2001年6月，根据省供销社直属企业实际情况，参照《中华全国供销合作总社关于社有企业改制形式的政策指导意见》，省供销社印发《山东省供销合作社联合社关于深化直属企业改革改制试行意见》，对直属企业的改制形式作出明确说明。
一、控股企业
对经营情况较好，与全省供销合作事业和农村经济发展密切相关的主业和具有强大竞争力的企业，通过改制组建省供销社控股公司，并根据其实际情况成立若干由母公司控股的子公司。吸纳关联性强、合作潜力大的社会法人作为投资主体进入母公司或子公司。在母公司和子公司设立自然人股份，通过聘任和竞争上岗与企业签订劳动合同的人员，根据岗位、贡献、责任的不同，可在母公司或子公司持有相应股份。在自然人持有的股份中，经营者相对持大股，业务骨干持较大股份。对经营者和有贡献人员实行期权期股办法。
（一）山东省棉麻公司
山东省棉麻公司成立于1965年，是省政府确定的全省15家重点培育发展的流通大企业之一。随着经济体制改革逐步深入和市场经济发展，省棉麻公司不断转变观念，深化改革，搞活经营，强化管理，取得一定成效，但改革滞后、投资主体单一、法人治理结构不完善、历史负担沉重等问题仍然存在。为使棉麻企业尽快转轨改制，国务院、山东省人民政府陆续出台一系列企业改革和社企分开的文件，指导、督促棉麻企业改革改制工作。
1999年，国务院下发《关于解决当前供销合作社几个突出问题的通知》，提出各级供销社棉花经营企业要全面贯彻落实国务院关于棉花流通体制改革的精神，积极参与市场竞争，下岗分流，减员增效，自负盈亏；通过调整收购网点，减少流通环节和流通费用；实行政策性业务和经营性业务、主营业务与附营业务严格分开。鼓励产棉区以供销社为依托发展棉花合作组织，与农民结成利益共同体。具备条件的棉花合作组织可直接与大型纺织企业建立稳定的产销关系，实现产供销、贸工农一体化。
2003年，以党的十六大及省委工作会议“解放思想、干事创业、加快发展”精神为指针，以上级有关企业改革的政策要求为指导，以产权制度改革为突破口，以《中华人民共和国公司法》为基本制度规范，以理顺新旧产权关系、组织关系、人事关系、分配关系为工作重点，省棉麻公司开始改革改制，建立现代企业制度，完善法人治理结构，形成适应社会主义市场经济发展要求的管理体制和经营机制。当年，该公司整体改制为山东省棉花（集团）股份有限公司，并成立山东金乡天元棉业有限公司、山东巨野鲁棉天元棉业有限公司、山东临清天元棉业有限公司。在改革改制过程中，省棉麻公司始终坚持六项基本原则：（1）产权多元化原则。在改制后公司股权结构设置以及省棉麻公司原资产处置上，确保改制后公司投资主体多元化。（2）制度化和规范化。各项改革措施的出台和实施都以法律法规和相关政策为依据，按规合法操作。（3）注重发展原则。改革改制紧密结合公司发展思路和经营战略，改进内部组织框架和经营机制。（4）协调推进原则。省棉麻公司本部改制后，改制后的新公司负责对原属独资、控股、参股公司按同样原则进行改革。（5）妥善安置职工。对提前解除合同的职工，按国家有关规定给予一定的经济补偿。改制后企业的人员聘用，在同等条件下优先考虑原公司职工就业。做好原公司人员劳动关系、档案和养老、医疗保险金等关系转移的服务工作。（6）企业改制后，重大经营管理事项由股东大会研究决定。
