1993—1998年，农业“三站”和生产企业参与到农资经营中来，农资经营市场活力倍增，市场形势趋于好转。1999—2005年，农资市场彻底放开，经营主体突破“一主两辅”架构，开始以市场化运作为主要手段，通过提升技术服务、产品质量、经营信誉等，实现市场竞争状态下的优胜劣汰，促使农资市场重新洗牌整合。
一、农资经营
20世纪90年代初期，化肥、农药、农膜等主要农资的经营仍然延续专营制度。
1991年3月，全省农资经营工作会议在济南召开。会议要求加强专营，强化服务，支持全省农业再上新台阶。当年，全省供销社农资系统紧紧围绕“支农、促农、科技兴农”这一中心任务，强化专营、强化服务、强化竞争，在全省供销社农资企业开展“质量、品种、效益年”活动，充分发挥农资专营主渠道作用，保证农资商品供应，支援全省农业生产发展。全年供应农业生产资料63.6亿元，同比增长13.6％。其中，供应化肥920万标准吨，同比增长10.2％；农药53546吨，同比增长12.2％；农膜47736吨，同比增长43.1％。11月，全省农资分公司经理会议在淄博市召开，要求按照“强化、开拓、联合、加工、培养、规范、增效”原则做好1992年农资经营工作。
1992年6月，全国首家由省级供销社主办的省级农资商品批发市场——山东农资市场在济南开业，为供销社系统农资经营提供了良好平台。1992年，全省供销社系统农资销售66.8亿元，位居全国第一。从整体看，农资经营利润减少，主要原因是当年病虫害减轻，农药需求减少，农药经营部门对存货降价销售，盈利减少。
1993年，农资企业经营机制急剧变化，“一主两辅”的流通体制，使农资行业摆脱专营制度的诸多缺陷，促进了农资行业健康稳定发展，也保障了农业用肥需要。在新的流通体制影响下，市场竞争格局逐渐显现，供销社农资经营企业受到一定程度挑战，各级供销社及所属农资公司开始采取措施，由统一计划调拨向全方位竞争转变。莒南县农资公司1993年前仅设几个大而全的综合科室，经营品种也仅局限于化肥、农药、农膜三大品种。专营制度被打破后，为适应市场形势，通过市场调查，公司大胆改革内部经营管理体制，重新设置化肥科、农药科、农膜科、综合科、开发公司、物资公司、农贸公司、服务公司等15个专业经营机构。在此基础上，公司将决策权、购销权、定价权等权利直接下放给各经营单位，并制定按效益分档定级，通过对贡献突出的单位和个人进行重奖等措施，使职工发挥各自的优势。1993年，该公司新增设各类销售网点200多处，新发展各类客户200多家，全年完成商品销售额3800多万元，同比增长51.4％。
同年，全省供销社系统农资企业纯购进化肥1513万标准吨、农药89651吨、农膜57341吨，同比分别增加545万标准吨、32769吨和3938吨；化肥纯销售1440万标准吨、农药89570吨、农膜55334吨、农药械10155架，同比分别增加468万标准吨、27600吨、1334吨、10273架。1993年，山东省农资的销售总额和数量均居全国第一，全省县级以上农资企业完成商品销售额575513万元，同比增加55381万元，增长10.65％，为保障全省农业生产发展作出了突出贡献。其中烟台市农业生产资料总公司完成商品销售总额37751万元，实现利税1829万元，人均创利税12.36万元，名列全省同行业之首。
1994年，国家实施税制改革，化肥政策也相应调整，农资价格有所上涨。全省各级农资经营企业按照省委、省政府要求，在尽量争取优惠政策的基础上，积极开拓经营，充分发挥农资经营主渠道作用，利用自身网络优势，既注重抓好省内货源收购、搞好支农促产，又下大力气抓好货源外采工作。全省全年化肥需求量1000万标准吨左右，省内资源900万标准吨左右，供需缺口100万标准吨。农资企业在省内资源不足的情况下，组织外采和进口优质化肥150万标准吨，基本满足当年度农业生产需要。
