农业生产资料流通体制，在不同的经济环境下，呈现出不同的发展阶段。1991—2005年，农业生产资料流通体制大致分为农资专营、“一主两辅”和市场化运作三个阶段。
一、专营阶段
1988年9月，国务院印发《关于实行化肥、农药、农膜专营的决定》，决定对化肥、农药、农膜实行专营；同时强调农资实行计划专营的流通体制，即由国家委托商业部中国农业生产资料公司和各级供销社的农业生产资料经营单位对化肥、农药、农膜实行专营，其他部门、单位和个人一律不准经营。同年，山东省人民政府成立由计委、农业、商业、供销社、经贸、轻工、化工、物价、石化等部门、单位组成的领导小组，负责农资专营工作。同时，国务院、山东省人民政府要求专营部门坚持为农业服务的宗旨，进一步转变企业经营机制，减少经营环节，合理组织运输，降低费用开支，提高企业和社会经济效益。
这一时期，国家对农业生产资料购进工作的规定比较严格。国家大、中型化肥厂生产的优质化肥（尿素、硝酸铵、硫酸铵、磷铵等），无论是计划内还是计划外超产肥，均由专营部门统一收购。计划外超产肥由工商企业签订合同，按优惠价格收购。地方小化肥厂生产的化肥，实行专营部门与工厂合同订购或联销、代销，或由工厂直接销售给农民使用，其具体形式由当地政府确定。凡纳入统一分配计划的农药、农膜，由专营部门统一收购。非统配计划的品种，原则上实行当地专营部门与工厂合同订购，也可实行联销或代销。化肥、农药、农膜实行统一计划，分级管理。主要品种实行综合价。国家大、中型化肥厂生产的优质肥和进口肥，由各地物价部门会同有关部门根据国家核定的出厂价、进口价和计划外同品种的进价，以省为单位加权平均制定综合销售价。山东省根据国家有关政策执行。
1989年，国务院下发《关于完善化肥、农药、农膜专营办法的通知》，进一步明确中国农业生产资料公司和各级供销社的农资经营单位是农资专营的主渠道。省政府根据要求印发文件，对完善化肥、农药、农膜专营办法作出具体要求，并成立农资专营协调领导小组，督促落实、检查指导当地农资专营工作。
1991年7月，省委、省政府印发《关于大力发展第三产业的决定》，指出：要充分发挥国营商业、物资、粮食和供销社的主渠道作用；对关系国计民生的重要商品和人民生活必需品的批发业务，要掌握在国营商业、物资企业和供销社手里；加强商业基础设施和手段，建立健全重要商品的储备制度，淡储旺销，平抑物价，调控市场；基层供销社要进一步搞好农副产品收购、日用消费品和农业生产资料供应，充分发挥在农村社会化服务体系中的龙头作用。
农资专营阶段，全省各地农资供应工作按照专营政策开展。1990年，桓台县以支援“吨粮县”建设为主题，不断坚持和强化农资专营，有效促进了农业生产发展。该县利用各种宣传方式，把专营制度落实到乡村基层，并配合工商、物价、标准计量部门，严厉打击非法经营行为，维护专营制度。1992年6月，为强化专营制度，维护农民利益，五莲县人民政府下发通知，要求各级政府和经营单位进一步做好重要农业生产资料专营工作，规定乡镇办的实体，不允许以行政手段在生产资料供应方面随意涨价，硬性摊派；化肥、农药、农膜原则上由县农资公司和基层供销社经营，县农技服务中心、林果开发服务中心和县以下农技推广机构经批准，可结合技术服务经营少量农资专营产品，其他单位和个人不得经营。
二、“一主两辅”阶段
1992—1998年，农业生产资料由专营逐步向“一主两辅”的流通经营形式过渡。