改制后的山东省棉花（集团）股份有限公司重组省棉麻公司原有资产、业务和人员。原有资产分类处置，省棉麻公司净资产部分用于投资股份公司，部分用于离退休及内退人员生活保障金、在职职工置换工龄和解除劳动合同补偿金、经营者和员工的期股奖励等等；原债权债务由股份公司继承；业务重新整合，省棉麻公司原有业务纳入改制后的股份公司，根据业务特点和自身实际，设置管理和经营机构，重新整合原有业务；在人员安置上，省棉麻公司原职工与公司解除劳动合同，按规定领取经济补偿金，选择在股份公司竞争上岗双向选择人员，重新与新公司签订劳动合同；根据《中华人民共和国公司法》建立“三会一层”法人治理结构。
（二）山东省农业生产资料公司
计划经济时期和改革开放初期，山东省农业生产资料公司一直担负着重要农用物资的调拨、供应及救灾储备等工作，为山东省农业和农村经济发展服务。随着国家政策调整和市场经济逐步推进，省农资公司长期以来依赖调拨差价、进口配额维持生存的状况成为历史。
1999年，国务院下发《关于解决当前供销合作社几个突出问题的通知》，要求供销社农资经营企业适应化肥市场逐步放开的形势，转变经营机制，努力改善为农服务水平，在市场竞争中发挥主导作用。国家和地方委托农资企业承担储备任务的，要核定储备费用和利息补贴数额。农资企业经营化肥购销业务发生的亏损，一律由企业自行承担，要与化肥生产企业加强营销联系。
2001年，省农资公司以党的十五届四中全会精神为改革改制指针，落实省供销社关于直属企业改革改制的基本要求，遵循《中华人民共和国公司法》规定，以产权制度改革为核心，实行社企分开，建立出资人制度和有限责任制度，实现投资主体多元化，公司产权明晰化，建立和完善法人治理结构，把公司发展和出资人、经营者、职工的利益紧紧捆绑在一起，充分调动各方面积极性，盘活闲置资产，转换企业机制，拓展经营领域，提高管理水平，增加经济效益。2003年，山东省农业生产资料公司整体改制为山东省农业生产资料有限公司，主要经营化肥、农药、农膜、种子等生产资料，兼营煤炭、铁矿石、煤焦油、建材、钢材以及酒店等，并享有自营进出口经营权。2005年9月，为进一步调动经营者的积极性，促使公司在当前农资市场激烈竞争中有更大发展，农资公司进行第二次改制。改革改制过程中，省农资公司始终坚持五项基本原则：（1）在股权设置上，由省供销社控股，经营者持大股，职工自愿参股，适当吸纳社会法人股。（2）企业产权制度的改革与转换企业经营机制、调整经营结构和经营方式紧密结合。（3）企业改制与资产重组特别是盘活存量资产密切结合。（4）公司本部改制与直属分公司改制同步进行，相互促进。（5）积极稳妥地进行公司改制，搞活企业与关心职工生活相结合。
2001—2005年，农资公司以服务“三农”为宗旨，以塑造“齐鲁农资航母，山东支农先锋”企业形象为目标，围绕“一业为主，多种经营、广泛联合、规模发展”的经营战略，坚持“求实、诚信、联合、共赢”的经营理念，全面开创经营、管理和农化服务的新局面，农业服务能力和水平不断提高。至2005年底，公司下设9个管理部门、13个专业经营公司、11个
品牌经营公司、30个连锁经营分公司、4个控股子公司，在全省设立连锁公司30多家、中心库（配送中心）40多处，发展加盟店2686家。
（三）山东天鹅棉业机械股份有限公司
山东棉麻机械厂创建于1955年，2002年6月整体改制，成立山东天鹅棉业机械股份有限公司（简称天鹅棉机公司）。同年，为充分调动职工积极性，实现股东结构多元化，省供销社决定，从天鹅棉业机械股份有限公司退出部分股份，由天鹅棉业机械股份有限公司职工出资购买。股份转让后，企业原债权、债务不变，离退休人员管理不变。原山东棉麻机械厂职工身份全部置换，与山东天鹅棉业机械股份有限公司重新签订劳动合同，解除合同并不再签订新合同的职工，按照有关规定领取经济补偿金。
