1995年10月1日起执行的《青岛海关稽查工作规范》规定，青岛海关专项稽查是针对某一类企业或某一类商品或企业的某种行为所进行的定向稽查，目的是了解和掌握某一类企业、某一种商品或企业的某种行为的具体情况，以便根据海关管理的要求，采取相应的监控对策。同年，青岛海关稽查工作步入正轨，开始开展对重点、敏感商品的专项稽查。青岛海关确定钢材、棕榈油、原（白）糖、塑料、皮革、化纤布、纸及纸板、汽车零件为重点商品，对进出口不平衡，备案合同数量与加工能力不协调，异地结转加工，以及资信差、有前科或有情报线索的企业进行重点稽查。
1996年，青岛海关制订《1996年度重点敏感商品专项稽查计划》，对羊毛、食用油、氧化铝、化纤、摩托车发动机、钢材等商品进行专项稽查，稽查企业680余家，稽查补税7205万元。
1997年，青岛海关加大稽查补税力度，对钢材、塑料原料、纸张、葡萄酒、皮革等进行专项稽查，稽查补税6778万元。
1998年，青岛海关在对1997年一般贸易进口香蕉重点稽查中，查发青岛某粮油进出口公司进口的菲律宾产香蕉7001.3吨，龙口市某对外贸易公司进口的菲律宾产香蕉7815.8吨、厄瓜多尔产香蕉38656.1吨，山东省某日用百货进出口公司进口的菲律宾产香蕉1633.5吨，烟台某食品进出口公司进口的菲律宾产香蕉458.5吨分别低报价格，根据海关总署审价办公室意见予以补税。
1999年，青岛海关对山东某航空公司进口航空器材申报不实案进行专项稽查，查发该航空公司1996年以租赁方式进口B737-300民用客机一架，其随附进口的航空器材一批未向海关申报，追补未申报货物的税款3328942.56元，并罚款68万元。当年，青岛海关对关区加工贸易项下进口聚酯切片、化学纤维长丝、短纤等重点商品进行专项稽查，共稽查企业56家，涉及化学纤维10.1万吨、聚酯切片1.6万吨，总值1.14亿美元，查发走私违规案件4起，案值1056.6万元，追补税款486.39万元，查扣涉嫌走私货物聚酯切片1064吨，征收保证金134万元。
2000年，青岛海关对加工贸易项下进口肉食鸡、冻鸡腿、冻鸡翅8428吨开展专项稽查。对关区税额在10万元以上的进口报关数据与海关总署的价格资料进行比对分析，确定葡萄酒、纸张等作为重点商品，共稽查葡萄酒2242193升，纸张23065吨，追补税款196万元，移送走私犯罪侦查局案件2起，案值713.3万元。
2001年，青岛海关对烟台某有限公司1999—2001年加工贸易项下进口精铜矿砂109210吨进行专项稽查，除补税内销的产品外，未发现内销保税进口原料等情况。
2002年5—8月，青岛海关对关区88家企业开展专项稽查，共查发27家企业有违规事实，对18家企业稽查补税，补税金额4127万元，立案1起，案值3016万元。根据海关总署部署，青岛海关先后对关区内进口天然橡胶、棉花、PET废塑料的部分重点企业开展专项稽查，同时结合风险管理处提出的风险商品清单，在关区范围内开展对进口山毛榉、沥青摊铺机等商品的专项稽查工作。青岛海关对海关总署列名的青岛某工业集团股份有限公司等5家加工贸易进口天然橡胶企业稽查，稽查进口天然橡胶181537.735吨，查发企业天然橡胶加工轮胎高报单耗及料件串换等违规情况。
2003年，青岛海关组织对包括废塑料、氧化铝、集装箱生产企业、深加工结转等在内的9项专项稽查活动，涉及企业340家，涉税1.02亿元。4—6月，根据海关总署调查局《关于对加工贸易生产集装箱的部分企业开展专项稽查的通知》要求，青岛海关对青岛某集装箱制造有限公司和青岛某集装箱工程有限公司进行专项稽查，查发青岛某集装箱工程有限公司擅自将154.19吨进口保税钢板和22.42吨保税钢材下脚料转让给中国第一汽车集团青岛汽车厂，青岛海关作出责令补缴关税并处罚3万元的行政处罚决定。5月，为规范关区冷冻海水产品企业的经营行为，青岛海关在关区范围内组织开展对加工贸易进口、生产冷冻海水产品的专项稽查工作。共稽查企业237家，重点稽查122家，查发56家存在问题，稽查查获率45.9%，补税入库333万元。此次稽查还验证风险管理部门提出的加工贸易鳕鱼备案单耗偏高、下脚料内销补税不规范等问题，为风险管理的绩效评估提供了有力支持。7月1日起，《特许权使用费估价办法》实施。青岛海关积极组织开展对特许权使用费的专项稽查，查发青岛某电子有限公司进口按键模具未将技术开发费3.86万美元计入完税价格，予以补税3.33万元。查发青岛朗讯科技通讯设备有限公司与美国朗讯科技公司签订技术转让协议，未将一次性支付的400万美元入门费及产品销售净额的2.5%（连续支付10年）计入完税价格情况，经合理分摊，2002年应补税款70余万元。
