1999—2005年，随着管理体制机制的变革和机构职能的变化，山东省国防科工办认真履行军品科研生产监管与服务职能，强化军品合同管理、军品生产许可证管理、保密资格认证及执法检查，认真做好军工固定资产投资项目和军品配套研制项目等工作，不断优化军品科研生产环境,为军品科研生产提供了有力的服务保障。
一、武器装备科研生产许可管理
实施武器装备科研生产许可制度，是国家深入贯彻“军民结合、寓军于民”方针，建立新时期武器装备科研生产体系，全面履行政府市场监管和行业管理职能的重要措施。
1999年，国家国防科工委颁布实施《武器装备科研生产许可证管理暂行办法》，对武器装备科研生产单位实施许可证管理制度。此后，相继发布《民用部门军品配套科研生产许可证管理实施细则》《武器装备科研生产许可证管理目录》《武器装备科研生产许可证管理暂行办法实施细则》和《武器装备科研生产许可证现场审查规则》，并于2001年开始首次进行许可证申请受理试点。2001年，省国防科工办成立省武器装备科研生产许可证管理办公室，负责全省企事业单位许可证申请的初审及监督检查工作。同年，开展了省内第一批武器装备科研生产许可证试点单位的申报工作。
2005年，国家国防科工委颁布《武器装备科研生产许可实施办法》，进一步规范许可管理程序，根据专业的重要程度，对许可专业进行了划分，实施分类许可管理，并明确地方国防科技工业管理部门在许可管理工作中的职责：受理本地区第二类许可的申请；组织本地区第二类许可申请的现场审查，并提出审查意见，协助国防科工委组织本地区许可申请事项的现场审查；监督检查本地区武器装备科研生产单位许可证的使用情况。《实施办法》颁发后,省国防科工办多次召开许可证工作会议并举办培训班，宣讲解释武器装备科研生产许可管理的相关规定。按照规定的程序要求，认真受理有关单位的申请，并积极做好政策、规定的咨询和指导。组织专家依据《武器装备科研生产许可现场审查规则》和《武器装备科研生产许可现场审查评定标准和评分指南》，认真进行现场审查。至2005年，全省多家单位通过现场审查并取得国家国防科工委颁发的武器装备科研生产许可证。许可制度的实施，有效强化了对武器装备科研生产单位的管理，从业单位的综合管理水平得到提高。同时，省国防科工办的监管职能由过去主要面向军工集团驻鲁单位的管理转向面向全社会开展许可受理审查，实现了对全省武器装备科研生产体系的监控。
二、武器装备科研生产单位保密资格认证
对承担武器装备科研生产任务的单位实行保密资格审查认证制度，是新形势下加强国防科技工业安全保密工作的重要手段。
2002年，国家保密局、国家国防科工委、解放军总装备部联合印发《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》，由三个部门联合成立国家军工保密资格审查认证委员会及其办公室，负责保密资格审查认证工作。2003年，经国家军工保密资格审查认证委员会批复同意，山东省成立由省保密局、省国防科工办、省信息产业厅组成的山东省武器装备科研生产单位保密资格审查认证委员会，并在省国防科工办设立办公室，主要职责是：依据有关审查认证工作的规定，制定有关工作细则；聘任省级保密资格审查认证委员会审查认证专家；受理二级、三级保密资格申请；根据要求承担部分一级保密资格申请单位的审查工作；审批二级、三级保密资格单位；组织、指导、监督、检查本地区的审查认证工作。省国防科工办按照《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》规定，严格按照标准程序，逐项检查过关，确保保密资格审查认证工作质量。至2005年，全省多家单位通过国家一级、二级、三级保密资格审查认证。
三、军品协作配套项目管理
1999—2005年，为强化对配套产品的市场监管，保障武器装备科研生产任务有序规范执行，国家国防科工委先后颁布实施《武器装备科研生产协作配套管理暂行办法》《武器装备科研生产协作配套管理办法》，明确了参与协作配套各主体的权利和义务。
