一、实行《国营粮食企业会计制度》
1986年前，国有粮食企业按照业务属性，分别实行粮食商业、工业、运输企业的会计制度。1986年8月，商业部、财政部修订印发《国营粮食企业会计制度》，适用于独立核算的国营粮食商业，粮油、饲料、食品、机械工业，粮食运输企业等，1987年7月1日起实施。
《国营粮食企业会计制度》要求粮食企业和各级粮食主管部门要根据会计业务需要设置会计机构，配备同业务经营和经济核算任务相适应的会计人员；大中型粮食企业和粮食主管部门可设置总会计师，协助厂长、经理、局长负责领导企业的经济核算、成本管理和财务会计工作；会计机构内部建立稽核制度，严格实行钱、账分管，出纳人员除登记现金、银行存款日记账外，不得兼管稽核、会计档案保管和其他账目的登记工作。会计核算根据权责发生制原则进行；各项财产按实际成本核算，非经国家批准，不得调整账面价值；库存商品、材物料和用品的核算，原则上采用永续盘存制；会计凭证、会计账簿、会计报表等根据实际发生的经济业务按照规定处理，做到手续完备，内容完整，准确及时；一切财产的收付以合法的凭证为依据，验质计量，账目清楚，定期清查，做到账实、账账相符；核算采用借贷记账法。
1990年12月，省粮食局根据全省粮食企业经营业务开展情况和《商业部关于国营粮食企业会计制度修改补充规定的函》，下发《关于修改补充国营粮食企业会计制度的通知》，增设部分会计科目，对成本核算内容进行修改补充，并增加附录。
在会计科目内，新增设三项科目：“工资基金”科目、“结算中心往来”科目和“业务周转金”科目。在有关科目中调整的核算内容有三部分：实行承包经营责任制企业需要增加的核算内容；对“产成品”科目设置“平价粮油”“议价粮油”“饲料”“其他”4个明细科目；对“应收加价款”科目设置“中央财政”和“地方财政”两个明细科目专户核算。将二级科目提升为一级科目的有8个：“平价粮油销售”“议价粮油销售”“饲料销售”“产品销售”“多种经营销售”“其他商品销售”“运输销售”“其他销售”，取消原“销售”科目。
在成本核算中，将“国家委托代购粮食成本的核算和入账方法”改为“议转平粮食进价成本的核算方法”。将“议价粮油销售进价成本的结转方法”改为“可以按照库存议价粮油每一品种、等级的数量和金额加权平均法计算结转；分清批次的，也可以按先进先出法或批量法结转进价成本”。将商品流通费摊销内容改为“粮食商业企业经营粮油和其他商品的流通费用，原则上按照实际发生额摊入当期销售成本”。“平议价粮油兼营企业发生的商品流通费用，以独立核算的企业为单位，在平价、议价粮油之间进行分摊。可以将费用划分为直接费用和间接费用，对间接费用在月末进行分摊；也可以不分直接费用和间接费用，平时只按‘商品流通费’的明细科目核算，待月末统一进行分摊。具体分摊方法，可以按照平价和议价粮油的经营量比重，也可以按照销存量比重”。
二、执行《商品流通企业会计制度》有关政策
1992年，财政部印发《商品流通企业会计制度》，适用于包括粮食企业在内的所有从事商品流通的独立核算企业，1993年7月1日起执行。为做好新老制度的衔接工作，1993年，财政部又先后下发《关于国有商业、粮食企业实施新的财务制度若干政策衔接问题的通知》（以下简称《通知》）和《关于国有商业、粮食企业实施新的财务制度若干政策衔接问题的补充通知》（以下简称《补充通知》），对若干政策的财务处理办法进行明确。
《通知》规定：国有商业、粮食企业依法交纳调节税。新《制度》实施后，凡实行利税分流的企业，取消调节税；暂未实行的，按原规定缴纳调节税。饲料生产企业原享受的税收等优惠政策延续到第二轮承包期满，最迟执行到1995年，从1996年起按新《制度》执行。
建立资本金制度后，国有商业、粮食企业各项资金按下列办法处理：固定资金、国家流动资金、企业流动资金、专用资金中结余的更新改造基金和挖潜更新改造拨款、粮食仓库建设拨款余额转作国家资本金；在横向经济联合中接受其他单位投入的资金转作法人资本金；企业以入股方式向职工个人筹集的资金转作个人资本金，但实行风险抵押承包或集资经营的企业，对职工缴纳的承包风险抵押款和职工或社会的集资款（包括发行债券），作流动负债处理；合资企业接受外商投资的资金转作外商资本金。粮食企业在1993年6月30日前以费用支出购建的固定资产未作固定资产入账的，在执行新《制度》前调账时，先按新旧程度评定价值作增加固定资产和固定基金处理，再将固定基金转增国家资本金；对商业、粮食企业将国家调整商品价格发生的库存商品增值未按国家规定增加流动资金，仍在往来账或其他账户反映的，如数转作国家资本金。对粮食企业的财务挂账，分清责任，积极处理。属财政应补未补的挂账，继续由财政弥补；属应由粮食企业弥补的挂账，由企业弥补，也可用以前年度结余的专用基金弥补。粮食企业改造成股份制或者进行合资合营，应将公积金转为资本金。
