1991—1994年，全省供销社一直沿用1984年起施行的社有资产管理体制。
1995年，根据中共中央、国务院《关于深化供销社改革的决定》要求，全省各级供销社改变财务管理体制，成为独立法人。供销社社有资产包括：（1）各级供销社及所属企、事业单位中按照合作社原则，吸收的社员股金、社员社股金及其历年积累形成的资产。（2）按照国家法律、法规有关规定享受有关优惠政策形成的资产；按照国家法律、法规、政策的规定以及其他合法形式划归供销社所有的资产。（3）接受其他单位和个人捐赠形成的资产。（4）在股份制（股份合作制）企业、联营企业和中外合资企业中的投资以及按照投资份额或协议应取得的资产权益。（5）兼并、购买其他企事业单位的资产产权所形成的资产。（6）其他依法应属于供销社所有的资产，包括社员股金、社员社股金、供销社资本、理事会拨入资本、资本公积金、盈余公积金和未分配利润等形成的资产。
各级供销社理事会是本级社集体资产（包括所属企事业资产）所有权代表和资产管理者，拥有对所属企业主要负责人的聘任和解聘权，企业重大经营、投资活动的审批权，企业经营管理的监督检查权，享有财产受益权。没有设立理事会的供销社，同样享有管理本级社社有资产的职能，作为出资人代表行使对所属企事业单位社有资产的管理职责，享有对社有资产的占有、使用、收益和处分权。社有资产受国家法律保护，任何单位和个人都不得平调供销社资产，不得随意改变供销社及其所属企事业单位的隶属关系；供销社及其所属企事业单位有权拒绝摊派或接收系统外的资不抵债企业，有权要求补偿政策性损失。
1996年3月，全国供销总社印发《供销合作社社有资产管理暂行规定》，对供销社社有资产管理体制、管理机构、产权管理、资产管理等作出明确规定。6—7月，省政府统一部署，在全省各级供销社开展清产核资、产权界定工作。对资产进行账实核对，对资产价值进行重估，由各级供销社理事会负责组织实施产权界定和产权登记，明确供销社资产所有权归属。至1995年底，全省供销社系统（不含聊城地区、莱芜市、肥城市、东平县、兖州市下放乡镇管理的基层供销社、省供销社幼儿园及省属潍坊、济宁等4所贸易学校）共有资产4746107万元，经济负担854571万元。
1993年和1995年全省供销社系统资产管理情况审计调查表
表2-6 单位：万元
┏━━━━┯━━━━━━━━━┯━━━━━━━━━┯━━━━━━━━┯━━━━━━━┯━━━━━━━┯━━━━━━━━┓
┃项目 │资产总额 │流动资产 │固定资产 │长期投资 │无形及递延资 │所有者权益 ┃
┃金额 │ │ │ │ │产 │ ┃
┃地区（部├────┬────┼────┬────┼───┬────┼───┬───┼───┬───┼───┬────┨
┃门） │1993年 │1995年 │1993年 │1995年 │1993年│1995年 │1993年│1995年│1993年│1995年│1993年│1995年 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃济南 │178495 │243271 │100867 │136985 │66122 │79420 │1483 │1402 │10023 │25464 │56932 │62002 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃青岛 │238079 │278232 │167985 │169555 │59663 │95672 │6797 │4589 │3634 │8416 │45967 │43730 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃淄博 │140995 │191829 │89844 │111345 │46118 │71520 │1873 │3470 │3160 │5494 │32996 │36903 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃枣庄 │94604 │110295 │67620 │76437 │22602 │26776 │1035 │2637 │3347 │4445 │11899 │14710 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃东营 │55446 │82635 │32014 │55672 │21066 │25119 │1440 │624 │926 │1220 │13203 │13348 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃烟台 │216225 │250287 │129939 │164687 │71861 │75820 │12776 │7001 │1649 │2779 │54583 │59637 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃潍坊 │276518 │411983 │181391 │271318 │78482 │114278 │8686 │10271 │7959 │16116 │47838 │79989 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃济宁 │228682 │350526 │158450 │254469 │62073 │83209 │4292 │5057 │3867 │7791 │37136 │47115 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃泰安 │55797 │70643 │22405 │33103 │32901 │36733 │491 │281 │0 │526 │17785 │17818 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃威海 │137063 │190731 │75887 │101496 │55070 │78878 │4064 │6006 │2042 │4351 │40576 │53186 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃日照 │61248 │102063 │40522 │64335 │14815 │29810 │1155 │1709 │4756 │6209 │10468 │31608 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃莱芜 │8136 │10850 │4781 │7441 │3033 │3247 │30 │26 │292 │136 │1567 │1786 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃临沂 │170032 │272040 │106996 │176627 │56865 │82525 │118 │2277 │6053 │10611 │29036 │52560 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃德州 │317876 │487826 │201712 │344977 │73041 │82939 │7739 │2703 │35384 │57207 │48141 │52699 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃聊城 │283465 │393157 │198954 │284511 │74730 │90465 │1183 │1183 │8598 │16998 │25499 │17464 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃滨州 │181305 │288690 │109405 │186799 │57080 │82106 │6179 │4410 │8641 │15375 │30335 │47624 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃菏泽 │303723 │512724 │181912 │380777 │69766 │89607 │3753 │4330 │48292 │38010 │60702 │81623 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃省直 │273818 │498325 │140338 │412617 │58597 │66912 │12154 │13331 │62729 │5465 │77300 │82790 ┃