2005年，依据国家国防科工委的规章办法，省国防科工办制定《军品配套研制项目管理办法》等制度，对民口单位承担军品配套研制项目申报和立项、项目实施、日常管理、验收和鉴定等方面作出明确规定。同时，积极加强与地方有关部门和单位的沟通与联系，了解掌握有关企事业单位的情况，按照国家国防科工委发布的《军品配套研制项目指南》，帮助和指导有优势的单位参与军品配套研制项目的竞争。“十五”期间，全省多家单位通过竞争承担了军品配套研制项目，其中部分项目已经验收并得到应用。
四、武器装备科研生产合同管理与免税
1999年，国家国防科工委颁布实施《武器装备科研生产合同审核暂行办法》《武器装备科研生产合同审核暂行办法实施细则》，下发《关于委托审核武器装备科研生产合同的通知》，委托地方国防科技工业管理部门负责部分军品科研合同审核工作。山东省根据国家国防科工委的规定，结合实际制定《武器装备科研生产合同审核管理办法》，对审核的范围内容、工作职责、审核程序及要求作出明确规定，及时审核了企业上报的各类军品合同。
2004年，财政部和国家税务总局批准对一般工业企业生产军工关键配套产品自2003年起免征增值税。2005年，国务院办公厅明确投资额5000万元以下的军品技术改造项目企业所得税抵免由省级国防科技工业管理部门和税务机关负责审批。据此，省国防科工办及时将国家税收政策传达到有关单位，会同税务机关汇总审核有关材料，确保优惠税收政策落实到位，调动了相关企事业单位参与国防科技工业建设的积极性。
五、军工固定资产投资管理
1999—2005年，山东省按照国家国防科工委颁布实施的《国防科技工业固定资产投资管理暂行规定》《加强和改进军工投资管理的指导意见》等规定，做好军工固定资产投资项目管理工作，主要包括：地方单位军工固定资产投资项目立项受理、申报，项目可行性研究报告和初步设计的论证审批；转发国家国防科工委下达的投资计划，实施过程监督检查；组织地方单位投资项目的竣工验收，参与军工集团公司所属单位投资项目的竣工验收。2000—2005年，山东省一批固定资产投资建设项目和技术改造项目相继竣工投入使用。通过项目建设，有关单位新增了各类高精尖的研究、开发仪器设备，增添大批高性能、高精度的加工、检测、试验设备，增加计算机设计、开发手段，增强了研究、设计、开发能力和生产制造能力，为今后的发展奠定了良好的基础。
第四节 军品科研生产监管与保障
1999—2005年，随着管理体制机制的变革和机构职能的变化，山东省国防科工办认真履行军品科研生产监管与服务职能，强化军品合同管理、军品生产许可证管理、保密资格认证及执法检查，认真做好军工固定资产投资项目和军品配套研制项目等工作，不断优化军品科研生产环境,为军品科研生产提供了有力的服务保障。
一、武器装备科研生产许可管理
实施武器装备科研生产许可制度，是国家深入贯彻“军民结合、寓军于民”方针，建立新时期武器装备科研生产体系，全面履行政府市场监管和行业管理职能的重要措施。
1999年，国家国防科工委颁布实施《武器装备科研生产许可证管理暂行办法》，对武器装备科研生产单位实施许可证管理制度。此后，相继发布《民用部门军品配套科研生产许可证管理实施细则》《武器装备科研生产许可证管理目录》《武器装备科研生产许可证管理暂行办法实施细则》和《武器装备科研生产许可证现场审查规则》，并于2001年开始首次进行许可证申请受理试点。2001年，省国防科工办成立省武器装备科研生产许可证管理办公室，负责全省企事业单位许可证申请的初审及监督检查工作。同年，开展了省内第一批武器装备科研生产许可证试点单位的申报工作。
2005年，国家国防科工委颁布《武器装备科研生产许可实施办法》，进一步规范许可管理程序，根据专业的重要程度，对许可专业进行了划分，实施分类许可管理，并明确地方国防科技工业管理部门在许可管理工作中的职责：受理本地区第二类许可的申请；组织本地区第二类许可申请的现场审查，并提出审查意见，协助国防科工委组织本地区许可申请事项的现场审查；监督检查本地区武器装备科研生产单位许可证的使用情况。《实施办法》颁发后,省国防科工办多次召开许可证工作会议并举办培训班，宣讲解释武器装备科研生产许可管理的相关规定。按照规定的程序要求，认真受理有关单位的申请，并积极做好政策、规定的咨询和指导。组织专家依据《武器装备科研生产许可现场审查规则》和《武器装备科研生产许可现场审查评定标准和评分指南》，认真进行现场审查。至2005年，全省多家单位通过现场审查并取得国家国防科工委颁发的武器装备科研生产许可证。许可制度的实施，有效强化了对武器装备科研生产单位的管理，从业单位的综合管理水平得到提高。同时，省国防科工办的监管职能由过去主要面向军工集团驻鲁单位的管理转向面向全社会开展许可受理审查，实现了对全省武器装备科研生产体系的监控。