粮食进价成本区别情况分别处理：对粮食价格尚未放开的地区，国家定购粮、议转平粮、中转地粮、中央计划内进口粮食仍按定购价核算成本。对收购价格放开的地区，老库存粮食的进价成本不变；新收购的国家定购粮、议转平粮、中转地粮按实际收购价作为进价成本；以保护价收购的，按当时的市场收购价作为进价成本，市场收购价与保护价的差价由地方风险基金弥补；中央计划内进口粮食以到岸价加进口税金、购进外汇价差和支付给受托单位的费用为进价成本。专项储备粮食仍以国家规定的结算价为进价成本。食油进价成本按下列办法处理：食油收购价格尚未放开地区，仍以国家定购价作为进价成本；放开的地区，以实际收购价格作为进价成本；商品储备食油成本不变。
《通知》对营业收入及利润分配问题作出规定：粮食企业商品销售收入应按粮食性质分平价粮食销售收入、议价粮食销售收入；附营业务收入列其他业务收入；储备粮油销售收入（包括专项储备粮食、商品储备食油、地方储备粮油销售收入）另设科目核算，不包括在商品销售收入中。
粮食企业的储备粮油（包括专项储备粮食、商品储备食油、地方储备粮油，下同）另设科目核算，不再在库存商品科目中核算；原国家储备粮油（甲字粮油、五〇六粮油）转入“特准储备物资”科目核算，不再包含在库存商品科目中核算。
储备粮油销售成本另设科目核算，不包含在商品销售成本中；专项储备粮食按国家规定销售后，应上交中央财政的差价收入在“其他应交款”科目核算。
粮食企业增设“专项储备粮食结算差价收入”和“专项储备粮食结算差价支出”科目，核算专项储备粮食结算价格高于企业实际支付的收购价格而发生的差价收入或低于企业实际支付的收购价格而发生的差价支出。
新《制度》实施后，在粮油购销价格尚未放开地区，国家对粮食企业的补贴分政策性补贴收入和结算性补贴两类。政策性补贴收入包括粮油差价款补贴（包括军供粮油差价款补贴、其他差价款补贴等）、粮油费用补贴（包括平价粮油费用补贴，超定额储存费用补贴，国家储备粮油费用补贴，专项储备粮食费用补贴，专项储备粮食利息补贴，地方储备粮油费用、利息补贴，其他费用补贴等）和其他补贴。对这三项补贴，粮食企业作应收政策性补贴收入处理，列入粮食企业利润总额。国家对补贴另有规定的，从其规定。结算性补贴包括收购国家定购粮食价外加价补贴、保护价差价补贴、议转平差价补贴、专储转平价差价补贴、中转地进口粮食差价补贴、中央计划内进口粮食差价补贴等。粮食企业对结算性补贴作应收款处理，不进企业损益。粮油价格放开地区，财政对粮食企业保留的补贴和新增的补贴，比照上述原则处理，凡与粮食企业盈亏有关的补贴列作政策性补贴收入，与盈亏无关的作为结算性补贴。新《制度》实施后，原经营平价粮食的商业企业中不独立核算的附营业务和议价利润停止执行比例抵亏办法。附营业务利润纳入其他业务利润核算，议价利润纳入主营业务利润核算，并入企业利润总额。经营平价粮食的商业企业补贴后的利润分配应按新《制度》的规定执行，停止执行提取综合奖、企业基金和利润留成基金的办法。
《补充通知》对粮食企业1993年6月底以前和以后发生超亏处理问题作出规定。对粮食企业1993年6月底以前发生的亏损，应分清责任，确属应由粮食企业自行弥补的超亏部分，转入未分配利润，用负数反映，按新《制度》规定用企业以后年度利润弥补。新《制度》执行后，粮食企业在财政补贴之外再发生超亏，应由企业用以后年度利润弥补。
三、深化粮食购销体制改革后企业会计处理有关问题的规定
1994年10月，财政部印发《关于粮食政策调整后企业若干会计处理问题的规定》，主要内容有：