改制后的天鹅棉机公司以棉花机械制造为主业，立足山东，面向国内外市场，依靠科技进步，获得长足发展，由初期建立的一个只能生产机械配件的小型修配厂，发展成为具有代表国内棉机制造技术先进水平的高新技术科技型企业，产品深受国内棉花加工企业欢迎，并远销国际市场。
二、参股企业
省再生资源公司、省供销社经贸实业公司、省供销社烟花爆竹公司3个公司资产规模不大，尚有一定发展潜力，改制为有限责任公司，省供销社参股、吸纳社会法人和自然人入股、经营者持大股、职工自愿参股。在立足原有主业的同时，积极开拓新的利益增长点。但由于受客观条件的影响，省再生资源公司改制并未进行，只是进行公司重组，至2005年底，仍是省供销社全资企业。省供销社经贸实业公司于2001年8月并入山东中糖发展有限公司。省供销社烟花爆竹公司改制为省烟花爆竹经贸实业有限责任公司，继续在省供销社领导下开展烟花爆竹购销及行业安全管理工作。
三、困难企业
一些计划经济时期的社属传统公司及20世纪90年代新成立的商贸公司改制后仍经营困难。2003年，省果品公司、省土产杂品公司、省日杂蜂产品公司、省供销社对外经济贸易公司、省供销社华兴公司、省供销社粮油饲料公司、省供销社工业品公司、省供销社招待所、省供销社印刷厂共9个单位全部歇业，停止经营，人员分流。根据职工要求和实际情况，省供销社在组建新公司、选择经营项目、挑选经营带头人及新企业启动等方面给予指导帮助。
四、省属驻各市（地）棉麻二级站
2000年底，全省供销社系统共有12个省属棉麻二级站。2001年1月，省供销社印发《关于省属棉麻站改革改制的意见》，以建立现代企业制度为目标，实施产权制度改革，转换经营机制和管理机制，省供销社资产从棉麻二级站退出，实行投资主体多元化，完善法人治理结构。
棉麻站改制后，省供销社理事会不再持有新企业股份，鼓励经营者多持股、持大股，职工自愿参股。原企业的净资产，省供销社理事会变现抽回50％，其余50％用于离退休职工养老保险和医疗保险支出，由改制后企业负责管理使用。职工身份全部置换，按照社企分开规定，解除与省供销社的行政隶属关系。
根据棉麻站的资产和经营状况，采取4种不同的改制形式：（1）平原、高密棉麻站净资产较多，企业实力雄厚，经营状况和发展前景较好，整体划转山东省棉麻公司。（2）济南、淄博、泰安、济宁、禹城5个棉麻站，净资产较少、企业状况和发展前景一般，其净资产一部分用于安置职工，其余部分由企业经营者和全体职工以现金出资形式进行置换，省供销社退出。
（3）青岛、德州、晏城、小营4个棉麻站没有净资产，实行零资产改制，省供销社退出。（4）兖州棉麻站资产和经营状况较差，未进行改制，划转济宁市供销社。
五、省属驻各市（地）农资分公司
省属驻各市（地）农资分公司有济南、青岛、淄博、枣庄、烟台、潍坊、济宁、泰安、临沂、德州、聊城、滨州、菏泽13家，均为省供销社所属全资企业。20世纪90年代，随着国家农资计划供应体制逐步取消，各地农资分公司失去政策保护和市场垄断地位，经营萎缩，亏损严重，多数已资不抵债。
1995—2000年，根据分公司实际情况，青岛、烟台、济宁、泰安、临沂、德州、滨州7家农资分公司统一进行改革改制，交由地方供销社管理。
2001年，在兼顾省供销社、企业干部职工和地方供销社三者利益的基础上，省供销社印发《关于继续深化农资分公司改革改制的意见》，要求各分公司根据资产和经营现状，采取灵活形式进行改制。适合股份制改造的，建立现代企业制度，实施产权制度改革，实行股本多元化，完善法人治理结构；资不抵债、难以为继的，通过争取当地政府和有关部门的理解支持，依法破产；不能破产又暂不能改制的，停业整顿，采取多种途径分流人员。在分公司改革改制过程中，坚持省供销社指导、市供销社参与、企业为主、规范操作的原则，减少改革成本，保障职工合法权益，防止社有资产流失。