1992年1月，全国农资供应工作会议召开。会议分析了专营制度的弊端，鼓励各省农资企业推陈出新，把农资专营和创新经营结合起来，开创农资专营的崭新局面。2月，为进一步增强国合商业活力，促进商品流通，省政府决定在全省国合商业（商业、粮食、供销、物资、纺织、石油、烟草、丝绸、医药、水产等）企业中推行“四放开”（经营放开、价格放开、分配放开、用工放开）改革。省供销社要求农资经营企业积极借鉴“四放开”改革经验，拓宽企业经营范围，在用人机制上增加激励措施，争取创造更好的经济效益。10月，国务院下发《关于加强化肥、农药、农膜经营管理的通知》，在强调中国农业生产资料公司和各级供销社的农资经营单位是农资经营主渠道的同时，明确农业“三站”和生产企业的辅助作用。由此，化肥流通专营制度被打破，农资经营“一主两辅”架构逐步形成。
这一时期，中央和地方统配的化肥、农药、农膜，仍然由中国农业生产资料公司和各省（区、市）农资公司，按国家规定的收购分配政策执行。统配以外的化肥、农药、农膜，采取灵活方式，由各方协调执行。生产企业可与农资公司、农业“三站”等农资经营单位进行合同定购、联销、代销或自销给农民，可直供基层供销社，也可实行农民预定、淡旺季差价的办法。这一时期，生产企业和农业“三站”的辅助作用逐步显现。随后，国家又对化肥价格管理权限进行调整，国产化肥中，国家只统一管理承担国家统配任务、以石油和天然气为原料的计划内尿素以及硝酸铵的出厂价格，将磷肥及以煤、焦等为原料的尿素、硝酸铵等出厂价格管理权限下放给各省（区、市）。
1993年，中央外汇计划内进口化肥取消财政补贴，实行代理作价，计划外化肥实行最高限价。管理权限变动后，由于农资流通环节过多、监督管理不力、部分生产企业和经营单位竞相抬价，致使化肥等农业生产资料价格猛涨，化肥市场一度混乱。
1994年3月，省政府下发紧急通知，要求做好农资供应工作，进一步强化农资市场管理，重申供销社农资企业是农资经营的主渠道，除供销社农资经营企业、农资生产企业和农垦部门（仅限于直供的化肥、农药经营）及农业“三站”以外，其他任何单位和个人不得经营化肥、农药、农膜（包括一次性经营）。在省政府支持下，供销社系统农资经营主渠道地位得到保护，农资市场秩序渐趋稳定。8月，为保持农业生产资料价格基本稳定，切实减轻农民负担，实现农业生产资料总需求与总供给的总量平衡，保障农业生产持续、稳定、健康发展，国务院下发《关于改革化肥等农业生产资料流通体制的通知》，对化肥流通体制作出重大改革，确立代销制与“一主两辅”相结合的流通体制，进一步减少流通环节，降低流转费用。中央调拨化肥（国产大化肥和中央进口化肥）由原来的“四级批发一级零售”（中央、省、市、县级批发，基层供销社零售）改为“两级批发一级零售”（中央级中国农业生产资料公司批发、省级批发，县农资公司与基层供销社批零结合，基层供销社推行代销制）。取消大区一级站（中国农业生产资料公司依托各农业大区设立的分公司）对中央化肥的批发、销售、结算业务。省级调拨化肥由原来的“三级批发一级零售”改为“一级批发一级零售”，小化肥厂产品实行地产地销。9月，省政府印发《关于化肥等农业生产资料流通体制改革实施办法》，规定在流通环节上，省级调控化肥实行“一级批发一级零售”，取消省农资公司下设的农资分公司对省级调控化肥等主要农业生产资料的批发、销售、结算业务。市（地）供销社所属的农资公司，也不得经营化肥等主要农业生产资料。在流通渠道上，省、县农资公司和基层供销社是化肥流通的主渠道，县及县以下农业“三站”及生产企业自销，是化肥流通的辅助渠道，其他任何单位和个人不得经营化肥。省级调控化肥全部由农资公司经营；各级供销社要搞好系统内化肥经营渠道的清理整顿，供销社系统只保留省、县农资公司的化肥经营权，其他公司一律不准经营，基层供销社只能由农资门市部经营化肥，不得转为个人经营，已经转为个人经营的，必须转回集体经营。当年，在省政府积极支持下，全省供销社系统农资企业充分发挥农资经营主渠道作用，主动适应市场经济要求，继续保持和发挥自身优势和主导作用，利用市场放开后经营范围扩大的有利时机，改进购销方式，实行更加灵活的作价方式，逐步从计划经济的束缚中解脱出来，掌握了市场主动权，巩固了农资经营的主渠道地位。