7月7日至9月5日，青岛海关对部分进口和使用减免税货物的企业、单位开展专项稽查，对海关总署通知列名的6家企业、单位以及青岛海关自行确定的18家企业进行专项稽查，共查获各类情况8起，稽查查获率33.3%，涉税2124万元，移交调查案件1起，案值5922万元，涉税1600万元。9月，青岛海关开展为期5个月的反价格瞒骗专项稽查，共查获走私违规案件15起，案值3185万元，其中移送缉私部门嫌疑案件13起，案值3005万元。
2004年，青岛海关继续将特许权使用费稽查作为价格稽查的重点，对海信CDMA手机、通用（GE）彩色超声波诊断仪等进行专项价格稽查，对已支付的特许权使用费稽查补税1018万元，主动申报补税127万元。
2005年，青岛海关围绕山东省主要税源商品，对17家进口大豆企业、11家进口非针叶木浆企业以及进口牛皮卡纸的企业开展专项稽查。非针叶木浆专项稽查未查发问题；大豆专项稽查共查发各类情况7起，涉税共约2029.98万元，其中涉嫌价格申报不实等情况共5起，涉税约1701万元，查发追补税2起，涉税约328.98万元；牛皮卡纸专项稽查查发错误归类情况19起，涉税283.22万元，补征入库18.71万元。
同年，青岛海关以加工贸易内销补税环节的复合橡胶、牛皮等作为重点商品，确定对山东省内59家企业和海关总署稽查司指定的11家企业开展专项稽查，查发各类情况26起，涉及税款8081万元，查获率37.14%。其中，应补税23起，涉及税款6205万元，全部补征入库；查发涉嫌走私违规3起，涉税1876万元。主要有日照某橡胶有限公司涉嫌高报单耗将保税产品在国内倒卖，涉税约104万元；青岛某塑料有限公司涉嫌以多报少出成品方式倒卖保税料件，涉税1594万元。青岛海关对海关总署指定的彩色超声波诊断仪、乳糖、聚乙烯、集成电路、废五金、旧机床6种商品进行稽查，查发1起进口集成电路因特殊关系影响成交价格，估价补税0.3万元。
第二节 专项稽查
1995年10月1日起执行的《青岛海关稽查工作规范》规定，青岛海关专项稽查是针对某一类企业或某一类商品或企业的某种行为所进行的定向稽查，目的是了解和掌握某一类企业、某一种商品或企业的某种行为的具体情况，以便根据海关管理的要求，采取相应的监控对策。同年，青岛海关稽查工作步入正轨，开始开展对重点、敏感商品的专项稽查。青岛海关确定钢材、棕榈油、原（白）糖、塑料、皮革、化纤布、纸及纸板、汽车零件为重点商品，对进出口不平衡，备案合同数量与加工能力不协调，异地结转加工，以及资信差、有前科或有情报线索的企业进行重点稽查。
1996年，青岛海关制订《1996年度重点敏感商品专项稽查计划》，对羊毛、食用油、氧化铝、化纤、摩托车发动机、钢材等商品进行专项稽查，稽查企业680余家，稽查补税7205万元。
1997年，青岛海关加大稽查补税力度，对钢材、塑料原料、纸张、葡萄酒、皮革等进行专项稽查，稽查补税6778万元。
1998年，青岛海关在对1997年一般贸易进口香蕉重点稽查中，查发青岛某粮油进出口公司进口的菲律宾产香蕉7001.3吨，龙口市某对外贸易公司进口的菲律宾产香蕉7815.8吨、厄瓜多尔产香蕉38656.1吨，山东省某日用百货进出口公司进口的菲律宾产香蕉1633.5吨，烟台某食品进出口公司进口的菲律宾产香蕉458.5吨分别低报价格，根据海关总署审价办公室意见予以补税。
1999年，青岛海关对山东某航空公司进口航空器材申报不实案进行专项稽查，查发该航空公司1996年以租赁方式进口B737-300民用客机一架，其随附进口的航空器材一批未向海关申报，追补未申报货物的税款3328942.56元，并罚款68万元。当年，青岛海关对关区加工贸易项下进口聚酯切片、化学纤维长丝、短纤等重点商品进行专项稽查，共稽查企业56家，涉及化学纤维10.1万吨、聚酯切片1.6万吨，总值1.14亿美元，查发走私违规案件4起，案值1056.6万元，追补税款486.39万元，查扣涉嫌走私货物聚酯切片1064吨，征收保证金134万元。
