1991年4月，山东省根据国家能源部《关于加强全国地方煤矿行业管理的通知》，建立健全地方煤矿行业管理体系，省地方煤矿的行业管理由省煤炭工业管理局负责，并相应建立和健全地方煤矿管理机构。重点产煤市（地）、县（市、区）以及重点产煤乡镇，建立健全与煤炭生产规模相适应的行业管理机构，由省政府和当地各级政府决定。同时，根据《通知》要求，明确了省、市、县地方煤矿行业管理部门所辖范围内的职权：1.开办煤矿定点、划界、开采的审批权。没有省煤炭工业管理局审批文件不能申报开矿，有关部门不发开采许可证和营业执照；对不合规定、违法开采的矿井有停产、封闭权，并建议发证部门吊销有关证照；2.各类乡镇煤矿矿长任职资格审定权，不经煤矿行业管理部门审定，有关部门不发给矿长资格证，不得任职或聘任；3.计划内物资分配权，由省计划部门按计划供应的物资指标切块给煤炭局，按行业分配订货，直供到矿；4.外调煤运输计划权，由省煤炭工业管理局按国家分配计划，会同运输等有关部门组织煤炭资源和调运工作。
1993年8月，省政府《关于加强企业管理工作的通知》规定，各级政府主管部门贯彻执行《全民所有制工业企业转换经营机制条例》和省政府制定的条例《实施办法》，加快职能转变，把企业经营自主权切实还给企业，依法对企业生产经营活动进行监督，集中精力搞好宏观调控，加快市场体系和社会保障体系建设，为企业加强自身管理创造良好外部环境。省煤炭工业管理局根据省政府要求和煤炭部职能转变精神，职能转变为规划、指导、协调、监督和服务；统筹规划、合理开发和利用煤炭资源，优化工业结构和产业结构，加快煤炭工业生产建设和综合利用、多种经营、第三产业发展，推动企业转换经营机制，培育和完善煤炭市场；指导和帮助煤炭企业依靠科技进步，改善经营管理，提高经济效益；协调煤炭工业与地方政府及铁路、电力等相关部门关系，协调和帮助处理煤炭企业之间、煤炭企业与地方之间关系，保障煤炭企业正常生产秩序；根据国家矿山安全法规和煤矿安全规程监督检查煤矿安全生产，对煤炭企业国有资产保值增值实施监督检查；为煤炭企事业单位提供信息、科研、技术、管理咨询及人才交流等方面服务。
12月，煤炭部决定自1994年1月1日起，各省（区、市）煤炭工业管理局主要职能是规划、指导、协调、监督和服务，即统筹规划全省煤炭工业长远发展规划和矿区总体发展规划，合理开发和利用全省煤炭资源，优化全省煤炭工业结构和产品结构，加快生产建设、多种经营和第三产业发展；推动企业转换经营机制，培育和发展煤炭市场；指导和帮助煤炭企业贯彻执行上级有关政策法规，引导企业合法经营参与竞争；指导煤炭企业依靠技术进步改善经营管理，提高经济效益；协调全省煤炭工业与地方相关部门及煤炭企业之间关系，努力维护企业合法权益，保障煤炭企业正常生产经营秩序，尽力为煤炭企业创造宽松的经济发展环境；根据国家矿山安全法规和煤矿安全规程监督检查煤矿安全生产；对煤炭企业国有资产保值增值、生产经营、煤炭发展后劲实施监督检查，对企业经营者进行考核和奖惩；及时为煤炭企事业单位提供信息、科研、技术管理咨询及人才交流等方面服务。山东省煤炭工业管理局对全省煤炭业实行行业管理的重点是指导、协调和服务，为基层多办实事，搞好服务。
1995年7月，山东省委下发《关于山东省省级机构改革实施意见》，组建山东省煤炭工业局，由山东省经济贸易委员会（简称省经贸委）管理，主管全省地方煤炭工业。9月，煤炭部批复山东煤炭工业管理局职能配置、内设机构和人员编制方案。山东煤炭工业管理局为山东省境内国有重点、地方国有、乡镇等各类煤矿和其他煤炭企事业单位的行业主管部门，受煤炭部和山东省人民政府双重领导，以煤炭部领导为主；职能由过去的部门管理转为行业管理，由微观管理转向宏观管理，由直接管理为主转为间接调控指导为主，由单一行政管理手段为主转为运用经济政策和法规引导规范为主；按照政企职责分开原则，不直接干预企业生产经营活动，不干涉企业用工、工资、奖金分配，只调控工资总额。