1995年5月，为进一步深化改革，国务院下发《关于深化粮食棉花化肥购销体制改革的通知》，明确深化粮食棉花化肥购销体制改革的重点工作：化肥经营要严格执行“一主两辅”渠道，严禁其他单位和个人经营化肥；坚持和完善省长负责制，各级地方政府，特别是省一级政府，在发展社会主义市场经济和实行新的财税体制条件下，必须承担起保证本地区粮食等主要农产品和化肥等主要农业生产资料供求平衡、价格稳定的责任。至此，化肥购销体制改革向市场经济转变迈出了重要一步。
1996年9月，国务院下发《关于进一步完善化肥流通体制的通知》，强调中央管好由国家调控的20％左右的化肥资源在全国的分配与调剂，各省（区、市）负责其余80％资源在本地区的平衡；各省（区、市）将化肥的总量平衡、化肥生产、市场供应、市场管理、价格调整、技术服务六个方面列入政府的重要工作内容，抓好抓实，化肥生产企业超产自销部分不得超过10％；要推行粮棉肥挂钩政策，改进化肥作价办法，实行综合作价。《通知》重申，化肥市场流通仍以农资公司为主渠道，县级及县级以下农业“三站”和化肥生产企业为辅助渠道，其他任何单位和个人一律不得经营化肥。同时强调，中央调拨的化肥继续实行“两级批发一级零售”，即中央级（中农公司）批发，省级批发，县农资公司零售，基层供销社代销；省级调拨的化肥继续实行“一级批发一级零售”，即县级农资公司与基层供销社经营化肥实行批零结合，推行代理制。大力推行县级供销社与基层供销社联合经营化肥的做法，减少流通环节，降低流通费用，真正让利于农民。
1997年7月，为进一步完善化肥流通体制，搞好化肥生产和购销，促进工农业生产发展，省政府下发通知，要求切实加强对化肥工作的领导，进一步强化对化肥购销的宏观调控，健全化肥工作行政首长负责制。省政府负责全省化肥供求的总量平衡工作，组织省级调控化肥的生产和购销，负责全省化肥市场的调控和价格监管。市（地）、县（市、区）政府负责当地化肥供求总量平衡和市场调控，组织好当地的化肥生产和购销，确保农业生产需要。进一步减少化肥流通环节，国拨和省定的专项化肥，由省农资公司根据分配计划组织安排供应，进口化肥资源纳入省级调控。
1997年底，农资市场急剧变化，化肥生产和流通中暴露出一些问题，主要是管理方式不能适应市场供求形势的变化，生产和经营企业亏损严重；经营环节多，市场秩序不规范；价格形成机制不灵活，难以发挥调节市场的作用等。以上问题加剧了农资市场矛盾，日益危害到农民的切身利益。
三、市场化运作阶段
1998年，为适应新形势发展，国务院决定在农资流通领域继续深化改革，主要措施有：理顺工商关系，拓宽经营渠道，建立全国化肥流通大市场，打破地区封锁，取消各地限制化肥销售的“土政策”，允许企业跨地区和跨省、县销售化肥；科学定位价格，强化市场管理，保护农民利益；取消氮肥进口优惠政策，利用经济手段控制氮肥进口；落实化肥淡季储备资金，真正起到“淡季保生产、旺季保供应”的作用。这些改革举措标志着农资流通体制改革逐步进入市场化运作阶段。11月，国务院下发《关于深化化肥流通体制改革的通知》，决定建立在国家宏观调控下，主要由市场配置资源的化肥流通体制，以促进化肥生产和流通的健康发展。