在政策性补贴的处理上，企业应在年终决算前对“应收补贴款”科目的核算内容进行调整。对原在“应弥补亏损”“应收加价款”“其他应收款”等科目中核算的属于1992年3月31日以前发生的政策性财务挂账，借记“应收补贴款—政策性财务挂账”科目，贷记“应弥补亏损”“应收加价款”“其他应收款”等科目；对于1992年3月31日以后发生的各项政策性补贴，借记“应收补贴款（粮油价格补贴、粮油费用和利息补贴、扶持性补贴）”科目，贷记“应弥补亏损”“应收加价款”“其他应收款”等科目。经过上述调整，原“应弥补亏损”和“应收加价款”科目相应取消，“其他应收款”科目不再核算各种补贴和财务挂账的内容。企业经过调账以后，按规定计算出应收财政部门的各种补贴时，记入盈亏的部分，借记“应收补贴款（有关明细科目）”科目，贷记“补贴收入”科目；不记入盈亏的部分，如企业在收购环节发生的收购粮食价外补贴等，按定购价款，借记“商品采购”等科目，按应收的补贴款，借记“应收补贴款（粮油价格补贴—收购粮食价格补贴）”科目，按实际支付或应付的全部价款，贷记“银行存款”“应付账款”等科目。收到各项补贴和收到核销政策性财务挂账款时，借记“银行存款”科目，贷记“应收补贴款（有关明细科目）”科目。
在粮食账务挂账的处理上，企业应对原“利润分配—未分配利润”科目的核算内容进行清理转账，属于转出的政策性财务挂账，借记“应收补贴款—政策性财务挂账”，属于转出的待处理其他财务挂账，借记“待处理财产损溢—待处理流动资产损溢（其他财务挂账）”科目，贷记“利润分配—未分配利润”科目；经营性财务挂账，在“利润分配—未分配利润”科目下设专户核算，借记“利润分配—未分配利润（经营性财务挂账）”科目，贷记“利润分配—未分配利润”科目。从其他方面转入的经营性财务挂账，凡属亏损挂账的，借记“利润分配—未分配利润（经营性财务挂账）”科目，贷记有关科目，凡属其他经营性财务挂账的，借记“营业外支出—清理财务挂账”科目，贷记有关科目。企业尚待确认责任的其他财务挂账，借记“待处理财产损溢—待处理流动资产损溢（其他财务挂账）”科目，贷记有关科目，确认责任后，分别转入政策性财务挂账或经营性财务挂账，借记“应收补贴款—政策性财务挂账”科目或“利润分配—未分配利润（经营性财务挂账）”科目，贷记“待处理财产损溢—待处理流动资产损溢（其他财务挂账）”科目。企业用利润以外的资金弥补经营性财务挂账时，借记有关科目，贷记“利润分配—专项弥补财务挂账”等科目。
在各类储备粮油调拨销售差价款的处理上，企业应在“其他应缴款”科目中设置“应缴储备粮油差价款”明细科目，核算企业调拨销售储备粮油应上缴的差价款，并分别储备食油差价款的类别，如“国家储备粮食差价款”“国家储备食油差价款”“专项储备粮食差价款”“地方储备粮食差价款”“地方储备食油差价款”等进行核算。企业销售储备粮油时，借记“银行存款”等科目，贷记“商品销售收入”科目；同时将国家规定应上交的差价款部分，借记“商品销售收入”科目，贷记“其他应缴款—应缴储备粮油差价款”科目。上缴差价款时，借记“其他应缴款—应缴储备粮油差价款”等科目，贷记“银行存款”科目。
在企业归还吞吐调节粮财政代垫利息、费用款的处理上，企业应在“其他应缴款”科目中设置“应缴吞吐调节粮代垫利息和费用”明细科目，核算企业销售吞吐调节粮应归还财政代垫的利息、费用款。
在会计报表的处理上，企业要在损益表“商品销售收入”项目下，设置“减：抵扣销售收入的应缴款”项目，反映企业调拨销售各类储备粮油按规定应上交的差价款和销售吞吐调节粮应归还财政代垫的利息、费用款；在利润分配表“盈余公积补亏”项目下，设置“专项弥补的财务挂账”项目，反映企业当年用利润以外的资金弥补经营性财务挂账的数额；在财务状况变动表“提取盈余公积”项目下，设置“专项弥补的财务挂账”项目，反映企业当年用利润以外的资金弥补经营性财务挂账的数额；粮食企业应增设“政策性补贴明细表”，反映企业各种政策性补贴的拨补情况。
四、实行“两条线运行”后有关政策性经营业务会计处理问题的规定
1995年国务院《关于粮食部门深化改革实行两条线运行的通知》下发后，粮食部门开始实行政策性业务与商业性经营会计分开核算。为此，财政部、国家粮食储备局联合下发《关于粮食部门实行“两条线运行”后政策性经营业务会计处理问题规定的通知》，对会计科目和会计报表中的一些问题作出规定。