1996年，随着农资市场的放开，专营体制弱化，农资市场呈千家纷争状态，农资经营秩序混乱，农民利益受损。为进一步搞活农资流通体制，理顺专营与放开的政策机制，各地着手整顿农资市场秩序，把农资市场的管理权、检查权、无证摊位取缔权和违章责罚权交给当地供销社。邹城市人民政府明确，供销社所属的农资公司和基层供销社是化肥流通主渠道，其他单位和个人一律不准经营化肥。市内化肥生产企业生产的化肥，除省、市（地）调控以外，自销部分只能销售给合法化肥经营单位，不得转售其他单位和个人；农业“三站”经营的化肥只能直接面向农户用于技术推广有偿服务。按照邹城市人民政府要求，邹城市供销社成立农资市场管理领导小组，组建由工商、技术监督、供销社等部门参与的稽查大队。通过这些措施，全市农资市场秩序迅速好转，供销社农资经营企业的主渠道地位进一步巩固。当年，全省供销社农资企业化肥纯购进829万标准吨，同比增长2.9％，纯销售1018万标准吨，同比增长18.2％；农药购进54670吨，同比下降1.1％，销售51143吨，同比下降1％；农膜购进35885吨，同比增长4.9％，销售42401吨，同比增长5.2％。
20世纪90年代中后期，农资市场形势发生较大变化。1998年，国家取消国产化肥指令性生产计划和统配收购计划，农资经营渠道进一步放宽。同时，放开化肥零售价格。1999年，农资市场竞争日趋激烈，农资价格不断下跌，毛利水平大幅下降，加之资金短缺，农资企业经营困难。面对严峻的市场形势，各级供销社农资经营企业进一步完善农资连锁经营制度，建设农资批发市场，加大科技服务力度，完善“庄稼医院”等科技服务网络，深化流通体制改革，开拓经营，取得较好成效。
2000年，农资流通市场化进程加快、农资市场平稳，但经营形势十分严峻。在国家对农资商品的生产、流通实施有效管理和宏观调控下，全国农资市场货源充足，价格下降，农民购肥心理稳定，农资流通初步实现从计划向市场的过渡。但由于农业对化肥等农资商品的有效需求减少，农资销售困难。加之农资商品价格持续走低，农资经营风险日益加大。农资市场经营渠道“管住批发，放开零售”的改革，使社会上假冒伪劣农资产品屡禁不止，造成农资市场秩序较乱。面对严峻形势，省供销社农资企业积极探索适应市场经济要求的经营方式，深化产权制度改革，加强市场网络建设，严把质量关，文明经商，实现农资经营的市场占有率仍在65％以上。
2004年，化肥市场受生产成本推动、用肥需求拉动、国际化肥高价位带动及运力不足、运费上涨等因素的综合影响，市场持续升温，产量不断增长，出口大幅增加，价格不断攀升，用肥淡季仍居高不下。国务院和国家有关部门相继出台一系列扶持生产、促进流通、保证供应、稳定价格的政策措施，对化肥出厂价格和进销差率进行调控。省供销社农资系统认真贯彻落实中央文件精神和价格监管措施，做好农资供应，平抑农资价格，积极与有关部门密切配合，共同促进农资市场资源和价格平稳，在建立并承担国家化肥淡季商业储备、实施农资信用等级分类管理等方面取得较大进展。当年，全省供销社系统累计供应化肥1104.1万标准吨，同比增长2.1％。其中，尿素349.2万吨，同比减少17.9％；二铵150万吨，同比增长2.9％。供销社在全省农资供应中仍然处于主渠道地位。
至2005年底，全省供销社供应的农资商品量占社会供应量的70％以上，部分县（市、区）达到90％以上，有效稳定了农资市场供应，维护了农资市场秩序。
1991—2005年山东省供销社系统农业生产资料销售额统计表
表1-1
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┃年份 │农资销售额（亿元）│同比增长（%） │年份 │农资销售额（亿元）│同比增长（%） ┃
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┃1991 │63.6 │13.6 │1999 │100.7 │-12.8 ┃
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┃1992 │66.8 │5 │2000 │103.2 │2.5 ┃
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┃1993 │65.5 │-1.9 │2001 │102 │-1.2 ┃
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┃1994 │64.6 │-1.4 │2002 │94.3 │-7.5 ┃
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┃1995 │98.6 │52.6 │2003 │88.8 │-5.8 ┃