2001—2005年，根据省供销社《关于继续深化农资分公司改革改制的意见》，其余6家分公司根据企业实际情况采取如下改制形式：（1）对资产质量较好的分公司，在明晰产权的基础上，将企业整体改制为有限责任公司。2001年，枣庄农资分公司进行资产评估处置，整体改为职工个人持股的有限公司，人员身份置换，全部进入市场，自负盈亏。（2）资产质量一般，经营比较困难的分公司，对企业所剩的净资产实行折价出售，由分公司干部职工或社会上其他企业和个人一次性买断，收入所得一部分作为职工养老保险和医疗保险基金，一部分作为分流在职职工的费用。济南、淄博、潍坊3家农资分公司分别于2001年、2003年、2004年进行改革改制，与职工解除劳动合同，分别设留守人员3人、2人、1人。留守人员主要负责以下工作：为离休老干部服务，负责办理离休老干部从省里报销费用等；为退休老干部服务，负责退休老干部医药费的收集上报及报销费用的发放；为遗属服务，主要是未进入统筹的遗属的补助费发放。留守人员及遗属补助等费用由省农资公司承担。（3）严重亏损已经资不抵债经营难以为继的分公司，走依法破产、解散企业之路。2002年，菏泽农资分公司经菏泽市中级人民法院判决进入破产程序。破产后分公司1人留守，为职工办理医保、社保等事务，留守人员费用由省农资公司承担。（4）至2005年底，聊城农资分公司尚未改制，在职职工90余人，留守人员8人，主要负责鲁化路办公区的日常工作及仓储区的租赁管理。
第二节 改制形式
2001年6月，根据省供销社直属企业实际情况，参照《中华全国供销合作总社关于社有企业改制形式的政策指导意见》，省供销社印发《山东省供销合作社联合社关于深化直属企业改革改制试行意见》，对直属企业的改制形式作出明确说明。
一、控股企业
对经营情况较好，与全省供销合作事业和农村经济发展密切相关的主业和具有强大竞争力的企业，通过改制组建省供销社控股公司，并根据其实际情况成立若干由母公司控股的子公司。吸纳关联性强、合作潜力大的社会法人作为投资主体进入母公司或子公司。在母公司和子公司设立自然人股份，通过聘任和竞争上岗与企业签订劳动合同的人员，根据岗位、贡献、责任的不同，可在母公司或子公司持有相应股份。在自然人持有的股份中，经营者相对持大股，业务骨干持较大股份。对经营者和有贡献人员实行期权期股办法。
（一）山东省棉麻公司
山东省棉麻公司成立于1965年，是省政府确定的全省15家重点培育发展的流通大企业之一。随着经济体制改革逐步深入和市场经济发展，省棉麻公司不断转变观念，深化改革，搞活经营，强化管理，取得一定成效，但改革滞后、投资主体单一、法人治理结构不完善、历史负担沉重等问题仍然存在。为使棉麻企业尽快转轨改制，国务院、山东省人民政府陆续出台一系列企业改革和社企分开的文件，指导、督促棉麻企业改革改制工作。
1999年，国务院下发《关于解决当前供销合作社几个突出问题的通知》，提出各级供销社棉花经营企业要全面贯彻落实国务院关于棉花流通体制改革的精神，积极参与市场竞争，下岗分流，减员增效，自负盈亏；通过调整收购网点，减少流通环节和流通费用；实行政策性业务和经营性业务、主营业务与附营业务严格分开。鼓励产棉区以供销社为依托发展棉花合作组织，与农民结成利益共同体。具备条件的棉花合作组织可直接与大型纺织企业建立稳定的产销关系，实现产供销、贸工农一体化。