对会计科目，设置“政策性粮油”科目，核算企业库存的国家专项储备粮油、地方储备粮油、定购粮油、吞吐调节粮等粮油商品，本科目按照库存政策性粮油的性质进行明细分类核算，企业按照有关规定储备的国家储备粮油（甲字粮、五〇六粮油）仍在“特种储备物资”科目核算；设置“政策性粮油销售收入”科目，核算企业经营政策性粮油的销售收入，并按政策性粮油的种类进行明细核算；设置“政策性粮油销售成本”科目，核算企业经营政策性粮油的销售成本，并按政策性粮油的种类进行明细核算；企业发生的各种费用仍通过“经营费用”“财务费用”和“管理费用”科目核算，并按费用项目进行明细分类核算，其中能直接确认属政策性粮油经营业务发生的有关费用应在有关费用科目中单独反映；企业发生的各种补贴收入（如价格、费用、利息等）仍通过“应收补贴款”和“补贴收入”科目核算，并按补贴项目区分中央和地方进行明细分类核算；企业应在“短期借款”“长期借款”科目下分别设置“政策性粮油借款”和“商业性粮油借款”明细科目，分别核算开展政策性经营业务和其他非政策性经营业务的借款，同时，在“政策性粮油借款”明细科目中还应单独核算国家专项储备粮油；企业受托经营的政策性业务收取的手续费等应通过“代购代销收入”科目核算；企业库存的各种非政策性粮油及非粮油商品，销售的各种非政策性粮油及非粮油商品仍然通过“库存商品”“商品销售收入”“商品销售成本”等科目核算。
对会计报表，在“资产负债表”的“存货”项目下增设“其中：政策性粮油”项目，反映企业政策性粮油库存金额。在“短期借款”和“长期借款”项目下增设“其中：政策性粮油借款”，反映政策性企业经营政策性粮油的借款情况；同时在该项目下设置“其中：国家专项储备粮油借款”项目，反映国家专项储备粮油的借款情况。对政策性粮食企业的“损益表”进行适当调整，在“本月数”和“本年累计数”栏目下分别设置“合计”“政策性粮油”“商业性业务”栏目。填列时，各项目能够确认属于政策性粮油业务和非政策性粮油业务的，应分别项目直接填列；凡不能够区分政策性粮油业务和非政策性粮油业务的，按照“不挤不占、合理负担”的原则，选择合理的分摊方法进行分摊后分别反映。分摊方法确定后，至少一年内不得变更。其他报表仍按《商品流通企业会计制度》的规定执行。
五、规范会计基础工作和提高信息质量
从1996年开始，财政部决定在实施《企业会计准则》（1992年颁布，属会计准则体系中的基本准则）的基础上，深化企业会计核算制度改革，分批分步地实施具体会计准则（到2001年先后修订颁发了16项，2006年颁发38项具体准则，形成企业会计准则体系）。粮食行业的会计核算制度开始按照既符合中国国情又与国际通行惯例接轨的会计准则进行改革和规范。
当年6月，财政部为了做好会计基础工作和提高会计信息质量，先后发布《会计电算化工作规范》和《会计基础工作规范》。至年底，全国各省（区、市）粮食行政管理部门和国内贸易部的会计报表联网基本实现，山东省内各级粮食部门的联网也在有序地向下延伸。
1996年开始，全国每年评比一次各省（区、市）粮食系统（企业）会计报表和财务分析情况，山东省在多数年份中获得优胜名次。其中，财务分析在1998年、2001年评比中获一等奖。
六、《企业会计制度》执行情况
2000年7月，新修订的《会计法》正式施行。12月，财政部出台《企业会计制度》，对资产、负债、收入、费用等规定了统一的确认和计量标准，2001年1月1日起暂在股份有限公司范围内实施。由于粮食购销市场化改革尚未全面铺开，大部分粮食企业的产权制度单一，生产经营规模较小，因而国家粮食局决定在全国粮食企业暂缓执行《企业会计制度》。
2004年，粮食购销市场化改革全面铺开，改革后的粮食企业，自主经营、自负盈亏的市场主体地位增强，实施《企业会计制度》条件成熟。《企业会计制度》执行后，为了规范企业的粮油业务会计核算工作，国家粮食局、财政部对粮食企业涉及的特殊业务会计处理作了补充，并于2006年6月印发《关于粮油有关业务会计处理的规定》。《规定》在《企业会计制度》的基础上增设“储备粮油”“商品粮油”“轮换粮油”“代管粮油”“政策性财务挂账”“代管粮油款”“储备粮油结算价差收入”“储备粮油结算价差支出”8个科目，并对“其他货币资金”“其他应收款”“应收补贴款”“委托加工物资”“存货跌价准备”“待处理财产损溢”“短期借款”“其他应交款”“其他应付款”“长期借款”“专项应付款”“利润分配”“主营业务收入”“补贴收入”“主营业务成本”科目的明细科目设置和核算内容作出补充规定。