1998年3月，煤炭部撤销，成立国家经贸委管理下的国家煤炭工业局；7月，国务院印发《关于改革国有重点煤矿管理体制有关问题的通知》，决定将国有重点煤矿下放地方管理；10月，国家煤炭工业局制定《关于加强行业管理的意见》，规定煤炭行业管理范围主要是具有行业全局性和行业特殊性工作，包括煤炭产业政策、煤炭开发布局、基本建设、产运需衔接、煤炭生产和经营秩序、煤矿安全、行业科技进步、产业结构调整等管理职能，主要由国家煤炭工业局及各级煤炭工业管理部门履行。按照“统一规划、合理布局、综合利用”方针，对煤炭资源开发和煤炭工业发展实行统筹规划是实施行业管理的重要内容。
2000年4月，省委、省政府印发《关于山东省人民政府机构改革实施意见》，山东煤矿安全监察局与山东省煤炭工业局实行“一个机构，两块牌子”，既是国家煤矿安全监察局的直属机构，又是省政府工作机构，煤矿安全监察业务以国家煤矿安全监察局管理为主，煤炭行业管理业务以省政府管理为主。
2001年7月，中央机构编制委员会下发《关于省级煤矿安全监察局与煤炭工业局机构分离有关问题的通知》，要求撤销挂在省级煤矿安全监察局的省煤炭工业局牌子，省级煤炭行业管理职能交由省级经贸部门承担，以加强省级煤矿安全监察工作，理顺煤炭行业管理体制。
2002年1月，中共山东省委企业工作委员会（简称省委企业工委）成立。山东省煤炭行业领导人员列入省委管理范围的企业有兖矿集团有限公司（简称兖矿集团）、新汶矿业集团有限责任公司（简称新矿集团）；企业领导人员列入省委企业工委管理范围的有淄博矿务局、龙口矿务局、肥城矿业集团有限责任公司（简称肥矿集团）、枣庄矿业（集团）有限责任公司（简称枣矿集团）、临沂矿务局。2月，省政府界定山东省煤炭工业局职能是：加强煤炭生产许可证、煤炭经营资格证、矿长资格证的管理；煤炭资源开发的统一规划、合理布局；产业政策引导和信息服务，强化对重大问题的调查研究，为省政府当好参谋，为基层和企业提供服务。
2005年6月，省机构编制委员会调整山东省煤炭工业办公室职能配置。增加的职能有：负责对全省煤矿安全进行日常性监督检查，对煤矿违规行为依法作出现场处理或实施行政处罚；监督煤矿企业事故隐患的整改并组织复查；依法组织关闭不具备安全生产条件的矿井，负责组织煤矿安全专项整治；参与煤矿事故调查处理；对煤矿职工培训进行监督检查；负责煤矿建设工程设计的初审；审查国有煤矿采矿权转让方案；审查煤矿建筑物、水体、铁路压煤开采方案设计和关闭、报废矿井方案；负责组织煤矿矿长、特种技术工人的培训考核和颁发资格证书工作。划出的职能是：将指导国有煤炭企业改革和管理的职责划入省政府国有资产监督管理委员会。7月，省政府要求各煤炭工业管理部门依据职责分工做好以下工作：加强煤炭资源管理；加强煤炭规划管理；加强煤炭资源回收率管理；严格煤炭准入资质管理；积极推进大集团建设，组织制定全省煤炭大集团建设方案及意见，建立健全有效的企业集团运行机制；依靠科技进步，组织好科技攻关；抓好生态环境保护；完善煤炭税收政策；加强煤炭行业管理机构建设；提高矿工劳动保障水平；提高煤矿职工队伍素质；加强煤矿安全生产监察，理顺煤炭行业管理、安全监管、安全监察的关系并制定安全监察意见，制定煤矿生产外包队伍技术、标准和条件及管理意见。