2003年，以党的十六大及省委工作会议“解放思想、干事创业、加快发展”精神为指针，以上级有关企业改革的政策要求为指导，以产权制度改革为突破口，以《中华人民共和国公司法》为基本制度规范，以理顺新旧产权关系、组织关系、人事关系、分配关系为工作重点，省棉麻公司开始改革改制，建立现代企业制度，完善法人治理结构，形成适应社会主义市场经济发展要求的管理体制和经营机制。当年，该公司整体改制为山东省棉花（集团）股份有限公司，并成立山东金乡天元棉业有限公司、山东巨野鲁棉天元棉业有限公司、山东临清天元棉业有限公司。在改革改制过程中，省棉麻公司始终坚持六项基本原则：（1）产权多元化原则。在改制后公司股权结构设置以及省棉麻公司原资产处置上，确保改制后公司投资主体多元化。（2）制度化和规范化。各项改革措施的出台和实施都以法律法规和相关政策为依据，按规合法操作。（3）注重发展原则。改革改制紧密结合公司发展思路和经营战略，改进内部组织框架和经营机制。（4）协调推进原则。省棉麻公司本部改制后，改制后的新公司负责对原属独资、控股、参股公司按同样原则进行改革。（5）妥善安置职工。对提前解除合同的职工，按国家有关规定给予一定的经济补偿。改制后企业的人员聘用，在同等条件下优先考虑原公司职工就业。做好原公司人员劳动关系、档案和养老、医疗保险金等关系转移的服务工作。（6）企业改制后，重大经营管理事项由股东大会研究决定。
改制后的山东省棉花（集团）股份有限公司重组省棉麻公司原有资产、业务和人员。原有资产分类处置，省棉麻公司净资产部分用于投资股份公司，部分用于离退休及内退人员生活保障金、在职职工置换工龄和解除劳动合同补偿金、经营者和员工的期股奖励等等；原债权债务由股份公司继承；业务重新整合，省棉麻公司原有业务纳入改制后的股份公司，根据业务特点和自身实际，设置管理和经营机构，重新整合原有业务；在人员安置上，省棉麻公司原职工与公司解除劳动合同，按规定领取经济补偿金，选择在股份公司竞争上岗双向选择人员，重新与新公司签订劳动合同；根据《中华人民共和国公司法》建立“三会一层”法人治理结构。
（二）山东省农业生产资料公司
计划经济时期和改革开放初期，山东省农业生产资料公司一直担负着重要农用物资的调拨、供应及救灾储备等工作，为山东省农业和农村经济发展服务。随着国家政策调整和市场经济逐步推进，省农资公司长期以来依赖调拨差价、进口配额维持生存的状况成为历史。
1999年，国务院下发《关于解决当前供销合作社几个突出问题的通知》，要求供销社农资经营企业适应化肥市场逐步放开的形势，转变经营机制，努力改善为农服务水平，在市场竞争中发挥主导作用。国家和地方委托农资企业承担储备任务的，要核定储备费用和利息补贴数额。农资企业经营化肥购销业务发生的亏损，一律由企业自行承担，要与化肥生产企业加强营销联系。
2001年，省农资公司以党的十五届四中全会精神为改革改制指针，落实省供销社关于直属企业改革改制的基本要求，遵循《中华人民共和国公司法》规定，以产权制度改革为核心，实行社企分开，建立出资人制度和有限责任制度，实现投资主体多元化，公司产权明晰化，建立和完善法人治理结构，把公司发展和出资人、经营者、职工的利益紧紧捆绑在一起，充分调动各方面积极性，盘活闲置资产，转换企业机制，拓展经营领域，提高管理水平，增加经济效益。2003年，山东省农业生产资料公司整体改制为山东省农业生产资料有限公司，主要经营化肥、农药、农膜、种子等生产资料，兼营煤炭、铁矿石、煤焦油、建材、钢材以及酒店等，并享有自营进出口经营权。