二、武器装备科研生产单位保密资格认证
对承担武器装备科研生产任务的单位实行保密资格审查认证制度，是新形势下加强国防科技工业安全保密工作的重要手段。
2002年，国家保密局、国家国防科工委、解放军总装备部联合印发《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》，由三个部门联合成立国家军工保密资格审查认证委员会及其办公室，负责保密资格审查认证工作。2003年，经国家军工保密资格审查认证委员会批复同意，山东省成立由省保密局、省国防科工办、省信息产业厅组成的山东省武器装备科研生产单位保密资格审查认证委员会，并在省国防科工办设立办公室，主要职责是：依据有关审查认证工作的规定，制定有关工作细则；聘任省级保密资格审查认证委员会审查认证专家；受理二级、三级保密资格申请；根据要求承担部分一级保密资格申请单位的审查工作；审批二级、三级保密资格单位；组织、指导、监督、检查本地区的审查认证工作。省国防科工办按照《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》规定，严格按照标准程序，逐项检查过关，确保保密资格审查认证工作质量。至2005年，全省多家单位通过国家一级、二级、三级保密资格审查认证。
三、军品协作配套项目管理
1999—2005年，为强化对配套产品的市场监管，保障武器装备科研生产任务有序规范执行，国家国防科工委先后颁布实施《武器装备科研生产协作配套管理暂行办法》《武器装备科研生产协作配套管理办法》，明确了参与协作配套各主体的权利和义务。
2005年，依据国家国防科工委的规章办法，省国防科工办制定《军品配套研制项目管理办法》等制度，对民口单位承担军品配套研制项目申报和立项、项目实施、日常管理、验收和鉴定等方面作出明确规定。同时，积极加强与地方有关部门和单位的沟通与联系，了解掌握有关企事业单位的情况，按照国家国防科工委发布的《军品配套研制项目指南》，帮助和指导有优势的单位参与军品配套研制项目的竞争。“十五”期间，全省多家单位通过竞争承担了军品配套研制项目，其中部分项目已经验收并得到应用。
四、武器装备科研生产合同管理与免税
1999年，国家国防科工委颁布实施《武器装备科研生产合同审核暂行办法》《武器装备科研生产合同审核暂行办法实施细则》，下发《关于委托审核武器装备科研生产合同的通知》，委托地方国防科技工业管理部门负责部分军品科研合同审核工作。山东省根据国家国防科工委的规定，结合实际制定《武器装备科研生产合同审核管理办法》，对审核的范围内容、工作职责、审核程序及要求作出明确规定，及时审核了企业上报的各类军品合同。
2004年，财政部和国家税务总局批准对一般工业企业生产军工关键配套产品自2003年起免征增值税。2005年，国务院办公厅明确投资额5000万元以下的军品技术改造项目企业所得税抵免由省级国防科技工业管理部门和税务机关负责审批。据此，省国防科工办及时将国家税收政策传达到有关单位，会同税务机关汇总审核有关材料，确保优惠税收政策落实到位，调动了相关企事业单位参与国防科技工业建设的积极性。
五、军工固定资产投资管理
1999—2005年，山东省按照国家国防科工委颁布实施的《国防科技工业固定资产投资管理暂行规定》《加强和改进军工投资管理的指导意见》等规定，做好军工固定资产投资项目管理工作，主要包括：地方单位军工固定资产投资项目立项受理、申报，项目可行性研究报告和初步设计的论证审批；转发国家国防科工委下达的投资计划，实施过程监督检查；组织地方单位投资项目的竣工验收，参与军工集团公司所属单位投资项目的竣工验收。2000—2005年，山东省一批固定资产投资建设项目和技术改造项目相继竣工投入使用。通过项目建设，有关单位新增了各类高精尖的研究、开发仪器设备，增添大批高性能、高精度的加工、检测、试验设备，增加计算机设计、开发手段，增强了研究、设计、开发能力和生产制造能力，为今后的发展奠定了良好的基础。