一、从统一管理到分级管理
1984年前，粮食系统的财务管理实行由国家统收统支、企业吃“大锅饭”的体制。1984年，山东省粮食财务收支仍列省财政预算，在管理上有了很大变化。在财政补贴方面，因粮油购价提高、销价未动而增加的开支和超购粮油加价支出，改为由国家财政补贴（购销价差补贴列省财政预算，超购补贴列中央财政），不再列入企业亏损中；对经营平价粮油所发生的政策性亏损，实行定额补贴办法；对新增国家储备粮和多购上调的粮食，由中央财政给予单项补贴和奖励补贴。在扩大企业财务自主权方面，省里对基层粮食企业实行财务大包干和利润留成办法，使其变为独立核算单位。
1985年，为了彻底改变粮食经营统收统支、财务由省统包、企业吃国家“大锅饭”的局面，促进企业改善经营管理，提高经济效益，逐步做到独立经营、自负盈亏，全省粮食财务管理体制改为“分级管理、下放到县”。下放的范围包括粮食企业经营盈亏（包括平价粮油、议价粮油、食品、加工、运输、饲料等）和粮油差价补贴。下放后，各市（地）粮食企业的利润缴库指标由省里核定基数，各县（市、区）的由市（地）核定基数；各市（地）的粮油差价补贴由省确定数额；比粮油销售计划增销的差价补贴，属省里安排的由省财政负担，属市（地）安排的由市（地）财政负担。此外，超购粮油加价款在原中央预算体制不变的情况下，由财政部退库改为列省级预算支出。由财政部下达支出预算指标给省财政，省财政下达支出预算指标给市(地)财政；市（地)财政根据粮食部门汇总上报的粮油加价支付情况，审查核定后拨款。
粮食财务管理体制下放后，全省平价粮油经营除少数地方继续实行政策性亏损定额补贴办法外，多数地方采取计划亏损、总额控制、减亏分成的办法。对非平价粮油经营和企业的利润分成，全省粮油加工、饲料加工企业和济南、青岛、烟台市的城镇粮油食品店实行第二步利改税；议价粮油经营和运输企业将留成比例放宽到不高于40％，食品经营的利润留成改为各市（地）按商办工业或餐饮服务业的办法自定。原由省粮食局集中提取的折旧基金改由企业提取，折旧率相应提高，工业企业按5.5％（原为1.5％）、商业企业按4.5％(原为1％)提取。省粮食局除继续对简易建筑费进行统一管理和安排使用外，可提取粮油工业企业、饲料加工企业税后留利和议价留利的10％，以及粮办工业、商业企业（包括饲料、运输企业）当年折旧基金的20％，用于粮食企业技术改造。
二、政策性业务与商业性经营分开后的财务管理体制
1995年，国务院下发《关于粮食部门深化改革实行两条线运行的通知》，规定：粮食政策性业务单位主要有农村粮管所（站）、粮库、军粮供应站；粮油零售企业单位、加工企业、运输企业等都属于商业性经营单位。从事政策性业务的单位,有条件的也要积极开展附营业务和多种经营，但要与政策性业务分开经营，分别核算，有一部分政策性业务也可以委托商业性粮油经营部门代理经营。
同年11月，财政部、国家粮食储备局印发《粮食部门两条线运行财政、财务管理暂行办法》，规定粮油政策性业务单位承担的政策性业务与附营、多种经营业务的经济事项，从会计科目设置、账簿登记到财务管理等彻底分开，单独核算。粮油政策性业务单位发生的当期费用，能直接认定的，按实记入相关费用账户，不能直接认定的费用按经营量或销售收入合理分摊。政策性业务和附营、多种经营业务应分别按实结转成本，不得多转或少转，不得转嫁成本，相互挤占。财政部门对粮油政策性业务按政府确定的补贴标准补贴后，企业因经营管理不善造成的亏损由企业自行消化，不允许出现新的财务挂账。粮油政策性业务单位的政策性业务利润与附营和多种经营业务利润要单独反映，按现行财务制度规定统一分配。中央储备粮油按国家政策调拨、抛售实现的价差收入，由承担政策性业务的单位专项上交中央财政；地方储备粮油实现的价差收入由地方财政商粮食部门核定专项上交。
隶属粮食部门的商业性经营企业的财务，视其主营业务的性质分别执行《商品流通企业财务制度》或相应的其他行业财务制度；财政部有特殊财务政策规定的从其规定。商业性企业承担政府委托的粮油政策性业务时，代理的政策性业务的财务原则上应与自主经营业务的财务分开，单独核算；不经常承担政策性业务或政策性业务量小没有必要单独核算的，要建立政策性业务主要财务指标的备查账簿，并对政策性业务的主要财务事项进行登记。政策性粮油的加工，可以采取价拨加工方式或委托加工方式。城镇零售粮店承担政策性粮油销售时，采取“批零差”方式经营，“批零差”标准按必要费用加合理利润的原则，由省级财政、粮食等部门商定后，报省级政府批准执行。