2000年，青岛海关对加工贸易项下进口肉食鸡、冻鸡腿、冻鸡翅8428吨开展专项稽查。对关区税额在10万元以上的进口报关数据与海关总署的价格资料进行比对分析，确定葡萄酒、纸张等作为重点商品，共稽查葡萄酒2242193升，纸张23065吨，追补税款196万元，移送走私犯罪侦查局案件2起，案值713.3万元。
2001年，青岛海关对烟台某有限公司1999—2001年加工贸易项下进口精铜矿砂109210吨进行专项稽查，除补税内销的产品外，未发现内销保税进口原料等情况。
2002年5—8月，青岛海关对关区88家企业开展专项稽查，共查发27家企业有违规事实，对18家企业稽查补税，补税金额4127万元，立案1起，案值3016万元。根据海关总署部署，青岛海关先后对关区内进口天然橡胶、棉花、PET废塑料的部分重点企业开展专项稽查，同时结合风险管理处提出的风险商品清单，在关区范围内开展对进口山毛榉、沥青摊铺机等商品的专项稽查工作。青岛海关对海关总署列名的青岛某工业集团股份有限公司等5家加工贸易进口天然橡胶企业稽查，稽查进口天然橡胶181537.735吨，查发企业天然橡胶加工轮胎高报单耗及料件串换等违规情况。
2003年，青岛海关组织对包括废塑料、氧化铝、集装箱生产企业、深加工结转等在内的9项专项稽查活动，涉及企业340家，涉税1.02亿元。4—6月，根据海关总署调查局《关于对加工贸易生产集装箱的部分企业开展专项稽查的通知》要求，青岛海关对青岛某集装箱制造有限公司和青岛某集装箱工程有限公司进行专项稽查，查发青岛某集装箱工程有限公司擅自将154.19吨进口保税钢板和22.42吨保税钢材下脚料转让给中国第一汽车集团青岛汽车厂，青岛海关作出责令补缴关税并处罚3万元的行政处罚决定。5月，为规范关区冷冻海水产品企业的经营行为，青岛海关在关区范围内组织开展对加工贸易进口、生产冷冻海水产品的专项稽查工作。共稽查企业237家，重点稽查122家，查发56家存在问题，稽查查获率45.9%，补税入库333万元。此次稽查还验证风险管理部门提出的加工贸易鳕鱼备案单耗偏高、下脚料内销补税不规范等问题，为风险管理的绩效评估提供了有力支持。7月1日起，《特许权使用费估价办法》实施。青岛海关积极组织开展对特许权使用费的专项稽查，查发青岛某电子有限公司进口按键模具未将技术开发费3.86万美元计入完税价格，予以补税3.33万元。查发青岛朗讯科技通讯设备有限公司与美国朗讯科技公司签订技术转让协议，未将一次性支付的400万美元入门费及产品销售净额的2.5%（连续支付10年）计入完税价格情况，经合理分摊，2002年应补税款70余万元。
7月7日至9月5日，青岛海关对部分进口和使用减免税货物的企业、单位开展专项稽查，对海关总署通知列名的6家企业、单位以及青岛海关自行确定的18家企业进行专项稽查，共查获各类情况8起，稽查查获率33.3%，涉税2124万元，移交调查案件1起，案值5922万元，涉税1600万元。9月，青岛海关开展为期5个月的反价格瞒骗专项稽查，共查获走私违规案件15起，案值3185万元，其中移送缉私部门嫌疑案件13起，案值3005万元。
2004年，青岛海关继续将特许权使用费稽查作为价格稽查的重点，对海信CDMA手机、通用（GE）彩色超声波诊断仪等进行专项价格稽查，对已支付的特许权使用费稽查补税1018万元，主动申报补税127万元。
2005年，青岛海关围绕山东省主要税源商品，对17家进口大豆企业、11家进口非针叶木浆企业以及进口牛皮卡纸的企业开展专项稽查。非针叶木浆专项稽查未查发问题；大豆专项稽查共查发各类情况7起，涉税共约2029.98万元，其中涉嫌价格申报不实等情况共5起，涉税约1701万元，查发追补税2起，涉税约328.98万元；牛皮卡纸专项稽查查发错误归类情况19起，涉税283.22万元，补征入库18.71万元。
同年，青岛海关以加工贸易内销补税环节的复合橡胶、牛皮等作为重点商品，确定对山东省内59家企业和海关总署稽查司指定的11家企业开展专项稽查，查发各类情况26起，涉及税款8081万元，查获率37.14%。其中，应补税23起，涉及税款6205万元，全部补征入库；查发涉嫌走私违规3起，涉税1876万元。主要有日照某橡胶有限公司涉嫌高报单耗将保税产品在国内倒卖，涉税约104万元；青岛某塑料有限公司涉嫌以多报少出成品方式倒卖保税料件，涉税1594万元。青岛海关对海关总署指定的彩色超声波诊断仪、乳糖、聚乙烯、集成电路、废五金、旧机床6种商品进行稽查，查发1起进口集成电路因特殊关系影响成交价格，估价补税0.3万元。