这一时期，国家对化肥流通的管理由直接计划管理为主转变为以间接管理为主，充分发挥市场配置化肥资源的基础性作用。（1）取消国产化肥指令性生产计划和统配收购计划，由化肥生产和经营企业自主进行购销活动。鼓励化肥生产和经营企业建立稳定的产销关系，化肥生产企业既可以与化肥经营企业直接签订购销合同，也可以实行销售代理。（2）改进化肥价格管理方式。由政府定价转变为政府指导价，国家计委只对大型氮肥企业（合成氨年生产能力在30万吨以上）生产的化肥制定中准出厂价和上下浮动幅度，供需双方可在浮动幅度内根据淡、旺季及市场情况协商确定具体价格。放开化肥零售价格，必要时省级物价部门可以对部分品种规定最高限价。（3）加强化肥进口管理，改进化肥进口代理办法。各种贸易方式和渠道进口化肥均纳入进口配额管理，国家经贸委根据总量平衡、资源配置和优化品种结构的要求，安排全国化肥进口，中央进口化肥计划下达给全国供销总社和有关部门，各部门不能对进口化肥指标自行调剂。同时，适当增加化肥进口代理渠道，除中国化工进出口总公司外，赋予中国农业生产资料集团公司化肥进口代理经营权。（4）建立化肥救灾储备制度。
1999—2005年，市场化运作初步形成，扩大了企业经营自主权，化肥流通市场逐步从卖方市场向买方市场过渡，原有流通体系加速分化调整，新的经营主体不断涌现。2003年，省农资公司整体改制为有限责任公司，省供销社作为出资人对公司运营进行监督和考核，但不直接干预公司经营活动。改制后的省农资公司积极参与市场竞争，构建市、县、乡多级现代农资流通服务网络，提高市场竞争力。至2005年底，全省范围内，农资行业经营主体逐渐增多，经营方式更加灵活，多元化、多主体、多渠道的竞争格局趋于成熟。
第一节 流通体制
农业生产资料流通体制，在不同的经济环境下，呈现出不同的发展阶段。1991—2005年，农业生产资料流通体制大致分为农资专营、“一主两辅”和市场化运作三个阶段。
一、专营阶段
1988年9月，国务院印发《关于实行化肥、农药、农膜专营的决定》，决定对化肥、农药、农膜实行专营；同时强调农资实行计划专营的流通体制，即由国家委托商业部中国农业生产资料公司和各级供销社的农业生产资料经营单位对化肥、农药、农膜实行专营，其他部门、单位和个人一律不准经营。同年，山东省人民政府成立由计委、农业、商业、供销社、经贸、轻工、化工、物价、石化等部门、单位组成的领导小组，负责农资专营工作。同时，国务院、山东省人民政府要求专营部门坚持为农业服务的宗旨，进一步转变企业经营机制，减少经营环节，合理组织运输，降低费用开支，提高企业和社会经济效益。
这一时期，国家对农业生产资料购进工作的规定比较严格。国家大、中型化肥厂生产的优质化肥（尿素、硝酸铵、硫酸铵、磷铵等），无论是计划内还是计划外超产肥，均由专营部门统一收购。计划外超产肥由工商企业签订合同，按优惠价格收购。地方小化肥厂生产的化肥，实行专营部门与工厂合同订购或联销、代销，或由工厂直接销售给农民使用，其具体形式由当地政府确定。凡纳入统一分配计划的农药、农膜，由专营部门统一收购。非统配计划的品种，原则上实行当地专营部门与工厂合同订购，也可实行联销或代销。化肥、农药、农膜实行统一计划，分级管理。主要品种实行综合价。国家大、中型化肥厂生产的优质肥和进口肥，由各地物价部门会同有关部门根据国家核定的出厂价、进口价和计划外同品种的进价，以省为单位加权平均制定综合销售价。山东省根据国家有关政策执行。