第二节 会计制度
一、实行《国营粮食企业会计制度》
1986年前，国有粮食企业按照业务属性，分别实行粮食商业、工业、运输企业的会计制度。1986年8月，商业部、财政部修订印发《国营粮食企业会计制度》，适用于独立核算的国营粮食商业，粮油、饲料、食品、机械工业，粮食运输企业等，1987年7月1日起实施。
《国营粮食企业会计制度》要求粮食企业和各级粮食主管部门要根据会计业务需要设置会计机构，配备同业务经营和经济核算任务相适应的会计人员；大中型粮食企业和粮食主管部门可设置总会计师，协助厂长、经理、局长负责领导企业的经济核算、成本管理和财务会计工作；会计机构内部建立稽核制度，严格实行钱、账分管，出纳人员除登记现金、银行存款日记账外，不得兼管稽核、会计档案保管和其他账目的登记工作。会计核算根据权责发生制原则进行；各项财产按实际成本核算，非经国家批准，不得调整账面价值；库存商品、材物料和用品的核算，原则上采用永续盘存制；会计凭证、会计账簿、会计报表等根据实际发生的经济业务按照规定处理，做到手续完备，内容完整，准确及时；一切财产的收付以合法的凭证为依据，验质计量，账目清楚，定期清查，做到账实、账账相符；核算采用借贷记账法。
1990年12月，省粮食局根据全省粮食企业经营业务开展情况和《商业部关于国营粮食企业会计制度修改补充规定的函》，下发《关于修改补充国营粮食企业会计制度的通知》，增设部分会计科目，对成本核算内容进行修改补充，并增加附录。
在会计科目内，新增设三项科目：“工资基金”科目、“结算中心往来”科目和“业务周转金”科目。在有关科目中调整的核算内容有三部分：实行承包经营责任制企业需要增加的核算内容；对“产成品”科目设置“平价粮油”“议价粮油”“饲料”“其他”4个明细科目；对“应收加价款”科目设置“中央财政”和“地方财政”两个明细科目专户核算。将二级科目提升为一级科目的有8个：“平价粮油销售”“议价粮油销售”“饲料销售”“产品销售”“多种经营销售”“其他商品销售”“运输销售”“其他销售”，取消原“销售”科目。
在成本核算中，将“国家委托代购粮食成本的核算和入账方法”改为“议转平粮食进价成本的核算方法”。将“议价粮油销售进价成本的结转方法”改为“可以按照库存议价粮油每一品种、等级的数量和金额加权平均法计算结转；分清批次的，也可以按先进先出法或批量法结转进价成本”。将商品流通费摊销内容改为“粮食商业企业经营粮油和其他商品的流通费用，原则上按照实际发生额摊入当期销售成本”。“平议价粮油兼营企业发生的商品流通费用，以独立核算的企业为单位，在平价、议价粮油之间进行分摊。可以将费用划分为直接费用和间接费用，对间接费用在月末进行分摊；也可以不分直接费用和间接费用，平时只按‘商品流通费’的明细科目核算，待月末统一进行分摊。具体分摊方法，可以按照平价和议价粮油的经营量比重，也可以按照销存量比重”。
二、执行《商品流通企业会计制度》有关政策
1992年，财政部印发《商品流通企业会计制度》，适用于包括粮食企业在内的所有从事商品流通的独立核算企业，1993年7月1日起执行。为做好新老制度的衔接工作，1993年，财政部又先后下发《关于国有商业、粮食企业实施新的财务制度若干政策衔接问题的通知》（以下简称《通知》）和《关于国有商业、粮食企业实施新的财务制度若干政策衔接问题的补充通知》（以下简称《补充通知》），对若干政策的财务处理办法进行明确。
《通知》规定：国有商业、粮食企业依法交纳调节税。新《制度》实施后，凡实行利税分流的企业，取消调节税；暂未实行的，按原规定缴纳调节税。饲料生产企业原享受的税收等优惠政策延续到第二轮承包期满，最迟执行到1995年，从1996年起按新《制度》执行。
建立资本金制度后，国有商业、粮食企业各项资金按下列办法处理：固定资金、国家流动资金、企业流动资金、专用资金中结余的更新改造基金和挖潜更新改造拨款、粮食仓库建设拨款余额转作国家资本金；在横向经济联合中接受其他单位投入的资金转作法人资本金；企业以入股方式向职工个人筹集的资金转作个人资本金，但实行风险抵押承包或集资经营的企业，对职工缴纳的承包风险抵押款和职工或社会的集资款（包括发行债券），作流动负债处理；合资企业接受外商投资的资金转作外商资本金。粮食企业在1993年6月30日前以费用支出购建的固定资产未作固定资产入账的，在执行新《制度》前调账时，先按新旧程度评定价值作增加固定资产和固定基金处理，再将固定基金转增国家资本金；对商业、粮食企业将国家调整商品价格发生的库存商品增值未按国家规定增加流动资金，仍在往来账或其他账户反映的，如数转作国家资本金。对粮食企业的财务挂账，分清责任，积极处理。属财政应补未补的挂账，继续由财政弥补；属应由粮食企业弥补的挂账，由企业弥补，也可用以前年度结余的专用基金弥补。粮食企业改造成股份制或者进行合资合营，应将公积金转为资本金。
