口岸联合办公现场的服务窗口
2002年1月，青岛海关成立青岛海关无纸通关领导小组和青岛海关无纸通关工程组，聘请海关总署通关管理司司长和中国电子口岸数据中心主任为青岛海关无纸通关高级顾问。青岛海关是海关总署确定的第一批试点无纸通关的4个海关之一。
2002年，青岛海关推动“大通关”战略实施。成立“大通关”领导小组，推出“快速通关”模式，实现舱单提前传输、企业提前申报、海关提前审征、货物到港后快速验放，将实施“大通关”战略提升到一个新的高度。2002年，青岛海关出口平均通关时间为5.6小时，较2001年减少近2小时，当日放行率达到93%，通关效率在直属海关名列前茅。当年，青岛海关先后推出60家便捷通关企业，便捷通关是海关对大型高新技术生产企业实施一系列的简便措施，主要包括提前报关、联网报关、加急通关、快速转关、上门验放、担保验放等。其中，提前报关是进口货物启运后抵港前、出口货物运入海关监管场所前，在能够确定货物有关申报项目的情况下，提前办理报关手续；联网报关是应用中国电子口岸平台，企业在办公地点向海关申请办理报关手续；加急通关是海关设立便捷通关窗口，对货物实行优先审核、优先办理验放手续；快速转关是除国家指定进出口口岸的货物外，应请求可在境内不同口岸进出口的货物，海关优先办理快速转关运输手续；上门验放是对不便在通关现场查验的货物，海关可应请求派员到货物所在地结合装卸或者生产环节实施查验；担保验放是特殊情况下企业凭担保书并填制“进（出）口货物担保验放清单”，向海关申请先行办理货物验放手续。
图1-26 2002年3月14日，青岛海关出口无纸通关签字仪式在青岛市举行
2003年，围绕“大通关”中心工作，青岛海关整合通关作业改革。1.加大“无纸通关工程”建设力度，继续推进网上支付、出口无纸通关改革，全面提升山东口岸通关的电子化水平。2.采取措施整合无纸通关、便捷通关、快速通关等改革项目，发挥项目集合优势，以更加顺畅的作业通道降低企业通关成本。3.加大各项改革措施的宣传推广力度，利用现场讲授等方式，使更多企业不仅了解海关各项改革措施，更能灵活运用并充分享受改革带来的优惠。4.提高通关服务质量，坚持通关应急热线和首问负责制，及时解决企业通关疑难问题，进一步营造良好通关环境。
2003年12月20日，青岛海关正式启动H2000系统试点推广各项准备工作，2004年1月2日进行第一批试点单位大港海关(筹)和滨州办事处的系统切换，2004年第一季度完成H2000系统在青岛关区的切换。H2000系统是海关总署统一开发、维护的计算机网络应用程序，以数据库为核心存放通关管理业务的管理参数信息、进出口企业信息、物流信息、关税信息、统计信息等电子数据，实现全国海关信息共享和报关数据处理的通关作业信息化管理平台。H2000系统的应用是推进和完善通关作业改革的重大措施，是建立“电子海关”“电子总署”的重大突破，也是推进现代海关制度建设的重大步骤。
图1-27 2003年5月，青岛关区企业进行无纸通关操作
2004年上半年，青岛海关在山东部分内陆海关推行“属地报关、口岸验放”的通关模式。在青岛前湾港进出口的货物，内陆企业可在属地（注册地）海关报关并提交纸质报关单证，由黄岛等口岸海关负责实货验放。为适应聊城、菏泽广大企业对实施“属地报关、口岸验放”的迫切需求，决定把聊城、菏泽作为试点地区试行“属地报关、口岸验放”的通关模式。
2004年5月，山东省政府与海关总署正式签署合作建设山东电子口岸备忘录，山东电子口岸建设正式启动，山东省政府授权青岛市政府，海关总署授权中国电子口岸数据中心和青岛海关具体推动和建设山东电子口岸。青岛海关与青岛港就“关港联网”达成协议，并完成闸口与放行信息联动等系统；与青岛市国税局实现增值税电子数据交换；与青岛保税区管委会就基于山东电子口岸共建“青岛数字保税区”共同组建系统建设领导小组和工作组，正式立项。青岛海关制定山东电子口岸建设分三步走的发展规划。第一步是山东电子口岸实体平台建设阶段，建设以口岸电子执法系统为核心，业务结构、技术结构、组织结构合理协调高效运作的山东电子口岸实体平台。第二步是山东口岸统一大通关信息平台建设阶段，构建口岸各单位间互联互通、信息共享机制，建立山东口岸统一大通关信息平台。第三步是口岸综合管理服务阶段，实现口岸风险式管理，优化口岸环境，提高口岸效率，完全实现口岸大通关建设目标。截至2004年底，青岛海关利用山东电子口岸作业的出口无纸通关报关单12万余票，占直属海关出口无纸通关总量的57%，居直属海关第一位；网上付税额近90亿元，占直属海关系统总额的近50%，居直属海关第一位。
5—9月，配合大通关业务改革，山东电子口岸与山东地区53家预录入企业、148家加工贸易企业、59家保税仓库、95家船代企业、917家进出口企业、23家监管场所进行联网。电子口岸包括五大平台：1.综合信息服务平台，以手机短信、网页浏览等方式实现放行信息预订以及报关单、通关单等通关数据的在线查询。2.门户网站平台，实现客户在线服务、信息发布、网上调查、流量统计等功能。3.物流信息平台，实现舱单联网申报，实现“有纸报关、无纸放行”通关模式，实现空运货物提前报关。4.数据交换平台，整合IBM公司MQ传输系统、AMTRIX平台和自主开发的3种传输技术，建成完整、安全、稳定的数据传输体系。5.基础管理平台，包括数据认证与交换、会员管理、安全审计、参数配置等。
电子口岸提供两类服务：1.为口岸执法单位提供口岸电子执法服务，包括外汇核销单、加工贸易联网监管、出口退税等10余项内容；2.为进出口企业提供联网申报服务，包括电子口岸报关单申报、减免税申报等内容。服务吸引2万余家企业入网，方便了企业通关。
2005年，青岛海关优化海关监管资源配置，科学设置海关通关作业模式，成立关区通关监管改革工程组，按照“提前申报、电子放行、闸口验放”的思路，制定《青岛口岸海运通关监管改革方案》，5月8日起在青岛口岸正式实施。《方案》主要包括取消出口凭有货信息申报限制、实行出口货物提前报关、闸口实货放行、“点到点”物流闭合监管、建立选择查验机制、引入非侵入式查验、关港数据联网、物流信息共享等内容。9月，青岛海关制定《“即报即放、先放后税”通关模式实施方案》，自10月10日起在青岛关区对首批海关诚信企业实施。《方案》规定：对诚信企业的报关单，除风险测量和必须查验的商品外，海关在办理担保验放手续时不予布控查验，径予放行；诚信企业在办理担保验放手续时，如确已领取许可证件，因特殊情况不能在办理担保验放手续时提交的，可以凭出具的注有许可证件编号的保证函放行货物；诚信企业实行关区统一的信用审价作业和归类预审核制度，审单关员认为企业申报的归类、价格确有疑问的，要在报关单正常放行后，在青岛海关风险识别系统中填写《风险识别单》，由风险防控中心纳入总体风险防控计划和风险测量计划统一处置。
