1986年全国粮食科学技术计划会议召开后，省粮食局确定走科技为粮办工业服务的路子，以科研单位和加工企业为主对下安排23个科技项目，当年全面完成，有3项获山东省科技进步奖，7项获商务部科技进步奖。据不完全统计，年内全省共转让粮油科技成果40多项（次），提供科研技术服务39项（次）。
1987年，省委、省政府确定实施“科教兴鲁”战略。全省粮食部门坚持走粮油科技为粮油、食品、饲料加工服务的方向，加快科技成果向生产力转化的步伐。年内，省粮食局对下安排科研计划26项，完成并通过鉴定的18项，9项获得省科委科技成果奖。其中临沂市粮食局油厂、临沂地区粮油工业公司研发成功的大豆浸出“闪发脱溶”低变性脱脂豆粕新工艺，获省科技进步二等奖。批准104个粮油加工企业的技术改造立项，当年竣工投产27个，新增粮油生产能力5亿多公斤。科技成果的转化推动了粮油产品的创优活动。年内，全省有25种粮油产品获得部优、省优称号，较上年增加47％；有58种产品被评为全省粮食系统优良产品。
1988年，全省继续加快粮油工业技术改造步伐，在建项目129个，投资1.5亿元，是历年投资最多的一年。省粮食局成立科技进步奖评审委员会和分专业的评审组，制定《山东省粮食局科技进步奖奖励暂行办法》，并进行首次评审活动，62项成果获省粮食局科技进步奖，其中达到国内先进水平的3项，省内先进水平的4项；有11项获得商业部、省科委的科技进步奖，9种产品获省优、部优称号。
1989—1990年，为改变落后的粮油加工工艺，青岛、淄博、烟台、济南等市从国外引进5条面粉生产线，全省具有国际先进水平的浸出法制油能力也达到80％以上。省粮食局在加工企业中广泛开展小革新、小改造、小创造、小发明的“四小”活动。两年中，全省粮食系统有39项科技成果通过鉴定。其中，4项填补国内空白，10项达到国内先进水平，2项获商业部科技进步奖，11项获省科技进步奖。被评为部优、省优产品的99个，被省粮食局评为优良产品的190个。
1991—1992年，省粮食局印发《山东省粮食局关于加强粮食科技工作的决定》和《山东省粮办工业企业技术进步考核办法（试行）》，推动全省粮办工业企业的技术创新、工艺改造和产品开发。1991年，油酸、硬脂酸、甾醇、环氧大豆油、三鲜伊面、蔬菜系列营养面、婴儿断奶食品、花生豆果、康赛宝、粒粒橙、意大利泡司等60多个新产品相继开发上市。1992年在泰安举行的全国食品工业新产品新技术交流会上，全省粮食系统1800余人参加会议，122个企业与78所大专院校、科研单位建立技术协作关系，向15个贫困县提供38个新产品和32项新技术新工艺的介绍服务工作。两年中，全省粮办工业企业共安排技术改造项目71个，总投资2.35亿元，研制开发新产品313个。科技投入使山东省粮办工业取得较好的效益。
1986—1992年山东省粮食系统粮油、饲料加工情况统计表
表4-4
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┃年份 │粮油加工 │饲料加工 ┃
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┃ │企业数（个）│产值(亿元） │利税（亿元）│产量（万吨）│产值（亿元）│利税（亿元）┃
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┃1986 │260 │12.74 │0.98 │124.88 │4.49 │ ┃
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┃1987 │265 │14.03 │1.30 │131.88 │4.68 │0.64＊ ┃
┠───┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┨
┃1988 │273 │16.48 │1.68 │180.00 │6.56 │0.84 ┃
┠───┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┨
┃1989 │281 │17.20 │1.98 │170.96 │ │ ┃
┠───┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┨
┃1990 │300 │18.09 │1.78 │165.00 │6.00 │0.53＊ ┃
┠───┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┨
┃1991 │ │35.60 │2.01 │194.85 │18.02 │0.64＊ ┃
┠───┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┼──────┨
┃1992 │ │36.51 │ │205.81 │18.60 │ ┃
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说明：带＊的数字为利润数
1993年，省政府决定在3～5年内向全省安排技改资金1000亿元，全省粮食系统开始按照“少建设、多技改”的方针，走内涵扩大再生产的路子。聊城地区粮油科研所、冠县饲料厂研发成功的棉籽饼脱毒活性浓缩料技术获得’93中国科技博览会银奖。