三、国有粮食购销企业的自主管理
2004年下半年起，随着粮食收购市场的全面放开，国有粮食购销企业开始解决因政企责任不分等原因而造成的历史挂账问题，向成为市场经营主体的方向改革。
2004年7月，国家发改委、国家粮食局等五部门联合下发《关于印发〈进一步深化国有粮食购销企业改革的指导意见〉的通知》，要求完善企业法人治理结构，建立企业内部约束机制。要把加强企业财务管理作为管理的重点，搞好企业核算，加强资金管理，降低经营管理费用。要建立和完善充实企业资本金制度，合理降低企业资产负债率，不断提高企业风险承受能力。切实做到政企分开，使企业真正成为市场经营的主体。规范政府与企业之间的委托代理关系，在国家粮食宏观调控和应急需要时，国家指定的粮食企业接受政府委托，承担粮食政策性业务。经营政策性业务产生的亏损，由财政给予补贴；发生的盈利，上缴财政部门。
同年8月，省政府印发《关于深化国有粮食企业改革的意见》，规定，对国有粮食购销企业的历史财务挂账，经审计认定后，政策性挂账从企业中剥离，由县级以上（含县级）粮食行政管理部门集中管理。对企业已经剥离政策性挂账相应占用的中国农业发展银行贷款，已办理资产抵押的，应当及时解除抵押关系。
四、从专项储备粮油补贴的包干管理到中央储备粮油的垂直管理
1990年，根据国家要求，包括山东省在内的部分省（市），在完成粮食定购任务和安排好市场正常周转需要后，多购部分小麦转入国家专项储备。多购转“专项储备”小麦所需资金，由银行贷款解决。省里将中央财政付给的贷款利息、储存费用补贴、调出时收取的调拨经营费收入，以及实际收购价与省结算价格的差价，包干给粮食部门管理，由市、县粮食局单独设立账户，单独结算，自负盈亏。扣除实际开支的利息、保管费、调出集运费后，如出现收不抵支，差额由企业从自有资金中解决；如有结余，结余部分转作专用拨款，专项用于仓库建设。地方财政不再负担统购价的贷款利息。
1995年，粮食部门实行两条线运行后，财政部、国家粮食储备局印发的《粮食部门两条线运行财政、财务管理暂行办法》对国家专项储备粮油的费用拨付管理等又进行明确。国家专项储备粮油的费用，根据国家粮食储备局提供的库存数量和国家规定的费用定额，由财政部核拨给中国农业发展银行；再由中国农业发展银行和国家粮食储备局通过粮油政策性补贴专户逐级下拨，年终结算。粮油企业的核算级次，原则不变。
2000年，中国储备粮管理总公司济南分公司成立后，山东的中央储备粮油（含专项储备粮油及原甲字、五○六粮油等*）陆续移交给分公司管理。自此，中央储备粮油的财务管理开始实行垂直管理。2000年12月8日，财政部印发《中央储备粮油财政财务管理暂行办法》，规定：中央储备粮油的财务管理由中国储备粮管理总公司负总责，总公司财务关系在中央财政单列，在财政补贴后自负盈亏。中国储备粮管理总公司负责管理各分公司、各直属粮食企业财务，指导承担中央储备粮油代储业务的企业的财务与会计核算。分公司在财务上为报账单位，不独立核算，受总公司委托，负责管理辖区内中央储备粮油的财务事项；总公司直属的粮食企业，为独立核算单位，在总公司和该区域分公司领导下处理本企业财务事项，照章纳税，自负盈亏；承担中央储备粮油的非总公司直属的粮食企业，代理中国储备粮管理总公司储存、保管中央储备粮油，由公司拨付承储费用，接受公司的财务指导。
*“甲字”储备粮油是国家备荒储备粮油，1955年专门从粮油周转库存中划出一部分开始形成。“甲字粮”实行“专仓管理、专项资金、单独统计”的管理模式，由中央拨付专项资金给地方粮食部门，按要求收购粮油，保管库存。“五○六”储备粮油是国家战略储备粮油。1962年，国务院和中央军委决定建立以备战为目的的军用“五○六”储备粮油。“甲字粮”和“五○六粮”均在中央储备粮垂直管理体制建立后进行了销售处理。