第二节 行业管理
1991年4月，山东省根据国家能源部《关于加强全国地方煤矿行业管理的通知》，建立健全地方煤矿行业管理体系，省地方煤矿的行业管理由省煤炭工业管理局负责，并相应建立和健全地方煤矿管理机构。重点产煤市（地）、县（市、区）以及重点产煤乡镇，建立健全与煤炭生产规模相适应的行业管理机构，由省政府和当地各级政府决定。同时，根据《通知》要求，明确了省、市、县地方煤矿行业管理部门所辖范围内的职权：1.开办煤矿定点、划界、开采的审批权。没有省煤炭工业管理局审批文件不能申报开矿，有关部门不发开采许可证和营业执照；对不合规定、违法开采的矿井有停产、封闭权，并建议发证部门吊销有关证照；2.各类乡镇煤矿矿长任职资格审定权，不经煤矿行业管理部门审定，有关部门不发给矿长资格证，不得任职或聘任；3.计划内物资分配权，由省计划部门按计划供应的物资指标切块给煤炭局，按行业分配订货，直供到矿；4.外调煤运输计划权，由省煤炭工业管理局按国家分配计划，会同运输等有关部门组织煤炭资源和调运工作。
1993年8月，省政府《关于加强企业管理工作的通知》规定，各级政府主管部门贯彻执行《全民所有制工业企业转换经营机制条例》和省政府制定的条例《实施办法》，加快职能转变，把企业经营自主权切实还给企业，依法对企业生产经营活动进行监督，集中精力搞好宏观调控，加快市场体系和社会保障体系建设，为企业加强自身管理创造良好外部环境。省煤炭工业管理局根据省政府要求和煤炭部职能转变精神，职能转变为规划、指导、协调、监督和服务；统筹规划、合理开发和利用煤炭资源，优化工业结构和产业结构，加快煤炭工业生产建设和综合利用、多种经营、第三产业发展，推动企业转换经营机制，培育和完善煤炭市场；指导和帮助煤炭企业依靠科技进步，改善经营管理，提高经济效益；协调煤炭工业与地方政府及铁路、电力等相关部门关系，协调和帮助处理煤炭企业之间、煤炭企业与地方之间关系，保障煤炭企业正常生产秩序；根据国家矿山安全法规和煤矿安全规程监督检查煤矿安全生产，对煤炭企业国有资产保值增值实施监督检查；为煤炭企事业单位提供信息、科研、技术、管理咨询及人才交流等方面服务。
12月，煤炭部决定自1994年1月1日起，各省（区、市）煤炭工业管理局主要职能是规划、指导、协调、监督和服务，即统筹规划全省煤炭工业长远发展规划和矿区总体发展规划，合理开发和利用全省煤炭资源，优化全省煤炭工业结构和产品结构，加快生产建设、多种经营和第三产业发展；推动企业转换经营机制，培育和发展煤炭市场；指导和帮助煤炭企业贯彻执行上级有关政策法规，引导企业合法经营参与竞争；指导煤炭企业依靠技术进步改善经营管理，提高经济效益；协调全省煤炭工业与地方相关部门及煤炭企业之间关系，努力维护企业合法权益，保障煤炭企业正常生产经营秩序，尽力为煤炭企业创造宽松的经济发展环境；根据国家矿山安全法规和煤矿安全规程监督检查煤矿安全生产；对煤炭企业国有资产保值增值、生产经营、煤炭发展后劲实施监督检查，对企业经营者进行考核和奖惩；及时为煤炭企事业单位提供信息、科研、技术管理咨询及人才交流等方面服务。山东省煤炭工业管理局对全省煤炭业实行行业管理的重点是指导、协调和服务，为基层多办实事，搞好服务。
1995年7月，山东省委下发《关于山东省省级机构改革实施意见》，组建山东省煤炭工业局，由山东省经济贸易委员会（简称省经贸委）管理，主管全省地方煤炭工业。9月，煤炭部批复山东煤炭工业管理局职能配置、内设机构和人员编制方案。山东煤炭工业管理局为山东省境内国有重点、地方国有、乡镇等各类煤矿和其他煤炭企事业单位的行业主管部门，受煤炭部和山东省人民政府双重领导，以煤炭部领导为主；职能由过去的部门管理转为行业管理，由微观管理转向宏观管理，由直接管理为主转为间接调控指导为主，由单一行政管理手段为主转为运用经济政策和法规引导规范为主；按照政企职责分开原则，不直接干预企业生产经营活动，不干涉企业用工、工资、奖金分配，只调控工资总额。