1989年，国务院下发《关于完善化肥、农药、农膜专营办法的通知》，进一步明确中国农业生产资料公司和各级供销社的农资经营单位是农资专营的主渠道。省政府根据要求印发文件，对完善化肥、农药、农膜专营办法作出具体要求，并成立农资专营协调领导小组，督促落实、检查指导当地农资专营工作。
1991年7月，省委、省政府印发《关于大力发展第三产业的决定》，指出：要充分发挥国营商业、物资、粮食和供销社的主渠道作用；对关系国计民生的重要商品和人民生活必需品的批发业务，要掌握在国营商业、物资企业和供销社手里；加强商业基础设施和手段，建立健全重要商品的储备制度，淡储旺销，平抑物价，调控市场；基层供销社要进一步搞好农副产品收购、日用消费品和农业生产资料供应，充分发挥在农村社会化服务体系中的龙头作用。
农资专营阶段，全省各地农资供应工作按照专营政策开展。1990年，桓台县以支援“吨粮县”建设为主题，不断坚持和强化农资专营，有效促进了农业生产发展。该县利用各种宣传方式，把专营制度落实到乡村基层，并配合工商、物价、标准计量部门，严厉打击非法经营行为，维护专营制度。1992年6月，为强化专营制度，维护农民利益，五莲县人民政府下发通知，要求各级政府和经营单位进一步做好重要农业生产资料专营工作，规定乡镇办的实体，不允许以行政手段在生产资料供应方面随意涨价，硬性摊派；化肥、农药、农膜原则上由县农资公司和基层供销社经营，县农技服务中心、林果开发服务中心和县以下农技推广机构经批准，可结合技术服务经营少量农资专营产品，其他单位和个人不得经营。
二、“一主两辅”阶段
1992—1998年，农业生产资料由专营逐步向“一主两辅”的流通经营形式过渡。
1992年1月，全国农资供应工作会议召开。会议分析了专营制度的弊端，鼓励各省农资企业推陈出新，把农资专营和创新经营结合起来，开创农资专营的崭新局面。2月，为进一步增强国合商业活力，促进商品流通，省政府决定在全省国合商业（商业、粮食、供销、物资、纺织、石油、烟草、丝绸、医药、水产等）企业中推行“四放开”（经营放开、价格放开、分配放开、用工放开）改革。省供销社要求农资经营企业积极借鉴“四放开”改革经验，拓宽企业经营范围，在用人机制上增加激励措施，争取创造更好的经济效益。10月，国务院下发《关于加强化肥、农药、农膜经营管理的通知》，在强调中国农业生产资料公司和各级供销社的农资经营单位是农资经营主渠道的同时，明确农业“三站”和生产企业的辅助作用。由此，化肥流通专营制度被打破，农资经营“一主两辅”架构逐步形成。
这一时期，中央和地方统配的化肥、农药、农膜，仍然由中国农业生产资料公司和各省（区、市）农资公司，按国家规定的收购分配政策执行。统配以外的化肥、农药、农膜，采取灵活方式，由各方协调执行。生产企业可与农资公司、农业“三站”等农资经营单位进行合同定购、联销、代销或自销给农民，可直供基层供销社，也可实行农民预定、淡旺季差价的办法。这一时期，生产企业和农业“三站”的辅助作用逐步显现。随后，国家又对化肥价格管理权限进行调整，国产化肥中，国家只统一管理承担国家统配任务、以石油和天然气为原料的计划内尿素以及硝酸铵的出厂价格，将磷肥及以煤、焦等为原料的尿素、硝酸铵等出厂价格管理权限下放给各省（区、市）。
1993年，中央外汇计划内进口化肥取消财政补贴，实行代理作价，计划外化肥实行最高限价。管理权限变动后，由于农资流通环节过多、监督管理不力、部分生产企业和经营单位竞相抬价，致使化肥等农业生产资料价格猛涨，化肥市场一度混乱。