粮食进价成本区别情况分别处理：对粮食价格尚未放开的地区，国家定购粮、议转平粮、中转地粮、中央计划内进口粮食仍按定购价核算成本。对收购价格放开的地区，老库存粮食的进价成本不变；新收购的国家定购粮、议转平粮、中转地粮按实际收购价作为进价成本；以保护价收购的，按当时的市场收购价作为进价成本，市场收购价与保护价的差价由地方风险基金弥补；中央计划内进口粮食以到岸价加进口税金、购进外汇价差和支付给受托单位的费用为进价成本。专项储备粮食仍以国家规定的结算价为进价成本。食油进价成本按下列办法处理：食油收购价格尚未放开地区，仍以国家定购价作为进价成本；放开的地区，以实际收购价格作为进价成本；商品储备食油成本不变。
《通知》对营业收入及利润分配问题作出规定：粮食企业商品销售收入应按粮食性质分平价粮食销售收入、议价粮食销售收入；附营业务收入列其他业务收入；储备粮油销售收入（包括专项储备粮食、商品储备食油、地方储备粮油销售收入）另设科目核算，不包括在商品销售收入中。
粮食企业的储备粮油（包括专项储备粮食、商品储备食油、地方储备粮油，下同）另设科目核算，不再在库存商品科目中核算；原国家储备粮油（甲字粮油、五〇六粮油）转入“特准储备物资”科目核算，不再包含在库存商品科目中核算。
储备粮油销售成本另设科目核算，不包含在商品销售成本中；专项储备粮食按国家规定销售后，应上交中央财政的差价收入在“其他应交款”科目核算。
粮食企业增设“专项储备粮食结算差价收入”和“专项储备粮食结算差价支出”科目，核算专项储备粮食结算价格高于企业实际支付的收购价格而发生的差价收入或低于企业实际支付的收购价格而发生的差价支出。
新《制度》实施后，在粮油购销价格尚未放开地区，国家对粮食企业的补贴分政策性补贴收入和结算性补贴两类。政策性补贴收入包括粮油差价款补贴（包括军供粮油差价款补贴、其他差价款补贴等）、粮油费用补贴（包括平价粮油费用补贴，超定额储存费用补贴，国家储备粮油费用补贴，专项储备粮食费用补贴，专项储备粮食利息补贴，地方储备粮油费用、利息补贴，其他费用补贴等）和其他补贴。对这三项补贴，粮食企业作应收政策性补贴收入处理，列入粮食企业利润总额。国家对补贴另有规定的，从其规定。结算性补贴包括收购国家定购粮食价外加价补贴、保护价差价补贴、议转平差价补贴、专储转平价差价补贴、中转地进口粮食差价补贴、中央计划内进口粮食差价补贴等。粮食企业对结算性补贴作应收款处理，不进企业损益。粮油价格放开地区，财政对粮食企业保留的补贴和新增的补贴，比照上述原则处理，凡与粮食企业盈亏有关的补贴列作政策性补贴收入，与盈亏无关的作为结算性补贴。新《制度》实施后，原经营平价粮食的商业企业中不独立核算的附营业务和议价利润停止执行比例抵亏办法。附营业务利润纳入其他业务利润核算，议价利润纳入主营业务利润核算，并入企业利润总额。经营平价粮食的商业企业补贴后的利润分配应按新《制度》的规定执行，停止执行提取综合奖、企业基金和利润留成基金的办法。
《补充通知》对粮食企业1993年6月底以前和以后发生超亏处理问题作出规定。对粮食企业1993年6月底以前发生的亏损，应分清责任，确属应由粮食企业自行弥补的超亏部分，转入未分配利润，用负数反映，按新《制度》规定用企业以后年度利润弥补。新《制度》执行后，粮食企业在财政补贴之外再发生超亏，应由企业用以后年度利润弥补。
三、深化粮食购销体制改革后企业会计处理有关问题的规定
1994年10月，财政部印发《关于粮食政策调整后企业若干会计处理问题的规定》，主要内容有：