1998年3月，煤炭部撤销，成立国家经贸委管理下的国家煤炭工业局；7月，国务院印发《关于改革国有重点煤矿管理体制有关问题的通知》，决定将国有重点煤矿下放地方管理；10月，国家煤炭工业局制定《关于加强行业管理的意见》，规定煤炭行业管理范围主要是具有行业全局性和行业特殊性工作，包括煤炭产业政策、煤炭开发布局、基本建设、产运需衔接、煤炭生产和经营秩序、煤矿安全、行业科技进步、产业结构调整等管理职能，主要由国家煤炭工业局及各级煤炭工业管理部门履行。按照“统一规划、合理布局、综合利用”方针，对煤炭资源开发和煤炭工业发展实行统筹规划是实施行业管理的重要内容。
2000年4月，省委、省政府印发《关于山东省人民政府机构改革实施意见》，山东煤矿安全监察局与山东省煤炭工业局实行“一个机构，两块牌子”，既是国家煤矿安全监察局的直属机构，又是省政府工作机构，煤矿安全监察业务以国家煤矿安全监察局管理为主，煤炭行业管理业务以省政府管理为主。
2001年7月，中央机构编制委员会下发《关于省级煤矿安全监察局与煤炭工业局机构分离有关问题的通知》，要求撤销挂在省级煤矿安全监察局的省煤炭工业局牌子，省级煤炭行业管理职能交由省级经贸部门承担，以加强省级煤矿安全监察工作，理顺煤炭行业管理体制。
2002年1月，中共山东省委企业工作委员会（简称省委企业工委）成立。山东省煤炭行业领导人员列入省委管理范围的企业有兖矿集团有限公司（简称兖矿集团）、新汶矿业集团有限责任公司（简称新矿集团）；企业领导人员列入省委企业工委管理范围的有淄博矿务局、龙口矿务局、肥城矿业集团有限责任公司（简称肥矿集团）、枣庄矿业（集团）有限责任公司（简称枣矿集团）、临沂矿务局。2月，省政府界定山东省煤炭工业局职能是：加强煤炭生产许可证、煤炭经营资格证、矿长资格证的管理；煤炭资源开发的统一规划、合理布局；产业政策引导和信息服务，强化对重大问题的调查研究，为省政府当好参谋，为基层和企业提供服务。
2005年6月，省机构编制委员会调整山东省煤炭工业办公室职能配置。增加的职能有：负责对全省煤矿安全进行日常性监督检查，对煤矿违规行为依法作出现场处理或实施行政处罚；监督煤矿企业事故隐患的整改并组织复查；依法组织关闭不具备安全生产条件的矿井，负责组织煤矿安全专项整治；参与煤矿事故调查处理；对煤矿职工培训进行监督检查；负责煤矿建设工程设计的初审；审查国有煤矿采矿权转让方案；审查煤矿建筑物、水体、铁路压煤开采方案设计和关闭、报废矿井方案；负责组织煤矿矿长、特种技术工人的培训考核和颁发资格证书工作。划出的职能是：将指导国有煤炭企业改革和管理的职责划入省政府国有资产监督管理委员会。7月，省政府要求各煤炭工业管理部门依据职责分工做好以下工作：加强煤炭资源管理；加强煤炭规划管理；加强煤炭资源回收率管理；严格煤炭准入资质管理；积极推进大集团建设，组织制定全省煤炭大集团建设方案及意见，建立健全有效的企业集团运行机制；依靠科技进步，组织好科技攻关；抓好生态环境保护；完善煤炭税收政策；加强煤炭行业管理机构建设；提高矿工劳动保障水平；提高煤矿职工队伍素质；加强煤矿安全生产监察，理顺煤炭行业管理、安全监管、安全监察的关系并制定安全监察意见，制定煤矿生产外包队伍技术、标准和条件及管理意见。