1994年3月，省政府下发紧急通知，要求做好农资供应工作，进一步强化农资市场管理，重申供销社农资企业是农资经营的主渠道，除供销社农资经营企业、农资生产企业和农垦部门（仅限于直供的化肥、农药经营）及农业“三站”以外，其他任何单位和个人不得经营化肥、农药、农膜（包括一次性经营）。在省政府支持下，供销社系统农资经营主渠道地位得到保护，农资市场秩序渐趋稳定。8月，为保持农业生产资料价格基本稳定，切实减轻农民负担，实现农业生产资料总需求与总供给的总量平衡，保障农业生产持续、稳定、健康发展，国务院下发《关于改革化肥等农业生产资料流通体制的通知》，对化肥流通体制作出重大改革，确立代销制与“一主两辅”相结合的流通体制，进一步减少流通环节，降低流转费用。中央调拨化肥（国产大化肥和中央进口化肥）由原来的“四级批发一级零售”（中央、省、市、县级批发，基层供销社零售）改为“两级批发一级零售”（中央级中国农业生产资料公司批发、省级批发，县农资公司与基层供销社批零结合，基层供销社推行代销制）。取消大区一级站（中国农业生产资料公司依托各农业大区设立的分公司）对中央化肥的批发、销售、结算业务。省级调拨化肥由原来的“三级批发一级零售”改为“一级批发一级零售”，小化肥厂产品实行地产地销。9月，省政府印发《关于化肥等农业生产资料流通体制改革实施办法》，规定在流通环节上，省级调控化肥实行“一级批发一级零售”，取消省农资公司下设的农资分公司对省级调控化肥等主要农业生产资料的批发、销售、结算业务。市（地）供销社所属的农资公司，也不得经营化肥等主要农业生产资料。在流通渠道上，省、县农资公司和基层供销社是化肥流通的主渠道，县及县以下农业“三站”及生产企业自销，是化肥流通的辅助渠道，其他任何单位和个人不得经营化肥。省级调控化肥全部由农资公司经营；各级供销社要搞好系统内化肥经营渠道的清理整顿，供销社系统只保留省、县农资公司的化肥经营权，其他公司一律不准经营，基层供销社只能由农资门市部经营化肥，不得转为个人经营，已经转为个人经营的，必须转回集体经营。当年，在省政府积极支持下，全省供销社系统农资企业充分发挥农资经营主渠道作用，主动适应市场经济要求，继续保持和发挥自身优势和主导作用，利用市场放开后经营范围扩大的有利时机，改进购销方式，实行更加灵活的作价方式，逐步从计划经济的束缚中解脱出来，掌握了市场主动权，巩固了农资经营的主渠道地位。
1995年5月，为进一步深化改革，国务院下发《关于深化粮食棉花化肥购销体制改革的通知》，明确深化粮食棉花化肥购销体制改革的重点工作：化肥经营要严格执行“一主两辅”渠道，严禁其他单位和个人经营化肥；坚持和完善省长负责制，各级地方政府，特别是省一级政府，在发展社会主义市场经济和实行新的财税体制条件下，必须承担起保证本地区粮食等主要农产品和化肥等主要农业生产资料供求平衡、价格稳定的责任。至此，化肥购销体制改革向市场经济转变迈出了重要一步。
1996年9月，国务院下发《关于进一步完善化肥流通体制的通知》，强调中央管好由国家调控的20％左右的化肥资源在全国的分配与调剂，各省（区、市）负责其余80％资源在本地区的平衡；各省（区、市）将化肥的总量平衡、化肥生产、市场供应、市场管理、价格调整、技术服务六个方面列入政府的重要工作内容，抓好抓实，化肥生产企业超产自销部分不得超过10％；要推行粮棉肥挂钩政策，改进化肥作价办法，实行综合作价。《通知》重申，化肥市场流通仍以农资公司为主渠道，县级及县级以下农业“三站”和化肥生产企业为辅助渠道，其他任何单位和个人一律不得经营化肥。同时强调，中央调拨的化肥继续实行“两级批发一级零售”，即中央级（中农公司）批发，省级批发，县农资公司零售，基层供销社代销；省级调拨的化肥继续实行“一级批发一级零售”，即县级农资公司与基层供销社经营化肥实行批零结合，推行代理制。大力推行县级供销社与基层供销社联合经营化肥的做法，减少流通环节，降低流通费用，真正让利于农民。