1994年，省粮食局印发《关于加强粮食行业技术改造工作的意见》，要求在3～5年内对老企业进行改造。其中，30％的大中型企业要进行系统改造，工艺、设备、技术达到国际先进水平；40％的企业要进行较系统改造，主要工艺、设备、技术达到国内先进水平；30％的企业要进行专项改造，关键工艺、设备、技术达到国内先进水平。为了搞好新产品开发、技术革新和科技推广工作，省粮食局要求省和烟台、青岛、淄博四个粮油科研所，年内开发填补行业空白的新产品17个以上；没有粮油科研所的市（地）年内至少要开发一项填补省内行业空白的新产品；各县和大中型企业要积极与科研机构或大专院校挂钩，借脑生财；企业均要成立科技小组进行科技攻关。当年，山东莱芜面粉厂参与研发的面粉厂生产过程自动控制及微机管理系统获国内贸易部科技进步二等奖。
1995年，中央和省先后召开科学技术大会，省粮食局下发《关于认真贯彻全省科技大会精神进一步加强粮食科技工作的通知》，借势推动全省粮办工业的科技创新。年内，全省开发新产品的投资总额达到1.1亿元，实现产值1.16亿元，利税1108万元。开发的新产品有4个填补国内空白，2个达到国内先进水平，26个填补省内空白。
1996年，全省各级粮食部门继续实施“科教兴粮”战略。粮食科研单位走科工贸相结合的路子，积极做好科研成果的研究开发与推广应用；粮办工业企业加强与科研机构、高等院校的合作，努力促进科研成果向生产力的转化。年内省粮食局组织开展全省粮油科技成果评选活动，对在粮油科学研究和推广中有突出贡献的单位与个人进行奖励。
1996—1997年，威海市粮食局直属库等级粉、东营粮油公司大豆浸出油、省粮油实业公司精炼油、禹城市饲料公司饲料加工、淄博粮食机械厂机械制造、单县植物油厂花生综合加工、单县绿原油料食品有限公司大豆分离蛋白和德州面粉厂、济宁第二面粉厂、蓬莱面粉厂的技改项目先后立项。
1998年，全省粮食工作会议明确了粮办工业的技术改造和技术创新方向。在技术改造上，面粉厂要向日处理小麦250吨以上、油厂向日处理油料200吨以上、饲料厂向年班产2万吨以上的生产线发展。在技术创新上，大中型面粉厂要开发生产适应城市消费群体需要的高档次面粉、专用面粉，小型面粉厂和小加工机组要在适应农村消费群体需要的前提下适当提高档次；油脂加工企业要生产高级烹调油，并向油脂化工、植物蛋白和副产品综合利用方面延伸；饲料工业要向蛋白饲料、预混合饲料的方向发展。
2000年4月，针对多数粮油产品供过于求、生产能力过剩、企业经济效益低、结构性矛盾突出的问题，省粮食局印发《山东省粮办工业结构调整意见》。提出要立足全省粮办工业实际，坚持优质高效的原则，以市场为导向，以效益为中心，以调整产品结构、产业结构和组织结构为重点，打破原有的行政区划和所有制界限，对现有资产实施重组；强调要依靠科技进步，增强科技创新能力，促进产业结构优化和产品档次的提高，以增强全省粮办工业企业和粮油产品在国内外市场的竞争能力。
至2000年，全省粮办工业企业年生产能力1012万吨，是1995年的1.3倍，其中面粉加工能力450万吨，油脂加工能力255万吨，分别是1995年的1.2倍和1.8倍。“九五”时期，全省粮办工业总产量1977万吨，是“八五”时期的1.1倍。其中，面粉产量1400万吨，油脂产量为136万吨，分别是“八五”时期的1.2倍和2.5倍。“九五”时期，全省粮办工业实现产值344亿元，是“八五”时期的1.3倍。
1999年后，全省粮食加工行业加快对国外新产品、新技术、新工艺、新设备的消化吸收。省粮食局引导社会粮油加工企业加大科技投入，提出有条件的企业要建立科学技术研发机构，自主研发经费要占企业年销售收入的1％；要舍得花钱买专利，努力创办具有高科技含量的项目。
“十五”时期，省粮食局组织申报国家计委现代农业高科技产业化示范项目，先后通过国家粮食局转报山东香驰粮油有限公司大豆分离蛋白及副产品综合利用项目、无棣润驰科技食品有限公司1.5万吨/年大豆蛋白纤维高科技产业化示范项目、山东半球面粉有限公司利用国产优质小麦替代进口原料生产优质专用面粉暨副产品开发功能性食品示范项目、烟台嘉诚油脂食品有限公司花生深加工综合示范工程项目、德州市粮食局100万亩优质小麦基地建设及年产30万吨食品专用粉生产线和副产品综合利用项目等；组织申报国家发改委现代农业、生物、科学仪器和自动化高技术产业化项目，先后通过国家粮食局转报滨州泰裕麦业有限公司小麦专用粉生产智能控制系统及专用检测仪器、邹平怡康集团有限公司无水葡萄糖、山东天生药业有限公司天生素、烟台立可得计量仪表有限公司超声波液体流量计等项目。同时，全省多家粮油加工企业加强科技创新。山东鲁花集团有限公司2005年完成的5S物理压榨花生油生产工艺及食用油系列产品开发项目，带来好的经济效益，获中国粮油学会科学技术奖二等奖。
1986—2005年，全省粮食工业企业坚持“科技是第一生产力”的指导思想，积极实施“科教兴粮”战略，促进了全省粮食工业企业发展。2005年，全省规模以上粮油加工企业440家，其中，小麦粉加工企业341家，年加工能力1396万吨，实际产量764万吨，居全国第一位；食用植物油加工企业72家，年加工能力926万吨，实际产量221万吨，居全国第一位。完成工业总产值506亿元，产品销售收入513亿元，创利润12亿元。省粮食局重点指导的十强粮油企业，销售收入和利润分别达到112亿元和3.6亿元，占全省总量的24.6％和31.3％。