1992年11月，经省政府批准，省粮食局改制为省粮油集团总公司。省粮油集团总公司属省政府领导的以全民所有制为主体的股份制大型一类企业，自主经营、自负盈亏、具有独立法人资格。省粮食局及其直属企事业单位的全部国有资产，分别由省国有资产管理局和省级机关事务管理局划转省粮油集团总公司，评估后作为国家股。
省粮油集团总公司由省粮食局机关和省粮油物资器材实业公司转组为核心层，由省粮食贸易公司、省粮油购销储运公司、省植物油公司、省粮油工业公司、省饲料公司、省粮油食品供应公司等单位组成紧密层，以商业部和有关市、县共同投资的联营企业和中外合资企业为半紧密层，以有优惠性固定关系的部分市、县粮油总公司为松散层。另外管辖省粮食批发市场、省粮油科学研究所（省粮油检测站）、省粮油集团总公司基本建设管理站、省粮油集团总公司生活服务站、省粮食干部学校、烟台粮食学校、德州粮食学校、菏泽粮食学校等事业单位。
1992年11月28日，山东省粮油集团总公司挂牌成立
省粮油集团总公司以搞活全省粮油流通、搞好粮油深加工为方向，以提高经济效益和社会效益为目标，用经济手段把各地粮食企业联系在一起，形成规模优势，坚持本业为主，开展多种经营，充分发挥国有粮食企业的主渠道作用。经营上实行资产统一管理，以批发为主，融合生产、销售、信息、服务、科研、进出口为一体，开展粮食及其制品、复制品、饲料及添加剂、粮油机械、粮油包装器材、溶剂油等业务，还受省政府委托承担全行业管理和国家储备粮油管理职能。
1996年省粮食局重新组建后，省粮油集团总公司改由省粮食局管理。1997年12月，省粮食局对省粮油集团总公司进行重组。重组后的主要职责是：（1）管理组织所属单位和企业依法从事经营活动；带动全省粮食行业坚持本业为主，开展多种经营。（2）经营粮油及其制品、复制品、饲料及添加剂、粮油机械、五金交电、建筑材料、化工产品、计算机等；承担粮油工业、饲料工业工艺设计和设备安装；开展进出口贸易经营和代理业务；从事航运、房地产等实业开发。（3）接受省粮食局委托，承担政策性业务。公司本部定员35人，设办公室、财务会计部、综合业务部、信息部、审计处。所属单位有省粮油购销储运公司、省粮油食品供应公司、省粮油工业公司、省饲料公司、省粮食贸易公司、省植物油公司、省粮油工程建设公司（基本建设管理站）、省粮油集团总公司贸易开发部、省粮油集团总公司对外经贸总部、省粮油集团总公司实业发展部、山东粮食大厦、山东豪凯钢制品公司以及金谷（香港）国际贸易公司、青岛谷丰公司等。
1996年12月，山东粮食大厦启用
1999年1月，省粮食局就省粮油集团总公司及所属单位深化改革提出方案。规定省粮油集团总公司定员390人，其中本部74人，直属单位316人。本部设9个部室，其中办公室、财务会计部、审计处、信息部继续保留，新设立策划部、贸易一部（进出口部）、贸易二部（粮谷部）、贸易三部（油脂部）、综合服务部（企业再就业服务中心）。直属单位10个：省粮油收储有限公司、省粮油工业公司、省饲料公司、山东粮食大厦、山东豪凯钢制品有限公司、省粮油工程设计院（粮油工程建设公司）、省粮油食品供应公司、省粮油贸易公司、省粮油集团总公司贸易开发部、省粮油集团总公司实业发展部。2000年1月，省粮油收储有限公司划归省粮食局管理；9月，本部内设机构中增加党委办公室和人事部，两个机构合署办公，所需人员从现有人员中调剂。
2002年1月，省粮油集团总公司领导人员和企业中共党组织由省委企业工委领导。4月，省粮油集团总公司信息部改由省粮食局管理。至6月，省粮油集团总公司本部设办公室、人事部、党委办公室、财务会计部、审计处、贸易一部、贸易二部、贸易三部、综合服务部、实业发展部10个部室。
直属单位有7个：省粮油工业公司、省饲料公司、山东粮食大厦、省粮油食品供应公司、省粮油工程设计院（事业）、山东豪凯钢制品有限公司、省粮油集团总公司外经总部。11月，省粮油工程设计院改归省粮食局管理。
2004年，省粮油集团总公司的领导人员和企业中共党组织改由省国资委党委领导。根据改革和工作需要，省粮油集团总公司对内设机构进行调整，调整后设综合部、财务部、资产管理部3个部门。
1992—2005年，省粮油集团总公司的历任董事长是：曹允江、乔秀仑、刘志和。历任总经理：曹允江、乔秀仑、孟庆秀、王家亮、安郁杰。历任副总经理：丁宗山、孟庆秀、高炉、刘志和、王文兵、郝子林、曹润祖、王家亮、辛初祥、肖喜堂、林树忠、王其明、安郁杰、马伦、于爱颖等。