第一节 管理体制
一、从统一管理到分级管理
1984年前，粮食系统的财务管理实行由国家统收统支、企业吃“大锅饭”的体制。1984年，山东省粮食财务收支仍列省财政预算，在管理上有了很大变化。在财政补贴方面，因粮油购价提高、销价未动而增加的开支和超购粮油加价支出，改为由国家财政补贴（购销价差补贴列省财政预算，超购补贴列中央财政），不再列入企业亏损中；对经营平价粮油所发生的政策性亏损，实行定额补贴办法；对新增国家储备粮和多购上调的粮食，由中央财政给予单项补贴和奖励补贴。在扩大企业财务自主权方面，省里对基层粮食企业实行财务大包干和利润留成办法，使其变为独立核算单位。
1985年，为了彻底改变粮食经营统收统支、财务由省统包、企业吃国家“大锅饭”的局面，促进企业改善经营管理，提高经济效益，逐步做到独立经营、自负盈亏，全省粮食财务管理体制改为“分级管理、下放到县”。下放的范围包括粮食企业经营盈亏（包括平价粮油、议价粮油、食品、加工、运输、饲料等）和粮油差价补贴。下放后，各市（地）粮食企业的利润缴库指标由省里核定基数，各县（市、区）的由市（地）核定基数；各市（地）的粮油差价补贴由省确定数额；比粮油销售计划增销的差价补贴，属省里安排的由省财政负担，属市（地）安排的由市（地）财政负担。此外，超购粮油加价款在原中央预算体制不变的情况下，由财政部退库改为列省级预算支出。由财政部下达支出预算指标给省财政，省财政下达支出预算指标给市(地)财政；市（地)财政根据粮食部门汇总上报的粮油加价支付情况，审查核定后拨款。
粮食财务管理体制下放后，全省平价粮油经营除少数地方继续实行政策性亏损定额补贴办法外，多数地方采取计划亏损、总额控制、减亏分成的办法。对非平价粮油经营和企业的利润分成，全省粮油加工、饲料加工企业和济南、青岛、烟台市的城镇粮油食品店实行第二步利改税；议价粮油经营和运输企业将留成比例放宽到不高于40％，食品经营的利润留成改为各市（地）按商办工业或餐饮服务业的办法自定。原由省粮食局集中提取的折旧基金改由企业提取，折旧率相应提高，工业企业按5.5％（原为1.5％）、商业企业按4.5％(原为1％)提取。省粮食局除继续对简易建筑费进行统一管理和安排使用外，可提取粮油工业企业、饲料加工企业税后留利和议价留利的10％，以及粮办工业、商业企业（包括饲料、运输企业）当年折旧基金的20％，用于粮食企业技术改造。
二、政策性业务与商业性经营分开后的财务管理体制
1995年，国务院下发《关于粮食部门深化改革实行两条线运行的通知》，规定：粮食政策性业务单位主要有农村粮管所（站）、粮库、军粮供应站；粮油零售企业单位、加工企业、运输企业等都属于商业性经营单位。从事政策性业务的单位,有条件的也要积极开展附营业务和多种经营，但要与政策性业务分开经营，分别核算，有一部分政策性业务也可以委托商业性粮油经营部门代理经营。
同年11月，财政部、国家粮食储备局印发《粮食部门两条线运行财政、财务管理暂行办法》，规定粮油政策性业务单位承担的政策性业务与附营、多种经营业务的经济事项，从会计科目设置、账簿登记到财务管理等彻底分开，单独核算。粮油政策性业务单位发生的当期费用，能直接认定的，按实记入相关费用账户，不能直接认定的费用按经营量或销售收入合理分摊。政策性业务和附营、多种经营业务应分别按实结转成本，不得多转或少转，不得转嫁成本，相互挤占。财政部门对粮油政策性业务按政府确定的补贴标准补贴后，企业因经营管理不善造成的亏损由企业自行消化，不允许出现新的财务挂账。粮油政策性业务单位的政策性业务利润与附营和多种经营业务利润要单独反映，按现行财务制度规定统一分配。中央储备粮油按国家政策调拨、抛售实现的价差收入，由承担政策性业务的单位专项上交中央财政；地方储备粮油实现的价差收入由地方财政商粮食部门核定专项上交。