2005年9月，为进一步调动经营者的积极性，促使公司在当前农资市场激烈竞争中有更大发展，农资公司进行第二次改制。改革改制过程中，省农资公司始终坚持五项基本原则：（1）在股权设置上，由省供销社控股，经营者持大股，职工自愿参股，适当吸纳社会法人股。（2）企业产权制度的改革与转换企业经营机制、调整经营结构和经营方式紧密结合。（3）企业改制与资产重组特别是盘活存量资产密切结合。（4）公司本部改制与直属分公司改制同步进行，相互促进。（5）积极稳妥地进行公司改制，搞活企业与关心职工生活相结合。
2001—2005年，农资公司以服务“三农”为宗旨，以塑造“齐鲁农资航母，山东支农先锋”企业形象为目标，围绕“一业为主，多种经营、广泛联合、规模发展”的经营战略，坚持“求实、诚信、联合、共赢”的经营理念，全面开创经营、管理和农化服务的新局面，农业服务能力和水平不断提高。至2005年底，公司下设9个管理部门、13个专业经营公司、11个
品牌经营公司、30个连锁经营分公司、4个控股子公司，在全省设立连锁公司30多家、中心库（配送中心）40多处，发展加盟店2686家。
（三）山东天鹅棉业机械股份有限公司
山东棉麻机械厂创建于1955年，2002年6月整体改制，成立山东天鹅棉业机械股份有限公司（简称天鹅棉机公司）。同年，为充分调动职工积极性，实现股东结构多元化，省供销社决定，从天鹅棉业机械股份有限公司退出部分股份，由天鹅棉业机械股份有限公司职工出资购买。股份转让后，企业原债权、债务不变，离退休人员管理不变。原山东棉麻机械厂职工身份全部置换，与山东天鹅棉业机械股份有限公司重新签订劳动合同，解除合同并不再签订新合同的职工，按照有关规定领取经济补偿金。
改制后的天鹅棉机公司以棉花机械制造为主业，立足山东，面向国内外市场，依靠科技进步，获得长足发展，由初期建立的一个只能生产机械配件的小型修配厂，发展成为具有代表国内棉机制造技术先进水平的高新技术科技型企业，产品深受国内棉花加工企业欢迎，并远销国际市场。
二、参股企业
省再生资源公司、省供销社经贸实业公司、省供销社烟花爆竹公司3个公司资产规模不大，尚有一定发展潜力，改制为有限责任公司，省供销社参股、吸纳社会法人和自然人入股、经营者持大股、职工自愿参股。在立足原有主业的同时，积极开拓新的利益增长点。但由于受客观条件的影响，省再生资源公司改制并未进行，只是进行公司重组，至2005年底，仍是省供销社全资企业。省供销社经贸实业公司于2001年8月并入山东中糖发展有限公司。省供销社烟花爆竹公司改制为省烟花爆竹经贸实业有限责任公司，继续在省供销社领导下开展烟花爆竹购销及行业安全管理工作。
三、困难企业
一些计划经济时期的社属传统公司及20世纪90年代新成立的商贸公司改制后仍经营困难。2003年，省果品公司、省土产杂品公司、省日杂蜂产品公司、省供销社对外经济贸易公司、省供销社华兴公司、省供销社粮油饲料公司、省供销社工业品公司、省供销社招待所、省供销社印刷厂共9个单位全部歇业，停止经营，人员分流。根据职工要求和实际情况，省供销社在组建新公司、选择经营项目、挑选经营带头人及新企业启动等方面给予指导帮助。
四、省属驻各市（地）棉麻二级站
2000年底，全省供销社系统共有12个省属棉麻二级站。2001年1月，省供销社印发《关于省属棉麻站改革改制的意见》，以建立现代企业制度为目标，实施产权制度改革，转换经营机制和管理机制，省供销社资产从棉麻二级站退出，实行投资主体多元化，完善法人治理结构。