┠────┼────┼────┼────┼────┼───┼────┼───┼───┼───┼───┼───┼────┨
┃总计 │3221507 │4746107 │2011022 │3233151 │923885│1215036 │75248 │71307 │211352│226613│641963│796592 ┃
┗━━━━┷━━━━┷━━━━┷━━━━┷━━━━┷━━━┷━━━━┷━━━┷━━━┷━━━┷━━━┷━━━┷━━━━┛
至1995年底全省供销社系统社有资产流失情况审计调查表
表2-7 单位：万元
┏━━━┯━━━━┯━━━┯━━━━━┯━━━━━┯━━━━┯━━━━┯━━━━━━┯━━━┯━━━┓
┃项目 │累计亏损│各种费│各种应收、│有问题商品│待处理固│联营投资│因政府行为平│其他 │合计 ┃
┃地区（│挂账 │用损失│预付款项中│预计损失 │定资产净│预计损失│调、挪用、拆│ │ ┃
┃部门) │ │挂账 │的坏账损失│ │损失 │ │毁资产而造成│ │ ┃
┃ │ │ │ │ │ │ │损失 │ │ ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃济南 │5218 │26719 │2753 │3455 │764 │598 │6713 │9551 │55771 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃青岛 │4391 │33807 │1847 │1378 │57 │12 │7076 │ │48568 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃淄博 │5596 │8494 │4076 │1950 │790 │734 │8174 │2291 │32105 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃枣庄 │2884 │10075 │1828 │2486 │449 │58 │2645 │3064 │23489 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃东营 │2341 │2801 │896 │1176 │104 │9 │545 │2799 │10671 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃烟台 │4508 │24384 │3679 │3214 │396 │1337 │6739 │421 │44678 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃潍坊 │6517 │22271 │3602 │4293 │711 │53 │3589 │3801 │44837 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃济宁 │10780 │26204 │6770 │8734 │1551 │272 │13581 │ │67892 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃泰安 │24543 │3441 │481 │420 │144 │10 │4945 │706 │34690 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃威海 │100 │5071 │2436 │1670 │194 │546 │3912 │ │13929 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃日照 │2355 │12579 │987 │775 │105 │627 │2821 │ │20249 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃莱芜 │258 │1453 │3 │ │1 │ │809 │ │2524 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃临沂 │13573 │20094 │4263 │4028 │802 │394 │7536 │ │50690 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃德州 │3913 │64472 │11900 │7059 │1038 │88 │19269 │33087 │140826┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃聊城 │7381 │51987 │14640 │9258 │471 │ │13081 │ │96818 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃滨州 │7560 │20709 │1098 │2267 │157 │400 │3078 │1074 │36343 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃菏泽 │12461 │64345 │5781 │7265 │741 │214 │20316 │ │111123┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃省直 │5295 │978 │9034 │1777 │118 │1666 │373 │127 │19368 ┃
┠───┼────┼───┼─────┼─────┼────┼────┼──────┼───┼───┨
┃总计 │119674 │399884│76074 │61205 │8593 │7018 │125202 │56921 │854571┃
┗━━━┷━━━━┷━━━┷━━━━━┷━━━━━┷━━━━┷━━━━┷━━━━━━┷━━━┷━━━┛
1997年5月，针对城镇建设中出现的无偿强行拆迁、占用供销社营业网点和服务设施现象，为保障供销社合法权益，促进供销社改革发展，稳定和繁荣农村经济，国务院办公厅下发《关于制止和解决供销合作社经营、服务设施被无偿拆迁、占用的通知》，要求任何部门和单位都不得平调、无偿占用和侵犯供销社财产；因城市建设需要拆迁的供销社经营、服务设施，要严格按照有关规定，认真做好拆迁补偿和还建，不得擅自降低补偿标准、缩小补偿安置范围。未经法定程序，不得强行拆迁供销社的经营服务设施。6月，省政府办公厅下发《关于贯彻国办发明电〔1997〕19号制止和解决供销社设施被无偿拆迁占用问题的通知》，要求各地坚决贯彻落实国务院办公厅文件精神，制止随意无偿拆迁供销社设施，任何部门和单位不得以任何理由平调、无偿占用和侵犯供销社财产。全省供销社社有资产的安全、完整性得到国家和山东省的政策支持。
2004年4月，省供销社转发全国供销总社《供销合作社社有资产监督管理暂行办法》，进一步明确供销社是农民的合作经济组织，必须坚持供销社集体所有制性质，供销社财产归供销社社员集体所有，任何单位和个人都不得平调其财产，不得随意改变供销社及其所属企业财产的隶属关系，或借改革之机侵占供销社财产；各级供销社理事会是本社集体财产（包括所属企业财产）的所有权代表和管理者，要切实履行职责，依法维护供销社权益。
自1993年起，为加强社有资产管理，提高社有资产使用效益，确保社有资产不流失和保值增值，增强为农服务功能，省供销社开始在全系统开展扭亏增盈工作。1993年9月，全省供销社深化改革扭亏增盈会议在济南召开，部署全省供销社深化改革、扭亏增盈、提高经济效益等工作。1995年，全省供销社系统开展管理效益年活动。2000年5月，省供销社召开全省系统扭亏增盈工作电视电话会议，提出通过进一步深化改革、强化管理、开拓经营等开展供销社工作。
2000—2005年，通过直属企业改革，大力发展连锁经营、创办合作经济组织、构建现代流通网络，逐步扭亏增盈，全省供销社系统利润总额、资产总额、上缴国家财政总额、社会贡献总额逐年增加，取得较好的经济效益和社会效益。