在政策性补贴的处理上，企业应在年终决算前对“应收补贴款”科目的核算内容进行调整。对原在“应弥补亏损”“应收加价款”“其他应收款”等科目中核算的属于1992年3月31日以前发生的政策性财务挂账，借记“应收补贴款—政策性财务挂账”科目，贷记“应弥补亏损”“应收加价款”“其他应收款”等科目；对于1992年3月31日以后发生的各项政策性补贴，借记“应收补贴款（粮油价格补贴、粮油费用和利息补贴、扶持性补贴）”科目，贷记“应弥补亏损”“应收加价款”“其他应收款”等科目。经过上述调整，原“应弥补亏损”和“应收加价款”科目相应取消，“其他应收款”科目不再核算各种补贴和财务挂账的内容。企业经过调账以后，按规定计算出应收财政部门的各种补贴时，记入盈亏的部分，借记“应收补贴款（有关明细科目）”科目，贷记“补贴收入”科目；不记入盈亏的部分，如企业在收购环节发生的收购粮食价外补贴等，按定购价款，借记“商品采购”等科目，按应收的补贴款，借记“应收补贴款（粮油价格补贴—收购粮食价格补贴）”科目，按实际支付或应付的全部价款，贷记“银行存款”“应付账款”等科目。收到各项补贴和收到核销政策性财务挂账款时，借记“银行存款”科目，贷记“应收补贴款（有关明细科目）”科目。
在粮食账务挂账的处理上，企业应对原“利润分配—未分配利润”科目的核算内容进行清理转账，属于转出的政策性财务挂账，借记“应收补贴款—政策性财务挂账”，属于转出的待处理其他财务挂账，借记“待处理财产损溢—待处理流动资产损溢（其他财务挂账）”科目，贷记“利润分配—未分配利润”科目；经营性财务挂账，在“利润分配—未分配利润”科目下设专户核算，借记“利润分配—未分配利润（经营性财务挂账）”科目，贷记“利润分配—未分配利润”科目。从其他方面转入的经营性财务挂账，凡属亏损挂账的，借记“利润分配—未分配利润（经营性财务挂账）”科目，贷记有关科目，凡属其他经营性财务挂账的，借记“营业外支出—清理财务挂账”科目，贷记有关科目。企业尚待确认责任的其他财务挂账，借记“待处理财产损溢—待处理流动资产损溢（其他财务挂账）”科目，贷记有关科目，确认责任后，分别转入政策性财务挂账或经营性财务挂账，借记“应收补贴款—政策性财务挂账”科目或“利润分配—未分配利润（经营性财务挂账）”科目，贷记“待处理财产损溢—待处理流动资产损溢（其他财务挂账）”科目。企业用利润以外的资金弥补经营性财务挂账时，借记有关科目，贷记“利润分配—专项弥补财务挂账”等科目。
在各类储备粮油调拨销售差价款的处理上，企业应在“其他应缴款”科目中设置“应缴储备粮油差价款”明细科目，核算企业调拨销售储备粮油应上缴的差价款，并分别储备食油差价款的类别，如“国家储备粮食差价款”“国家储备食油差价款”“专项储备粮食差价款”“地方储备粮食差价款”“地方储备食油差价款”等进行核算。企业销售储备粮油时，借记“银行存款”等科目，贷记“商品销售收入”科目；同时将国家规定应上交的差价款部分，借记“商品销售收入”科目，贷记“其他应缴款—应缴储备粮油差价款”科目。上缴差价款时，借记“其他应缴款—应缴储备粮油差价款”等科目，贷记“银行存款”科目。
在企业归还吞吐调节粮财政代垫利息、费用款的处理上，企业应在“其他应缴款”科目中设置“应缴吞吐调节粮代垫利息和费用”明细科目，核算企业销售吞吐调节粮应归还财政代垫的利息、费用款。
在会计报表的处理上，企业要在损益表“商品销售收入”项目下，设置“减：抵扣销售收入的应缴款”项目，反映企业调拨销售各类储备粮油按规定应上交的差价款和销售吞吐调节粮应归还财政代垫的利息、费用款；在利润分配表“盈余公积补亏”项目下，设置“专项弥补的财务挂账”项目，反映企业当年用利润以外的资金弥补经营性财务挂账的数额；在财务状况变动表“提取盈余公积”项目下，设置“专项弥补的财务挂账”项目，反映企业当年用利润以外的资金弥补经营性财务挂账的数额；粮食企业应增设“政策性补贴明细表”，反映企业各种政策性补贴的拨补情况。
四、实行“两条线运行”后有关政策性经营业务会计处理问题的规定
1995年国务院《关于粮食部门深化改革实行两条线运行的通知》下发后，粮食部门开始实行政策性业务与商业性经营会计分开核算。为此，财政部、国家粮食储备局联合下发《关于粮食部门实行“两条线运行”后政策性经营业务会计处理问题规定的通知》，对会计科目和会计报表中的一些问题作出规定。