隶属粮食部门的商业性经营企业的财务，视其主营业务的性质分别执行《商品流通企业财务制度》或相应的其他行业财务制度；财政部有特殊财务政策规定的从其规定。商业性企业承担政府委托的粮油政策性业务时，代理的政策性业务的财务原则上应与自主经营业务的财务分开，单独核算；不经常承担政策性业务或政策性业务量小没有必要单独核算的，要建立政策性业务主要财务指标的备查账簿，并对政策性业务的主要财务事项进行登记。政策性粮油的加工，可以采取价拨加工方式或委托加工方式。城镇零售粮店承担政策性粮油销售时，采取“批零差”方式经营，“批零差”标准按必要费用加合理利润的原则，由省级财政、粮食等部门商定后，报省级政府批准执行。
三、国有粮食购销企业的自主管理
2004年下半年起，随着粮食收购市场的全面放开，国有粮食购销企业开始解决因政企责任不分等原因而造成的历史挂账问题，向成为市场经营主体的方向改革。
2004年7月，国家发改委、国家粮食局等五部门联合下发《关于印发〈进一步深化国有粮食购销企业改革的指导意见〉的通知》，要求完善企业法人治理结构，建立企业内部约束机制。要把加强企业财务管理作为管理的重点，搞好企业核算，加强资金管理，降低经营管理费用。要建立和完善充实企业资本金制度，合理降低企业资产负债率，不断提高企业风险承受能力。切实做到政企分开，使企业真正成为市场经营的主体。规范政府与企业之间的委托代理关系，在国家粮食宏观调控和应急需要时，国家指定的粮食企业接受政府委托，承担粮食政策性业务。经营政策性业务产生的亏损，由财政给予补贴；发生的盈利，上缴财政部门。
同年8月，省政府印发《关于深化国有粮食企业改革的意见》，规定，对国有粮食购销企业的历史财务挂账，经审计认定后，政策性挂账从企业中剥离，由县级以上（含县级）粮食行政管理部门集中管理。对企业已经剥离政策性挂账相应占用的中国农业发展银行贷款，已办理资产抵押的，应当及时解除抵押关系。
四、从专项储备粮油补贴的包干管理到中央储备粮油的垂直管理
1990年，根据国家要求，包括山东省在内的部分省（市），在完成粮食定购任务和安排好市场正常周转需要后，多购部分小麦转入国家专项储备。多购转“专项储备”小麦所需资金，由银行贷款解决。省里将中央财政付给的贷款利息、储存费用补贴、调出时收取的调拨经营费收入，以及实际收购价与省结算价格的差价，包干给粮食部门管理，由市、县粮食局单独设立账户，单独结算，自负盈亏。扣除实际开支的利息、保管费、调出集运费后，如出现收不抵支，差额由企业从自有资金中解决；如有结余，结余部分转作专用拨款，专项用于仓库建设。地方财政不再负担统购价的贷款利息。
1995年，粮食部门实行两条线运行后，财政部、国家粮食储备局印发的《粮食部门两条线运行财政、财务管理暂行办法》对国家专项储备粮油的费用拨付管理等又进行明确。国家专项储备粮油的费用，根据国家粮食储备局提供的库存数量和国家规定的费用定额，由财政部核拨给中国农业发展银行；再由中国农业发展银行和国家粮食储备局通过粮油政策性补贴专户逐级下拨，年终结算。粮油企业的核算级次，原则不变。
2000年，中国储备粮管理总公司济南分公司成立后，山东的中央储备粮油（含专项储备粮油及原甲字、五○六粮油等*）陆续移交给分公司管理。自此，中央储备粮油的财务管理开始实行垂直管理。2000年12月8日，财政部印发《中央储备粮油财政财务管理暂行办法》，规定：中央储备粮油的财务管理由中国储备粮管理总公司负总责，总公司财务关系在中央财政单列，在财政补贴后自负盈亏。中国储备粮管理总公司负责管理各分公司、各直属粮食企业财务，指导承担中央储备粮油代储业务的企业的财务与会计核算。分公司在财务上为报账单位，不独立核算，受总公司委托，负责管理辖区内中央储备粮油的财务事项；总公司直属的粮食企业，为独立核算单位，在总公司和该区域分公司领导下处理本企业财务事项，照章纳税，自负盈亏；承担中央储备粮油的非总公司直属的粮食企业，代理中国储备粮管理总公司储存、保管中央储备粮油，由公司拨付承储费用，接受公司的财务指导。
*“甲字”储备粮油是国家备荒储备粮油，1955年专门从粮油周转库存中划出一部分开始形成。“甲字粮”实行“专仓管理、专项资金、单独统计”的管理模式，由中央拨付专项资金给地方粮食部门，按要求收购粮油，保管库存。“五○六”储备粮油是国家战略储备粮油。1962年，国务院和中央军委决定建立以备战为目的的军用“五○六”储备粮油。“甲字粮”和“五○六粮”均在中央储备粮垂直管理体制建立后进行了销售处理。