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┃1996 │116.8 │18.5 │2004 │100.1 │12.7 ┃
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┃1997 │124 │6.2 │2005 │104.5 │4.4 ┃
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┃1998 │115.5 │-6.9 │ │ │ ┃
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二、农资储备
自20世纪80年代末期起，国家开始实施化肥、农药救灾储备制度和化肥淡季储备制度，保证农业生产用肥用药市场供应，促进市场价格稳定，保护农民利益，促进农业生产。
1988年，为支援农业救灾，按照国务院《关于实行化肥、农药、农膜专营的决定》要求，国家建立救灾储备制度，山东省人民政府也出台地方救灾储备制度，此项储备任务由中国农业生产资料公司和山东省供销社两级专营单位承担，储备数量由国务院或山东省人民政府审定。省供销社按照国家规定建立相应的储备制度，保障化肥、农药、农膜供应，储备资金和利息由省财政补贴。同时，逐步建立农药经营储备风险基金制度。
1989年，为保证突发性病虫害和其他灾情急用，国务院下发《关于完善化肥、农药、农膜专营办法的通知》，重申“要分级储备一部分农药”的办法。中央储备的救灾农药暂定为2.5万吨（成药），所需储备资金由人民银行商请有关专业银行解决，利息由中央财政负担。全省的储备量及资金、利息，由省政府参照中央储备办法安排落实，具体交由省农资公司承担。中央救灾和省间调拨的农药，调出地区必须保证按计划完成，不得封锁，不得行令禁运。
1992年10月，国务院下发《关于加强化肥、农药、农膜经营管理的通知》，进一步明确农资储备的执行方式，要求各省（区、市）农资储备工作报省级农资协调领导小组审定后由各省级农资公司执行。
1994年8月，国务院下发《关于改革化肥等农业生产资料流通体制的通知》，根据化肥常年生产、季节使用的特点，正式明确建立化肥淡季储备制度。9月，省政府下发《关于化肥等农业生产资料流通体制改革实施办法的通知》，要求省农资公司每年从省级分配的资源中拿出10万吨优质化肥，作为省级化肥储备，确保救灾急需；储备资金由省农业银行负责贷款；储备费用、利息据实计算，由省财政厅和省农资公司共同承担。
1998年，农资流通体制开始向市场化运作推进，经营主体的多样化、民营化，使农资应急机制面临新的挑战。为发挥政府救灾调控职能，建立化肥救灾应急机制，国务院于11月下发《关于深化化肥流通体制改革的通知》，指出为解决救灾用肥应急需要，国家决定建立中央救灾化肥年度储备制度，规定每年雨季来临之前，通过收储和进口，准备50万实物吨救灾备用化肥。储备资金由中国农业银行安排，每年给予半年贴息，由中央财政和使用救灾化肥的地方财政各负担一半。救灾储备化肥继续由中国农业生产资料集团公司负责经营，救灾化肥的收购和出库价格由国家计委会同有关部门确定。
1999年3月，省政府下发《关于贯彻国发〔1998〕39号文件进一步深化化肥流通体制的通知》，规定全省每年安排从齐鲁石化公司第一化肥厂、鲁南化肥厂和鲁西化肥厂收购及通过进口准备5万实物吨优质化肥作为省级救灾储备，储备资金由省农业银行安排，每年省财政给予承储单位半年贴息。省级救灾储备化肥继续委托省农业生产资料公司收储经营。省供销社及所属农资公司严格执行国家政策，这种以救灾化肥形式制定储备任务的政策，一直延续至2004年。
2004年后，随着市场多元化建设的逐步成熟，化肥储备已经不仅仅局限于救灾用途，供求关系的变化也引起市场供应的波动，原有的救灾化肥储备制度已经不适应新形势的需要。为更好地解决化肥常年生产、季节使用的矛盾，促进化肥企业均衡生产，满足用肥旺季农业生产需要，国家开始以淡季商业储备的形式对化肥这一特殊商品实施国家储备。2005年1月，国家发展改革委、财政部联合印发《化肥淡季商业储备管理办法》，标志着国家化肥淡季储备制度正式建立。
2004—2005年，国家第一批化肥淡季商业储备以招投标形式进行，总量共计400万吨，各省（区、市）多家农资流通企业参与投标。其中，山东省农业生产资料有限责任公司夺得10万吨标的，烟台市农业生产资料公司承担5万吨储备任务。