棉麻站改制后，省供销社理事会不再持有新企业股份，鼓励经营者多持股、持大股，职工自愿参股。原企业的净资产，省供销社理事会变现抽回50％，其余50％用于离退休职工养老保险和医疗保险支出，由改制后企业负责管理使用。职工身份全部置换，按照社企分开规定，解除与省供销社的行政隶属关系。
根据棉麻站的资产和经营状况，采取4种不同的改制形式：（1）平原、高密棉麻站净资产较多，企业实力雄厚，经营状况和发展前景较好，整体划转山东省棉麻公司。（2）济南、淄博、泰安、济宁、禹城5个棉麻站，净资产较少、企业状况和发展前景一般，其净资产一部分用于安置职工，其余部分由企业经营者和全体职工以现金出资形式进行置换，省供销社退出。
（3）青岛、德州、晏城、小营4个棉麻站没有净资产，实行零资产改制，省供销社退出。（4）兖州棉麻站资产和经营状况较差，未进行改制，划转济宁市供销社。
五、省属驻各市（地）农资分公司
省属驻各市（地）农资分公司有济南、青岛、淄博、枣庄、烟台、潍坊、济宁、泰安、临沂、德州、聊城、滨州、菏泽13家，均为省供销社所属全资企业。20世纪90年代，随着国家农资计划供应体制逐步取消，各地农资分公司失去政策保护和市场垄断地位，经营萎缩，亏损严重，多数已资不抵债。
1995—2000年，根据分公司实际情况，青岛、烟台、济宁、泰安、临沂、德州、滨州7家农资分公司统一进行改革改制，交由地方供销社管理。
2001年，在兼顾省供销社、企业干部职工和地方供销社三者利益的基础上，省供销社印发《关于继续深化农资分公司改革改制的意见》，要求各分公司根据资产和经营现状，采取灵活形式进行改制。适合股份制改造的，建立现代企业制度，实施产权制度改革，实行股本多元化，完善法人治理结构；资不抵债、难以为继的，通过争取当地政府和有关部门的理解支持，依法破产；不能破产又暂不能改制的，停业整顿，采取多种途径分流人员。在分公司改革改制过程中，坚持省供销社指导、市供销社参与、企业为主、规范操作的原则，减少改革成本，保障职工合法权益，防止社有资产流失。
2001—2005年，根据省供销社《关于继续深化农资分公司改革改制的意见》，其余6家分公司根据企业实际情况采取如下改制形式：（1）对资产质量较好的分公司，在明晰产权的基础上，将企业整体改制为有限责任公司。2001年，枣庄农资分公司进行资产评估处置，整体改为职工个人持股的有限公司，人员身份置换，全部进入市场，自负盈亏。（2）资产质量一般，经营比较困难的分公司，对企业所剩的净资产实行折价出售，由分公司干部职工或社会上其他企业和个人一次性买断，收入所得一部分作为职工养老保险和医疗保险基金，一部分作为分流在职职工的费用。济南、淄博、潍坊3家农资分公司分别于2001年、2003年、2004年进行改革改制，与职工解除劳动合同，分别设留守人员3人、2人、1人。留守人员主要负责以下工作：为离休老干部服务，负责办理离休老干部从省里报销费用等；为退休老干部服务，负责退休老干部医药费的收集上报及报销费用的发放；为遗属服务，主要是未进入统筹的遗属的补助费发放。留守人员及遗属补助等费用由省农资公司承担。（3）严重亏损已经资不抵债经营难以为继的分公司，走依法破产、解散企业之路。2002年，菏泽农资分公司经菏泽市中级人民法院判决进入破产程序。破产后分公司1人留守，为职工办理医保、社保等事务，留守人员费用由省农资公司承担。（4）至2005年底，聊城农资分公司尚未改制，在职职工90余人，留守人员8人，主要负责鲁化路办公区的日常工作及仓储区的租赁管理。