1997年7月，为进一步完善化肥流通体制，搞好化肥生产和购销，促进工农业生产发展，省政府下发通知，要求切实加强对化肥工作的领导，进一步强化对化肥购销的宏观调控，健全化肥工作行政首长负责制。省政府负责全省化肥供求的总量平衡工作，组织省级调控化肥的生产和购销，负责全省化肥市场的调控和价格监管。市（地）、县（市、区）政府负责当地化肥供求总量平衡和市场调控，组织好当地的化肥生产和购销，确保农业生产需要。进一步减少化肥流通环节，国拨和省定的专项化肥，由省农资公司根据分配计划组织安排供应，进口化肥资源纳入省级调控。
1997年底，农资市场急剧变化，化肥生产和流通中暴露出一些问题，主要是管理方式不能适应市场供求形势的变化，生产和经营企业亏损严重；经营环节多，市场秩序不规范；价格形成机制不灵活，难以发挥调节市场的作用等。以上问题加剧了农资市场矛盾，日益危害到农民的切身利益。
三、市场化运作阶段
1998年，为适应新形势发展，国务院决定在农资流通领域继续深化改革，主要措施有：理顺工商关系，拓宽经营渠道，建立全国化肥流通大市场，打破地区封锁，取消各地限制化肥销售的“土政策”，允许企业跨地区和跨省、县销售化肥；科学定位价格，强化市场管理，保护农民利益；取消氮肥进口优惠政策，利用经济手段控制氮肥进口；落实化肥淡季储备资金，真正起到“淡季保生产、旺季保供应”的作用。这些改革举措标志着农资流通体制改革逐步进入市场化运作阶段。11月，国务院下发《关于深化化肥流通体制改革的通知》，决定建立在国家宏观调控下，主要由市场配置资源的化肥流通体制，以促进化肥生产和流通的健康发展。
这一时期，国家对化肥流通的管理由直接计划管理为主转变为以间接管理为主，充分发挥市场配置化肥资源的基础性作用。（1）取消国产化肥指令性生产计划和统配收购计划，由化肥生产和经营企业自主进行购销活动。鼓励化肥生产和经营企业建立稳定的产销关系，化肥生产企业既可以与化肥经营企业直接签订购销合同，也可以实行销售代理。（2）改进化肥价格管理方式。由政府定价转变为政府指导价，国家计委只对大型氮肥企业（合成氨年生产能力在30万吨以上）生产的化肥制定中准出厂价和上下浮动幅度，供需双方可在浮动幅度内根据淡、旺季及市场情况协商确定具体价格。放开化肥零售价格，必要时省级物价部门可以对部分品种规定最高限价。（3）加强化肥进口管理，改进化肥进口代理办法。各种贸易方式和渠道进口化肥均纳入进口配额管理，国家经贸委根据总量平衡、资源配置和优化品种结构的要求，安排全国化肥进口，中央进口化肥计划下达给全国供销总社和有关部门，各部门不能对进口化肥指标自行调剂。同时，适当增加化肥进口代理渠道，除中国化工进出口总公司外，赋予中国农业生产资料集团公司化肥进口代理经营权。（4）建立化肥救灾储备制度。
1999—2005年，市场化运作初步形成，扩大了企业经营自主权，化肥流通市场逐步从卖方市场向买方市场过渡，原有流通体系加速分化调整，新的经营主体不断涌现。2003年，省农资公司整体改制为有限责任公司，省供销社作为出资人对公司运营进行监督和考核，但不直接干预公司经营活动。改制后的省农资公司积极参与市场竞争，构建市、县、乡多级现代农资流通服务网络，提高市场竞争力。至2005年底，全省范围内，农资行业经营主体逐渐增多，经营方式更加灵活，多元化、多主体、多渠道的竞争格局趋于成熟。