青岛海关的报关注册管理始于1985年，根据海关总署制定的《中华人民共和国海关对报关单位的注册登记制度》对报关单位进行登记注册，对报关员进行培训考试等资格管理。
1985—1994年，青岛海关对报关企业和报关员的管理由业务一处负责，1994年后划归稽查处负责。
1993年2月，青岛海关根据海关总署《中华人民共和国海关对报关单位和报关员的管理规定》，要求对原有报关单位与在册报关员进行重新登记审核，并换发海关总署统一印制的报关员证件。新的报关员证件的报关范围分自理和代理两种。自理报关员只能为本企业进出口货物办理报关手续，不能代理其他企业报关，且一个报关员只能受聘于一个企业。
1993年，为推行代理报关制度，青岛海关对已注册登记的25家代理报关单位进行审核，规定除审核合格的25家代理报关单位外，其他任何报关单位均不得代理报关。5月，青岛海关对海关分离出来的一部分专业人员所办的报关企业进行停业整顿。对已接受的报关业务，正在办理报关手续的继续办完后，不再承接新的报关业务；对青岛海关与山东省外运公司等单位合办的青岛联通报关行、青岛金运报关有限公司，青岛海关退出股份，撤出海关人员，海关人员不再参与报关业务。
为加强报关管理，青岛海关要求自1994年1月16日起，各业务现场一律验凭年审合格的《报关员证》接受报关，未参加年审的《报关员证》，不再作为报关凭证。8月，经海关总署批准，青岛海关同意青岛华美报关有限公司试行代理报关业务。9月，同意济宁市经贸委组建的捷达公司试行代理报关业务。
1995年初，青岛海关对1994年底前在海关注册的报关单位和报关员进行年审，参审的专业和代理报关员362名，经年审合格的282名，占78%，被暂停报关资格的48名，被取消报关资格的32名。8月，青岛海关对关区58家已注册代理报关企业重新进行资格审查。对审核合格的47家企业换发新的注册登记证书，对2家尚未办结登记手续的暂停报关资格，对9家不符合条件的，取消报关资格并撤销原注册登记证书。8月10日至9月15日，青岛海关对辖区内12223家报关企业和3638名报关员进行清理整顿，暂停1589家报关企业的报关资格，占报关企业总数的13%；取消375家报关企业的报关资格，占报关企业总数的3%。暂停582名报关员的报关资格，占报关员总数的16%；取消126名报关员的报关资格，占报关员总数的3.5%。
图1-20 1995年6月，青岛海关第34期报关员培训班在青岛举办
1998年是青岛海关参加地方联合年审的第一年。截至5月31日，青岛关区共审核报关企业6996家、报关员3195名。对无故不参加海关年审的8164家报关企业和2718名报关员的报关权予以暂停。同年，青岛海关先后同意青岛真诚报关有限公司、山东通泰报关有限责任公司、青岛永泰货运报关行办理报关业务。
1999年2月，海关总署监管司与大通国际运输有限公司签署《关于共同加强报关管理的备忘录》，就双方加强报关管理的责任和义务进行明确。大通国际运输有限公司在青岛关区设有山东分公司、青岛分公司。同月，海关总署监管司与中外运天地快件有限公司签署《关于共同加强报关管理的合作备忘录》，青岛海关同时对辖区内中外运天地快件有限公司属下企业执行该合作备忘录。同月，青岛海关印发《青岛海关对报关企业和报关员年审操作规程》，统一和规范年审尺度。当年年审合格企业6259家，合格报关员1343名，对未参加年审的2886家企业和821名报关员视为自动放弃报关资格，海关将不再接受其报关。另外，为配合全国打击走私斗争，净化报关环境，青岛海关对关区内30家专业报关企业进行专项检查，评定合格26家，暂停3家，取消1家。年审合格的专业报关员214人，取得《报关员证》的专业报关员占年审合格报关员的80%以上。
5月，海关总署监管司与中国对外贸易运输（集团）总公司签署《关于共同加强报关管理的合作备忘录》，就共同防止违反海关法律法规的行为和打击走私活动明确双方责任和义务，青岛海关同时对辖区内中国对外贸易运输（集团）总公司下属的中国外运山东公司等15家企业执行该合作备忘录。
11月，为减轻企业负担，海关总署决定停止执行《中华人民共和国海关对专业报关企业的管理规定》中关于开办专业报关企业和办理报关注册登记应缴纳风险担保金20万元的规定。2000年，青岛海关将注册的专业报关企业29家、代理报关企业73家缴纳的风险担保金全部退还。
2000年7月1日，青岛海关印发《青岛海关对报关员管理操作规程》，1997年印发的《青岛海关对报关员管理操作规程》同时废止。年内，青岛海关对关区所有报关员的执业资格进行重新审查，为关区1343名报关员换发新版报关员证和防伪、防复制的新版报关员卡，为关区集中审单的实施提供了可靠的硬件保证。当年，青岛关区应参审企业11357家，实际参审企业8469家，参审率74.57%。其中年审合格企业8368家，合格率98.81%；应参审报关员2369人，实际参审1786人，参审率75.39%，合格率99.05%。对未参加年审的2888家报关企业、583名报关员，青岛海关视其自动放弃报关资格，不再接受其报关。
2001年，青岛海关为2300家企业办理登记备案手续，为815名报关员办理注册手续。
2002年，青岛关区年审合格企业11664家，合格率98.3%；年审合格报关员2555名，合格率99.5%。对未参加年审的1726家报关注册企业和412名报关员，视其自动放弃报关资格，在计算机中对超期未年审报关企业实施布控，不再接受其报关。
2003年，青岛关区参加海关年审企业14184家，合格率99.9%；参审报关员2494人，合格率100%。
2004年，青岛关区应参审企业22414家，实际参审企业18361家，参审率82%。其中，年审合格企业18177家，合格率99%；应参审报关员3251人，实际参审2494人，参审率76.70%，合格率100%。
2005年6月1日起实施的《中华人民共和国海关对报关单位注册登记管理规定》取消对报关单位的年审。根据海关总署统一安排，为配合即将运行的H2000报关员IC卡记分管理系统，年内青岛海关对在职报关员进行重新注册登记。2006年，青岛海关不再对报关员进行年审，已经按海关规定重新办理注册登记的报关员，视为通过2005年度年审。