对会计科目，设置“政策性粮油”科目，核算企业库存的国家专项储备粮油、地方储备粮油、定购粮油、吞吐调节粮等粮油商品，本科目按照库存政策性粮油的性质进行明细分类核算，企业按照有关规定储备的国家储备粮油（甲字粮、五〇六粮油）仍在“特种储备物资”科目核算；设置“政策性粮油销售收入”科目，核算企业经营政策性粮油的销售收入，并按政策性粮油的种类进行明细核算；设置“政策性粮油销售成本”科目，核算企业经营政策性粮油的销售成本，并按政策性粮油的种类进行明细核算；企业发生的各种费用仍通过“经营费用”“财务费用”和“管理费用”科目核算，并按费用项目进行明细分类核算，其中能直接确认属政策性粮油经营业务发生的有关费用应在有关费用科目中单独反映；企业发生的各种补贴收入（如价格、费用、利息等）仍通过“应收补贴款”和“补贴收入”科目核算，并按补贴项目区分中央和地方进行明细分类核算；企业应在“短期借款”“长期借款”科目下分别设置“政策性粮油借款”和“商业性粮油借款”明细科目，分别核算开展政策性经营业务和其他非政策性经营业务的借款，同时，在“政策性粮油借款”明细科目中还应单独核算国家专项储备粮油；企业受托经营的政策性业务收取的手续费等应通过“代购代销收入”科目核算；企业库存的各种非政策性粮油及非粮油商品，销售的各种非政策性粮油及非粮油商品仍然通过“库存商品”“商品销售收入”“商品销售成本”等科目核算。
对会计报表，在“资产负债表”的“存货”项目下增设“其中：政策性粮油”项目，反映企业政策性粮油库存金额。在“短期借款”和“长期借款”项目下增设“其中：政策性粮油借款”，反映政策性企业经营政策性粮油的借款情况；同时在该项目下设置“其中：国家专项储备粮油借款”项目，反映国家专项储备粮油的借款情况。对政策性粮食企业的“损益表”进行适当调整，在“本月数”和“本年累计数”栏目下分别设置“合计”“政策性粮油”“商业性业务”栏目。填列时，各项目能够确认属于政策性粮油业务和非政策性粮油业务的，应分别项目直接填列；凡不能够区分政策性粮油业务和非政策性粮油业务的，按照“不挤不占、合理负担”的原则，选择合理的分摊方法进行分摊后分别反映。分摊方法确定后，至少一年内不得变更。其他报表仍按《商品流通企业会计制度》的规定执行。
五、规范会计基础工作和提高信息质量
从1996年开始，财政部决定在实施《企业会计准则》（1992年颁布，属会计准则体系中的基本准则）的基础上，深化企业会计核算制度改革，分批分步地实施具体会计准则（到2001年先后修订颁发了16项，2006年颁发38项具体准则，形成企业会计准则体系）。粮食行业的会计核算制度开始按照既符合中国国情又与国际通行惯例接轨的会计准则进行改革和规范。
当年6月，财政部为了做好会计基础工作和提高会计信息质量，先后发布《会计电算化工作规范》和《会计基础工作规范》。至年底，全国各省（区、市）粮食行政管理部门和国内贸易部的会计报表联网基本实现，山东省内各级粮食部门的联网也在有序地向下延伸。
1996年开始，全国每年评比一次各省（区、市）粮食系统（企业）会计报表和财务分析情况，山东省在多数年份中获得优胜名次。其中，财务分析在1998年、2001年评比中获一等奖。
六、《企业会计制度》执行情况
2000年7月，新修订的《会计法》正式施行。12月，财政部出台《企业会计制度》，对资产、负债、收入、费用等规定了统一的确认和计量标准，2001年1月1日起暂在股份有限公司范围内实施。由于粮食购销市场化改革尚未全面铺开，大部分粮食企业的产权制度单一，生产经营规模较小，因而国家粮食局决定在全国粮食企业暂缓执行《企业会计制度》。
2004年，粮食购销市场化改革全面铺开，改革后的粮食企业，自主经营、自负盈亏的市场主体地位增强，实施《企业会计制度》条件成熟。《企业会计制度》执行后，为了规范企业的粮油业务会计核算工作，国家粮食局、财政部对粮食企业涉及的特殊业务会计处理作了补充，并于2006年6月印发《关于粮油有关业务会计处理的规定》。《规定》在《企业会计制度》的基础上增设“储备粮油”“商品粮油”“轮换粮油”“代管粮油”“政策性财务挂账”“代管粮油款”“储备粮油结算价差收入”“储备粮油结算价差支出”8个科目，并对“其他货币资金”“其他应收款”“应收补贴款”“委托加工物资”“存货跌价准备”“待处理财产损溢”“短期借款”“其他应交款”“其他应付款”“长期借款”“专项应付款”“利润分配”“主营业务收入”“补贴收入”“主营业务成本”科目的明细科目设置和核算内容作出补充规定。